单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-07-21	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	research paper	该研究提出了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，以超分辨率预测空间基因表达	iStar基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅具备组织学图像的组织切片中预测基因表达	NA	开发一种整合空间转录组学和组织学图像的方法，以提高基因表达预测的分辨率	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	digital pathology	NA	空间转录组学(ST)	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	NA
1042	2025-07-21	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	本研究探讨了G蛋白信号调节因子（RGS）在人类肠道内分泌细胞中的表达及其在健康和肥胖状态下对饱腹激素分泌的潜在影响	首次揭示了RGS在人类肠道内分泌细胞中的表达谱，并发现其在肥胖状态下发生改变，提出RGS蛋白作为肠道内分泌细胞中GLP-1和PYY分泌调节因子的新角色	样本量相对有限（61例患者），且部分数据来自公开数据库	探究RGS在肠道内分泌细胞中的表达及其对饱腹激素分泌的调控作用	人类肠道L型内分泌细胞（EECs）	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA测序（RNAseq）	体外细胞模型（NCI-H716细胞）	基因表达数据、激素分泌数据	61例患者（42例肥胖，19例瘦削）的肠道组织样本，部分患者餐后血浆样本
1043	2025-07-21	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	research paper	该研究通过单细胞多模态分析揭示了单核细胞在心血管疾病风险状态中的异质性和功能多样性	首次采用CITE-seq和单细胞RNA测序技术对437,126个单核细胞进行全面转录和表型分析，发现了多个功能不同的单核细胞亚群及其与心血管疾病风险因素的关联	研究主要关注单核细胞的异质性，可能忽略了其他免疫细胞在心血管疾病中的作用	探索单核细胞在心血管疾病风险状态中的异质性和功能多样性	人类和小鼠的单核细胞	免疫学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
1044	2025-07-21	METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51708-9 PMID:39181865	研究论文	介绍了一种名为METI的端到端框架，通过整合空间转录组学、细胞形态学和精选基因特征，增强对肿瘤微环境中分子景观和细胞相互作用的理解	METI框架首次将细胞形态学与空间转录组学整合，克服了现有分析工具忽视组织学特征和依赖单细胞RNA测序数据的限制	未明确提及样本量是否足够广泛覆盖所有肿瘤类型，且未讨论在低质量或降解样本中的表现	开发一种能够更全面分析肿瘤微环境中细胞相互作用和分子特征的工具	胃、肺、膀胱等肿瘤组织及癌前组织的空间转录组数据	数字病理学	胃癌、肺癌、膀胱癌	空间转录组学（ST）	端到端框架（METI）	空间转录组数据、细胞形态数据	多种肿瘤组织（包括胃、肺、膀胱癌及癌前组织）的ST数据
1045	2025-07-21	The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.18.607992 PMID:39229227	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的意外作用及其在自身免疫性疾病中的影响	发现PGAM酶与其他糖酵解酶不同，作为Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类Th17细胞的直接证据尚不充分	揭示糖代谢反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA-seq, Compass算法(代谢流分析)	EAE小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用体外培养的Th17细胞和小鼠模型
1046	2025-07-21	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02235-4 PMID:38528186	research paper	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中用于细胞类型注释的能力	首次展示GPT-4能够利用标记基因信息准确注释细胞类型，并开发了配套的R软件包GPTCelltype	未提及在不同组织或疾病状态下GPT-4注释性能的差异	探索大型语言模型在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	text	数百种组织和细胞类型
1047	2025-07-21	Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes 2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13901 PMID:38923164	研究论文	研究Inpp5d缺失对野生型小鼠脑转录组的性别特异性影响及其与神经退行性疾病的关联	揭示了Inpp5d缺失在无病理情况下对基因表达的显著影响，并发现其性别特异性效应及与神经退行性机制的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究Inpp5d在脑中的功能及其与阿尔茨海默病风险的关联	野生型小鼠脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1048	2025-07-21	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	通过转录组分析揭示了原发性纤毛运动障碍(PCD)气道上皮细胞中独特的谷胱甘肽通路	首次发现PCD细胞中GSTA2/GSTA1表达增加与NRF2靶基因激活的关联，并证实GSTA2在纤毛运动中的调控作用	研究样本量有限，且主要基于体外细胞模型	阐明PCD基因变异对多纤毛细胞的分子影响	PCD患者、其杂合子母亲和健康人的原代培养上皮细胞，以及PCD患者来源的iPS细胞	分子生物学	原发性纤毛运动障碍	单细胞RNA测序、蛋白质组学、免疫金标记	NA	转录组数据、蛋白质组数据、显微镜图像	PCD患者、杂合子母亲和健康对照的原代细胞及iPS细胞
1049	2025-07-21	Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis 2024-Jul-18, Biology DOI:10.3390/biology13070540 PMID:39056733	meta-analysis	通过单细胞RNA测序数据的荟萃分析，研究异物反应（FBR）的细胞特异性基因特征	整合所有可用的FBR小鼠研究的scRNA-seq数据，识别不同模型和解剖位置中FBR特异的基因特征	研究结果可能受限于小鼠模型的数据，未涉及人类样本	识别异物反应中的细胞特异性基因特征，为医疗植入物提供潜在治疗靶点	小鼠异物反应模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群	生物医学研究	异物反应	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	所有可用的小鼠FBR研究数据
1050	2025-07-21	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	该论文提出了一种基于细胞模拟方法的细胞分割技术，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	研究仅基于三种商业平台生成的数据集进行验证，可能在其他平台上的适用性有待进一步验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更精确地分析细胞转录状态和微环境	单细胞空间转录组学数据中的细胞分割	digital pathology	renal cell carcinoma	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	基于三种商业平台生成的数据集，具体样本数量未明确说明
1051	2025-07-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-06-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞（HSCs）中糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放，从而放大肝纤维化的机制	未涉及糖酵解抑制对肝纤维化治疗的具体临床应用效果	研究HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用机制	肝星状细胞（HSCs）及其释放的细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
1052	2025-07-21	Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109928 PMID:38812546	research paper	该研究提出了一种名为ProM的计算方法，通过整合单细胞RNA测序和批量组织RNA测序数据，识别膀胱尿路上皮癌中对免疫检查点抑制剂抵抗的细胞特征	ProM方法能够检测主要和次要细胞类型，相比现有方法在配对单细胞和批量RNA测序数据上表现出优越性，并揭示了与不良预后相关的预处理细胞特征	研究主要聚焦于膀胱尿路上皮癌，可能不适用于其他癌症类型	研究肿瘤微环境异质性及免疫检查点阻断抵抗机制	人类膀胱尿路上皮癌样本	digital pathology	urothelial cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ProM	RNA-seq数据	配对的单细胞和批量RNA测序的人类膀胱尿路上皮癌样本
1053	2025-07-21	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白质、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合了GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞的困难以及短读长测序数据重建剪接信号的准确性不足的问题	需要详细的协议执行步骤，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种多组学分析协议，以更准确地研究RNA剪接因子突变	人类细胞	基因组学	NA	长读长单细胞转录组测序、细胞表面蛋白质组分析、GoT	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、突变数据、RNA剪接数据	NA
1054	2025-07-21	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594719 PMID:38826447	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程中的时空细胞类型图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	揭示排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化	小鼠卵巢	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	配对的小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
1055	2025-07-21	Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis 2024-May-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48484-x PMID:38734693	研究论文	本研究探讨了SPI1基因表达水平对阿尔茨海默病（AD）相关表型的影响，通过在小鼠模型中调节SPI1表达并分析其生化、组织学和转录组学效应	首次系统研究了SPI1基因表达水平（敲低和过表达）对AD病理特征的影响，并揭示了其通过免疫反应途径和补体系统等机制发挥作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究调节SPI1表达水平对AD发病机制的影响	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	靶向转录组学、单细胞转录组学	小鼠模型	生化数据、组织学数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠模型）
1056	2025-07-21	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，描述了聚焦超声（FUS）介导的血脑屏障（BBB）开放对小鼠小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞（CAMs）的不同影响	揭示了FUS BBB开放通过招募CAMs和小胶质细胞增殖以及疾病相关小胶质细胞数量增加来重塑免疫景观的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究FUS介导的BBB开放对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	小鼠的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞（CAMs）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠模型
1057	2025-07-21	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面绘制了人类颈动脉粥样硬化的高维多组学细胞图谱，并鉴定了25个具有独特多组学特征的细胞亚群	样本量相对较小（n=21），且主要关注颈动脉粥样硬化，结果可能不适用于其他血管床的病变	全面解析人类颈动脉粥样硬化的细胞组成特征及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的各类细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组和表位测序（CITE-seq）	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉粥样硬化斑块样本（13例有症状）
1058	2025-07-21	Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.22.586316 PMID:38585776	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，探讨了系统性硬化症（SSc）成纤维细胞在自组装人类皮肤等效物中的表观基因组失调机制	首次在单细胞分辨率下分析了SSc 3D皮肤样模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了FB1 APOE表达成纤维细胞在SSc组织中的富集及其与巨噬细胞的互作机制	研究仅使用了自组装皮肤等效物模型，未直接验证在患者体内的情况	探究系统性硬化症皮肤纤维化的分子机制	系统性硬化症患者和健康对照的成纤维细胞、巨噬细胞和血浆	数字病理学	系统性硬化症	scRNA-seq, scATAC-seq	3D皮肤等效物模型	单细胞转录组数据、表观基因组数据	使用SSc患者和健康对照供体的细胞
1059	2025-07-21	Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway 2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230124 PMID:38197946	研究论文	研究揭示了肌醇磷酸酶INPP4B在维持ILC1s和肿瘤内NK细胞中的作用及其通过AKT驱动的机制	首次发现INPP4B是组织驻留ILC1s和肿瘤内NK细胞的标志性特征，并揭示了其在抗肿瘤免疫中的关键作用	研究未涉及INPP4B在其他免疫细胞类型中的作用，也未探讨其在其他疾病模型中的潜在功能	探究INPP4B在ILC1s和NK细胞中的作用及其对抗肿瘤免疫的影响	组织驻留ILC1s和肿瘤内NK细胞	免疫学	肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了组织相关和循环NK/ILC1s的单细胞RNA测序图谱
1060	2025-07-21	Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989 PMID:38799448	研究论文	通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，研究发现视网膜小胶质细胞比脑小胶质细胞表达更多的MHC I类分子，并促进更强的T细胞驱动炎症	首次揭示了视网膜和脑小胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞炎症反应中的显著差异	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究视网膜和脑小胶质细胞在转录组水平和功能上的差异	小鼠视网膜和脑组织中的小胶质细胞	免疫学	病毒感染	scRNA-seq, 多参数流式细胞术	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	20只眼睛和3个脑组织的小鼠样本