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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10581 | 2025-10-07 |
Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies
2025-Mar-01, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01890-z
PMID:40025304
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,探索肿瘤浸润免疫细胞在透明细胞肾细胞癌中介导免疫耐药性的机制 | 构建了基于肿瘤浸润免疫细胞相关RNA的预后模型,在预测性能上优于53个已发表模型,并揭示了免疫代谢重编程与基因组改变的关联 | 研究依赖于回顾性队列数据,需要前瞻性临床验证 | 探索ccRCC中肿瘤浸润免疫细胞介导的耐药机制及其预后和治疗意义 | 透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 多个队列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10582 | 2025-10-07 |
Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing
2025-Mar-01, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03709-x
PMID:40025479
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析食管鳞癌新辅助放化疗后肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞与预后的关联 | 首次在单细胞水平系统表征NCRT后ESCC微环境中CAF亚型,并建立基于myCAFs标记基因的预后模型 | 需要进一步研究验证发现结果并探索其临床意义 | 研究新辅助放化疗对食管鳞癌微环境的影响 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)患者样本 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | 预后特征模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10583 | 2025-10-07 |
Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer
2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938
PMID:40034256
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研究论文 | 通过整合CRISPR筛选和单细胞测序数据,识别结直肠癌中的必需编码基因和长非编码基因,并进行多组学分析 | 首次在单细胞水平系统识别结直肠癌必需基因,结合多组学数据揭示其在肿瘤微环境中的调控网络 | 研究主要基于细胞系数据,在体验证仍需进一步完善 | 识别结直肠癌中的必需基因并探索其作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌细胞系和组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序, 多组学分析 | 超几何检验, 个性化PageRank算法 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | 8个全基因组CRISPR数据集和结直肠癌组织单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选 | NA | NA |
10584 | 2025-10-07 |
ETVs dictate hPSC differentiation by tuning biophysical properties
2025-Feb-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56591-6
PMID:40011454
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研究论文 | 本研究揭示了ETV转录因子通过调控细胞生物物理特性决定人类多能干细胞分化的机制 | 首次确立ETV转录因子作为细胞生物物理特性和谱系分化的关键调控因子 | 研究主要基于体外模型,体内验证尚需进一步研究 | 探索转录网络如何调控细胞生物物理特性及其在干细胞分化中的作用 | 人类多能干细胞(hPSCs)、类原肠胚和胰腺分化模型 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10585 | 2025-10-07 |
Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation
2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637731
PMID:39990448
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研究论文 | 通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析研究microRNA通过自我反馈调控降低基因表达噪声的机制 | 首次同时分析mRNA降解和表达噪声,并发现通过mRNA降解的自我反馈控制实现噪声降低 | NA | 研究microRNA介导的基因表达噪声降低机制及其与代谢消耗的平衡 | miRNA靶向的mRNAs和miRISC mRNAs(AGO1/2/3和TNRC6A/B/C) | 系统生物学 | NA | 数学建模,单细胞RNA测序 | 负自我反馈环路模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 全RNA单细胞RNA-seq |
10586 | 2025-10-07 |
Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains
2025-Feb-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278983.124
PMID:39909714
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研究论文 | 提出一种名为核边界聚类(KBC)的新聚类算法,用于空间转录组学数据分析 | 首次使用分布核来招募聚类成员,能够发现不同密度、大小和形状的聚类,并且是线性时间复杂度的聚类算法 | NA | 开发能够有效处理大规模空间转录组数据集的快速聚类方法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 核边界聚类(KBC) | 基因表达谱和空间信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10587 | 2025-10-07 |
Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768
PMID:39914389
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研究论文 | 本研究通过构建CHD8单倍体不足小鼠模型,利用单细胞转录组技术探索了肠道微生物群-肠-脑轴在自闭症谱系障碍中的作用机制 | 首次在单细胞分辨率下构建了ASD相关神经和肠道变化的转录组图谱,并发现乳酸杆菌干预可选择性挽救社交缺陷 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索肠道微生物群通过肠-脑轴对神经系统的影响机制 | 野生型和CHD8单倍体不足突变小鼠的脑组织和肠道组织 | 单细胞转录组学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的脑和肠道组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10588 | 2025-10-07 |
STMiner: Gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100771
PMID:39947134
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研究论文 | 提出一种名为STMiner的空间转录组学分析方法,通过直接分析基因空间分布来解读肿瘤组织 | 利用2D高斯混合模型和最优传输理论直接表征基因的空间分布,而非基于细胞捕获位点的分析方法 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 解决肿瘤组织空间转录组数据分析中的挑战,包括区域边界不清、细胞密度不均和细胞异质性高等问题 | 肿瘤组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 2D高斯混合模型, 最优传输理论 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10589 | 2025-10-07 |
Characterization of canine tumor-infiltrating leukocyte transcriptomic signatures reveals conserved expression patterns with human osteosarcoma
2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-03950-3
PMID:39932553
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析犬类骨肉瘤中肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征,并与人类骨肉瘤进行比较研究 | 首次在犬类骨肉瘤模型中系统分析肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征,并揭示与人类骨肉瘤的保守表达模式 | 使用公开可用的单细胞RNA测序数据,样本来源有限;存在物种特异性差异 | 研究骨肉瘤肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响,并进行跨物种比较 | 犬类骨肉瘤肿瘤浸润免疫细胞和循环白细胞 | 单细胞转录组学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 计算分析、差异表达分析 | 单细胞转录组数据 | 公开可用的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10590 | 2025-10-07 |
Neutrophil-induced pyroptosis promotes survival in patients with hepatoblastoma
2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03922-z
PMID:39932547
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研究论文 | 本研究通过构建中性粒细胞诱导焦亡评分系统,揭示了其在肝母细胞瘤预后预测中的价值 | 首次构建基于ELANE、CASP1和NOD2基因的中性粒细胞诱导焦亡评分系统,并发现其与肝母细胞瘤良好预后正相关 | 样本量较小(仅38例患者),需要更大规模研究验证 | 探索中性粒细胞诱导焦亡与肝母细胞瘤预后的关系 | 肝母细胞瘤患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 肝母细胞瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫组化 | LASSO回归 | 基因表达数据,单细胞数据 | 38例肝母细胞瘤患者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
10591 | 2025-10-07 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
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研究论文 | 通过深度表征人类皮肤中单个黑素细胞的克隆扩增,揭示了黑素细胞亚群在突变负荷、基因表达和空间分布上的差异 | 首次发现即使在阳光损伤皮肤中仍存在低突变负荷的黑素细胞亚群,并揭示了其在毛囊中的空间分布特征 | 样本量相对有限(31名供体的297个黑素细胞),空间分布推断基于基因表达谱而非直接观测 | 了解黑素细胞的稳态调控机制 | 人类皮肤黑素细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据、突变数据、形态特征数据 | 31名供体的297个黑素细胞 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium单细胞空间转录组平台 |
10592 | 2025-10-07 |
Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing
2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.2.64
PMID:39998459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析鉴定Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中的关键受体 | 首次在糖尿病角膜中通过单细胞RNA测序发现ROR2启动子低甲基化导致其蛋白表达增加,并证实ROR2是Wnt-5a介导伤口愈合的主要受体 | 研究样本来源于死后供体眼睛,可能无法完全反映活体情况;仅使用体外细胞模型验证功能 | 确定介导Wnt-5a刺激糖尿病角膜上皮伤口愈合的Wnt受体 | 人角膜缘上皮细胞(来自糖尿病和非糖尿病供体) | 生物医学研究 | 糖尿病角膜病变 | 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析, qRT-PCR, western blot, 免疫染色, siRNA转染 | 体外细胞伤口愈合模型 | 基因表达数据, 甲基化数据, 蛋白质表达数据 | 来自糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10593 | 2025-10-07 |
ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03930-z
PMID:39891675
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研究论文 | 本研究探讨ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞促炎活性中的作用 | 首次揭示ANKRD22在M1型肿瘤相关巨噬细胞中的表达特征及其对巨噬细胞亚型分布的调控作用 | ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用机制仍需进一步阐明 | 阐明ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能调控中的作用 | 结肠癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,皮下异种移植实验 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 结肠癌患者组织样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
10594 | 2025-10-07 |
Elevated SAMD3 expression in T cells predicts improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma patients
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-03948-x
PMID:39891760
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现T细胞中SAMD3高表达与胰腺导管腺癌患者生存改善相关 | 首次发现SAMD3在细胞毒性CD8+ T细胞中的表达特征及其与T细胞功能和患者预后的关联 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证SAMD3的预后价值 | 探究SAMD3在PDAC肿瘤微环境中T细胞的功能作用及临床意义 | 胰腺导管腺癌患者样本和肿瘤特异性OT-I/卵清蛋白小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫组织化学图像 | 人类PDAC样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10595 | 2025-10-07 |
Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03935-8
PMID:39891774
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了立体定向消融放疗(SABR)联合免疫治疗对早期非小细胞肺癌患者系统性T细胞反应的影响 | 首次在单细胞分辨率下比较了单纯SABR与联合免疫治疗对系统性T细胞反应的差异,发现两者诱导相反的T细胞反应模式 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探究SABR联合免疫治疗对早期非小细胞肺癌患者系统性T细胞反应的影响机制 | 早期非小细胞肺癌患者的外周血T细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 流式细胞术, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据, 流式细胞数据 | 7例早期非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, T细胞受体测序 | NA | NA |
10596 | 2025-10-07 |
Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142
PMID:40018519
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研究论文 | 通过多组学分析揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的线粒体标志物和少突胶质细胞通路 | 识别出四个跨疾病的线粒体标志物(EFHD1, SASH1, FAM110B, SLC25A18),并发现少突胶质细胞通过APP信号通路参与疾病进展 | 当前研究缺乏有效代表AD和GBM中线粒体动力学的细胞特异性标志物 | 识别与线粒体功能障碍相关的细胞特异性标志物,探索AD和GBM的共同分子机制 | 阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序,DNA甲基化分析,机器学习 | 10种机器学习算法 | 单细胞转录组数据,甲基化数据,基因表达数据 | 来自ROSMAP, ADNI, TCGA和CGGA队列的AD和GBM患者样本 | NA | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
10597 | 2025-10-07 |
Cytotoxic KLRG1+ IL-7R- effector CD8+ T cells distinguish kidney transplant recipients controlling cytomegalovirus reactivation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1542531
PMID:40028342
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肾移植受者控制巨细胞病毒再激活的CD8+ T细胞特征 | 首次发现CD28lo KLRG1hi IL-7Rlo HLA-DRhi CD8+ T细胞可作为区分CMV再激活患者的关键标志物 | 样本量较小(8例单细胞测序),需要在更大队列中验证 | 研究肾移植受者CD8+ T细胞对巨细胞病毒免疫反应的转录调控机制 | 肾移植受者(KTRs)的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 巨细胞病毒感染 | 单细胞RNA测序,免疫表型分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 | 8例肾移植受者(单细胞测序),62例肾移植受者(验证队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10598 | 2025-10-07 |
Single-cell dual-omics reveals translational and transcriptional landscapes and regulations in oocytes from ovarian endometriosis patients
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1534648
PMID:40034233
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研究论文 | 本研究通过单细胞双组学测序揭示了卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞的翻译组和转录组特征 | 首次对卵巢子宫内膜异位症患者GV期卵母细胞进行单细胞转录组和翻译组联合分析,发现2480个差异表达基因 | 样本来源仅限于特定类型的不孕患者,未涉及其他类型的子宫内膜异位症 | 探究卵巢子宫内膜异位症导致卵母细胞质量下降的分子机制 | 卵巢子宫内膜异位症患者和因输卵管或男性因素不孕的对照者的卵母细胞 | 单细胞组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞转录组测序, 单细胞翻译组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 卵巢子宫内膜异位症患者和对照组的不孕患者卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞翻译组测序 | NA | NA |
10599 | 2025-10-07 |
An integrated transcriptomic analysis unveils the regulatory roles of RNA binding proteins during human spermatogenesis
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1522394
PMID:40034235
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研究论文 | 通过整合转录组分析揭示RNA结合蛋白在人类精子发生过程中的调控作用 | 首次系统揭示RBP在睾丸发育和精子发生过程中的动态表达模式,并发现RPL10、RPL39和SETX作为非梗阻性无精子症的潜在诊断生物标志物 | 基于已发表的测序数据进行分析,缺乏实验验证 | 研究RNA结合蛋白在人类睾丸发育和精子发生过程中的调控机制 | 人类睾丸发育和精子发生过程中的各种细胞类型,非梗阻性无精子症患者 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10600 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives
2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1177/23523735251322017
PMID:40034247
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综述 | 综述膀胱癌研究中单细胞RNA测序和空间转录组技术的应用现状与未来展望 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组技术解析膀胱癌异质性和肿瘤微环境 | 存在技术限制和临床应用可及性等挑战 | 探讨单细胞和空间技术在膀胱疾病研究中的应用价值 | 膀胱疾病相关研究文献 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |