单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 32324 篇文献，本页显示第 10581 - 10600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10581 | 2025-10-07 |
Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70281
PMID:40162549
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析识别了肺腺癌中过渡性CXCL14+肌成纤维样癌症相关成纤维细胞，揭示了其促进肿瘤转移和EGFR-TKI耐药的作用机制 | 首次发现过渡性CXCL14+肌成纤维样CAF亚群在肺腺癌进展和EGFR-TKI耐药中的关键作用，并筛选出Filgotinib作为逆转该耐药的有效药物 | 研究主要聚焦于肺腺癌，在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探究癌症相关成纤维细胞异质性在肺腺癌进展和治疗耐药中的作用机制 | 肺腺癌患者组织样本、血浆样本及相应的实验模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学,ELISA | NA | 单细胞测序数据,空间转录组数据,临床样本数据 | 多个独立肺腺癌队列的临床样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 10582 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp
2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70113
PMID:40162720
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了核桃内果皮发育的基因组变异格局和调控网络候选基因 | 构建了首个核桃图形结构泛基因组，通过多组学整合分析鉴定了与木质素积累相关的关键候选基因 | 研究主要基于核桃品种，可能无法完全代表所有核桃种质的遗传多样性 | 系统解析核桃内果皮发育的基因组基础和调控网络 | 波斯核桃(Juglans regia)及其8个近缘种，共285个种质材料 | 植物基因组学 | NA | 基因组测序, GWAS, 转录组学, 代谢组学, DNA甲基化, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据, 表观遗传数据 | 285个核桃种质材料，涵盖11个发育阶段 | NA | 全基因组重测序, 多组学整合分析 | NA | NA |
| 10583 | 2025-10-07 |
Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.01.631041
PMID:40060433
|
研究论文 | 开发了TOGGLE方法和图扩散功能图谱，用于在单细胞水平识别同一细胞类型内的功能异质性和细胞命运轨迹 | 利用高分辨率分析方法揭示细胞水平的功能多样性，开发创新的图扩散功能图谱能显著降低噪音并捕捉高维数据中更细微的功能差异 | NA | 克服同一细胞类型内因基因表达相似性而难以区分功能状态和细胞命运轨迹的挑战 | 单细胞类型内的功能RNA和细胞命运 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 图扩散功能图谱 | 单细胞RNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10584 | 2025-10-07 |
Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis
2025-Mar-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57570-7
PMID:40155385
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示成纤维细胞亚型通过TNFR1信号通路在小鼠回肠炎中驱动空间特异性炎症的机制 | 首次发现不同成纤维细胞亚型在回肠炎不同解剖部位（固有层和粘膜下层）分别调控炎症起始和进展的空间分工机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探究成纤维细胞亚型在克罗恩病样回肠炎发病机制中的空间特异性作用 | TNF过表达小鼠模型的回肠组织细胞 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠回肠组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10585 | 2025-10-07 |
Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments
2025-Mar-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07512-2
PMID:40155473
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示胃癌微环境中TREM2+巨噬细胞与癌症相关成纤维细胞通过CXCL12-CXCR4信号轴的相互作用机制 | 首次阐明CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2脂质相关巨噬细胞免疫抑制功能的具体机制 | NA | 解析胃癌微环境中细胞间相互作用机制及其对肿瘤进展的影响 | 胃癌微环境中的TREM2脂质相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA分析, 体外实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10586 | 2025-10-07 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫反应特征 | 首次发现MTBVAC疫苗能特异性激活具有细胞毒性的γδ T细胞和产生IFNγ的CD4淋巴细胞，这些细胞表型与结核感染控制者中的效应细胞相似 | 研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果；体外实验可能无法完全反映体内免疫应答 | 评估MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫应答特征 | MTBVAC疫苗激发的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10587 | 2025-10-07 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2025-Mar-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01452-6
PMID:40156071
|
研究论文 | 本研究探讨了胰腺腺泡-导管化生(ADM)过渡状态中DNA甲基化记忆的形成及其在KRAS下游信号通路中的作用 | 首次发现在无致癌突变情况下，ADM过渡状态会形成持久的DNA甲基化记忆，影响PI3K和Rho GTPase信号通路 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究ADM过渡状态中表观遗传记忆的获得和保留机制 | 转基因小鼠KLF4诱导的ADM模型和人类胰腺上皮内瘤变(PanIN)样本 | 表观遗传学 | 胰腺癌 | DNA甲基化组测序，转录组测序，单细胞空间转录组学 | NA | DNA甲基化数据，基因表达数据 | 转基因小鼠模型和人类PanIN样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 10588 | 2025-10-07 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
|
研究论文 | 本研究探讨了TNFR1介导的衰老和TNFR2信号缺失如何限制人椎间盘细胞在退变条件下的修复潜力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示椎间盘退变中TNFR1和TNFR2的表达模式，并证明TNFR1主导的代谢损伤和衰老反应 | TNFR2在天然椎间盘细胞膜上表达有限，其调节对细胞无影响，可能限制了治疗策略的开发 | 识别疼痛性椎间盘退变进展的机制和治疗靶点，重点关注促炎性TNFR1和促修复性TNFR2信号 | 椎间盘退变患者和尸检对象的椎间盘组织和细胞，特别是人纤维环细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 多重蛋白阵列, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 基因表达数据 | 椎间盘退变和尸检对象的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10589 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫-基质微环境特征 | 首次提供了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间定位图谱，发现了与癌症相关和无关的DM皮肤病变中不同的免疫细胞浸润模式 | NA | 研究成人皮肌炎中免疫-基质微环境特征及其与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10590 | 2025-10-07 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
|
研究论文 | 本研究通过分析流感感染肺部，揭示了屏障器官采用空间分层策略来感知威胁并调整免疫反应 | 发现屏障器官采用组织尺度的分层威胁感知策略，通过空间梯度模式识别受体表达实现细胞类型特异性威胁检测概率 | 研究主要聚焦于肺部流感感染模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型 | 探索屏障器官如何评估威胁并平衡宿主保护与组织损伤 | 流感感染的小鼠肺部组织 | 空间转录组学 | 流感感染 | 单分子成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10591 | 2025-10-07 |
Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643349
PMID:40166228
|
研究论文 | 通过可解释机器学习分析单细胞多组学数据，揭示阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱 | 开发了多组学整合分析流程，首次在细胞亚群分辨率上系统揭示AD中胶质细胞特异性调控程序紊乱，发现SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的深度参与 | 样本量相对有限（26个人脑样本），研究聚焦于胶质细胞而未全面涵盖所有脑细胞类型 | 研究阿尔茨海默病的细胞和分子机制，特别关注胶质细胞的基因调控程序 | 人类脑组织样本中的胶质细胞亚群 | 生物信息学, 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学整合分析 | 可解释机器学习 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 26个人脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 10592 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells
2025-Mar-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000662
PMID:40008906
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组分析揭示人类肝脏祖细胞的异质性 | 首次在人类肝脏中系统揭示LPC的异质性，发现3个LPC亚群和4个细胞模块，并比较了与小鼠的标记表达差异 | LPC在合并上皮细胞中占比较低(2.95±1.91%)，未来需要更多关注空间基因表达动态 | 研究人类肝脏祖细胞的异质性和功能状态 | 人类肝脏祖细胞(LPCs) | 空间转录组学 | 肝病 | 单细胞测序, 空间转录组测序 | 细胞模块分析, 分化轨迹分析, 基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 259,400个单细胞，涵盖胎儿、健康、肝硬化和肝癌4种肝脏状态 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10593 | 2025-10-07 |
Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data
2025-Mar, Schizophrenia research
IF:3.6Q1
DOI:10.1016/j.schres.2025.02.008
PMID:40036903
|
研究论文 | 本研究通过单细胞疾病相关评分算法，在多组学水平上识别了精神分裂症的细胞/组织特异性关联 | 首次在多组学尺度上应用单细胞疾病相关评分算法，识别出精神分裂症相关的特定脑细胞亚群和组织异质性 | 样本量相对较小（SCUBE3阳性细胞59个，FN1阳性细胞21个），部分关联仅为提示性水平 | 探索精神分裂症的细胞起源和组织异质性，为疾病病因学研究提供新见解 | 人脑单细胞RNA测序数据及多组学面板（ATAC-seq、RNA-seq、TWAS、GWAS） | 生物信息学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序，多组学整合分析，scDRS算法 | scDRS（单细胞疾病相关评分算法） | 单细胞RNA测序数据，多组学数据 | 鉴定出SCUBE3阳性细胞59个（7.0%），FN1阳性细胞21个（2.5%） | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq | NA | NA |
| 10594 | 2025-10-07 |
Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis
2025-01-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85799-1
PMID:39789158
|
研究论文 | 通过结合机器学习和单细胞测序技术识别脓毒症中的关键免疫基因 | 整合多种拓扑分析算法和机器学习方法识别关键基因，并首次通过单细胞测序验证这些基因在免疫细胞中的表达 | 样本量较小（脓毒症患者23例，健康对照10例） | 识别脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA测序，单细胞测序，qPCR | 随机森林，LASSO回归，SVM，XGBoost，逻辑回归，AdaBoost，KNN | RNA测序数据，单细胞测序数据 | 脓毒症患者23例，健康对照10例 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 10595 | 2025-10-07 |
Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study
2025-01-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85255-0
PMID:39789044
|
研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次采用整合方法系统研究LIMCH1在乳腺癌中的双重作用，并开发了包含LIMCH1表达的可预测总生存率的列线图 | 回顾性研究设计，需要前瞻性验证 | 探讨LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学作用机制 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析，免疫组化(IHC)，单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 列线图(nomogram) | 基因表达数据，临床病理数据，单细胞测序数据 | TCGA队列和临床IHC队列 | NA | 单细胞RNA测序，免疫组化 | NA | NA |
| 10596 | 2025-10-07 |
Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis
2025-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85664-1
PMID:39779799
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示血浆代谢物与甲亢免疫细胞的遗传关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞eQTL分析，发现百里酚硫酸盐通过PTK2B遗传变异介导CD8+NKT细胞演化影响甲亢发病的新机制 | 研究基于欧洲人群数据，结果在其他种族的普适性需验证；部分关联的生物学机制仍需实验证实 | 探究免疫细胞表型、甲亢与血浆代谢物之间的因果关系及中介机制 | 免疫细胞表型、甲亢患者、血浆代谢物 | 生物信息学 | 甲亢 | 孟德尔随机化, GWAS, 单细胞eQTL分析, 共定位分析 | MR-Egger, MR-PRESSO, 逆方差加权 | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 免疫细胞表型: 18,622例; 甲亢: 3,731病例/480,867对照; 代谢物: 115,078例 | UK Biobank | 全基因组关联分析, 单细胞转录组 | NA | NA |
| 10597 | 2025-10-07 |
Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.12055
PMID:39691872
|
研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据揭示骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯机制 | 首次整合15个公共单细胞RNA测序数据集，系统分析393种小鼠细胞因子在骨骼肌再生中的动态表达谱和细胞间通讯网络 | 仅分析早期再生时间点（0、2、5、7天），未涵盖完整再生过程；基于转录组数据推断细胞通讯，需实验验证 | 解析骨骼肌再生过程中细胞因子介导的细胞间通讯机制 | 小鼠骨骼肌再生过程中的各种细胞类型 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤修复 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 整合15个公共scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10598 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis
2024-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01689-8
PMID:38514783
|
研究论文 | 开发了一种名为SCARlink的单细胞多组学回归模型，用于预测基因表达并将增强子与靶基因关联 | 使用正则化泊松回归对瓦片水平可及性数据进行建模，避免了传统基因-峰相关性分析和峰值调用的限制 | NA | 建立基因水平调控模型，识别功能性增强子并分析染色质潜能 | 单细胞多组学测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学测序 | 正则化泊松回归 | 基因组可及性数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 10599 | 2025-10-07 |
EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development
2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023
PMID:38176908
|
研究论文 | 本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育过程中对毛细胞和支持细胞数量的调控作用 | 首次发现EBF1通过抑制前感觉域和Kölliker器细胞的增殖来调控内耳细胞数量，并参与螺旋缘和鼓阶的形成 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 阐明EBF1在内耳发育过程中的功能机制 | 小鼠内耳组织 | 发育生物学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织形态学数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10600 | 2025-10-07 |
Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer
2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
DOI:10.20517/evcna.2024.58
PMID:39811732
|
研究论文 | 本研究首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于追踪胰腺导管腺癌模型中肿瘤来源细胞外囊泡的摄取和功能 | 首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术相结合，能够在不干扰EV生物发生或表型的情况下特异性识别单个EV受体细胞 | NA | 研究肿瘤来源细胞外囊泡在受体非恶性细胞中的摄取和功能 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | Cre-LoxP重组系统，单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |