单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-05-17	BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91506-x PMID:40169651	research paper	通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中与乳酸化修饰相关的关键基因	首次利用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中关键的乳酸化相关基因，为研究心力衰竭中酰化相关机制奠定了基础	研究依赖于公开数据集和体外细胞模型，未进行大规模临床验证	识别与心力衰竭进展相关的乳酸化修饰基因并探讨其生物学意义	心力衰竭患者基因表达数据及体外细胞模型	生物信息学	心血管疾病	LASSO, WGCNA, ROC曲线分析, 基因集富集分析, 免疫细胞浸润分析, 单细胞测序	NA	基因表达数据	GSE5406数据集和GSE161470单细胞测序数据集
1042	2025-05-17	Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95493-x PMID:40169794	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习技术，识别肝细胞癌的关键生物标志物	结合单细胞RNA测序、WGCNA和三种机器学习算法，识别出肝细胞癌的潜在诊断标志物，并利用分子对接技术验证药物与核心蛋白的结合能力	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	识别肝细胞癌的诊断和治疗生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、分子对接	机器学习算法（未具体说明）、逻辑回归	基因表达数据	从GEO数据库下载的微阵列和单细胞RNA测序数据集
1043	2025-05-17	STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01457-1 PMID:40170080	研究论文	介绍了一种名为STopover的新方法，利用空间分辨转录组学数据和拓扑分析来研究肿瘤微环境	通过逐步降低特征阈值提取连通组件，利用Jaccard指数量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性	NA	阐明基于免疫肿瘤学的肿瘤-免疫相互作用	肿瘤微环境中的免疫和基质细胞浸润模式	数字病理学	肺癌, 乳腺癌	空间分辨转录组学(SRT)	NA	转录组数据	NA
1044	2025-05-17	Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 2025-Apr, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70066 PMID:40170555	研究论文	本研究探讨了结核性胸腔积液(TPE)患者胸腔积液(PE)和外周血(PB)中T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能	首次在单细胞水平上分析了TPE患者PE和PB中T淋巴细胞亚群的分布及其功能特性	样本量较小(仅4例TPE患者)，可能影响结果的普遍性	了解TPE患者PE和PB中T细胞的分布模式和动态变化	结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的T淋巴细胞亚群	免疫学	结核病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T-SNE投影, Gene Set Variation Analysis (GSVA), 伪时间分析, ELISA	NA	单细胞转录组数据, 细胞因子数据	4例TPE患者的PE和PB样本
1045	2025-05-17	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	研究论文	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组学数据分析	首次在GNN中同时采用节点掩码和边掩码机制，结合MGAE和MGCL模块提升模型鲁棒性和聚类精度	未明确说明方法在超大规模数据集上的可扩展性	解决空间转录组数据高稀疏性导致的模型不稳定问题	空间转录组学数据中的细胞空间定位	生物信息学	NA	空间分辨转录组学(SRT)	图神经网络(GNN), 图自编码器, 对比学习	空间基因表达数据	来自5个不同平台的8个数据集
1046	2025-05-17	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	research paper	本文介绍了一种名为scTrans的新型单细胞Transformer模型，用于快速准确地注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型	scTrans采用稀疏注意力机制，利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	31种不同小鼠组织的近百万个细胞
1047	2025-05-17	CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.15 PMID:40192636	研究论文	本研究探讨了糖尿病性角膜病变中角膜神经退化与树突状细胞（DCs）增多之间的关系	发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ促进角膜神经退化，而非DCs或CD8+ T细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索糖尿病性角膜病变中角膜神经退化的机制	糖尿病小鼠的角膜神经和免疫细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序、共培养实验、抗体阻断	NA	基因表达数据、图像数据	糖尿病小鼠和健康小鼠的角膜样本
1048	2025-05-17	Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70042 PMID:40193174	研究论文	探讨昼夜节律紊乱（CRD）对三阴性乳腺癌（TNBC）的影响，通过分析RNA测序数据、代谢组学特征和肿瘤微环境评估，揭示CRD与代谢重编程和免疫逃逸的关系	首次将昼夜节律紊乱与TNBC的代谢重编程和免疫逃逸联系起来，并提出了CRDscore作为预后指标	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其潜在治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk和单细胞RNA测序、代谢组学分析	CYCLOPS（周期性结构循环排序）	RNA测序数据、代谢组学数据	未明确提及具体样本数量
1049	2025-05-17	Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 2025-Mar-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07959-3 PMID:40164749	research paper	提出了一种名为SSDA4Drug的半监督少样本迁移学习方法，用于推断肿瘤中的耐药性癌细胞	利用半监督对抗域适应从批量转录组数据向单细胞转录组数据迁移药物敏感性知识，显著提升了单细胞药物响应的预测性能	需要至少一到两个标记的目标域样本才能显著提升预测性能	识别肿瘤中的耐药性癌细胞以推动精准医学和新药开发	肿瘤中的耐药性癌细胞	machine learning	lung cancer, prostate cancer, oral squamous cell carcinoma	scRNA-seq, 半监督对抗域适应	SSDA4Drug	转录组数据	多个独立的scRNA-seq数据集
1050	2025-05-17	The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08231-1 PMID:40165145	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NET）相关基因FPR1在骨肉瘤（OS）中的预后意义和生物学功能	首次构建了包含四个NET相关基因（TNFRSF10C、FPR1、BST1和SELPLG）的NET评分模型，用于预测OS患者的预后，并在单细胞分辨率下验证了该模型的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能	骨肉瘤细胞和患者数据	癌症研究	骨肉瘤	LASSO算法、scRNA-seq、CCK-8实验、transwell实验	NET评分模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TARGET和GEO（GSE21257）数据库的OS数据集，以及scRNA-seq数据集GSE162454
1051	2025-05-17	Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 2025-Mar-31, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04001-5 PMID:40165248	research paper	该研究探讨了通过调节线粒体动力学增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果	发现LRRK2作为线粒体分裂的关键调节因子，通过磷酸化DRP1影响耗竭CD8+T细胞亚群的相互转换	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	探索增强T1D免疫治疗效果的机制和方法	耗竭CD8+T细胞亚群	免疫治疗	1型糖尿病	流式细胞术、TCR测序、转录组分析、scRNA-seq	NOD小鼠模型、HEK-293T细胞系	基因表达数据、单细胞数据	NOD小鼠、NY8.3小鼠和T1D患者的PBMCs
1052	2025-05-17	Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 2025-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03542-5 PMID:40165295	研究论文	本研究报道了Ophiura sarsii vadicola的染色体水平基因组组装，并通过批量及单细胞RNA测序分析揭示了其臂再生的分子机制	首次提供了Ophiura sarsii vadicola的染色体水平基因组资源，并结合单细胞RNA测序揭示了臂再生过程中的细胞动态变化和分子机制	研究仅针对Ophiura sarsii vadicola这一特定物种，结果可能无法直接推广到其他蛇尾类动物	探究蛇尾类动物臂再生的分子机制	Ophiura sarsii vadicola的臂再生过程	基因组学	NA	染色体水平基因组组装，批量及单细胞RNA测序	NA	基因组数据，RNA测序数据	NA
1053	2025-05-17	Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00639-6 PMID:40165307	研究论文	通过动态单细胞转录组测序揭示喉气管狭窄中的细胞异质性和一种新的成纤维细胞亚群	首次对喉气管狭窄（LTS）进行动态单细胞RNA测序，发现了一种新的成纤维细胞亚群（CIRF），并阐明了SPP1高表达巨噬细胞在纤维化疾病中的重要性	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性和分子机制	喉气管狭窄大鼠模型的喉气管组织	单细胞转录组学	喉气管狭窄	动态单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个时间点的喉气管狭窄大鼠模型组织
1054	2025-05-17	Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00629-8 PMID:40165317	研究论文	通过生物信息学和单细胞分析探讨骨关节炎中PANoptosis的机制及穿心莲内酯的治疗潜力	首次详细分析骨关节炎中PANoptosis相关基因，并发现穿心莲内酯（AG）作为潜在治疗药物	研究局限于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨骨关节炎中PANoptosis的机制及寻找潜在治疗药物	骨关节炎患者软骨组织和软骨细胞模型	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序、分子对接、Western blotting、qRT-PCR	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
1055	2025-05-17	scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis 2025-Mar-28, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094 PMID:40182603	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞在急性胰腺炎早期肠道功能障碍中的关键作用	首次在单细胞水平上揭示了急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍的分子机制，并确定肥大细胞分泌的CCL5是潜在治疗靶点	研究仅基于动物模型，尚未在人类样本中验证	探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期预防或治疗肠道屏障损伤的潜在靶点	小鼠肠道组织	单细胞组学	急性胰腺炎	scRNA-seq	动物模型	单细胞转录组数据	33232个细胞（包括正常组、AP1组和AP2组）
1056	2025-05-17	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.25.609458 PMID:39229123	research paper	通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合六个连续阶段的基因表达图谱	首次系统地分析了颅神经板闭合过程中的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序	研究仅关注小鼠胚胎，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚需验证	研究哺乳动物大脑发育过程中颅神经板区域化和形态发生的分子机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
1057	2025-05-17	MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf086 PMID:40052440	研究论文	介绍了一种名为MAEST的新型图神经网络模型，用于在空间转录组学数据中准确识别空间域	利用图掩码自编码器去噪和精炼表示，结合图对比学习防止特征崩溃并增强模型鲁棒性，通过整合一跳和多跳表示有效捕捉局部和全局空间关系	NA	提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性和鲁棒性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	图神经网络，图掩码自编码器，图对比学习	GNN	空间转录组学数据	多个数据集，包括人脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎
1058	2025-05-17	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	提出了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	整合了循环变分自编码器、GRANGER因果性、稀疏性诱导惩罚和基于负二项式的损失函数，显著提升了处理数据稀疏性和噪声的能力	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	开发一种能够准确处理时间序列scRNA-seq数据并推断基因调控网络的方法	小鼠全脑单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	循环变分自编码器	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了BRAIN Initiative项目中的小鼠全脑数据
1059	2025-05-17	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	research paper	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE通过两个耦合的VAE和一个耦合器，在潜在空间中实现更复杂的单细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	computational biology	NA	single-cell RNA-Seq	VAE (variational autoencoder)	RNA sequencing data	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
1060	2025-05-17	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，从数据科学的角度进行了系统分析	系统评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异，并提出了未来发展的三个关键方向	高质量标注数据集仍然有限，生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间环境具有挑战性	探讨深度学习如何有效应用于生物、医学和临床环境中的转录组数据分析	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组学	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试