单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10601	2024-08-04	The impact of next-generation sequencing for diagnosis and disease understanding of myeloid malignancies 2024-Jul, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2024.2383445 PMID:39054632	review	本综述简要描述了应用于髓系肿瘤（MNs）临床诊断的技术及其相关挑战.	介绍了当前尚为研究用途的长测序、全外显子组/全基因组测序和单细胞测序等新兴技术，将很快成为临床检测标准.	讨论了在资源有限的环境中全面基因组测试的采用挑战，以及其纳入临床试验的限制.	优化髓系肿瘤的临床护理，通过改善诊断、预后、治疗规划和患者监测.	髓系肿瘤的分子评估与临床技术.	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	NA	NA
10602	2024-08-05	Correction: Single-cell transcriptome profiling and the use of AID deficient mice reveal that B cell activation combined with antibody class switch recombination and somatic hypermutation do not benefit the control of experimental trypanosomosis 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012417 PMID:39058654	更正	该论文修正了关于单细胞转录组分析和AID缺乏小鼠的研究内容	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10603	2024-08-05	Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm 2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13070773 PMID:39061841	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响	文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联	尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用	研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响	脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序	数字病理学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞数据	小鼠模型中未具体说明样本数量
10604	2024-08-04	A phosphate transporter in VIPergic neurons of the suprachiasmatic nucleus gates locomotor activity during the light/dark transition in mice 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114220 PMID:38735047	研究论文	这篇文章研究了磷酸盐转运蛋白PiT2在小鼠上丘脑SCN中对行为的影响	鉴定了PiT2作为调节小鼠活动的磷酸盐转运蛋白，揭示了其在昼夜转换中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种	探索上丘脑如何通过分子机制调节行为	小鼠SCN中的VipNms神经元	数字病理学	NA	斑点钳记录和单细胞测序	NA	生物电活动和基因表达数据	涉及的样本为小鼠SCN神经元群体
10605	2024-08-05	Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139 PMID:38652658	研究论文	本文探讨了胶质母细胞瘤中对KIF11抑制剂的抵抗机制	首次将谱系追踪条形码和单细胞RNA测序结合用于分析患者来源的胶质母细胞瘤中的药物抵抗	主要集中在药物对细胞的影响，缺乏对更大临床样本的验证	研究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的抵抗机制	患者来源的胶质母细胞瘤神经球及其对ispinesib的反应	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	涉及多个患者来源的胶质母细胞瘤样本
10606	2024-08-05	The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147 PMID:38662541	research paper	本研究探讨了Bicyclus anynana蝴蝶蛹前翅中鳞片细胞的多样性及其分子基础	通过单细胞RNA测序技术识别了不同类型的鳞片细胞，并揭示了关键基因在细胞分化中的作用	研究主要集中在单一物种的细胞类型，可能无法全面代表其他节肢动物的情况	探索蝴蝶翅膀鳞片细胞的多样性及其转录组学基础	Bicyclus anynana蝴蝶的雄性蛹前翅中的大约5200个鳞片细胞	机遇	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	约5200个大细胞
10607	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of neutrophils in non-small cell lung cancer 2024-May, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3690 PMID:38735760	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	识别了四种主要类型的肿瘤相关中性粒细胞，并分析了其动态特征及转录因子调控	未提及具体的样本数量和来源的多样性	研究非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	肿瘤相关的中性粒细胞和人源多形核中性粒细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自基因表达综合数据库的样本
10608	2024-08-04	Inferring Tree-Shaped Single-Cell Trajectories with Totem 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_9 PMID:39068362	研究论文	本文介绍了通过Totem推断树状单细胞轨迹和伪时间的方法	提出了两种用户友好的协议，可以灵活地推断树状单细胞轨迹，解决复杂拓扑结构预测的挑战	主要集中在单细胞转录组数据的应用，未涉及其他类型的数据	研究单细胞转录组数据中细胞发育过程的轨迹推断	人类骨髓CD34+细胞，研究三条谱系的分支：红系、淋巴系和单核系	数字病理学	NA	转录组学	NA	单细胞数据	NA
10609	2024-08-04	Unsupervised Single-Cell Clustering with Asymmetric Within-Sample Transformation and Per-Cluster Supervised Features Selection 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_8 PMID:39068361	研究论文	本文展示了如何将不对称样本内变换应用于单细胞RNA测序数据，与之前的缺失值插补相匹配	提出了一种不对称变换的方法以处理低表达强度，同时保留高表达基因水平，并结合每个基因的熵估计进行非信息基因的去除	样本量和不同基因类型的影响可能未在研究中充分探索	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和基因特征选择	研究对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	GLM	文本	NA
10610	2024-08-04	RNA-Seq Analysis of Mammalian Prion Disease 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_20 PMID:39068373	研究论文	本文介绍了利用单细胞RNA测序数据分析哺乳动物朊病毒病的RNA测序方法	提出了一种可重复使用的RNA测序分析协议，以揭示朊病毒病中的转录变化	NA	揭示哺乳动物朊病毒病的转录特征	哺乳动物朊病毒病的单细胞RNA测序数据	数字病理	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	使用自NCBI GEO数据库获得的单细胞数据集
10611	2024-08-05	Inferring Novel Cells in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_7 PMID:39068360	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中推断新细胞类型的方法	提出了三类推断新细胞的方法，包括未监督和异常检测的方法、监督和半监督的方法、以及基于拷贝数变异的方法	推断新细胞在常规单细胞RNA测序分析中仍然具有挑战性	研究单细胞RNA测序技术中识别和表征新细胞类型	利用单细胞RNA测序技术分析细胞类型及其亚群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
10612	2024-08-05	Zebrafish Thrombocyte Transcriptome Analysis and Functional Genomics 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_10 PMID:39068363	研究论文	本文探讨了斑马鱼血小板的成熟过程与功能基因组学	采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析年轻和成熟血小板的转录组，以识别特定基因并揭示其在成熟过程中的角色	在血液循环中成熟的具体机制尚不明确	理解斑马鱼血小板成熟的机制	年轻和成熟的斑马鱼血小板	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多个斑马鱼血小板样本，包括年轻和成熟类型
10613	2024-08-05	Comprehensive integrated single-cell RNA sequencing analysis of brain metastasis and glioma microenvironment: Contrasting heterogeneity landscapes 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306220 PMID:39058687	研究论文	该文章综合分析了脑转移和胶质瘤微环境中的异质性特征	本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同来源的脑转移在微环境中的异质性差异	本研究的数据来自于公开数据库，可能存在数据偏倚	探究不同来源的脑肿瘤微环境中的异质性，以指导治疗决策	本研究对象为17名患者的脑转移和胶质瘤样本	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA序列数据	90,168个细胞样本来自17名患者
10614	2024-08-05	A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad272 PMID:37507115	研究论文	本文全面评估了单细胞RNA测序分析中的障碍和零膨胀模型	提出了一个基于TensorFlow的Python包TensorZINB，解决了零膨胀负二项式模型的数值稳定性问题，并结合了混合模型来提高性能	未提及特定的局限性	提高单细胞RNA测序数据分析中的统计模型的准确性和计算速度	障碍和零膨胀模型的性能评估及其对单细胞RNA测序数据的应用	数字病理	NA	RNA-seq	零膨胀负二项式（ZINB）模型	文本	使用真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
10615	2024-08-05	A wound-induced differentiation trajectory for neurons 2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.10.540286 PMID:37214981	研究论文	本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹	揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用	尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制	研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响	聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化	数字病理学	NA	染色质可及性数据分析	NA	单细胞转录组数据	涉及了多个不同神经亚型的干细胞
10616	2024-08-05	Novel insights into breast cancer copy number genetic heterogeneity revealed by single-cell genome sequencing 2020-05-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.51480 PMID:32401198	研究论文	本文使用单细胞基因组测序全面映射了乳腺癌肿瘤中拷贝数改变异质性的各个方面	提供了乳腺癌肿瘤内非肿瘤细胞的遗传异质性及其对肿瘤基因组的影响的新见解	对拷贝数改变异质性的了解仍然有限	探讨乳腺癌中拷贝数改变的遗传异质性及其临床意义	一组乳腺癌肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	一组乳腺癌肿瘤样本
10617	2024-08-05	Transcriptome Dynamics of Hematopoietic Stem Cell Formation Revealed Using a Combinatorial Runx1 and Ly6a Reporter System 2020-05-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2020.03.020 PMID:32302558	研究论文	该文章研究了造血干细胞(HSC)形成的转录组动态，利用组合的Runx1和Ly6a报告系统进行可视化	通过生成Tg(Runx1-mKO2; Ly6a-GFP)双重报告小鼠，首次识别并追踪造血干细胞的发育过程	由于造血干细胞及其前体细胞的稀缺性，可能导致研究样本的局限性	揭示前造血干细胞的出现和成熟过程	研究对象包括前造血干细胞及其相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了双重报告小鼠的细胞样本
10618	2024-08-05	A single-cell survey of Drosophila blood 2020-05-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.54818 PMID:32396065	研究论文	该论文利用单细胞RNA测序对果蝇血细胞进行了调查	发现了在不同炎症条件下果蝇血细胞的多样性，并首次揭示了FGF信号在血细胞之间的相互作用中的新角色	目前只集中于果蝇的血细胞种类，结果是否适用于其他物种尚未确定	旨在通过单细胞RNA测序深入理解果蝇血细胞的功能	果蝇幼虫中的血细胞（称为hemocytes）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
10619	2024-08-05	Pooled Knockin Targeting for Genome Engineering of Cellular Immunotherapies 2020-Apr-30, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.03.039 PMID:32302591	研究论文	本研究开发了一种技术用于对人类T细胞进行高通量的基因敲入筛选	提出了一种新颖的合并基因组工程技术，可以对大规模非病毒DNA模板进行条形码标记和追踪	未提及具体的样本量和方法的局限性	研究目的在于提高基因改造免疫细胞在癌症免疫治疗中的效果	主要研究对象为经过基因敲入的初级人类T细胞	数字病理学	癌症免疫治疗	CRISPR	NA	细胞转录组数据	数十个独特的条形码模板
10620	2024-08-05	Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential 2020-04-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9041045 PMID:32331484	研究论文	本研究探讨了特定猪模型中肌肉发育潜力决定机制	首次揭示了Ca2+信号在骨骼肌发育潜力中的重要作用	只使用了特定的猪模型，可能限制了结果的普遍性	探索肌肉生成与脂肪生成之间的稳态机制	瘦型猪和肥胖型猪的肌肉衍生Myo-谱系细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质数据	瘦型猪与肥胖型猪的肌肉衍生细胞