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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1041 | 2025-11-25 |
Amoeboid-Mesenchymal Transition and the Proteolytic Control of Cancer Invasion Plasticity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684403
PMID:41278919
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研究论文 | 本研究通过癌症球体-3D基质模型、单细胞RNA测序和人体组织外植体,揭示了MMP14/MT1-MMP在控制间充质与阿米巴样侵袭表型转换中的核心作用 | 意外发现阿米巴样侵袭程序同样依赖基质金属蛋白酶活性,并证明MMP14是维持核完整性和侵袭能力的必需蛋白 | 研究主要基于体外模型和有限的组织样本,未涉及完整的体内肿瘤微环境 | 阐明控制癌症细胞间充质与阿米巴样侵袭表型转换的分子机制 | 癌症细胞系和人类乳腺癌组织外植体 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1042 | 2025-11-25 |
Individual Host Variation in Single-cell Responses to Enteroaggregative Escherichia coli Infection Modeled with Human Colon Organoids
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684350
PMID:41279052
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研究论文 | 本研究利用人类结肠类器官和单细胞RNA测序技术,探索个体宿主对肠聚集性大肠杆菌感染的异质性反应 | 首次在单细胞水平揭示人类结肠类器官对EAEC感染的个体特异性反应,发现三种不同的反应表型 | 仅使用三名健康成人供体的类器官样本,样本量有限 | 理解宿主驱动的EAEC感染疾病异质性 | 人类结肠类器官 | 单细胞生物学 | 肠道感染疾病 | 单细胞RNA测序 | 人类结肠类器官感染模型 | 单细胞转录组数据 | 三名健康成人供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1043 | 2025-11-25 |
Chromosomal instability degrades developmental phenotypes essential for anti-GD2 immunotherapy outcomes in high-risk neuroblastoma
2025-Oct-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102375
PMID:41015032
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研究论文 | 本研究通过分析840个高风险神经母细胞瘤样本,揭示了染色体不稳定性通过降解发育表型影响抗GD2免疫治疗效果 | 首次发现染色体11q缺失通过降解去甲肾上腺素能和代谢表型影响抗GD2免疫治疗效果 | 基因组与治疗结果的相关性研究仍有限,仅分析了19对活检样本的克隆演化 | 探索高风险神经母细胞瘤多模式治疗(含抗GD2免疫治疗)的基因组相关性 | 高风险神经母细胞瘤患者肿瘤样本 | 癌症基因组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | 840个肿瘤样本,19对活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1044 | 2025-11-25 |
Early developmental neuronal activity inhibits oligodendrocyte differentiation through AMPA receptor activation
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683139
PMID:41279286
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研究论文 | 本研究揭示了早期发育阶段神经元活动通过AMPA受体激活抑制少突胶质细胞分化的新机制 | 首次发现在早期大脑发育阶段神经元活动抑制而非促进少突胶质细胞分化,并确定了AMPA受体信号在此过程中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究早期发育阶段神经元活动对少突胶质细胞分化的影响机制 | 小鼠嗅觉系统、体感皮层和胼胝体中的少突胶质前体细胞和少突胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 化学遗传学, 感觉刺激 | NA | 基因表达数据, 细胞分化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1045 | 2025-11-25 |
Region-specific human brain organoids reveal synaptic and cell state drivers of glioblastoma invasion
2025-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.15.682580
PMID:41278684
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研究论文 | 本研究利用区域特异性人脑类器官揭示胶质母细胞瘤侵袭的突触和细胞状态驱动因素 | 开发了完全人源化的神经-GBM连接组模型,首次在区域特异性脑类器官中系统研究GBM侵袭机制 | 样本数量有限(15个独立样本),类器官模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 识别侵袭性GBM细胞的分子特征及其在神经微环境中的调控因子 | 患者来源的胶质母细胞瘤细胞和人诱导多能干细胞衍生的脑类器官 | 神经肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 狂犬病病毒单突触示踪,单细胞转录组学 | 脑类器官模型 | 转录组数据,示踪数据 | 15个独立GBM样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1046 | 2025-11-25 |
Computer Vision Methods for Spatial Transcriptomics: A Survey
2025-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.13.682148
PMID:41280008
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综述 | 本文系统综述了计算机视觉方法在空间转录组学数据分析中的应用 | 首次系统性地对计算机视觉AI模型在空间转录组学分析中的应用进行分类和总结,提出了从组织学图像预测空间转录组的“虚拟测序”概念 | NA | 探索计算机视觉方法如何解决空间转录组学的关键限制并推动其发展 | 空间转录组学数据分析方法 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 计算机视觉AI模型 | 组织切片图像、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1047 | 2025-11-25 |
Characterization of immunosenescent alveolar macrophages in rhesus macaques
2025-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681684
PMID:41279789
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序表征了恒河猴肺泡巨噬细胞在自然衰老过程中的免疫衰老特征 | 首次在非人灵长类动物模型中系统揭示肺泡巨噬细胞在自然衰老过程中的转录组和功能变化,并发现巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)作为潜在生物标志物 | 支气管肺泡灌洗液可能无法准确反映肺组织中肺泡巨噬细胞的真实状态,样本量未明确说明 | 研究自然衰老对肺泡巨噬细胞的影响及其在肺部衰老中的作用机制 | 年轻与老年恒河猴的肺泡巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序, 细胞因子分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 年轻和老年恒河猴(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1048 | 2025-11-25 |
RUNX1T1-HDAC Reprogramming of the HOX Code Signaling Drives a Targetable Pan-Cancer Lineage Plasticity
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.07.681000
PMID:41280130
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现RUNX1T1-HDAC复合物通过重编程HOX编码信号驱动泛癌谱系可塑性,并揭示其可作为治疗靶点 | 首次发现RUNX1T1作为泛癌谱系可塑性的新型生物标志物,并鉴定RUNX1T1-HDAC复合物作为可药物靶点 | 研究主要关注前列腺癌、肺癌和AML三种癌症类型,在其他癌症中的普适性需进一步验证 | 探索癌症谱系可塑性的分子机制并寻找可靶向治疗的生物标志物 | 114种癌症类型的80,000多个RNA-seq样本,重点关注前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病 | 机器学习 | 前列腺癌,肺癌,急性髓系白血病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,多组学分析 | AI建模 | 基因表达数据 | 超过80,000个RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1049 | 2025-11-25 |
Optimal transport modeling uncovers spatial domain dynamics in spatiotemporal transcriptomics studies
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680672
PMID:41278900
|
研究论文 | 提出了一种名为SpaDOT的计算方法,用于识别空间转录组学研究中的空间域并推断其跨时间点的动态变化 | 结合变分自编码器框架与最优传输理论,首次在空间转录组学中同时建模全局空间连续性和局部结构异质性,并能追踪空间域随时间的动态转变 | NA | 开发计算方法来识别和追踪空间转录组学数据中的空间域动态变化 | 时空转录组学数据 | 空间转录组学 | 心脏瓣膜发育 | 时空转录组学 | 变分自编码器(VAE), 高斯过程, 最优传输(OT) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1050 | 2025-11-25 |
Tertiary lymphoid structures support the development of allergen-specific progenitor CD4+ T cells
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680350
PMID:41256356
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研究论文 | 本研究揭示了肺脏三级淋巴结构在过敏原特异性CD4+ T细胞发育中的关键作用 | 首次发现TCF1+祖细胞亚群定位于三级淋巴结构,并证实其通过PD1通路响应免疫治疗 | 研究主要聚焦于尘螨过敏模型,尚未验证其他过敏原或疾病场景 | 探究组织驻留记忆CD4+ T细胞在过敏性疾病中的发育机制 | 过敏原特异性CD4+ T细胞亚群 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 转录组分析、流式细胞术、共聚焦显微镜、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、空间定位数据 | 尘螨暴露后的小鼠肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1051 | 2025-11-25 |
Comparative transcriptomics reveals shifts in cortical architecture at the metatherian/eutherian transition
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680397
PMID:41256371
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研究论文 | 通过比较转录组学分析揭示后兽类与真兽类哺乳动物在皮质柱细胞类型特异性组织方面的差异 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术系统比较后兽类与真兽类哺乳动物初级视觉皮层的基因表达、细胞类型和分层结构差异 | 研究仅针对初级视觉皮层,且样本数量有限,可能无法完全代表所有哺乳动物类群 | 探究后兽类与真兽类分化过程中皮质柱细胞类型特异性组织是否发生变化 | 后兽类和真兽类哺乳动物的初级视觉皮层 | 比较转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 两种哺乳动物物种(后兽类和真兽类各一)的初级视觉皮层样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1052 | 2025-11-25 |
Single-cell nanodroplet processing proteomics pipeline for analysis of human-derived microglia
2025-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680067
PMID:41256374
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研究论文 | 开发了一种用于人源小胶质细胞单细胞蛋白质组学分析的纳米液滴处理流程 | 首次建立了基于FACS分离、冷冻保存和纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程,能够从单个小胶质细胞中平均鉴定1039种蛋白质 | 初步研究数据仅部分重现了先前已知的小胶质细胞亚型,需要进一步验证 | 探索脑小胶质细胞在细胞水平的异质性 | 人脑皮层来源的小胶质细胞 | 蛋白质组学 | 阿尔茨海默病和其他神经系统疾病 | 单细胞质谱蛋白质组学,FACS,纳米液滴处理 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | 纳米液滴处理平台 |
| 1053 | 2025-11-25 |
Persistent interferon signaling and clonal expansion mark early events in DNA methylation damage-induced liver cancer
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679856
PMID:41256671
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了NDMA诱导肝细胞癌的早期分子事件,包括持续性干扰素信号和克隆扩增 | 首次系统描绘了DNA甲基化损伤诱导肝癌的早期分子级联事件,发现持续性干扰素信号是主导激活通路 | 研究基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 阐明NDMA诱导肝癌进展的分子机制 | 野生型和MGMT缺陷型小鼠 | 多组学分析 | 肝癌 | 磷酸化蛋白质组学,转录组学,空间转录组学 | NA | 分子表型数据,转录组数据,磷酸化蛋白质组数据 | 小鼠模型队列 | NA | 空间转录组学,转录组分析,磷酸化蛋白质组分析 | NA | NA |
| 1054 | 2025-11-25 |
A conserved logic for the development of cortical layering in tetrapods
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679862
PMID:41256365
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研究论文 | 本研究通过识别蝾螈大脑皮层中的分层神经元,揭示了四足动物皮层发育的保守机制 | 首次在蝾螈大脑皮层中发现分层神经元结构,并揭示哺乳动物皮层发育的进化起源 | 研究主要基于蝾螈模型,需要在更多物种中验证保守性 | 探索大脑皮层分层结构的进化起源和发育机制 | 蝾螈大脑皮层神经元 | 神经科学 | NA | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,发育时序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1055 | 2025-11-25 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680117
PMID:41256660
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研究论文 | 提出一种基于深度学习的基因面板设计框架scGPD,利用单细胞RNA-seq数据为靶向空间转录组学选择紧凑且非冗余的基因集 | 采用基因-基因相关性感知的门控机制,从数据中提取信息特征,促进所选基因的多样性并消除冗余 | NA | 为靶向空间转录组学技术设计信息丰富的基因面板 | 单细胞RNA-seq数据和空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1056 | 2025-11-25 |
A Phase I Trial of Evorpacept, Lenalidomide, and Rituximab for Patients with B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma
2025-Oct-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1826
PMID:40729376
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研究论文 | 评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的安全性及抗肿瘤活性 | 首次将CD47阻断剂Evorpacept与来那度胺和利妥昔单抗联合用于治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤,并证明其可逆转SIRPα+巨噬细胞介导的耐药机制 | 单臂I期研究,样本量较小(20例患者),缺乏对照组 | 评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗在B细胞非霍奇金淋巴瘤患者中的安全性和初步疗效 | 接受过至少两种系统治疗的B细胞非霍奇金淋巴瘤成年患者 | 肿瘤免疫治疗 | B细胞非霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 20例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1057 | 2025-11-25 |
Multiscale Hyperbolic Embedding for Cell Hierarchies in Large-Scale Bioinformatics Data
2025-Oct-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.29.679407
PMID:41256490
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研究论文 | 提出一种名为MuH-MDS的多尺度双曲嵌入算法,用于处理大规模生物信息学数据中的细胞层次结构 | 使用物理学中的'绝热'近似方法优化局部位置同时保持聚类中心固定,计算速度比现有方法提高10倍,能够处理超过80,000个样本的大规模数据集 | 论文未明确说明算法的具体局限性 | 开发可扩展且有效的分析方法,用于大规模数据集的细胞层次结构可视化与解释 | 大规模生物信息学数据集,包括包含80,000多个样本的胚胎发生单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双曲多维标度(MuH-MDS) | 单细胞RNA测序数据 | 超过80,000个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1058 | 2025-11-25 |
BTK Inhibitor Synergizes With CD19-Targeted Chimeric Antigen Receptor-T Cells in Patients With Relapsed or Refractory B-Cell Lymphoma: An Open-Label Pragmatic Clinical Trial
2025-Oct, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71321
PMID:41123227
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研究论文 | 本研究评估BTK抑制剂联合CD19靶向CAR-T细胞治疗复发或难治性B细胞淋巴瘤的安全性和疗效 | 首次在临床试验中证实BTK抑制剂能够增强CAR-T细胞疗法的抗肿瘤效果,并发现BTKi治疗组T细胞更倾向于早期分化且衰竭程度更低 | 非随机化试验设计,样本量较小(n=37),组间分配基于患者自主选择 | 评估BTK抑制剂联合CD19-CAR-T细胞治疗B细胞淋巴瘤的安全性和临床疗效 | 37例复发或难治性B细胞淋巴瘤患者 | 临床医学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞转录组数据 | 37例患者(CAR-T单药组24例,联合治疗组13例) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1059 | 2025-11-25 |
Computational Drug Repurposing for Alzheimer's Disease via Sheaf Theoretic Population-Scale Analysis of snRNA-seq Data
2025-Sep-29, ArXiv
PMID:41256885
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研究论文 | 通过层论拓扑方法和机器学习模型,利用群体规模单核RNA测序数据进行阿尔茨海默病药物重定位研究 | 首次将持久层拉普拉斯算子应用于蛋白质-蛋白质相互作用分析,并结合群体规模snRNA-seq数据开发顺序靶点-药物选择模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证预测结果 | 开发计算药物重定位方法治疗阿尔茨海默病 | 阿尔茨海默病患者脑组织中的小胶质细胞和脑血管组织细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序(snRNA-seq), 差异基因表达分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | 机器学习模型, 持久层拉普拉斯模型 | 基因表达数据 | 来自多患者多区域研究的数十万个细胞核 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 1060 | 2025-11-25 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
|
研究论文 | 本研究利用小鼠三维肝脏切片模型探究白细胞介素-4在肝脏细胞重编程中的作用 | 首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中揭示IL-4的促再生作用机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类组织中验证 | 探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用 | 小鼠肝脏切片(包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏) | 单细胞组学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序,免疫组织化学染色,ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |