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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10581 | 2025-10-07 |
Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03935-8
PMID:39891774
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了立体定向消融放疗(SABR)联合免疫治疗对早期非小细胞肺癌患者系统性T细胞反应的影响 | 首次在单细胞分辨率下比较了单纯SABR与联合免疫治疗对系统性T细胞反应的差异,发现两者诱导相反的T细胞反应模式 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探究SABR联合免疫治疗对早期非小细胞肺癌患者系统性T细胞反应的影响机制 | 早期非小细胞肺癌患者的外周血T细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 流式细胞术, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据, 流式细胞数据 | 7例早期非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, T细胞受体测序 | NA | NA |
10582 | 2025-10-07 |
Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142
PMID:40018519
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研究论文 | 通过多组学分析揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的线粒体标志物和少突胶质细胞通路 | 识别出四个跨疾病的线粒体标志物(EFHD1, SASH1, FAM110B, SLC25A18),并发现少突胶质细胞通过APP信号通路参与疾病进展 | 当前研究缺乏有效代表AD和GBM中线粒体动力学的细胞特异性标志物 | 识别与线粒体功能障碍相关的细胞特异性标志物,探索AD和GBM的共同分子机制 | 阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序,DNA甲基化分析,机器学习 | 10种机器学习算法 | 单细胞转录组数据,甲基化数据,基因表达数据 | 来自ROSMAP, ADNI, TCGA和CGGA队列的AD和GBM患者样本 | NA | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
10583 | 2025-10-07 |
Cytotoxic KLRG1+ IL-7R- effector CD8+ T cells distinguish kidney transplant recipients controlling cytomegalovirus reactivation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1542531
PMID:40028342
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肾移植受者控制巨细胞病毒再激活的CD8+ T细胞特征 | 首次发现CD28lo KLRG1hi IL-7Rlo HLA-DRhi CD8+ T细胞可作为区分CMV再激活患者的关键标志物 | 样本量较小(8例单细胞测序),需要在更大队列中验证 | 研究肾移植受者CD8+ T细胞对巨细胞病毒免疫反应的转录调控机制 | 肾移植受者(KTRs)的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 巨细胞病毒感染 | 单细胞RNA测序,免疫表型分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 | 8例肾移植受者(单细胞测序),62例肾移植受者(验证队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10584 | 2025-10-07 |
Single-cell dual-omics reveals translational and transcriptional landscapes and regulations in oocytes from ovarian endometriosis patients
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1534648
PMID:40034233
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研究论文 | 本研究通过单细胞双组学测序揭示了卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞的翻译组和转录组特征 | 首次对卵巢子宫内膜异位症患者GV期卵母细胞进行单细胞转录组和翻译组联合分析,发现2480个差异表达基因 | 样本来源仅限于特定类型的不孕患者,未涉及其他类型的子宫内膜异位症 | 探究卵巢子宫内膜异位症导致卵母细胞质量下降的分子机制 | 卵巢子宫内膜异位症患者和因输卵管或男性因素不孕的对照者的卵母细胞 | 单细胞组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞转录组测序, 单细胞翻译组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 卵巢子宫内膜异位症患者和对照组的不孕患者卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞翻译组测序 | NA | NA |
10585 | 2025-10-07 |
An integrated transcriptomic analysis unveils the regulatory roles of RNA binding proteins during human spermatogenesis
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1522394
PMID:40034235
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研究论文 | 通过整合转录组分析揭示RNA结合蛋白在人类精子发生过程中的调控作用 | 首次系统揭示RBP在睾丸发育和精子发生过程中的动态表达模式,并发现RPL10、RPL39和SETX作为非梗阻性无精子症的潜在诊断生物标志物 | 基于已发表的测序数据进行分析,缺乏实验验证 | 研究RNA结合蛋白在人类睾丸发育和精子发生过程中的调控机制 | 人类睾丸发育和精子发生过程中的各种细胞类型,非梗阻性无精子症患者 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10586 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives
2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1177/23523735251322017
PMID:40034247
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综述 | 综述膀胱癌研究中单细胞RNA测序和空间转录组技术的应用现状与未来展望 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组技术解析膀胱癌异质性和肿瘤微环境 | 存在技术限制和临床应用可及性等挑战 | 探讨单细胞和空间技术在膀胱疾病研究中的应用价值 | 膀胱疾病相关研究文献 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
10587 | 2025-10-07 |
The role of macrophages in liver metastasis: mechanisms and therapeutic prospects
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1542197
PMID:40034694
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综述 | 本文综述了巨噬细胞在肿瘤微环境中促进肝癌转移的机制及其治疗前景 | 系统阐述了巨噬细胞在肝转移微环境中的多重调控机制,特别关注了单细胞测序技术带来的新见解 | NA | 探讨巨噬细胞在肝转移中的作用机制及潜在治疗靶点 | 巨噬细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞、肝转移肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝癌转移 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10588 | 2025-10-07 |
WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1553352
PMID:40034748
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络的细胞类型自动注释方法WCSGNet,利用加权细胞特异性网络改进单细胞RNA测序数据分析 | 首次使用加权细胞特异性网络(WCSNs)来捕获单个细胞内的独特基因相互作用模式,克服了现有方法忽略细胞特异性基因关联网络的局限性 | 未明确说明方法在超大型数据集上的可扩展性以及在噪声数据下的鲁棒性 | 开发更准确的单细胞RNA测序数据细胞类型自动注释方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10589 | 2025-10-07 |
Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations
2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024
PMID:39122556
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示下丘脑食欲素神经元亚群的进化分歧和功能异质性 | 首次在斑马鱼中鉴定出21种谷氨酸能和28种GABA能细胞类型,发现食欲素神经元存在功能异质性,并揭示跨物种保守和分歧的下丘脑细胞类型 | 研究主要聚焦于斑马鱼和小鼠的比较,可能不适用于所有脊椎动物物种 | 探究下丘脑食欲素神经元的功能异质性和进化分歧 | 成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区神经元 | 单细胞生物学 | 睡眠障碍 | 单细胞RNA测序, 高分辨率成像 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 斑马鱼下丘脑神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10590 | 2025-10-07 |
HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122
PMID:40039180
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研究论文 | 提出一种基于超维度计算的新方法,用于提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类准确性 | 首次将超维度计算应用于单细胞RNA测序数据分析,通过QuantHD方法进行高维超向量编码和迭代训练 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 超维度计算, QuantHD | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10591 | 2025-10-07 |
Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma
2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.25757
PMID:38047487
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研究论文 | 本研究构建并验证了一个新型NAD+代谢相关风险模型,用于骨肉瘤的预后预测 | 首次将NAD+代谢相关基因与肿瘤免疫微环境联系起来,构建了骨肉瘤预后风险模型,并通过体外实验验证了CBS和INPP1基因通过TGF-β1/Smad2/3通路促进骨肉瘤细胞迁移、增殖和侵袭的机制 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步临床样本验证 | 探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联 | 骨肉瘤患者数据和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 细胞迁移侵袭实验 | Cox风险比例模型, Lasso回归模型, 诺莫图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10592 | 2025-10-07 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据构建了基于表观遗传特征的胰腺导管腺癌预后预测模型 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示PDAC表观遗传调控全景,并构建了优于现有模型的机器学习预后预测模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性临床研究验证 | 探索表观遗传调控在胰腺导管腺癌进展和药物反应中的作用并建立预后预测模型 | 胰腺导管腺癌患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | Lasso, 随机生存森林 | 基因表达数据, 临床数据 | 多个公共数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
10593 | 2025-10-07 |
Construction of a circRNA- lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network identifies genes and pathways linked to goat fertility
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1195480
PMID:37547465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术构建了山羊颗粒细胞中ceRNA调控网络,揭示了与山羊繁殖力相关的关键基因和通路 | 首次在山羊中整合circRNA、lincRNA、lncRNA、miRNA和mRNA构建ceRNA调控网络,鉴定出18个与繁殖力相关的枢纽基因 | 研究依赖于公开可用的单细胞RNA测序数据,样本量相对有限,需要进一步实验验证 | 探究高繁殖力和低繁殖力山羊颗粒细胞的转录组差异,构建ceRNA调控网络 | 济宁青山羊的颗粒细胞(15只高繁殖力,15只低繁殖力) | 生物信息学 | 繁殖障碍 | 单细胞RNA测序,功能富集分析,文献挖掘 | ceRNA调控网络,基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据 | 30个样本(15高繁殖力,15低繁殖力) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10594 | 2025-10-07 |
Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898
PMID:36007098
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨腱鞘巨细胞瘤中细胞间的相互作用机制 | 首次在单细胞水平识别TGCT中两种与正常滑膜细胞高度相似的肿瘤细胞群体,发现GFPT2可作为肿瘤细胞标志物,并证实肿瘤细胞不表达CSF1R | 样本量较小(仅3例TGCT和2例GCTB样本),需要更大规模研究验证发现 | 研究CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤中细胞相互作用机制 | 腱鞘巨细胞瘤和骨巨细胞瘤样本 | 单细胞基因组学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 长读长RNA测序, 免疫荧光, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据 | 18,788个单细胞(来自3例TGCT和2例GCTB样本) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10595 | 2025-10-07 |
Gbp2 driving macrophages dynamics in murine heart transplant
2025-Apr, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2024.102695
PMID:39709712
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析鉴定出Gbp2是驱动心脏移植排斥过程中巨噬细胞动态变化的关键基因 | 首次发现Gbp2在心脏移植急性排斥过程中调控巨噬细胞极化的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 鉴定心脏移植排斥过程中巨噬细胞动态变化的关键基因并评估其对巨噬细胞极化的影响 | 小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞 | 生物信息学 | 器官移植排斥 | 单细胞测序, 伪时序分析, hdWGCNA | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠心脏移植模型数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10596 | 2025-10-07 |
Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos
2025-Apr, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402956
PMID:39909558
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研究论文 | 本研究揭示RNA结合蛋白Trim71通过调控中胚层先驱转录因子Eomes的表达,在胚胎原肠胚形成阶段建立器官发生正常发育框架的重要机制 | 首次发现Trim71通过NHL结构域直接抑制Eomes mRNA,建立了这两种重要调控基因之间的功能联系 | 内皮细胞条件性敲除未诱导明显缺陷,表明Trim71在内皮细胞及其前体细胞中的表达对胚胎存活并非必需 | 探究Trim71在胚胎发育过程中对基因表达的调控机制 | Trim71基因敲除小鼠胚胎 | 发育生物学 | 胚胎发育缺陷 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | E7.5阶段全局敲除胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10597 | 2025-10-07 |
A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873
PMID:39999493
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研究论文 | 提出一种基于特征感知图粗化的新型方法FACH,用于可扩展的单细胞数据分析 | 首次将局部敏感哈希技术整合到图粗化过程中,实现高效的单细胞数据分析 | NA | 解决单细胞数据大规模图表示的计算挑战 | 单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 图神经网络 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
10598 | 2025-10-07 |
Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880
PMID:39999494
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研究论文 | 提出一种整合基因表达和基因间相互作用的新型单细胞RNA测序嵌入方法 | 通过构建细胞-叶图(CLG)和K近邻图(KNNG)的融合图结构,首次将数据驱动的基因间相互作用整合到单细胞嵌入中 | 未明确说明方法对特定细胞类型或组织的适用性限制 | 开发更全面的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10599 | 2025-10-07 |
X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787
PMID:39946788
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研究论文 | 提出一种基于单细胞转录组数据的可解释深度学习模型X-scPAE,用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因 | 结合PCA降维、自编码器特征提取、注意力机制和反事实梯度归因算法,构建可解释的深度学习模型 | NA | 准确预测细胞谱系分配并识别谱系间基因表达差异 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 胚胎发育疾病 | 单细胞RNA测序 | 自编码器, 注意力机制, 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10600 | 2025-10-07 |
Profiling Multiple CD8+ T-cell Functional Dimensions Enhances Breast Cancer Immune Assessment
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0235
PMID:39715293
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研究论文 | 开发基于bulk RNA测序的FuncDimen模型评估CD8+ T细胞多功能维度,提升乳腺癌免疫评估 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据开发多维度功能评估模型,克服传统CD8+ T细胞丰度评估的局限性 | 临床应用中单细胞RNA测序技术存在限制 | 提升乳腺癌抗肿瘤免疫力评估和免疫治疗反应预测 | 乳腺癌患者CD8+ T细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 免疫荧光, 成像质谱流式 | FuncDimen模型, FuncAggre评分模型 | RNA测序数据, 免疫组化数据 | 乳腺癌队列和外部数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |