单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 37711 篇文献，本页显示第 10621 - 10640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10621 | 2025-10-06 |
GeneSurfer enables transcriptome-wide exploration and annotation of gene co-expression modules in 3D spatial transcriptomics data
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112713
PMID:40678514
|
研究论文 | 开发了GeneSurfer交互式界面，用于探索3D空间转录组数据中局部基因共表达模式 | 首个设计用于在大规模数据集中探索局部基因共表达模式的交互式分析工具 | NA | 开发空间转录组数据中基因共表达模式的探索和注释工具 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10622 | 2025-10-06 |
Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings
2025-Jul-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60898-9
PMID:40681510
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研究论文 | 提出Bering图深度学习模型，利用转录本共定位关系进行空间转录组学的联合细胞分割和分子注释 | 首次提出利用转录本共定位关系进行联合噪声感知细胞分割和分子注释的图深度学习模型，构建预训练模型并通过迁移学习和自蒸馏实现高精度分割 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的局限性 | 解决空间转录组学中细胞分割和注释的准确性问题 | 2D和3D空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图深度学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10623 | 2025-10-06 |
Machine learning assisted immune profiling of COPD identifies a unique emphysema subtype independent of GOLD stage
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112966
PMID:40687815
|
研究论文 | 通过机器学习辅助的免疫分析识别出独立于GOLD分期的独特肺气肿亚型 | 首次结合多组学技术和机器学习算法识别出与肺气肿严重程度相关的独特免疫亚型 | 样本量未明确说明，需要进一步验证研究 | 探索COPD免疫特征与疾病异质性的关系 | 慢性阻塞性肺疾病患者 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 流式细胞术,细胞因子分析,单细胞转录组学,空间转录组学,机器学习算法 | 机器学习算法 | 细胞数据,分子数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 10624 | 2025-10-06 |
Single cell immune profiling in ankylosing spondylitis reveals resistance of CD8+ T cells to immune exhaustion
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112715
PMID:40687839
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了强直性脊柱炎中CD8+ T细胞对免疫耗竭的抵抗机制 | 发现强直性脊柱炎滑膜液中存在克隆扩增的细胞毒性T细胞亚群，这些细胞虽表达抑制性受体但保持效应功能，并下调典型耗竭标志物 | NA | 探究强直性脊柱炎中细胞毒性T细胞的免疫耗竭抵抗机制 | 强直性脊柱炎患者的滑膜液中的细胞毒性T细胞 | 单细胞生物学 | 强直性脊柱炎 | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10625 | 2025-10-06 |
Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD)
2025-Jul-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08485-y
PMID:40670619
|
研究论文 | 提出一种名为LMD的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因标记 | 开发了基于细胞-细胞亲和图的扩散动力学评分方法，能够以多分辨率和细粒度方式识别细胞群体特异性基因标记 | NA | 开发更准确的单细胞RNA-seq数据标记基因识别方法 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图扩散算法 | 基因表达数据 | 十个单细胞RNA测序数据集，包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝集数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 10626 | 2025-10-06 |
Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts
2025-Jul-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181
PMID:40440095
|
研究论文 | 通过泛癌空间分析识别出四种保守的癌症相关成纤维细胞亚型及其空间生态位 | 首次基于空间邻域信息进行CAF亚型的从头发现，将空间组织确立为CAF异质性的定义轴 | NA | 建立空间背景与CAF身份之间的联系，重新定义CAF分类框架 | 多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞 | 计算生物学 | 多种癌症 | 单细胞空间多组学 | NA | 空间多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间多组学 | NA | NA |
| 10627 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional profiling reveals PAX5-mediated naïve B cell differentiation defect in severe adenoid hypertrophy
2025-Jul-15, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675
PMID:40675241
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷 | 首次在单细胞分辨率下揭示腺样体肥大中B细胞分化受阻的分子机制，发现PAX5异常高表达导致幼稚B细胞积累 | 样本量有限，未进行功能验证实验，机制研究不够深入 | 探究腺样体肥大的分子机制和细胞组成特征 | 儿科腺样体肥大患者的腺体组织样本 | 单细胞组学 | 腺样体肥大 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 45,917个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10628 | 2025-10-06 |
Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver
2025-Jul-14, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf026
PMID:40682363
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了革兰氏阴性新生儿败血症中肝脏IL-27产生细胞的表型和功能多样性 | 首次在单细胞水平解析新生儿败血症中IL-27产生细胞的异质性及其功能特征 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在免疫失调中的作用 | 新生IL-27p28eGFP报告基因小鼠和表达荧光素酶的K1荚膜大肠杆菌 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,全动物成像 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10629 | 2025-10-06 |
SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202402111
PMID:39962819
|
研究论文 | 提出一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，通过整合细胞间通讯和基因表达数据来识别空间功能区域 | 首次将细胞间通讯动态与基因表达在空间背景下对齐，采用动态图卷积在节点图和边图之间切换传播 | 未明确说明方法在特定组织类型或疾病背景下的适用性限制 | 从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观 | 空间分辨转录组数据中的细胞和组织结构 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间分辨转录组技术 | 动态图卷积网络 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10630 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504459
PMID:40305768
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制 | 首次在单细胞水平解析碳纳米材料对植物生长的促进作用机制，发现细胞类型特异性响应和水通道蛋白的关键作用 | 研究仅针对烟草根系，未验证其他植物物种；突变体验证仅限于tip1;1和tip2;1 | 探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制 | 烟草根系细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7,897个细胞，13种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10631 | 2025-10-06 |
PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501730
PMID:40344394
|
研究论文 | 本研究揭示了PP1A通过抑制铁死亡调控肝细胞癌对乐伐替尼联合免疫检查点抑制剂治疗疗效的机制 | 首次发现PP1A通过去磷酸化Keap1第104位点破坏Keap1-Nrf2相互作用，从而抑制铁死亡并促进免疫逃逸 | 机制研究主要基于细胞和动物实验，需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌对乐伐替尼联合免疫治疗耐药的分子机制 | 肝细胞癌细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序、共培养实验 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 10632 | 2025-10-06 |
Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing
2025-Jul, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500391
PMID:40364604
|
研究论文 | 开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2减少中性粒细胞胞外诱捕网形成并促进血管生成，用于糖尿病伤口愈合 | 首次将ALDH2激活与免疫-血管双重调节策略相结合，直接靶向免疫调节与血管再生的相互作用机制 | NA | 解决糖尿病感染性伤口治疗中持续性感染、免疫反应受损和血管化不足等多重挑战 | 糖尿病伤口组织、中性粒细胞、巨噬细胞、内皮细胞 | 生物医学工程 | 糖尿病伤口 | 单细胞测序分析 | NA | 临床标本测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10633 | 2025-10-06 |
MatriCom, a single-cell RNA-sequencing data mining tool to infer cell-extracellular matrix interactions
2025-Jul-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263927
PMID:40501363
|
研究论文 | 开发了一个名为MatriCom的单细胞RNA测序数据挖掘工具，用于推断细胞与细胞外基质之间的相互作用 | 创建了包含超过25,000个经过整理的基质组相互作用的独特数据库MatriComDB，并开发了首个能够从scRNA-Seq数据推断ECM组分间以及不同细胞群与ECM间通讯的工具 | NA | 开发一个能够从单细胞RNA测序数据推断细胞外基质相互作用的数据挖掘工具 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞外基质组分和细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10634 | 2025-10-06 |
Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy
2025-Jul, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01696-9
PMID:40659869
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学绘制人类妊娠早期羊膜发育图谱，揭示其细胞组成和相互作用 | 首次在人类妊娠早期系统鉴定羊膜主要细胞类型和亚型，发现上皮-间质和上皮-免疫细胞转化过程 | 研究仅关注妊娠早期，未涵盖整个妊娠期羊膜发育过程 | 阐明人类羊膜在妊娠早期的发育机制和细胞相互作用 | 人类妊娠早期羊膜组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10635 | 2025-10-06 |
Leveraging hypoxia-related genes signature for predicting the prognosis of bladder cancer
2025-Jun-30, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-2025-118
PMID:40687655
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于缺氧相关基因的膀胱癌预后风险预测模型 | 构建了包含JUN、MYC、EGFR和SLC2A1四个基因的新型预后风险模型，并首次结合单细胞测序数据分析基因在膀胱癌发育轨迹中的表达变化 | 研究样本量有限，需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探索缺氧相关基因在膀胱癌中的功能作用并建立预后预测模型 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单样本基因集富集分析(ssGSEA)、实时定量PCR(qRT-PCR)、单细胞测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10636 | 2025-10-06 |
A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660779
PMID:40666883
|
研究论文 | 构建了一个绝经前女性单细胞图谱资源，用于卵巢生物学研究和药物靶点发现 | 首次创建专注于绝经前女性的多组织单细胞图谱，系统比较卵巢细胞转录组特征并识别潜在药物靶点 | 样本来源相对有限，未包含绝经后女性组织进行对比 | 建立绝经前女性单细胞图谱资源，支持卵巢生物学研究和避孕药物靶点发现 | 绝经前女性的14种组织样本，包括卵巢组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 511,365个细胞，来自14种组织 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 10637 | 2025-10-06 |
MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension
2025-Jun-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173
PMID:40357547
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研究论文 | 本研究揭示了MHCIIhiLYVE1loCCR2hi间质巨噬细胞通过WNT11/PCP通路促进肺动脉中膜纤维化并导致肺动脉高压的机制 | 首次鉴定出MHCIIhiLYVE1loCCR2hi间质巨噬细胞亚群在肺动脉中膜纤维化中的关键作用，并阐明其通过WNT11/平面细胞极性通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化的分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证相对有限，且未涉及其他肺动脉高压亚型的验证 | 探究间质巨噬细胞浸润与肺动脉纤维化在肺动脉高压中的关联机制 | 特发性肺动脉高压患者肺组织样本、实验性肺动脉高压动物模型、间质巨噬细胞和肺动脉平滑肌细胞 | 病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,组织学分析,细胞共培养,转基因动物实验 | NA | 基因表达数据,组织图像数据,细胞表型数据 | 特发性肺动脉高压患者和实验动物肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10638 | 2025-10-06 |
Dissecting the liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001427
PMID:40560812
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研究论文 | 本研究通过多组学技术解析慢加急性肝衰竭的免疫微环境，发现膜联蛋白A1可作为促进炎症消退的治疗靶点 | 首次系统描绘ACLF肝脏免疫图谱，发现CCL4+中性粒细胞亚群驱动持续炎症，并鉴定ANXA1-FPR1轴作为关键负反馈机制 | 临床样本量有限，机制研究主要依赖体外实验和动物模型 | 解析慢加急性肝衰竭的免疫特征并寻找治疗靶点 | 慢加急性肝衰竭患者肝脏组织及免疫细胞 | 数字病理 | 肝衰竭 | 单细胞RNA测序,空间转录组测序,批量RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | ACLF患者与对照组的肝脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 10639 | 2025-10-06 |
Serum amyloid A1-induced intrahepatic regulatory T-cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression
2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001419
PMID:40489740
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现自身免疫性肝炎中肝内调节性T细胞功能失调，并揭示血清淀粉样蛋白A1通过Toll样受体2介导这一过程 | 首次揭示肝内Treg细胞在AIH中功能失调的具体机制，发现SAA1通过TLR2通路损害Treg功能，并提出靶向SAA1的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，人类AIH中Treg功能失调机制需进一步验证 | 探究自身免疫性肝炎中调节性T细胞功能失调的机制及治疗策略 | 小鼠模型中的调节性T细胞和自身免疫性肝炎病理过程 | 免疫学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序，流体动力学转染，AAV介导的基因治疗 | FoxP3-DTR/eGFP转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据，病理学数据 | 未明确样本数量的小鼠模型 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 10640 | 2025-10-06 |
Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension
2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202408-1655OC
PMID:40479584
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研究论文 | 本研究揭示了FANCL缺陷通过导致内皮细胞DNA损伤和BMP/TGF-β信号通路失衡促进肺动脉高压(PAH)的机制 | 首次发现FANCL缺陷可自发诱发PAH，并证明靶向修复FANCL可成为PAH治疗新策略 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，临床转化需进一步验证 | 阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制 | FANCL基因敲除小鼠、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、原代培养肺微血管内皮细胞 | 分子病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、基因敲除、腺相关病毒基因过表达、转录组分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 患者肺标本和内皮细胞、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |