单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-04-15	OTUB1 promotes glioma progression by stabilizing TRAF4 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111704 PMID:40090557	研究论文	本研究探讨了OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，以寻找潜在的治疗靶点	揭示了OTUB1通过抑制TRAF4的泛素化来稳定TRAF4，从而促进胶质瘤细胞的增殖和侵袭	样本量较小（12名患者），且仅在LN229和U87MG细胞系中进行了体外实验	研究OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，寻找潜在的治疗靶点	胶质瘤组织和细胞系（LN229和U87MG）	肿瘤生物学	胶质瘤	单细胞测序、Western blot、qPCR、免疫共沉淀、泛素化实验	裸鼠异种移植模型	测序数据、蛋白质表达数据	12名胶质瘤患者的20,145个胶质瘤细胞
1042	2025-04-15	Fibroblast-derived versican exacerbates periodontitis progression by regulating macrophage migration and inflammatory cytokine secretion 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111755 PMID:40112905	研究论文	研究探讨了纤维母细胞衍生的Versican（VCAN）在牙周炎进展中的作用及其通过调节巨噬细胞迁移和炎症因子分泌加剧疾病的机制	首次揭示了VCAN在牙周炎中主要由纤维母细胞产生，并通过激活巨噬细胞的MAPK信号通路加剧炎症反应	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAN在牙周炎中的病理作用及其调控机制	牙周炎中的纤维母细胞和巨噬细胞	分子病理学	牙周炎	RNA测序（bulk RNA和单细胞RNA测序）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、免疫组织化学染色、免疫荧光染色	动物模型和细胞模型（L929细胞和RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及动物模型和细胞实验
1043	2025-04-15	MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2 2025-Jun, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798 PMID:40081619	研究论文	本研究探讨了甲基化CpG结合域蛋白2（MBD2）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）相关肺纤维化发病机制中的作用及其潜在机制	发现MBD2通过调控FZD2的表达促进上皮-间质转化（EMT）和ARDS相关肺纤维化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究MBD2在ARDS相关肺纤维化中的作用及机制	小鼠模型、MLE-12细胞、原代人II型肺泡上皮细胞、ARDS患者单细胞测序数据、人类肺纤维化样本	分子生物学	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、肺纤维化	RNA-Seq、ChIP、免疫组化（IHC）、免疫荧光、Western blot	小鼠ARDS相关肺纤维化模型、体外EMT模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	野生型和MBD2敲除小鼠、TGF-β处理的MLE-12细胞和原代人II型肺泡上皮细胞、ARDS患者单细胞测序数据、人类肺纤维化样本
1044	2025-04-15	PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection 2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110385 PMID:40086567	研究论文	该研究探讨了PANoptosis相关基因在主动脉夹层中的作用，并鉴定了关键基因	首次在单细胞水平评估主动脉夹层中VSMCs的PANoptosis水平，并鉴定了19个PANoptosis相关差异表达基因	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用	血管平滑肌细胞(VSMCs)和主动脉夹层组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序，加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434等)和患者/小鼠主动脉组织
1045	2025-04-15	Bioinformatics identification of shared signaling pathways and core targets linking Benzo[a]pyrene exposure to HCC progression 2025-Jun, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154129 PMID:40174762	研究论文	本研究通过生物信息学方法探索苯并[a]芘(BaP)在肝癌进展中的潜在分子机制	首次通过综合数据库分析和分子对接技术，识别出BaP与肝癌相关的核心靶点及其在免疫细胞中的表达特征	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索环境污染物BaP在肝癌进展中的分子机制	苯并[a]芘(BaP)及其在肝癌中的潜在靶点	生物信息学	肝癌	生物信息学分析、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	从多个数据库(ChEMBL、SwissTargetPrediction、STITCH、TCGA)获取的数据，涉及169个潜在靶点
1046	2025-04-15	Reevaluating the role of Pou3f1 in striatal development: Evidence from transgenic mouse models 2025-May, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111302 PMID:40088991	research paper	本研究通过转基因小鼠模型重新评估了Pou3f1在纹状体发育中的作用	挑战了基于人类数据的计算机预测，发现Pou3f1缺失并不显著影响MSNs的数量或亚型组成	不能完全排除Pou3f1在纹状体发育其他方面的潜在作用	重新评估Pou3f1在纹状体发育中的角色	转基因小鼠模型中的纹状体和中等多棘神经元(MSNs)	神经生物学	NA	条件性敲除(cko)技术	转基因小鼠模型	基因表达数据	NA
1047	2025-04-15	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠癌的细胞和分子异质性	使用单细胞RNA测序技术深入解析结直肠癌的肿瘤微环境，发现新的B细胞亚型及其在免疫调节中的作用，并构建预测模型用于患者生存结果分类	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌，结果可能不适用于其他癌症类型	揭示结直肠癌的细胞和分子异质性，为靶向治疗和个体化医疗提供新思路	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
1048	2025-04-15	TriDeNT : Triple deep network training for privileged knowledge distillation in histopathology 2025-May, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103479 PMID:40174325	研究论文	提出了一种名为TriDeNT的新型自监督方法，用于利用推理时不可用的特权数据来提高计算病理学模型的性能	TriDeNT是一种创新的自监督方法，能够利用推理阶段不可获取的特权数据（如额外的免疫组化染色和空间转录组学数据）来提升模型性能	未明确提及具体限制	提高计算病理学模型的性能，特别是在处理常规输入时	免疫组化、空间转录组学和专家核注释等多种配对数据	数字病理学	NA	自监督学习	TriDeNT（三重深度网络）	图像、空间转录组数据、专家注释	未明确提及具体样本量
1049	2025-04-15	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Apr-19, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点，并揭示了其作用机制	研究主要基于UK Biobank的数据，可能受到样本来源和数量的限制	发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	多部位慢性疼痛(MCP)患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位、转录组关联研究(TWAS)	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的汇总数据
1050	2025-04-15	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	首次鉴定出8个与GBM复发相关的基因(CERS2, EML2等)，并开发了基于随机森林的高精度预测模型	样本量相对有限(n=190和n=111)，且仅在特定亚型GBM中进行验证	探索GBM复发的分子机制并建立预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq	随机森林(RF)	转录组数据	CGGA-693队列190例，CGGA-325队列111例，另加两个scRNA-seq数据集
1051	2025-04-15	Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data 2025-Apr-13, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11099-y PMID:40221950	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	结合单细胞和批量转录组数据，首次识别出与骨质疏松症相关的线粒体基因特征，并发现DUT基因在其中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对骨髓间充质干细胞进行研究	识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	骨质疏松症患者和健康个体的骨髓间充质干细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量转录组测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光	LASSO logistic回归、随机森林算法	转录组数据	GSE147287和GSE35956数据集中的样本
1052	2025-04-15	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Apr-13, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制CXCL16和CXCR6轴在巨噬细胞和T细胞之间的作用，治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子降低CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据、细胞流式数据	未明确说明小鼠数量
1053	2025-04-15	Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis 2025-Apr-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02308-6 PMID:40214854	research paper	该研究通过多组学分析探讨了CD2AP在肺腺癌（LUAD）中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次将CD2AP与新型细胞死亡机制disulfidptosis联系起来，并系统评估了其在LUAD中的临床意义及对肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据	探索CD2AP在肺腺癌中的作用机制及其临床转化价值	肺腺癌患者样本及相关公共数据库数据	digital pathology	lung cancer	多组学分析（转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学）	NA	omics数据、临床数据	TCGA、GEO等公共数据库中的LUAD患者样本
1054	2025-04-15	Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85893-4 PMID:40216815	research paper	该研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建色氨酸代谢风险评分模型，并评估其对免疫治疗反应的预测价值	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	分析色氨酸代谢特征对结肠癌预后和免疫治疗反应的影响	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	random forest	RNA sequencing data	473个肿瘤样本和41个正常组织样本（TCGA训练队列），902名癌症患者（多个GEO数据集验证队列）
1055	2025-04-15	Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat 2025-Apr-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03569-8 PMID:40217326	research paper	该研究通过时空转录组学揭示了小麦籽粒发育和品质调控的关键基因	首次在小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组学研究，鉴定出192个标记基因和关键转录因子TaABI3-B1	研究仅覆盖了授粉后4至12天的早期发育阶段，未涵盖整个籽粒发育过程	解析小麦籽粒发育和品质形成的分子调控机制	小麦籽粒早期发育阶段的细胞类型和基因表达	植物分子生物学	NA	空间转录组学，WGCNA分析	NA	转录组数据	授粉后4至12天的小麦籽粒样本
1056	2025-04-15	The crucial role of neutrophil extracellular traps and IL-17 signaling in indomethacin-induced gastric injury in mice 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95880-4 PMID:40204883	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）和IL-17信号在吲哚美辛诱导的小鼠胃损伤中的关键作用	揭示了NETs形成在吲哚美辛诱导胃损伤中的关键作用，并发现IL-17信号可能是NETs形成的关键细胞内机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究吲哚美辛诱导胃损伤的分子机制	小鼠胃黏膜损伤模型	病理学	胃溃疡	蛋白质组学分析、ELISA、免疫荧光、TEM、Western blot、实时PCR、scRNA-seq	小鼠胃损伤模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明小鼠数量，但涉及体外实验使用200µL、400µL和600µL吲哚美辛处理
1057	2025-04-15	Development of a fully human glioblastoma-in-brain-spheroid model for accelerated translational research 2025-Apr-04, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.055 PMID:40188875	研究论文	开发了一种全人源胶质母细胞瘤-脑球体模型hGliCS，用于加速转化研究	结合患者来源的GBM细胞和诱导多能干细胞来源的成熟人类皮质神经元，克服了现有模型系统的关键限制	NA	研究胶质母细胞瘤生物学和肿瘤-神经元相互作用	胶质母细胞瘤细胞和人类皮质神经元	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	hGliCS模型	基因表达数据	NA
1058	2025-04-15	Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70219 PMID:40223427	research paper	该研究探讨了BHLHE40和CSF2在类风湿性关节炎(RA)患者CD4+ T细胞中的表达及其与疾病的关系	首次在IL-1富集的炎症部位研究了BHLHE40和CSF2在CD4+ T细胞中的表达，并发现这些基因在RA患者滑膜液中的表达显著增加	研究主要依赖于已有的公开数据库数据，缺乏实验验证	研究BHLHE40和CSF2基因在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液中的CD4+ T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列数据分析	NA	基因表达数据	来自RA患者和健康对照者的外周血和滑膜液样本
1059	2025-04-15	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区金属离子含量与金属组基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的分子基础	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子机制及其对神经功能的影响	小鼠海马区及其亚区域的金属离子含量和基因表达	神经科学	神经发育障碍	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 转录组数据	小鼠海马区样本
1060	2025-04-15	Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf162 PMID:40220278	research paper	提出了一种基于多流形融合的双曲图网络方法MManiST，用于空间转录组学中的空间域识别	首次在空间转录组学中引入多流形融合和双曲神经网络，通过Pareto优化平衡多种重建损失	未明确说明方法在计算效率方面的表现	开发更有效的空间转录组学空间域识别方法	空间转录组学数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics	hyperbolic graph network, attention mechanism	spatial transcriptomics data	multiple benchmark datasets