单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10541	2024-08-05	Characterizing pancreatic β-cell heterogeneity in the streptozotocin model by single-cell transcriptomic analysis 2020-07, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2020.100982 PMID:32247924	研究论文	本研究探索了在链脲佐菌素（STZ）模型下胰岛细胞的分子特征	识别了β细胞在生理和病理条件下的异质性，并未观察到Glut2low向Glut2high的转化	未能发现STZ模型中非β内分泌细胞的转录组变化或α细胞谱系向β细胞谱系的直接转分化途径	重新评估链脲佐菌素（STZ）模型中β细胞的功能和再生	链脲佐菌素处理的小鼠胰腺内分泌细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2999个细胞
10542	2024-08-05	Chloride channels regulate differentiation and barrier functions of the mammalian airway 2020-04-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.53085 PMID:32286221	研究论文	本文系统地表征了小鼠气道的发育景观，并确定了在人类胎儿发育过程中操作的高度保守的细胞程序	揭示氯离子通道在哺乳动物气道形成与功能中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异	探讨气道粘膜屏障的形成和功能的分子事件	小鼠气道的发育和修复机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
10543	2024-08-05	Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response 2020-04, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1008408 PMID:32251450	研究论文	该文章探讨了LY86在抗念珠菌宿主反应中的作用	首次揭示LY86与念珠菌易感性之间的潜在新联系	没有明确提到样本量的细节和数据的长期影响	更好地理解抗念珠菌宿主反应	与念珠菌刺激的免疫细胞进行的转录组分析	数字病理学	念珠菌感染	RNA-seq	NA	转录组数据	NA
10544	2024-08-05	Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz877 PMID:31764967	研究论文	介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具	Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动	仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围	旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台	生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了来自公共可用数据集的三个示例
10545	2024-08-05	MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative LowRank Representation with Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering 2024-Jul-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740 PMID:39046863	研究论文	本文提出了一种新的单细胞聚类方法MLRR-ATV，用于分析scRNA-seq数据	引入了自适应全变分正则化来降低噪声的影响，同时保留数据中的线性和非线性流形结构	模型为非凸，优化过程可能会受到局部最优解的影响	研究单细胞RNA测序数据的聚类方法	聚类分析的对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	低秩表示模型	数据集	八个真实的scRNA-seq数据集
10546	2024-08-04	A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade 2024-Jul-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50478-8 PMID:39034339	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性	通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化	在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限	研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用	192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	肿瘤样本	192个肿瘤样本
10547	2024-08-04	Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering 2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae451 PMID:39012523	研究论文	本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域	本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留	NA	研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布	从不同平台获取的各种空间转录组数据集	数字病理学	NA	对比学习	图神经网络	基因表达数据	各种空间转录组数据集，空间分辨率各异
10548	2024-08-04	Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis 2024-Jul-03, Aging DOI:10.18632/aging.205982 PMID:38968594	研究论文	本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型	创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型	本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题	研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力	研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析
10549	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
10550	2024-08-04	Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance 2024-06-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03304-9 PMID:38886757	研究论文	本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能	提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性	未提及具体的局限性	研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道	288种scRNA-seq分析管道和86个数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习模型	单细胞RNA-seq数据	288个分析管道和86个数据集
10551	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction 2024-Jun-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88942 PMID:38856719	研究论文	本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用	研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性	研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据	深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法	研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型	数字病理学	糖尿病勃起功能障碍	单细胞 RNA 测序	NA	RNA数据	研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本
10552	2024-08-04	Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47152-4 PMID:38565531	研究论文	该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。	Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。	研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。	研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。	研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。	数字病理学	NA	贝叶斯框架	NA	空间转录组数据	多种空间转录组平台生成的数据
10553	2024-08-04	Understanding testicular single cell transcriptional atlas: from developmental complications to male infertility 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1394812 PMID:39055054	综述	这篇文章讨论了睾丸单细胞转录组研究以及其与男性不育的关系	强调了单细胞RNA测序在测试材料基因表达中的优势和应用	关于睾丸转录组以及相关疾病的全面评论仍然有限	旨在深入理解睾丸的转录组特征与男性生育力之间的关系	主要关注睾丸内不同细胞类型的基因表达特征	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10554	2024-08-05	The Sex and Age-Associated Infiltration of B Cells May Result in the Dimorphic Behaviors Observed in Papillary Thyroid Carcinomas 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S467704 PMID:39055976	研究论文	这项研究探讨了性别和年龄在乳头状甲状腺癌中的差异性浸润机制	揭示了与性别和年龄有关的B细胞浸润如何影响甲状腺癌的生物表现	仅分析了2261名患者的临床病理特征，可能影响结果的普遍性	阐明性别和年龄对乳头状甲状腺癌发病机制的影响	针对2261名乳头状甲状腺癌患者进行综合分析	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	多变量逻辑回归分析	基因表达数据	2261名患者和497个样本的基因表达信息
10555	2024-08-05	Cross-species single-cell landscapes identify the pathogenic gene characteristics of inherited retinal diseases 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1409016 PMID:39055259	研究论文	该研究通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了与遗传性视网膜疾病（IRD）相关的致病基因特征。	研究建立了视网膜细胞的全景表达视图，并揭示了不同物种间的基因表达模式以及细胞特异性调控网络。	研究可能存在对细胞类型及其功能复杂性理解不足的局限性。	本研究旨在理解遗传性视网膜疾病的临床表现及其致病基础。	研究对象为来自三种物种（人类、小鼠和斑马鱼）的视网膜样本，涉及259,087个细胞。	数字病理学	遗传性视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	35个视网膜样本，来自3种物种
10556	2024-08-05	Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis 2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004 PMID:32169803	研究论文	本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段	提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法	需高实验成本和较长的实验周期	开发计算方法以识别发育标记的有效基因	人类植入前胚胎发育的关键基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机(SVM)	基因表达数据	1,881个基因
10557	2024-08-05	Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data 2020-03-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15295-9 PMID:32188848	研究论文	本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程	Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法	对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性	研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程	通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别	数字病理学	肿瘤异质性	RNA测序	自编码器	transcriptomic 数据	NA
10558	2024-08-04	A global view of altered ligand-receptor interactions in bone marrow aging based on single-cell sequencing 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.020 PMID:39050783	研究论文	基于单细胞转录组测序检测骨髓衰老的配体-受体相互作用	首次系统性探讨了衰老对骨髓配体-受体相互作用的影响	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	了解衰老对骨髓的细胞间通讯的影响	对年轻和老年小鼠的骨髓细胞进行分析	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	研究涉及384,124条相互作用和16种骨髓细胞类型
10559	2024-08-05	LiverSCA: A comprehensive and user-friendly cell atlas in human hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.031 PMID:39050786	研究论文	我们开发了一个名为LiverSCA的细胞图谱，旨在支持肝癌相关的研究	提供了一个用户友好的网络界面和全面的功能，使研究人员能够轻松访问肝癌肿瘤微环境的细胞和分子景观	NA	帮助研究人员在肝癌研究中快速而便捷地探索细胞和分子特征	人类肝细胞癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
10560	2024-08-05	Integrated analysis of ferroptosis and stemness based on single-cell and bulk RNA-sequencing data provide insights into the prognosis and treatment of esophageal carcinoma 2024-Nov-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148701 PMID:38885819	研究论文	本研究基于单细胞和大规模RNA测序数据，探讨了铁死亡与干性在食管癌预后和治疗中的作用	构建了一个新颖的与铁死亡相关的干性标记，并识别了两个在食管癌中的标记基因	缺乏对铁死亡相关基因与干性标志物在ESCA预后中的联合作用的深入研究	探讨铁死亡及干细胞特征对食管癌患者预后和治疗的影响	未治疗的食管癌样本中的干细胞与血流动力学相关基因	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习算法	RNA测序数据	18个未治疗的食管癌样本