单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-04-18	CD44+ cells enhance pro-tumor stroma in the spatial landscape of colorectal cancer leading edge 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02968-9 PMID:40069574	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿通过PTN信号重塑肿瘤微环境的机制	首次发现CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿形成独特的环状结构，并通过PTN信号诱导CAFs表型转变	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类结直肠癌的普适性需要进一步验证	探究肿瘤异质性如何影响结直肠癌的空间结构并促进疾病进展	AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型和临床样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组分析(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型和未明确数量的临床样本
1042	2025-04-18	Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000672 PMID:40227083	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性乙型肝炎患者中单核细胞的异质性及其与肝纤维化的关联	首次在慢性乙型肝炎患者中发现单核细胞中LMO2的高表达可能与单核细胞扩增有关，并识别了一个新的单核细胞-血小板聚集体(MPA)亚群，该亚群在肝纤维化早期可能发挥重要作用	研究样本量有限，且未探讨MPA在肝纤维化后期的潜在作用	探究慢性乙型肝炎患者中单核细胞异质性及其在肝纤维化中的作用机制	慢性乙型肝炎患者和健康对照者的循环单核细胞	单细胞组学	慢性乙型肝炎和肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	慢性乙型肝炎患者组和健康对照组(具体数量未明确)
1043	2025-04-18	Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome 2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01226-8 PMID:40240670	研究论文	本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据，识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物	首次对ICC进行蛋白质组-MR分析，揭示了其复杂的遗传结构，并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他人群中的普适性有待验证	发现ICC的潜在治疗和诊断靶点	肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物	生物信息学	肝内胆管癌	蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq	孟德尔随机化模型	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据，TCGA和GTEx数据库样本
1044	2025-04-18	Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease 2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02025-4 PMID:40244418	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了慢性阻塞性肺病（COPD）中巨噬细胞亚群的诊断模型和特征基因	首次使用hdWGCNA方法识别与COPD相关的巨噬细胞亚群及其特征基因，并构建了基于机器学习的临床诊断模型	研究样本量未明确说明，且仅基于RNA测序数据，缺乏实验验证	探索COPD的免疫机制并开发临床诊断模型	慢性阻塞性肺病（COPD）患者和正常个体的巨噬细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机森林（RF），卷积神经网络（CNN）	RNA测序数据	NA
1045	2025-04-18	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-Apr-16, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性，及其对治疗的挑战和临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角，并强调了空间转录组学等创新方法的应用	这些机制的临床意义尚不明确，且与治疗失败的相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响，开发检测方法和缓解策略	耳念珠菌及其对棘白菌素的药物适应机制	微生物学与传染病学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
1046	2025-04-18	Pdgfrβ marks distinct mesenchymal and pericyte populations within periosteum with overlapping cellular features 2025-Apr-16, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf020 PMID:40237625	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和转基因小鼠模型，探讨了长骨骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性和功能特性	揭示了Pdgfrβ在骨膜中标记的不同间充质细胞和周细胞亚群及其重叠的细胞特征	研究仅在小鼠模型中进行，未验证人类骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	探究骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性和功能特性	小鼠长骨骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、转基因小鼠模型	Pdgfrβ-CreERT2-mT/mG报告小鼠	基因表达数据、组织学数据	转基因小鼠的长骨骨膜样本
1047	2025-04-18	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	研究论文	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的微环境进行分类，并与转录组分类进行对比	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类方法，与转录组分类具有80%以上的一致性	将这种分类方法整合到临床实践中仍具挑战性	建立DLBCL的微环境分类系统，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其微环境	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	免疫组织化学染色、数字病理学、单细胞测序	NA	图像数据、转录组数据	NA
1048	2025-04-18	Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response 2025-Apr-15, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00141-25 PMID:40130878	研究论文	研究发现一种新型长链非编码RNA VILMIR在主要呼吸道病毒感染中被诱导表达，并调节宿主干扰素反应	首次鉴定出VILMIR是一种新型干扰素刺激基因(ISG)，在多种呼吸道病毒感染中上调表达并调控宿主干扰素反应	需要进一步机制研究以明确VILMIR的具体作用机制	探索长链非编码RNA在呼吸道病毒感染中的作用机制	人类呼吸道病毒感染的宿主反应	分子生物学	呼吸道病毒感染	RNA-seq分析	NA	转录组数据	多种人类上皮细胞系(A549、SUP-T1、THP-1)和COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本
1049	2025-04-18	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞的异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探索甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化及其对诊断和治疗的意义	甲状腺癌的肿瘤微环境，包括旁甲状腺组织（PT）、乳头状甲状腺癌（PTC）、局部晚期PTC（LPTC）和未分化甲状腺癌（ATC）	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涵盖PT、PTC、LPTC和ATC四种组织类型
1050	2025-04-18	ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181659 PMID:40179146	研究论文	该研究探讨了端粒生物学疾病（TBDs）中ATM依赖性DNA损伤反应对细胞生长的影响及其在克隆造血中的作用	揭示了端粒功能障碍通过ATM依赖性DNA损伤反应途径导致细胞衰老和凋亡的机制，并提出了ATM抑制作为潜在治疗干预的新策略	研究样本量相对有限（166例患者），且ATM抑制治疗的长期安全性和有效性尚未在临床中验证	理解TBD患者造血系统异常（如骨髓衰竭和髓系肿瘤风险增加）的分子机制	166例儿童和成人TBD患者的造血细胞	分子生物学	端粒生物学疾病	单细胞测序、ATM激活检测、端粒功能障碍诱导灶分析、细胞生长实验	NA	基因组数据、细胞功能数据	166例TBD患者（儿童和成人）的造血细胞样本
1051	2025-04-18	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	本研究探讨了肺移植受者在基线状态下及接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态，并与健康对照组进行比较	采用多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态与疫苗接种后免疫反应的关联	研究样本仅限于肺移植受者，可能不适用于其他器官移植患者	评估肺移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应	肺移植受者和健康对照组	免疫学	COVID-19	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	免疫学数据、基因表达数据	肺移植受者与健康对照组（具体人数未明确说明）
1052	2025-04-18	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	研究论文	研究SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	揭示了SMAD4缺失在不同KRAS突变背景下对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性需要进一步验证	探究胰腺癌中恶性细胞基因型对肿瘤微环境和治疗反应的影响	Trp53突变小鼠模型驱动的KrasG12D或KrasG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了多种基因型的小鼠模型
1053	2025-04-18	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中与IFN/STAT1活性相关的共同转录状态	开发了STAT响应性谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，首次在乳腺癌肿瘤起始细胞中发现与IFN/STAT1信号通路相关的共同转录状态	STAT信号通路在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中未能检测到肿瘤起始细胞，表明STAT信号通路具有肿瘤起始细胞相关和独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其治疗靶点	乳腺癌肿瘤起始细胞（TIC）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	基底样三阴性乳腺癌异种移植模型和临床样本
1054	2025-04-18	Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175241 PMID:40231469	research paper	该研究探讨了慢性乙型肝炎患者的肝脏中，病毒相关炎症如何通过单核细胞来源的巨噬细胞（iMacs）塑造炎症表型，并影响肝脏疾病的进展	首次在人类肝脏中揭示了炎症环境对单核细胞来源巨噬细胞的长期表型印记，并发现这种印记在炎症消退后仍持续存在	研究样本仅限于慢性乙型肝炎患者，未涵盖其他类型的肝脏疾病	研究病毒相关炎症如何重塑肝脏巨噬细胞群体及其对疾病进展的影响	慢性乙型肝炎患者的肝脏组织和血液样本	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	慢性乙型肝炎患者（具体数量未提及）的纵向肝脏和血液样本
1055	2025-04-18	How is single-cell RNA sequencing contributing to the advancement of cancer therapeutics? 2025-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i4.103480 PMID:40235873	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究了胃癌患者肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化	通过scRNA-seq数据在临床环境中的应用讨论，为开发个性化胃癌治疗策略提供了新思路	研究未提及样本量大小或具体实验设计的局限性	探索scRNA-seq在癌症治疗领域的应用潜力	胃癌患者的肿瘤微环境	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
1056	2025-04-18	Parallel comparison of T cell and B cell subpopulations of adenoid hypertrophy and tonsil hypertrophy of children 2025-Apr-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58094-w PMID:40229254	研究论文	比较儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的T细胞和B细胞亚群的差异	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	样本量相对较小（12对配对样本），且仅针对儿童患者	探究腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	1209名1-15岁被诊断为腺样体肥大的儿科患者及其12对配对腺样体和扁桃体样本	免疫学	腺样体肥大和扁桃体肥大	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1209名儿科患者（流行病学数据）和12对配对样本（单细胞RNA测序）
1057	2025-04-18	Multi-omics analysis identifies diagnostic circulating biomarkers and potential therapeutic targets, revealing IQGAP1 as an oncogene in gastric cancer 2025-Apr-14, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00895-9 PMID:40229327	研究论文	本研究采用多组学整合方法，识别胃癌(GC)的循环生物标志物，并探讨其作为治疗靶点的潜力	通过多组学数据整合，识别出四个基因和四个蛋白质作为潜在的胃癌生物标志物，并揭示了IQGAP1在肿瘤生长中的关键作用	NA	识别胃癌的循环生物标志物并探索其治疗靶点潜力	胃癌患者的血浆和肿瘤组织样本	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因和蛋白质定量性状位点分析、孟德尔随机化	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	来自UK Biobank和FinnGen的数据
1058	2025-04-18	A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 2025-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97053-9 PMID:40229354	research paper	本文介绍了一种简化的单核RNA测序方法，适用于长期冷冻保存的脑肿瘤组织	优化了从长期冷冻的儿科胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法，并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段	方法主要针对冷冻脑肿瘤组织，可能不适用于其他类型的组织或新鲜样本	提高对罕见肿瘤组织的研究能力，特别是冷冻保存的脑肿瘤样本	长期冷冻保存的儿科胶质瘤组织	digital pathology	brain tumor	single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq)	NA	RNA-seq data	冷冻的原发性胶质瘤组织样本
1059	2025-04-18	IL1RAP is an immunotherapeutic target for normal karyotype triple-mutated acute myeloid leukemia 2025-Apr-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00769-z PMID:40229904	研究论文	该研究通过多组学分析发现IL1RAP是正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）的免疫治疗靶点	首次将IL1RAP鉴定为NKt-AML的潜在免疫治疗靶点，并证明其与患者预后不良和治疗反应差相关	样本量相对较小（12例NKt-AML），需要进一步验证	寻找NKt-AML的新型免疫治疗靶点	正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）患者样本	血液肿瘤学	急性髓系白血病	多组学分析、表面蛋白质组富集、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	100例原发性AML样本（含12例NKt-AML）进行表面蛋白质组分析，691例AML样本进行转录组分析，23例AML样本进行单细胞RNA测序
1060	2025-04-18	Extracellular vesicle-derived miRNA-mediated cell-cell communication inference for single-cell transcriptomic data with miRTalk 2025-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03566-x PMID:40229908	研究论文	介绍了一种名为miRTalk的新方法，用于推断由细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA介导的细胞间通讯（CCC）	miRTalk是一种首创的方法，用于推断由EV衍生的miRNA-靶标相互作用（MiTIs）介导的CCC，并在模拟和真实数据集上表现出优越性能	NA	通过单细胞RNA测序技术解析细胞间通讯（CCC）的机制	细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA及其靶标相互作用（MiTIs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	miRTalk	单细胞转录组数据	NA