单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-05-07	Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842 PMID:39911580	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中的免疫基因，区分热/冷肿瘤，并探索其对癌症治疗和患者预后的影响	开发了一个框架来区分不同癌症类型中具有临床意义的免疫亚型，并确定了几个潜在靶点用于将冷肿瘤转化为热肿瘤以提高抗癌治疗效果	尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少	探索免疫调控基因如何影响肿瘤微环境，从而影响癌症治疗和患者预后	33种不同类型的癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列	肿瘤免疫学	多种癌症（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌和宫颈鳞状细胞癌）	CIBERSORT算法、基因集变异分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的33种癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列
1042	2025-05-07	Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036548 PMID:38115318	research paper	该研究通过综合分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，构建了与单核细胞相关的高级别浆液性卵巢癌预后模型	识别了37个单核细胞差异表达标记基因，并筛选出A2M、CD163和FPR1作为枢纽基因构建风险模型，揭示了这些基因在肿瘤发展中的作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	寻找高级别浆液性卵巢癌的新生物标志物并构建预后模型	高级别浆液性卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	risk model	RNA-seq data	来自TCGA和GEO数据库的数据
1043	2025-05-07	Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036707 PMID:38115253	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型	结合单细胞细胞通讯方法、WGCNA分析和LASSO模型，识别出与子宫内膜异位症组织干细胞标记物相关的关键基因	未提及样本量是否足够大或是否进行了实验验证	识别子宫内膜异位症的关键基因并构建诊断和治疗的新方向	子宫内膜异位症相关基因	生物信息学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA分析、LASSO模型	LASSO	RNA测序数据	NA
1044	2025-05-07	Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches 2023-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43855-2 PMID:38052804	研究论文	本文通过改进基于分裂绿色荧光蛋白（GFP）的遗传编码系统，开发了一种名为sGRAPHIC的技术，用于高效荧光标记与癌细胞在深层组织中相邻并可能相互作用的组织驻留细胞	开发了sGRAPHIC系统，能够高效标记并分离转移灶相关组织驻留细胞，结合单细胞RNA测序平台揭示其基因表达模式	研究仅在小鼠肝脏转移模型中进行，尚未在人类或其他癌症类型中验证	探究转移灶中细胞间相互作用的机制	转移灶相关的组织驻留细胞（如肝细胞）	癌症生物学	癌症转移	分裂GFP系统、单细胞RNA测序	小鼠肝脏转移模型	基因表达数据	NA
1045	2025-05-07	Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43420-x PMID:38042809	研究论文	该研究通过整合恒河猴对mRNA-1273疫苗接种的先天和适应性免疫反应，扩展了对SARS-CoV-2疫苗免疫机制的理解	首次在非人灵长类动物模型中整合先天和适应性免疫反应，揭示了S特异性T细胞与先天免疫细胞之间的双向信号传导机制	研究仅针对mRNA-1273疫苗在恒河猴中的反应，结果可能不能完全推广到人类或其他疫苗	研究SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫和适应性免疫细胞之间的相互作用动态	恒河猴	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点的先天免疫细胞和抗原特异性B、T细胞
1046	2025-05-07	Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43758-2 PMID:38042900	research paper	该研究分析了两个月大婴儿在接种疫苗前后的免疫反应，揭示了抗体反应的异质性以及转录组的显著变化	首次在婴儿群体中详细描述了疫苗接种后的血清学反应和转录组变化，并发现了干扰素刺激基因(ISGs)的显著过表达	研究样本量有限，且仅观察了短期免疫反应	了解婴儿对常规疫苗的免疫反应机制	两个月大的婴儿	免疫学	感染性疾病	全血转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个队列的2月龄婴儿
1047	2025-05-07	Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43600-9 PMID:38040768	研究论文	介绍了一种名为Redeconve的算法，用于在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据	Redeconve算法能够在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据，揭示数千种细微细胞状态	NA	提高空间转录组数据的解卷积分辨率和准确性	空间转录组数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序	Redeconve算法	空间转录组数据	多种空间转录组平台和数据集，包括人类胰腺癌数据集和淋巴结样本
1048	2025-05-07	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	research paper	研究使用OLIG2抑制剂CT-179预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的潜力	首次证明CT-179通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化，增加肿瘤细胞分化和凋亡，从而减少复发	研究中发现的CDK4上调可能导致CT-179耐药性，需要联合CDK4/6抑制剂	探索预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的新方法	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠	肿瘤学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	GEMM和PDX模型	转录组数据	患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠
1049	2025-05-07	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与基因调控元件和转录目标联系起来	开发了一种简化的实验台抗体偶联方法，用于创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	NA	旨在量化细胞内和核内磷酸化蛋白的动态变化，并探索其与基因调控和转录目标的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	蛋白质组学数据、表观遗传学数据和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官
1050	2025-05-06	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物和疫苗开发中的应用	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，利用机器学习和人工智能驱动的蛋白质结构预测工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	推动寄生虫线虫控制技术的进步，解决全球抗寄生虫药物耐药性问题	Haemonchus contortus及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
1051	2025-05-06	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-May-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	research paper	该研究开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，能够在单细胞水平识别基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记RNA测序技术，开发了Chigene scRNA-seq平台，具有高RNA覆盖率和低双联体率	未提及具体的技术成本或操作复杂性	开发一种能够全面分析临床样本不同遗传信息水平的scRNA-seq平台	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤微环境中的应用	digital pathology	urothelial carcinoma	scRNA-seq, Random Bridging Co-labeling (RBCL) RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	临床样本（具体数量未提及）
1052	2025-05-06	TREM2+ macrophages accumulate in childhood IgA nephropathy and soluble TREM2 represents a reliable non-invasive biomarker 2025-May-05, Experimental physiology IF:2.6Q2 DOI:10.1113/EP092716 PMID:40321057	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和血液样本分析，揭示了儿童IgA肾病中TREM2+巨噬细胞的积累及其可溶性形式sTREM2作为非侵入性生物标志物的潜力	首次在儿童IgA肾病中发现TREM2+巨噬细胞亚群的积累，并证实血浆sTREM2水平与疾病严重程度相关	样本量较小（38例患者），且缺乏长期随访数据验证sTREM2的预后价值	探索儿童IgA肾病的发病机制并寻找有效的非侵入性生物标志物	儿童IgA肾病患者（38例）的肾脏组织和血液样本	数字病理学	IgA肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、临床生化数据	38例儿童IgA肾病患者+健康对照组
1053	2025-05-06	MRAS: Master Regulator Analysis of Alternative Splicing 2025-May-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414493 PMID:40323145	research paper	介绍了一种名为MRAS的计算方法，用于识别在剪接调控网络中起核心作用的关键剪接因子	提出了MRAS方法，能够高效识别调控剪接异常的关键剪接因子，并揭示其在肿瘤发生和发展中的作用	未提及具体的样本量或实验验证细节	研究剪接调控网络中的关键剪接因子及其在肿瘤发生和发展中的作用	剪接因子和剪接调控网络	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
1054	2025-05-06	OLS4: A new Ontology Lookup Service for a growing interdisciplinary knowledge ecosystem 2025-May-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf279 PMID:40323307	研究论文	介绍了一种新的本体查找服务OLS4，用于支持不断增长的跨学科知识生态系统	实现了完整的OWL2规范，支持多语言国际化，并提供了新的用户界面和用户体验增强功能	未提及具体的技术或性能限制	开发一个支持现代本体定义范围的搜索工具，以替代现有的OLS3	生物信息学和化学社区中用于注释生物和生物医学数据的本体	生物信息学	NA	OWL2规范	NA	本体数据	NA
1055	2025-05-06	Single-cell transcriptomics of human skin reveals age-associated specificity of distinct cell populations 2025-May-05, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-025-04222-x PMID:40323328	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类皮肤细胞在衰老过程中的特异性变化	首次在避光区域皮肤中详细描述了衰老对皮肤细胞功能和相互作用的影响	研究样本仅来自健康供体，未考虑疾病状态对皮肤衰老的影响	阐明皮肤细胞群体在衰老过程中的分子和功能变化	人类皮肤细胞（包括成纤维细胞、角质形成细胞和免疫细胞）	单细胞组学	皮肤衰老	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	超过5,000个细胞
1056	2025-05-06	TREM2 Impedes Recovery After Spinal Cord Injury by Regulating Microglial Lysosomal Membrane Permeabilization-Mediated Autophagy 2025-May-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70047 PMID:40320759	research paper	该研究探讨了TREM2在脊髓损伤后通过调节小胶质细胞溶酶体膜通透性介导的自噬影响恢复过程的机制	首次揭示了TREM2通过Syk磷酸化-TFEB核转位通路调控溶酶体膜通透性介导的自噬过程，并提出了基于基因治疗的临床转化策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果仍需进一步验证	探究TREM2在脊髓损伤恢复中的具体作用机制	野生型和Trem2敲除小鼠的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞测序、免疫荧光、3D步态分析、运动诱发电位实验、H&E染色、Masson染色	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、行为学数据、电生理数据、组织学数据	野生型和Trem2敲除小鼠在脊髓损伤前后的样本
1057	2025-05-06	Exome and Transcriptome Analysis Links Calcium Channel Pathway Aberrations to Botox Resistance in Hailey-Hailey Disease 2025-May-03, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf112 PMID:40317184	research paper	该研究通过多组学方法探讨了钙通道通路异常与Hailey-Hailey病患者对Botox治疗反应差异的关联	首次发现ORAI1/SOCE通路上调可能与Botox治疗抵抗相关，并可作为预测患者治疗反应的生物标志物	样本量较小（仅12例患者），需要更大规模研究验证发现	阐明Hailey-Hailey病患者对Botox治疗反应差异的潜在机制	Hailey-Hailey病患者	生物医学研究	Hailey-Hailey病	全外显子测序(WES)、RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化(IHC)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	12例Hailey-Hailey病患者
1058	2025-05-06	Nuclear Profilin-1 for DNA Damage Repair Is Involved in Phagocytic Impairment of Senescent Microglia 2025-May-03, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70028 PMID:40317528	研究论文	本研究探讨了profilin-1（PFN1）在DNA损伤修复中的作用及其与衰老小胶质细胞吞噬功能受损的关系	首次揭示了PFN1在DNA双链断裂修复中的核质转运机制及其在衰老小胶质细胞功能障碍中的作用	研究主要基于体外实验和公开数据，需要更多体内实验验证	阐明PFN1在DNA损伤修复中的作用及其与衰老小胶质细胞功能障碍的关联	小胶质细胞	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外培养的小胶质细胞和公开的小鼠脑部单细胞RNA测序数据
1059	2025-05-06	Single-cell transcriptomics reveal the effects of chemoimmunotherapy on hypopharyngeal cancer and its tumor microenvironment 2025-May-03, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107347 PMID:40319711	研究论文	通过单细胞转录组学分析化疗免疫疗法对下咽癌及其肿瘤微环境的影响	揭示了肿瘤微环境异质性与治疗反应的关系，并识别了S100A2基因在肿瘤细胞中的高表达及其对ICIT疗效的影响	研究样本量有限，且仅针对下咽癌患者	探索化疗免疫疗法对下咽癌及其肿瘤微环境的影响，寻找预测治疗反应的分子标记	下咽癌患者的活检样本	数字病理学	下咽癌	单细胞转录组学，bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	下咽癌患者治疗前后的活检样本
1060	2025-05-06	Heterogeneous Responses to High-Dose Testosterone in Castration-Resistant Prostate Cancer Tumors with Mixed Rb-Proficient and Rb-Deficient Cells 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0716 PMID:40116305	研究论文	研究高剂量睾酮对混合Rb功能正常和缺失的去势抵抗性前列腺癌肿瘤的异质性反应	揭示了Rb家族蛋白在高剂量睾酮治疗反应中的作用，并提出通过抑制缺氧诱导因子-1α来恢复Rb缺失细胞对治疗的敏感性	研究基于患者来源的异种移植模型和细胞系，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	探索高剂量睾酮治疗去势抵抗性前列腺癌的分子机制及提高治疗效果的新策略	去势抵抗性前列腺癌肿瘤细胞	肿瘤学	前列腺癌	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	包含Rb功能正常和缺失细胞群的CRPC患者来源的异种移植模型