单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-07-21	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面绘制了人类颈动脉粥样硬化的高维多组学细胞图谱，并鉴定了25个具有独特多组学特征的细胞亚群	样本量相对较小（n=21），且主要关注颈动脉粥样硬化，结果可能不适用于其他血管床的病变	全面解析人类颈动脉粥样硬化的细胞组成特征及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的各类细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组和表位测序（CITE-seq）	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉粥样硬化斑块样本（13例有症状）
1042	2025-07-21	Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.22.586316 PMID:38585776	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，探讨了系统性硬化症（SSc）成纤维细胞在自组装人类皮肤等效物中的表观基因组失调机制	首次在单细胞分辨率下分析了SSc 3D皮肤样模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了FB1 APOE表达成纤维细胞在SSc组织中的富集及其与巨噬细胞的互作机制	研究仅使用了自组装皮肤等效物模型，未直接验证在患者体内的情况	探究系统性硬化症皮肤纤维化的分子机制	系统性硬化症患者和健康对照的成纤维细胞、巨噬细胞和血浆	数字病理学	系统性硬化症	scRNA-seq, scATAC-seq	3D皮肤等效物模型	单细胞转录组数据、表观基因组数据	使用SSc患者和健康对照供体的细胞
1043	2025-07-21	Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway 2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230124 PMID:38197946	研究论文	研究揭示了肌醇磷酸酶INPP4B在维持ILC1s和肿瘤内NK细胞中的作用及其通过AKT驱动的机制	首次发现INPP4B是组织驻留ILC1s和肿瘤内NK细胞的标志性特征，并揭示了其在抗肿瘤免疫中的关键作用	研究未涉及INPP4B在其他免疫细胞类型中的作用，也未探讨其在其他疾病模型中的潜在功能	探究INPP4B在ILC1s和NK细胞中的作用及其对抗肿瘤免疫的影响	组织驻留ILC1s和肿瘤内NK细胞	免疫学	肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了组织相关和循环NK/ILC1s的单细胞RNA测序图谱
1044	2025-07-21	Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989 PMID:38799448	研究论文	通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，研究发现视网膜小胶质细胞比脑小胶质细胞表达更多的MHC I类分子，并促进更强的T细胞驱动炎症	首次揭示了视网膜和脑小胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞炎症反应中的显著差异	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究视网膜和脑小胶质细胞在转录组水平和功能上的差异	小鼠视网膜和脑组织中的小胶质细胞	免疫学	病毒感染	scRNA-seq, 多参数流式细胞术	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	20只眼睛和3个脑组织的小鼠样本
1045	2025-07-21	Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1410353 PMID:39678375	研究论文	本研究通过梯度提升方法揭示了结肠癌中空间多样性的胆固醇基因特征	使用XGBoost模型结合胆固醇代谢基因提高了结肠癌患者风险分层的准确性，并发现重要基因在肿瘤微环境中的空间分布特征	研究基于TCGA数据库的样本，可能需要更多独立数据集验证	探索胆固醇代谢与结肠癌预后的关系并改进患者风险分层	结肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织样本	生物信息学	结肠癌	差异基因分析、KEGG通路分析、空间转录组学(ST)、免疫组织化学	Cox比例风险模型(CPH)、随机森林(RF)、Lasso回归(LR)、XGBoost	基因表达数据、空间转录组数据	TCGA结肠腺癌项目中的配对肿瘤和邻近正常样本
1046	2025-07-21	The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305 PMID:39872537	研究论文	本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性	首次揭示了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的染色质可及性特征，并阐明了孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和胎儿神经发育的潜在影响	研究样本仅来自无并发症的足月妊娠，可能无法完全反映其他妊娠条件下的免疫特征	阐明足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能特征，以及孕前肥胖对其的影响	人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	流式细胞术, scRNA-seq, CITE-seq, snATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	足月无并发症妊娠的绒毛组织样本
1047	2025-07-21	Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329 PMID:37823268	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞转录组成像技术，揭示了人类胸主动脉瘤(TAA)组织中罕见的平滑肌细胞(SMC)类型	首次在人类TAA样本中发现了一种空间分布独特的CARTPT表达SMC亚型，并揭示了其在男性TAA样本中的富集现象	研究样本量有限，且仅针对胸主动脉瘤这一特定疾病	探索人类胸主动脉瘤组织中平滑肌细胞的异质性及其与钙化的关系	人类胸主动脉瘤组织样本及性别匹配的对照样本	数字病理	心血管疾病	单分子空间转录组测序、免疫测定、组织染色	NA	单细胞转录组数据、图像数据	多个人类TAA样本及对照样本，每个样本捕获数千个细胞
1048	2025-07-21	Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad 2023-11-15, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad096 PMID:37561446	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析，定义了斑马鱼双潜能性腺中不同关键细胞类型的出现	首次描述了斑马鱼双潜能性腺中血管和淋巴管发育的并发过程，并发现性腺中的淋巴管内皮细胞可能来源于血管内皮细胞	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚需验证	阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现及其相互作用	斑马鱼幼虫的双潜能性腺	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、细胞成像数据	斑马鱼幼虫性腺样本（具体数量未明确说明）
1049	2025-07-21	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文对九种现有的单细胞多组学数据整合方法进行了基准测试，评估了多组学数据在分析单模态数据中的指导作用以及这些方法从单模态数据中发现峰-基因关联的能力	首次系统地评估了多组学数据在单模态数据整合中的作用，并强调了多组学数据中足够数量的细胞核对于准确细胞类型注释的重要性	研究结果依赖于特定数据集，且未考虑所有可能的单细胞多组学整合方法	评估单细胞RNA测序和ATAC测序数据的联合整合算法，以提高细胞类型和状态注释的准确性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种数据集
1050	2025-07-21	The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296700 PMID:37873287	研究论文	本研究探讨了改进的样本处理工作流程对基于深度学习的空间转录组学评估的影响	提出了一种改进的样本处理工作流程，结合Visium CytAssist检测的灵活性，实现了自动H&E染色、高分辨率全玻片成像以及多患者组织切片的多重分析	研究仅基于13例pT3期结直肠癌患者的小样本队列，且深度学习方法在空间转录组学中的应用仍面临高昂成本	提升空间转录组学工作流程的可靠性、分辨率和可扩展性，以更好地理解肿瘤生物学和改善临床结果	结直肠癌患者的组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学、Visium CytAssist检测	Inceptionv3	图像、基因表达数据	13例pT3期结直肠癌患者
1051	2025-07-21	Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296701 PMID:37873186	研究论文	本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据，从结肠癌患者的全切片图像中推断空间mRNA表达模式的可行性	开发了一种细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，提高了空间分子分析的分辨率	初步结果需要严格的验证，包括与病理学家合作精确识别不同细胞类型，并使用更复杂的检测方法如Xenium以获得更深层次的亚细胞见解	研究结肠癌肿瘤异质性	pT3期结直肠癌患者的全切片图像	数字病理学	结肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	细胞图神经网络	图像，转录组数据	NA
1052	2025-07-21	Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry 2023-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39895-3 PMID:37422469	研究论文	提出了一种名为CeLEry的监督深度学习算法，利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置	CeLEry算法通过变分自编码器进行数据增强，提高了方法的鲁棒性，能够克服scRNA-seq数据中的噪声，并能够推断细胞在多个层次上的空间起源	NA	解决单细胞RNA测序中细胞物理关系缺失的问题，恢复细胞的空间位置信息	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	监督深度学习算法, 变分自编码器	基因表达数据, 空间位置数据	多个数据集，包括脑组织和癌症组织
1053	2025-07-21	Mapping disease regulatory circuits at cell-type resolution from single-cell multiomics data 2023-Jul, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-023-00476-5 PMID:37974651	研究论文	本文提出了一种名为MAGICAL的层次贝叶斯方法，用于从单细胞多组学数据中解析疾病相关的转录因子、染色质位点和基因调控回路	MAGICAL方法通过同时建模跨细胞和条件的信号变异，实现了高精度的调控回路推断，并能够区分宿主对不同感染的调控回路响应	NA	理解疾病状态下染色质重塑相关的基因表达变化	外周血单核细胞单细胞数据，来自血流感染患者和未感染对照	生物信息学	败血症	单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序	层次贝叶斯模型	单细胞多组学数据	NA
1054	2025-07-21	A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction 2023-05, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019 PMID:36738840	研究论文	本研究评估了人类肝脏类器官（HLOs）在高通量药物性肝损伤（DILI）风险预测和器官芯片系统中的应用	利用人类肝脏类器官（HLOs）进行高通量DILI风险预测，并在器官芯片系统中验证其功能	研究仅使用了三个iPSC系衍生的HLOs，样本量有限	改进体外模型以预测DILI风险，考虑宿主遗传多样性和其他临床因素	人类肝脏类器官（HLOs）	数字病理学	药物性肝损伤（DILI）	单细胞转录组学、生化检测（白蛋白、ALT、AST）、显微镜形态分析	器官芯片系统	生化数据、显微镜图像、转录组数据	三个iPSC系衍生的HLOs
1055	2025-07-21	SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning 2023-04-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04761-x PMID:37029267	研究论文	提出了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型去卷积	结合基因表达、空间位置和组织学信息进行细胞类型去卷积，性能优于现有方法	NA	提高空间转录组学数据中细胞类型空间分布的推断精度	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	半监督学习	基因表达数据、空间位置数据、组织学图像	四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集
1056	2025-07-21	Characterization of Intestinal Mesenchymal Stromal Cells From Patients With Inflammatory Bowel Disease for Autologous Cell Therapy 2023-03-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad003 PMID:36869704	研究论文	本研究评估了炎症性肠病患者自体肠道间充质基质细胞（MSCs）的适应性和功能性，作为细胞治疗的潜在平台	研究发现IBD患者的MSCs具有正常的转录和免疫调节特性，且能够充分扩增，为自体细胞治疗提供了新的可能性	研究样本量较小（克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例），可能影响结果的普遍性	评估自体肠道MSCs在炎症性肠病治疗中的适用性	克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及对照组的肠道MSCs	细胞治疗	炎症性肠病	显微镜检查、流式细胞术、bulk和单细胞RNA测序、30-plex Luminex panel	NA	基因表达数据、细胞表型数据	克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例
1057	2025-07-21	Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice 2022-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159672 PMID:36519543	研究论文	本研究探讨了淋巴结中纤维网状细胞（FRCs）如何通过抗CD40L促进小鼠心脏移植耐受性	发现FRCs在抗CD40L诱导的移植耐受性中起关键作用，并开发了靶向淋巴结的纳米递送系统以增强抗CD40L效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究淋巴结在移植免疫耐受中的作用机制并开发新型免疫抑制策略	小鼠心脏移植模型和淋巴结微环境	移植免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序、纳米颗粒递送系统	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明数量的小鼠实验样本
1058	2025-07-21	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	提出了一种名为MuSiC2的迭代估计方法，用于在多临床条件下进行批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析	MuSiC2扩展了MuSiC方法，能够在批量RNA测序数据和单细胞RNA测序参考数据临床条件不同的情况下，更准确地估计细胞类型比例	需要至少一个临床条件与单细胞RNA测序参考数据不同，且依赖于参考数据的质量	提高在不同临床条件下批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析的准确性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	MuSiC2	RNA测序数据	两个批量RNA测序数据集（人类胰岛和人类视网膜）
1059	2025-07-21	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo结合了昼夜节律的领域知识，并量化了相位估计的不确定性，相比现有方法提供了更准确的相位估计	未提及具体的数据集或实验验证范围	解决单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位推断的准确性和不确定性量化问题	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
1060	2025-07-21	A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation 2022-Nov, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-022-00545-w PMID:36873621	研究论文	本文提出了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于整合CITE-seq和单细胞RNA-seq数据，预测细胞表面蛋白表达，并进行数据插补	sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据整合、蛋白表达预测和插补、预测和插补不确定性的量化，以及细胞类型标签从CITE-seq到scRNA-seq的转移	NA	克服CITE-seq和scRNA-seq数据整合中的计算挑战，提高数据利用率以揭示细胞群体异质性	CITE-seq和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	免疫相关疾病、流感和COVID-19	CITE-seq, scRNA-seq	深度学习	RNA和蛋白表达数据	多个数据集