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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10541 | 2025-10-07 |
ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq
2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028
PMID:39936571
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研究论文 | 开发了一种名为ELLIPSIS的工具,用于在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件 | 利用局部观察到的读取覆盖度、流动保守性和细胞类型内相似性特性,能够量化新型剪接事件 | NA | 开发在单细胞RNA测序中稳健量化剪接的工具 | 单细胞RNA测序数据中的剪接事件 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10542 | 2025-10-07 |
Jellyfish stings-induced cardiac failure was ameliorated through AAG-mediated glycogen-driven ATP production
2025-Feb, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20230089
PMID:40040825
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研究论文 | 本研究揭示了水母蜇伤导致的心力衰竭通过AAG介导的糖原驱动ATP产生得到改善的机制 | 首次发现AAG通过促进糖原代谢和糖酵解/线粒体代谢转换来改善水母蜇伤引起的心力衰竭 | 具体分子机制仍需进一步阐明,临床转化潜力有待验证 | 探究AAG在改善水母蜇伤引起的心力衰竭中的作用机制 | 水母蜇伤引起的心力衰竭患者和相关的分子通路 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组技术 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
10543 | 2025-10-07 |
Overexpression of ornithine decarboxylase 1 mediates the immune-deserted microenvironment and poor prognosis in diffuse large B-cell lymphoma
2025-Feb, Journal of the National Cancer Center
IF:7.6Q1
DOI:10.1016/j.jncc.2024.10.001
PMID:40040873
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研究论文 | 本研究通过机器学习识别弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有干细胞特征的高风险亚群,并揭示ODC1过表达与免疫荒漠微环境共同导致不良预后的机制 | 首次将ODC1过表达与DLBCL免疫荒漠微环境联系起来,建立了精准风险分层模型,并证明靶向ODC1可调节免疫治疗反应 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床试验验证治疗策略 | 改善弥漫性大B细胞淋巴瘤的风险分层和治疗策略 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者和细胞系 | 机器学习 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 基因组分析, 体外实验 | 机器学习算法 | 转录组数据, 基因组数据, 单细胞RNA测序数据 | 2133例DLBCL样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10544 | 2025-10-07 |
Accurate tiling of spatial single-cell data with Tessera
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633630
PMID:39896464
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研究论文 | 介绍了一种名为Tessera的空间单细胞数据分割算法,能够准确识别组织边界 | 采用边缘保持平滑、拓扑数据分析和形态学感知的聚合空间聚类方法,通过将组织划分为小型多细胞瓦片来精确追踪自然组织边界 | NA | 开发能够准确识别组织边界和功能多细胞单元的空间单细胞数据分析方法 | 健康小鼠大脑、人类淋巴结、人类大脑和肺癌组织 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | Tessera算法 | 空间单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
10545 | 2025-10-07 |
A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data
2025-Jan-07, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf005
PMID:39887052
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研究论文 | 提出一种正则化贝叶斯狄利克雷-多项回归框架,用于整合单细胞水平组学数据与患者水平临床数据 | 采用新型层次树结构在不同细胞类型水平识别关联关系,首次将正则化贝叶斯方法应用于单细胞与临床数据整合 | 未明确说明模型验证方法和性能评估指标 | 研究单细胞RNA测序数据与患者临床数据之间的关联关系 | 肺纤维化、COVID-19和非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯狄利克雷-多项回归模型 | 单细胞组学数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10546 | 2025-10-07 |
Multiomics analysis provides insights into musk secretion in muskrat and musk deer
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf006
PMID:40036429
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了麝鼠和麝香鹿麝香分泌的分子机制 | 首次生成麝鼠和麝香鹿染色体级别基因组组装,并开发了首个麝香分泌哺乳动物多组学数据库平台MuskDB | 对麝香分泌特异性遗传变异的深入研究仍显不足 | 探究麝香分泌的分子机制和进化驱动因素 | 麝鼠(Ondatra zibethicus Linnaeus)和中国林麝(Moschus berezovskii Flerov) | 多组学分析 | NA | 基因组测序,转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 2个物种的基因组组装和168个麝鼠组织转录组 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 基因组测序 | NA | NA |
10547 | 2025-10-07 |
Deciphering ovarian cancer heterogeneity through spatial transcriptomics, single-cell profiling, and copy number variations
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0317115
PMID:40036264
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研究论文 | 通过空间转录组学、单细胞分析和拷贝数变异解析高级别浆液性卵巢癌的异质性 | 整合单细胞转录组、空间转录组和拷贝数变异数据,首次系统揭示HGSOC肿瘤异质性的多层次特征,发现MDK-NCL配体-受体对在肿瘤增殖中的关键作用 | 样本量有限(8名患者),需要在更大队列中验证发现 | 阐明高级别浆液性卵巢癌肿瘤异质性的分子机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 拷贝数变异分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 基因组变异数据 | 8名HGSOC患者(5个单细胞转录组,8个空间转录组) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10548 | 2025-10-07 |
Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer
2025, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S500215
PMID:40040634
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析鉴定胃癌中与中性粒细胞相关的分子亚型及其临床意义 | 首次利用单细胞RNA测序结合高维加权基因共表达网络分析鉴定出两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型,并发现三个新的预后关键基因 | NA | 建立更准确的胃癌分子分型系统以改善患者预后 | 胃癌患者样本 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 随机生存森林分析 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10549 | 2025-10-07 |
New hopes and challenges in targeted therapy and immunotherapy for primary central nervous system lymphoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1438001
PMID:40040699
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综述 | 本文综述原发性中枢神经系统淋巴瘤靶向治疗和免疫治疗的最新进展与挑战 | 整合基因测序、单细胞测序等新技术揭示PCNSL发病机制,系统评估新兴靶向药物和免疫疗法的临床应用前景 | NA | 总结PCNSL靶向治疗和免疫治疗的最新研究成果并展望未来发展方向 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL) | NA | 淋巴瘤 | 基因测序, 转录组测序, 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
10550 | 2025-10-07 |
Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S509749
PMID:40040881
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据识别浆细胞相关基因并构建肝细胞癌预后模型 | 首次发现浆细胞是肝细胞癌发展的关键细胞簇,并基于浆细胞相关基因构建了八基因预后模型 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于SSR3基因的体外功能验证 | 识别与肝细胞癌发展最相关的肿瘤免疫微环境细胞类型及其作用机制 | 肝细胞癌患者的正常组织和肿瘤组织 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 体外功能验证 | 预后模型, 列线图 | 基因表达数据 | 内部和外部数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10551 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer
2025, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkae065
PMID:40040959
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示糖尿病足溃疡中表皮分化受损和病理微环境的机制 | 首次在单细胞水平系统描绘糖尿病足溃疡的表皮分化表型和动态变化,鉴定出两种关键角质形成细胞亚型BC-2和DAK | 样本来源和数量未明确说明,需要进一步功能验证实验 | 探究糖尿病足溃疡再上皮化受损的潜在机制 | 人正常皮肤、急性伤口和糖尿病足溃疡组织 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割测序, 多重免疫组织化学 | 伪时间分析, 谱系推断分析, 细胞间相互作用分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
10552 | 2025-10-07 |
Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1476092
PMID:40041860
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序数据识别结直肠癌中癌症相关成纤维细胞特征基因,并建立预后预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序和WGCNA方法系统识别CAFs特征基因,并建立具有预后预测价值的风险模型 | 研究依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别结直肠癌中癌症相关成纤维细胞相关基因并建立预后预测模型 | 结直肠癌患者和细胞系(HCT116、HT29、NCM460) | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,qRT-PCR,WGCNA,LASSO算法 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TCGA数据库结直肠癌样本和GEO数据库单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
10553 | 2025-10-07 |
Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing
2024-12-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950
PMID:39515094
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的特性 | 首次在IL-4缺陷条件下系统表征外周CD8+虚拟记忆T细胞的分子特征和亚群变化 | 研究仅使用C57BL/6小鼠品系,样本量有限 | 探究IL-4缺失对外周CD8+虚拟记忆T细胞发育和维持的影响机制 | 野生型和IL-4敲除C57BL/6小鼠的脾脏CD8+ T细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat | 单细胞转录组数据 | 野生型和IL-4敲除C57BL/6小鼠脾脏CD8+ T细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
10554 | 2025-10-07 |
Identification of LRP1+CD13+ human periosteal stem cells that require LRP1 for bone repair
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173831
PMID:39405183
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研究论文 | 通过单细胞测序鉴定人类骨膜干细胞特异性标志物LRP1+CD13+及其在骨修复中的调控机制 | 首次发现LRP1和CD13作为人类骨膜干细胞的特异性标志物,并证实LRP1对骨修复的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类直接证据有限 | 鉴定人类骨膜干细胞的特异性标志物并研究其在骨修复中的功能 | 人类和小鼠骨膜组织 | 干细胞生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10555 | 2025-10-07 |
scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf072
PMID:40036721
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研究论文 | 开发了一个名为scMitoMut的R软件包,用于在单细胞水平准确识别线粒体谱系相关突变 | 基于β-二项分布为每个细胞中每个位点的突变分配质量q值,提高了谱系相关突变检测的灵敏度和精确度 | NA | 开发用于单细胞水平线粒体DNA谱系相关突变检测的统计工具 | 单细胞DNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和10× Genomics多组学数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞DNA测序、单细胞ATAC测序、单细胞多组学测序 | β-二项分布统计模型 | 基因组测序数据、表观基因组数据 | 细胞系混合群体、人类结直肠癌样本、血液和脑组织细胞 | 10x Genomics | single-cell multi-omics, single-cell ATAC-seq, single-cell DNA sequencing | 10× Genomics multiome | 10× Genomics单细胞多组学平台 |
10556 | 2025-10-07 |
CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice
2024-Nov-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics
IF:3.1Q2
DOI:10.1124/jpet.124.002330
PMID:39379147
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研究论文 | 本研究评估了新型DDR1抑制剂CH6824025在单侧输尿管梗阻小鼠模型中改善肾纤维化的效果 | 首次开发并验证了强效选择性DDR1磷酸化抑制剂CH6824025在肾纤维化治疗中的潜力,并采用空间转录组学技术分析其作用机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 评估DDR1抑制剂CH6824025对肾纤维化的治疗效果及其作用机制 | 单侧输尿管梗阻小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学分析 | 动物模型 | 空间转录组数据,组织染色图像,基因表达数据 | 单侧输尿管梗阻小鼠 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组分析平台 |
10557 | 2025-10-07 |
Preclinical Evidence for the Glucocorticoid-Sparing Potential of a Dual Toll-Like Receptor 7/8 Inhibitor in Autoimmune Diseases
2024-02-15, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics
IF:3.1Q2
DOI:10.1124/jpet.123.001744
PMID:37673681
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研究论文 | 本研究探讨了双重TLR7/8抑制剂在自身免疫性疾病中增强糖皮质激素疗效的潜力 | 首次证明TLR7/8抑制剂与糖皮质激素在炎症环境中具有协同作用,特别是在髓系细胞中效果显著 | IFNs受影响程度较小,研究主要基于细胞实验和小鼠模型 | 开发能够减少糖皮质激素用量的自身免疫性疾病新疗法 | 人类外周血单个核细胞、髓系细胞、单核细胞和MRL/狼疮小鼠模型 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | NanoString基因表达分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞因子数据 | 人类外周血单个核细胞研究和MRL/小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10558 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics of fetal membrane-Decidual interface reveals unique contributions by cell types in term and preterm births
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0309063
PMID:39159152
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析胎儿膜-蜕膜界面,揭示了不同细胞类型在足月和早产中的独特贡献 | 首次在空间水平上解析胎儿膜各层(羊膜上皮、羊膜间充质、绒毛膜和蜕膜)在足月分娩和早产中的转录组网络 | 样本量相对较小(13名患者),需要更大规模研究验证发现 | 理解胎儿膜各层在妊娠维持和分娩启动中的具体作用机制 | 胎儿膜-蜕膜界面的四个细胞层:羊膜上皮(AEC)、羊膜间充质(AMC)、绒毛膜(CTC)和蜕膜(DEC) | 空间转录组学 | 早产 | 单细胞转录组学 | 层次聚类分析 | 基因表达数据 | 13名患者(包括足月未分娩4例、足月分娩3例、早产胎膜早破3例、早产3例),44个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10559 | 2025-10-07 |
Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation
2024, Biomaterials research
IF:8.1Q1
DOI:10.34133/bmr.0089
PMID:39665079
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研究论文 | 本研究开发了负载秋水仙碱的纳米颗粒系统,通过调控巨噬细胞极化来治疗痛风炎症 | 首次发现AHNAK是秋水仙碱调控巨噬细胞极化的关键靶点,并开发了R4F肽修饰的中性粒细胞膜包被纳米载体 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 探究秋水仙碱调控巨噬细胞极化的机制并开发靶向纳米药物治疗痛风 | 痛风小鼠模型和外周血单核细胞 | 生物医学工程 | 痛风 | 单细胞RNA测序,分子对接,慢病毒干预 | NA | 基因表达数据,生化指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10560 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing in Astrocyte Development, Heterogeneity, and Disease
2023-Oct, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-023-01397-7
PMID:37552355
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综述 | 本文综述了星形胶质细胞的发育、异质性及其在中枢神经系统生理和病理环境中的关键作用,重点关注单细胞测序技术的应用 | 系统整合了单细胞RNA测序技术在揭示星形胶质细胞异质性、发育轨迹和疾病作用方面的最新研究进展 | NA | 探讨星形胶质细胞的发育过程、细胞异质性及其在中枢神经系统疾病中的作用 | 星形胶质细胞 | 单细胞生物学 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |