单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-05-24	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: Insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-May-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性和组织特异性标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，识别了29个主要细胞簇，并发现了胃上皮特定区域的独特标记基因	NA	解析B diegensis的细胞异质性、组织特化和芽殖过程	Botrylloides diegensis群体的所有细胞(包括个体、芽体和血管被膜)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体(包含多种组织类型)
1042	2025-05-24	Comprehensive single-cell RNA atlas of human laryngeal normal, preneoplastic and tumorigenic states 2025-May-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织样本，可能无法完全反映疾病发展的全过程	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和靶向治疗提供依据	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	单细胞组学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	36例患者(318,907个细胞和12,679个空间转录组位点)
1043	2025-05-24	GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks 2025-May-22, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383 PMID:40402695	research paper	提出了一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的网络架构GCNLA，用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用	GCNLA不仅学习细胞的空间结构，还捕获远端细胞间的相互作用信息，注意力模块进一步提取和增强与细胞间相互作用相关的特征	现有方法仅考虑邻近细胞的基因表达信息和空间位置信息，存在一定局限性	推断细胞间相互作用，理解细胞活动	细胞间相互作用	digital pathology	NA	空间转录组分析	GCN, LSTM	空间转录组数据	seqFISH和MERFISH数据集
1044	2025-05-24	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-May-21, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	结合去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维和噪声空间转录组数据，提高空间域识别的准确性	NA	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学	去噪自编码器, 图注意力对比网络	空间转录组数据	NA
1045	2025-05-24	High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck 2025-May-20, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01798-8 PMID:40392349	研究论文	本研究使用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，评估头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中PD-L1的表达，以扩大免疫检查点抑制剂治疗的适用患者范围	采用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，首次在HNSCC中系统评估PD-L1表达及其与免疫微环境和临床预后的关系	样本量相对有限，特别是空间转录组学分析仅涉及6对样本	评估PD-L1在HNSCC中的表达模式及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、鳞状上皮内瘤变（SIN）和正常口腔黏膜（NOM）样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学染色（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织样本、基因表达数据	94例HNSCC临床样本及配对的SIN和NOM样本，其中6对样本进行ST分析
1046	2025-05-24	Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10035-5 PMID:40392335	研究论文	本研究探讨了APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中通过巨噬细胞神经元样分化所起的作用	揭示了APOE-TREM2轴调控巨噬细胞向神经元样细胞分化的新机制及其在鼻咽癌慢性疼痛中的作用	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制	鼻咽癌患者和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA转录组数据分析、体外共培养系统	小鼠疼痛模型	转录组数据、单细胞测序数据	TCGA-NPC数据集和单细胞测序样本（具体数量未明确说明）
1047	2025-05-24	ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58322-3 PMID:40393969	研究论文	本研究揭示了小鼠妊娠期间β细胞适应的表观遗传调控机制，特别是ACSS2在其中的作用	首次在单细胞水平揭示了妊娠期β细胞适应的精确过程，并确定了ACSS2介导的特异性表观遗传通路	研究主要基于小鼠模型，在人类妊娠期β细胞适应中的直接应用仍需验证	探究妊娠期胰腺β细胞适应性变化的分子机制	妊娠期小鼠的胰腺β细胞	表观遗传学	妊娠糖尿病	单细胞转录组分析、遗传分析	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量（小鼠β细胞）
1048	2025-05-24	CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59926-5 PMID:40393991	研究论文	本文介绍了一个基于1000万人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM	使用1000万人类细胞的多样化数据集训练了一个包含8亿参数的模型，采用改进的RetNet框架在MindSpore上进行训练	未提及具体局限性	解决单细胞数据分析中的噪声、批次效应和稀疏性问题，建立一个统一的细胞状态表示模型	人类单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	RetNet框架改进模型	转录组数据	1000万人类细胞
1049	2025-05-24	TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids 2025-May-20, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-025-00560-7 PMID:40393982	research paper	该研究探讨了TGF-β信号如何通过调控Sox11基因的活性，促进部分上皮-间质转化（pEMT）和癌变肠道类器官的集体侵袭	发现Sox11在TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭中的关键作用，并揭示其在肠道组织稳态、肿瘤抑制和癌细胞侵袭中的多重调控功能	Sox11对于TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭是必要但不充分的条件，其具体机制仍需进一步研究	探究TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭的分子机制	携带结直肠癌驱动突变的肠道类器官	癌症研究	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验	肠道类器官模型	基因表达数据, 影像数据	人类结直肠癌样本和肠道类器官
1050	2025-05-24	The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01427-y PMID:40394014	研究论文	本研究介绍了一种新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并揭示了压力超负荷诱导的右心室肥厚和纤维化的分子特征	首次建立了新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并通过单细胞RNA测序揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特特征	研究仅关注了新生儿期右心室对压力超负荷的反应，未涉及其他发育阶段	研究儿科心力衰竭的发病机制，特别是右心室压力超负荷导致的肥厚和纤维化	新生儿大鼠/小鼠的右心室组织	心血管疾病研究	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 组织学染色	NA	RNA测序数据	新生儿大鼠/小鼠右心室组织
1051	2025-05-24	Sphingolipid metabolism-related genes as diagnostic markers in pneumonia-induced sepsis: the AUG model 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01150-8 PMID:40394027	研究论文	本研究鉴定了一个与鞘脂代谢相关的新基因标志物（AUG模型），用于肺炎诱发的脓毒症的诊断和预后评估	首次提出由ACER3、UGCG和GBA组成的鞘脂代谢相关基因标志物（AUG模型），并验证其在脓毒症诊断中的性能	临床队列样本量较小（20例PIS患者），需要更大规模的验证研究	鉴定肺炎诱发脓毒症（PIS）的生物标志物和治疗靶点	肺炎诱发脓毒症患者、肺炎患者和健康对照者的外周血样本	生物标志物研究	脓毒症	转录组分析（bulk和单细胞）、细胞通讯分析	AUG模型（基于ACER3、UGCG和GBA基因）	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据	训练集（GSE65682）、验证集（E-MTAB-1548和E-MTAB-5273）、临床队列（20例PIS患者、31例肺炎患者、11例健康对照）
1052	2025-05-24	Decoding the impact of MMP1+ malignant subsets on tumor-immune interactions: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02503-y PMID:40394037	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了MMP1在肿瘤生物学和免疫调节中的作用及其对肿瘤进展的影响	揭示了MMP1+恶性细胞与免疫细胞（特别是巨噬细胞和CD8+ T细胞）之间的显著相互作用，并确定了CXCL16-CXCR6和ANXA1-FPR3信号轴作为这些相互作用的关键介质	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内实验验证和临床样本的直接证据	探讨MMP1在肿瘤进展和免疫调节中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	MMP1表达的恶性细胞及其与免疫细胞的相互作用	肿瘤生物学	肿瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	大规模单细胞RNA测序和空间转录组学数据
1053	2025-05-24	Multimodal spatial proteomic profiling in acute myeloid leukemia 2025-May-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00897-7 PMID:40394148	研究论文	本文通过优化高通量组织微阵列技术，结合空间免疫荧光和质谱流式成像，研究了急性髓系白血病（AML）骨髓微环境中的免疫、肿瘤和结构组分	开发了一种单玻片高通量空间蛋白组学分析流程，揭示了骨髓中三级淋巴样聚集体的存在，并通过独立方法验证了其与AML预后的相关性	研究主要聚焦AML，虽然方法可推广到其他骨髓疾病，但尚未在其他疾病中验证	解析AML骨髓微环境中白血病细胞与免疫系统的相互作用机制	急性髓系白血病患者的骨髓微环境	空间蛋白组学	急性髓系白血病	高通量组织微阵列、空间免疫荧光、质谱流式成像、空间转录组学	空间K函数无偏聚类	蛋白质组数据、转录组数据	480例患者的公共转录组数据集
1054	2025-05-24	HSD17B1-mediated trophoblast differentiation lowers estrogen levels in early-onset preeclampsia 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02490-1 PMID:40394177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了HSD17B1在早发型子痫前期（EOPE）发病机制中的核心作用	首次发现HSD17B1是协调滋养层细胞-内分泌相互作用的关键调控因子，其功能障碍可能导致EOPE发病	研究主要基于体外细胞模型和有限临床样本，需要更大规模临床验证	探究早发型子痫前期伴胎儿生长受限的分子机制	胎盘滋养层细胞亚型和临床胎盘样本	生殖医学	子痫前期	scRNA-seq, 免疫组化, western blotting	BeWo滋养层细胞模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量（EOPE-FGR和正常妊娠胎盘样本）
1055	2025-05-24	Pyroptosis drives tumor progression and immune evasion in Hepatocellular Carcinoma: a single-cell and spatial transcriptomic study 2025-May-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02421-6 PMID:40394449	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了焦亡在肝细胞癌（HCC）中的基因表达及其对肿瘤进展和免疫逃逸的影响	首次将CHMP4B鉴定为HCC中与焦亡相关的关键基因，并揭示其在肿瘤微环境中的免疫抑制作用	样本量有限（10例HCC患者），需要更大数据集和多组学方法进一步验证	研究焦亡相关基因在HCC中的表达及其对预后和肿瘤微环境动态的影响	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	10例HCC患者的scRNA-seq数据（来自GEO数据库GSE149614），TCGA的批量RNA-seq数据
1056	2025-05-24	Scmaskgan: masked multi-scale CNN and attention-enhanced GAN for scRNA-seq dropout imputation 2025-May-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06138-9 PMID:40394489	research paper	提出了一种名为scMASKGAN的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的缺失值填充，通过将矩阵填充任务转化为像素恢复任务来提高基因表达数据的恢复效果	结合了掩码机制、CNN、注意力机制和残差网络，有效解决scRNA-seq数据中的缺失事件，并利用细胞类型标签作为约束条件提高特征学习的准确性	未提及具体的数据规模限制或模型在不同类型数据上的泛化能力	提高单细胞RNA测序数据中缺失基因表达数据的恢复效果	单细胞RNA测序数据	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq	CNN, GAN, ResNet	gene expression data	10个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据
1057	2025-05-24	A novel NFKB1 agonist remodels tumor microenvironment and activates dendritic cells to promote anti-tumor immunity in colorectal cancer 2025-May-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06576-2 PMID:40394677	研究论文	研究发现一种新型NFKB1激动剂F1929-1458，通过重塑肿瘤微环境并激活树突状细胞来促进抗肿瘤免疫	首次鉴定出F1929-1458作为NFKB1激动剂，通过激活NF-κB信号通路诱导肿瘤细胞释放DAMPs，进而激活树突状细胞的cGAS-STING和NLRP3炎症小体通路，增强T细胞介导的抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索能够同时靶向癌症干细胞和肿瘤微环境的治疗剂，以克服结直肠癌治疗抵抗	结直肠癌细胞系CT26和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、小分子下拉质谱、细胞热位移实验、药物亲和实验、分子对接	小鼠结直肠癌移植瘤模型	测序数据、蛋白质互作数据	NA
1058	2025-05-24	Non-variable RNA deletion using the CRISPR-Cas9 technique demonstrated improved outcomes in human intestine single-cell RNA sequencing data, even at half sequencing depths 2025-May-20, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00043-6 PMID:40394729	研究论文	本研究提出了一种基于CRISPR-Cas9技术的方法，用于选择性去除单细胞RNA测序数据中的非可变RNA，以提高数据质量并降低测序成本	首次将CRISPR-Cas9技术应用于单细胞RNA测序数据中非可变RNA的去除，相比计算方法更有效且不损害生物相关数据	研究仅针对人类肠道组织样本，未在其他组织类型中验证	提高单细胞RNA测序数据质量并降低测序成本	人类肠道组织的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	17名患者的肠道组织样本
1059	2025-05-24	HMG Box-Containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在胰腺炎和胰腺肿瘤进展中的双重作用，既保护胰腺免受炎症损伤，又促进肿瘤前病变的进展	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、小鼠AP模型、条件性HBP1敲除小鼠、致癌KRAS突变小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌、胰腺炎	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型、致癌KRAS突变模型	组织样本、细胞实验数据	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型（具体数量未明确说明）
1060	2025-05-24	Neoadjuvant with low-dose radiotherapy, tislelizumab, albumin-bound paclitaxel, and cisplatin for resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinoma: phase II single-arm trial 2025-May-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59865-1 PMID:40382318	研究论文	评估低剂量放疗联合替雷利珠单抗、白蛋白结合型紫杉醇和顺铂作为新辅助治疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌中的疗效和安全性	首次将低剂量放疗与免疫治疗和化疗联合应用于头颈部鳞状细胞癌的新辅助治疗，并展示了较高的病理完全缓解率	单臂试验设计，样本量较小（28例患者）	提高局部晚期头颈部鳞状细胞癌新辅助治疗的病理完全缓解率和主要病理缓解率	未经治疗的III-IVB期头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	28例患者