单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10521	2024-08-05	Astrocyte-specific activation of sigma-1 receptors in mPFC mediates the faster onset antidepressant effect by inhibiting NF-κB-induced neuroinflammation 2024-Aug, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.06.008 PMID:38852761	研究论文	本研究探讨了σ-1受体的星形胶质细胞特异性激活如何通过抑制NF-κB引起的神经炎症，从而中介更快速的抗抑郁药效应	本研究首次揭示了YL-0919对抗抑郁效果的星形胶质细胞特异性机制，并强调了σ-1受体在快速抗抑郁中的关键作用	本研究专注于小鼠模型，可能限制了结果的广泛适用性	本研究旨在揭示YL-0919在抑郁样小鼠中通过星形胶质细胞激活σ-1受体的机制	本研究的研究对象为抑郁样小鼠及其星形胶质细胞	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个抑郁样小鼠样本
10522	2024-08-05	Characterize molecular signatures and establish a prognostic signature of gastric cancer by integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2024-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01168-w PMID:39044041	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，特征化胃癌的分子特征并建立预后特征。	通过整合不同维度的数据，识别了226个候选标记基因，并开发了一个高预测准确度的预后模型。	疾病的异质性和分子交互的复杂性仍然是挑战。	研究胃癌的分子基础，开发个性化治疗策略的预后模型。	关注胃癌患者的分子特征和相关的临床参数。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和大规模RNA测序(bulk RNA-seq)	机器学习模型	基因表达数据	NA
10523	2024-08-05	Characterization of cuproptosis signature in clear cell renal cell carcinoma by single cell and spatial transcriptome analysis 2024-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01162-2 PMID:39044005	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析对清细胞肾细胞癌中的铜死亡特征进行了表征	首次系统研究了铜死亡相关基因与清细胞肾细胞癌肿瘤微环境的关联	仅研究了清细胞肾细胞癌，未涉及其他类型肿瘤	探讨铜死亡在清细胞肾细胞癌中的作用及其与肿瘤微环境的关系	清细胞肾细胞癌的不同阶段的肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序和空间转录组测序	NA	RNA序列数据	多阶段清细胞肾细胞癌的样本集
10524	2024-08-05	Multi-omics analysis unveils immunosuppressive microenvironment in the occurrence and development of multiple pulmonary lung cancers 2024-Jul-23, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00651-5 PMID:39043808	研究论文	本研究揭示了多发性肺癌中免疫抑制微环境的特征	研究首次全面调查了与不同影像学或病理特征相关的多发性肺癌的分子和免疫特征	未提供关于样本来源的详细信息及样本数量的具体分布	研究多发性肺癌的发生与发展与其免疫微环境之间的关系	收集了27个肺结节及相应的正常组织和血液样本进行分析	数字病理学	肺癌	全外显子测序（WES）和全转录组测序	NA	组织样本，血液样本	27个肺结节及匹配的正常组织和血液样本
10525	2024-08-05	P53 Activation Promotes Maturational Characteristics of Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes in 3-Dimensional Suspension Culture Via FOXO-FOXM1 Regulation 2024-Jul-02, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.123.033155 PMID:38934864	研究论文	本研究探讨了p53激活如何通过调节FOXO和FOXM1的平衡来促进人诱导多能干细胞衍生心肌细胞的成熟特性	首次揭示了p53激活在三维悬浮培养中促进hiPSC-CM成熟的机制	研究样本量较小，仅为每组3到6个样本，可能影响结果的普遍性	研究hiPSC-CM的成熟机制，以促进其临床转化	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	每组3到6个hiPSC-CM样本
10526	2024-08-04	Leveraging single-cell sequencing analysis and bulk-RNA sequencing analysis to forecast necroptosis in cutaneous melanoma prognosis 2024-Jul, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15148 PMID:39051739	研究论文	本研究利用单细胞测序和普通RNA测序分析预测皮肤黑色素瘤中的坏死性凋亡	研究中提出了一种通过机器学习算法构建的与坏死性凋亡相关的标志（NRS），并验证了其在多组中的预后能力	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在数据的代表性和准确性问题	探讨坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤预后中的作用	主要研究对象为皮肤黑色素瘤患者的细胞，包括不同类型的细胞团和相关基因表达模式	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞测序，普通RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	共分析了四个队列的黑色素瘤数据，包括一个TCGA和三个GEO队列
10527	2024-08-04	Single-Cell Transcriptome Landscape and Cell Fate Decoding in Human Brain Organoids after Transplantation 2024-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402287 PMID:38711218	研究论文	本文探讨了人脑类器官移植后细胞命运的变化	研究揭示了移植后人脑类器官的细胞命运与宿主细胞接近的规律	未能详细探讨不同大脑区域对细胞命运的影响机制	探讨人脑类器官移植后细胞命运变化的机制	人类脑类器官及其移植后命运的细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	组织样本	多个用于比较移植前后及不同大脑区域的样本
10528	2024-08-04	Gene representation bias in spatial transcriptomics 2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720024500070 PMID:39036848	研究论文	本研究探讨了在空间转录组学中，与大规模RNA-seq相比，哪些基因在Visium中常常被低检测到。	本研究揭示了在Visium中，特定基因由于聚合酶(T)结构的影响而被低检测的潜在机制。	该研究基于有限的人类和小鼠样本，可能未能涵盖所有组织来源的差异。	识别在Visium中相比大规模RNA-seq常常低检测的基因及其潜在机制。	研究对象包括28个人类样本和19个小鼠样本，涉及多种组织源。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因计数矩阵	28个人类样本和19个小鼠样本
10529	2024-08-04	NDMNN: A novel deep residual network based MNN method to remove batch effects from scRNA-seq data 2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S021972002450015X PMID:39036845	研究论文	提出一种名为NDMNN的新颖方法来去除scRNA-seq数据中的批次效应	NDMNN方法结合了密集深度残差网络模型和MNN方法，显著改善了批次效应的修正	NA	主要研究如何有效去除单细胞RNA测序数据中的批次效应	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度残差网络	数据	NA
10530	2024-08-05	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	本文探讨了在单个NK细胞杀伤过程中转录程序的动态变化，并将形态与功能连接起来。	结合了单细胞RNA测序和活细胞成像的方法，以深入理解NK细胞的杀伤表型。	研究限于NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养，可能不完全反映真实生理状态。	目标是揭示NK细胞杀伤机制中的转录调控。	主要研究NK细胞与HeLa宫颈癌细胞的相互作用。	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	图像	使用NK-92细胞系和HeLa细胞进行共培养，样本量未具体说明
10531	2024-08-05	Multi-omics analysis of human tendon adhesion reveals that ACKR1-regulated macrophage migration is involved in regeneration 2024-May-07, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00324-w PMID:38714649	研究论文	本文通过多组学分析揭示了ACKR1调控的巨噬细胞迁移参与人类肌腱粘连的再生过程	发现了一种新的抗纤维化巨噬细胞群体及其来源	研究中的抗纤维化机制仍需进一步验证和探讨	研究肌腱损伤后肌腱粘连的纤维化微环境	分析人类和小鼠的肌腱粘连组织样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、蛋白组学	NA	组织样本	超过74000个单细胞
10532	2024-08-05	scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016 PMID:38569548	研究论文	本文利用高质量的单细胞RNA测序创建了幼虫腹神经索细胞类型的全面普查	揭示了腹神经索的神经谱系在幼虫阶段已经被定义但处于静息状态，为进一步研究提供了新资源	未提及具体的实验条件和样本采集的局限性	旨在研究和理解运动系统的发展和功能	研究幼虫腹神经索的细胞类型和相应的神经元集群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	细胞类型数据	NA
10533	2024-08-05	Marmosets contain multitudes 2024-Apr-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97866 PMID:38661001	研究论文	单细胞RNA测序揭示了眉猴在其兄弟姐妹之间携带遗传上不同细胞的程度	首次通过单细胞RNA测序展示了眉猴的遗传多样性	未提及具体的实验范围或样本来源	探讨眉猴细胞的遗传多样性	眉猴的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10534	2024-08-04	STIGMA: Single-cell tissue-specific gene prioritization using machine learning 2024-02-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.011 PMID:38228144	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA-seq数据的针对特定组织的基因优先排序方法STIGMA	STIGMA通过学习不同细胞类型在健康器官生成过程中的基因表达动态，弥补了现有方法未能捕捉细胞亚群体表达异质性的不足	未提及具体局限性	研究主要致力于利用单细胞转录组数据优先排序与罕见先天疾病相关的候选基因	研究对象包括小鼠肢体和人类胎心的单细胞RNA-seq数据集，以及特定先天性疾病患者的基因变异	机器学习	先天性疾病	单细胞RNA-seq（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及7,958个个体的研究，特定病例的样本数量未明确说明
10535	2024-08-04	Integrative Pan-Cancer Analysis Reveals the Oncogenic Role of MND1 and Validation of MND1's Role in Breast Cancer 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S458832 PMID:39051055	研究论文	本研究全面分析了MND1在多种癌症中的表达和生物学功能	发现MND1在多种癌症中特别是乳腺癌中具有促进肿瘤进展的作用，并且能够作为生物标志物用于癌症预后和免疫治疗	本研究主要依赖于数据库分析，缺乏大规模临床样本的实验证据	探讨MND1在不同癌症中的角色及其与乳腺癌的关系	MND1在不同类型癌症中的表达、预后意义及功能进行研究	数字病理学	乳腺癌	免疫组化染色、CCK8、EdU、克隆形成和流式细胞术	NA	基因表达数据	分析了来自不同癌症的多种样本及相关数据库
10536	2024-08-05	Developing an advanced diagnostic model for hepatocellular carcinoma through multi-omics integration leveraging diverse cell-death patterns 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1410603 PMID:39044829	研究论文	本研究通过多组学整合构建了一种针对肝细胞癌的先进诊断模型	创新性地利用程序性细胞死亡相关基因构建了一个七基因的诊断模型，并揭示了其与免疫检查点抑制治疗的关联	样本量相对较小，仅使用了50个样本和104,288个单细胞，可能限制了模型的广泛适应性	明确程序性细胞死亡基因在肝细胞癌中的作用并构建诊断模型	肝细胞癌患者样本，包括血液来源的外泌体和肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序和RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	50个样本，104,288个单细胞
10537	2024-08-05	Hemicentin-1 is an essential extracellular matrix component during tooth root formation by promoting mesenchymal cells differentiation 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1435241 PMID:39050894	研究论文	该文章探讨了Hemicentin-1在牙根形成中的作用，特别是在牙本质形成过程中的影响	识别并强调了Hemicentin-1作为牙根与牙冠之间牙本质形成差异的关键外部矩阵成分	未提供与人类牙髓细胞相关的体内实验数据	研究Hemicentin-1在牙根形成过程中的作用，特别是其在牙本质形成中的功能	使用小鼠的牙齿组织，特别是切牙和磨牙，作为研究对象	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，免疫组化染色，CCK8检测，BrdU检测，创伤愈合检测，ALP染色，茜素红染色	NA	组织样本	小鼠切牙和磨牙组织样本
10538	2024-08-05	Mapping Single-Cell Transcriptomes of Endometrium Reveals Potential Biomarkers in Endometrial Cancer 2024, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S470994 PMID:39050484	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了子宫内膜癌中的潜在生物标志物	首次综合分析了59,397个子宫内膜样本的单细胞转录组，识别出多种细胞亚型及其转录因子活性	未提及实验验证阶段的具体样本数据或者临床试验结果	研究子宫内膜的动态免疫微环境及其在子宫内膜癌中的作用	分析了十个子宫内膜样本中的59397个细胞的转录组	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	10个子宫内膜样本和535个子宫内膜癌样本
10539	2024-08-05	Characterization of the Prognosis and Tumor Microenvironment of Cellular Senescence-related Genes through scRNA-seq and Bulk RNA-seq Analysis in GC 2024, Recent patents on anti-cancer drug discovery IF:2.5Q3 DOI:10.2174/0115748928255417230924191157 PMID:37807645	研究论文	本研究探讨了细胞衰老相关基因在胃癌中的预后作用和分子亚型	该研究首次基于细胞衰老相关基因划分胃癌分子亚型并发展了相应的风险模型	研究可能缺乏外部验证，依赖于特定的数据库资源	研究细胞衰老相关基因在胃癌中的作用和影响	胃癌患者的细胞衰老相关基因及其临床信息	数字病理学	胃癌	scRNA-seq和Bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	利用了TCGA数据库中各类胃癌患者的临床和基因表达数据
10540	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Steroidogenesis and Spermatogenesis Impairment in the Testis of db/db Mice 2024, International journal of endocrinology IF:2.3Q3 DOI:10.1155/2024/8797972 PMID:38817616	研究论文	本研究探讨了db/db小鼠睾丸中类固醇生成和精子发生的障碍机制	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了db/db小鼠中睾丸的类固醇生成和精子发生缺陷	本研究仅限于db/db小鼠，可能不适用于其他类型的糖尿病模型	探究2型糖尿病对男性类固醇生成和精子发生的影响	db/db小鼠及其对照C57BL/6J小鼠的睾丸	数字病理学	糖尿病相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	db/db小鼠和C57BL/6J小鼠