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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10621 | 2025-10-07 |
Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer
2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-024-00914-x
PMID:38965396
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综述 | 全面概述小细胞肺癌的分子特征和新兴治疗策略的最新进展 | 首次系统总结基于四种转录因子表达状态的SCLC分子分型,并整合单细胞RNA测序揭示肿瘤异质性与治疗耐药性的关联 | 缺乏有效生物标志物用于患者选择,且面临治疗耐药性快速发展的挑战 | 改善小细胞肺癌患者预后的治疗策略开发 | 小细胞肺癌的分子特征和治疗方法 | 肿瘤学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,基因组评估,转录组分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10622 | 2025-10-07 |
Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases
2024-Apr-02, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02375-3
PMID:38561568
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comments | 对已发表的ECM重塑脑膜瘤细胞单细胞转录组分析研究进行细致评估 | 强调需要更全面地考虑肿瘤异质性和微环境影响,指出ECM重塑研究可能忽略其他关键肿瘤生物学方面 | 存在数据解读和验证的挑战,ECM重塑研究可能无意中忽视肿瘤生物学的其他关键方面 | 评估ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究 | 已发表的ECM重塑脑膜瘤细胞研究 | digital pathology | meningioma | single-cell transcriptome analysis | NA | transcriptome data | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10623 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells
2024-Mar-16, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02349-5
PMID:38491247
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录特征和生物学特性 | 首次在单细胞水平系统研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录特征,发现其主要分布于脑-肿瘤界面且恶性程度较低 | NA | 研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 脑膜瘤细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10624 | 2025-10-07 |
Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103784
PMID:35169687
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的MET和EMT样程序 | 首次在单细胞分辨率下揭示成骨祖细胞中EMT和MET相关程序的共存,并发现剪接调控因子在骨再生过程中的表达 | 研究仅限于斑马鱼模型,需要进一步验证在哺乳动物系统中的普适性 | 阐明斑马鱼鳍再生过程中成骨细胞的转录程序 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞和成骨祖细胞 | 单细胞生物学 | 组织再生 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10625 | 2025-10-07 |
RNA research for drug discovery: Recent advances and critical insight
2025-May-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149342
PMID:39983851
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综述 | 本文探讨RNA研究在药物开发领域的最新进展、历史转折点及其在新型疗法开发中的关键意义 | 系统梳理了反义寡核苷酸、mRNA疗法和RNA干扰等突破性技术,强调高通量测序和单细胞RNA测序等技术对揭示RNA生物学复杂性的贡献 | RNA稳定性、递送系统和脱靶效应等挑战仍需持续创新和伦理考量 | 评估RNA研究的现状和前景,强调其在药物发现中的变革潜力 | RNA相关技术及其在治疗应用中的相互作用 | 自然语言处理 | NA | 高通量测序, 单细胞RNA测序, 表观转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10626 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell RNA sequencing and network pharmacology to elucidate the effect of Yantiao Formula on alleviating ALI by regulating the polarization of alveolar macrophages
2025-Mar-13, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.119436
PMID:39914692
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和网络药理学方法,探讨验条方通过调节肺泡巨噬细胞极化缓解脓毒症诱导急性肺损伤的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和分子对接技术系统研究验条方治疗急性肺损伤的多成分-多靶点作用机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床验证尚需进一步研究 | 探索验条方治疗脓毒症诱导急性肺损伤的潜在分子机制 | 验条方化学成分、脓毒症诱导急性肺损伤小鼠模型、NR8383细胞 | 生物信息学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 免疫组织化学, UPLC | NA | 基因表达数据, 化学组分数据 | NA | Waters | UPLC, 单细胞RNA测序 | ACQUITY UPLC I-Class | ACQUITY UPLC I-Class系统用于化学成分表征 |
10627 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges
2025-Mar, Pharmacology & therapeutics
IF:12.0Q1
DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807
PMID:39894174
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术在自身免疫性疾病研究中的应用与挑战 | 系统阐述scRNA-seq如何揭示自身免疫性疾病中细胞异质性和细胞通讯网络的新机制 | 需要解决scRNA-seq技术本身的局限性才能实现进一步突破 | 研究单细胞RNA测序在自身免疫性疾病中的潜在应用价值 | 自身免疫性疾病相关的各类细胞类型 | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10628 | 2025-10-07 |
IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach
2025-Feb-28, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01989-3
PMID:40019680
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和机器学习方法,识别结直肠癌中与免疫细胞浸润相关的预后生物标志物 | 开发了结合统计分析和机器学习的综合流程,首次系统鉴定IL-1β等关键基因作为结直肠癌诊断和预后的生物标志物 | 基于公开数据集的分析,需要实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 开发结直肠癌诊断和预后生物标志物识别方法 | 结直肠癌患者基因表达数据和临床数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | scRNA-seq, 启动子甲基化分析, 基因表达分析 | KNN, ANN, 随机森林 | 基因表达数据, 甲基化数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10629 | 2025-10-07 |
Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential
2025-Feb-28, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009
PMID:40023663
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综述 | 本文探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的细胞异质性及其对免疫治疗耐药机制的影响 | 通过单细胞多组学技术系统性解析黑色素瘤中癌细胞与微环境细胞的复杂互作网络 | NA | 阐明黑色素瘤细胞异质性对免疫治疗应答的影响机制 | 皮肤黑色素瘤的肿瘤细胞和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序, 空间多组学 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
10630 | 2025-10-07 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 开发了一种名为SpaceBar的空间条形码技术,能够在空间转录组数据中同时进行克隆追踪和基因表达分析 | 提出结合96种合成条形码序列与成像空间转录组技术(seqFISH)的新方法,实现克隆身份识别与空间基因表达的同时分析 | 目前仅在小鼠黑色素瘤异种移植模型中验证,尚未在其他肿瘤类型或更复杂组织中测试 | 开发能够在复杂组织环境中区分克隆动态与环境驱动转录调控的分析框架 | 黑色素瘤细胞和小鼠肿瘤异种移植模型 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 成像空间转录组技术(seqFISH), 细胞条形码标记 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | seqFISH (顺序荧光原位杂交) 空间转录组技术 |
10631 | 2025-10-07 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析三阴性乳腺癌不同预后患者的肿瘤异质性 | 首次利用空间转录组学深入揭示三阴性乳腺癌不同预后的细胞和分子基础 | 回顾性研究,样本量有限(32例患者) | 探索三阴性乳腺癌不同预后的空间和分子异质性机制 | 三阴性乳腺癌患者的FFPE组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,免疫荧光,细胞类型反卷积,空间熵分析,功能富集分析 | 卷积神经网络 | 空间转录组数据,图像数据 | 32例初治女性患者(17例良好预后,15例不良预后) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMX Digital Spatial Profiler | GeoMx人类全转录组图谱面板 |
10632 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627868
PMID:39990483
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术分析X射线辐射对果蝇翅盘细胞的影响,揭示了与细胞周期状态和细胞位置相关的异质性 | 首次将用于研究市场集中度的赫芬达尔-赫希曼指数应用于基因表达异质性分析,并发现辐射诱导基因表达在区域间和区域内均存在显著异质性 | 研究仅限于果蝇翅盘这一相对简单的组织模型,结果可能不适用于更复杂的哺乳动物组织 | 探究X射线辐射对组织细胞异质性的影响机制 | 果蝇翅盘细胞 | 单细胞转录组学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10633 | 2025-10-07 |
Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637505
PMID:39990460
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研究论文 | 本研究利用空间单细胞蛋白质组学技术探索神经系统细胞身份和异质性 | 首次将免疫染色引导的激光捕获显微切割与LC-MS结合,应用于异质性中枢神经系统的空间单细胞蛋白质组学研究 | 研究主要聚焦于特定脑区域和损伤模型,尚未扩展到更广泛的神经系统疾病 | 开发和应用空间单细胞蛋白质组学方法以理解神经系统生物学和神经疾病分子机制 | 大脑皮层和黑质神经元群体、刺伤损伤相关的神经免疫变化、肠肌层神经节细胞与神经束 | 空间蛋白质组学 | 神经系统疾病 | 免疫染色引导激光捕获显微切割、液相色谱-质谱联用 | NA | 蛋白质组数据 | 多个脑区域和神经组织样本 | NA | 空间单细胞蛋白质组学、激光捕获显微切割 | LCM、LC-MS | 免疫染色引导激光捕获显微切割与液相色谱-质谱联用技术 |
10634 | 2025-10-07 |
A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636499
PMID:39974925
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研究论文 | 系统评估主成分分析和随机投影在单细胞RNA测序数据降维中的性能比较 | 首次对PCA和RP方法在单细胞分析中进行全面基准测试,包括计算效率和下游分析效果的多维度评估 | 仅评估了线性降维方法,未包含非线性降维技术的比较 | 比较不同降维策略在单细胞数据分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影 | 基因表达数据 | 多个公开可用的标记和未标记单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10635 | 2025-10-07 |
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636355
PMID:39975076
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研究论文 | 提出Seq-Scope-X技术,通过组织膨胀实现亚微米级空间转录组和蛋白质组分析 | 结合组织膨胀技术与Seq-Scope方法,突破光学分辨率限制,实现亚微米级空间多组学分析 | NA | 开发超高分辨率空间多组学分析技术 | 肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏、人类扁桃体 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、组织膨胀技术 | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | Seq-Scope-X | 结合组织膨胀的Seq-Scope改进技术,支持亚微米级分辨率的转录组和蛋白质组分析 |
10636 | 2025-10-07 |
The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03938-5
PMID:39891785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了Lauren肠型胃腺癌免疫抑制微环境的细胞组成和相互作用机制 | 首次系统鉴定IGAC中HAVCR2+VCAM1+耗竭T细胞和LAYN+TNFRSF4+调节性T细胞等关键免疫抑制细胞亚群,并证实其与疾病进展的相关性 | 样本量相对有限(15例患者),且仅针对中国人群进行研究 | 探究Lauren肠型胃腺癌免疫抑制机制,为改善免疫治疗效果寻找潜在靶点 | 15例中国Lauren肠型胃腺癌患者的肿瘤组织和癌旁正常黏膜 | 数字病理 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据, 流式数据 | 15例IGAC患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
10637 | 2025-10-07 |
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634747
PMID:39974899
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肠道BEST4+细胞是pH感应神经足细胞,并揭示了其在囊性纤维化疾病中的新作用机制 | 首次将BEST4+细胞鉴定为CFTR高表达细胞,发现其具有pH感应功能并参与囊性纤维化疾病发病机制 | 研究主要基于大鼠模型,人类样本验证尚不充分 | 探究肠道BEST4+细胞的分子特征及其在囊性纤维化疾病中的作用 | 人类和大鼠肠道上皮细胞,特别是BEST4+细胞亚群 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序,免疫定位 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 野生型和ΔF508囊性纤维化大鼠空肠组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10638 | 2025-10-07 |
Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma
2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674
PMID:39270557
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法鉴定哮喘中坏死性凋亡相关生物标志物,并探索靶向干预策略 | 首次系统鉴定哮喘中坏死性凋亡相关差异表达基因,并发现白藜芦醇和雷公藤甲素可作为潜在治疗药物 | 研究样本量有限,需要进一步实验验证药物疗效 | 阐明坏死性凋亡在哮喘发病机制中的作用并寻找治疗靶点 | 哮喘患者与健康对照的基因表达数据 | 机器学习 | 哮喘 | 机器学习算法(LASSO,随机森林,SVM-RFE),Western blot,qPCR,单细胞RNA测序,分子对接 | LASSO,随机森林,SVM-RFE | 基因表达数据,临床指标,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10639 | 2025-10-07 |
Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene
2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731
PMID:39423574
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研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定木薯4CL基因家族并分析Me4CL32基因的表达模式 | 首次在木薯基因组中系统鉴定50个4CL基因家族成员,并发现与橡胶树存在密切同源关系 | 研究主要基于生物信息学分析和基因表达模式,缺乏功能验证实验 | 研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长和胁迫响应中的作用 | 木薯(Manihot esculenta Crantz)的4CL基因家族,特别是Me4CL32基因 | 生物信息学 | NA | 生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组、单细胞转录组、亚细胞定位 | NA | 基因组数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组、RNA-seq | NA | NA |
10640 | 2025-10-07 |
Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50849-1
PMID:39095365
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观和区域特异性基因调控网络 | 首次在单细胞分辨率下结合空间信息展示出生后心脏传导系统的转录组景观,并发现Tbx3和Irx3转录因子在区域特异性基因调控中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类心脏传导系统中的适用性需要进一步验证 | 阐明出生后心脏传导系统的分子组成和调控机制 | 出生后小鼠心脏传导系统细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,ATAC-seq,ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据,表观基因组数据 | 小鼠心脏传导系统不同区域细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,ATAC-seq,ChIP-seq | NA | NA |