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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10501 | 2025-03-08 |
Erratum for the Research Article "Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria" by A. Sarfatis et al
2025-Mar-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0881
PMID:40048545
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10502 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10503 | 2025-10-07 |
Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier
2025-Mar-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04144-5
PMID:40038808
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪来源干细胞通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿关节炎的机制 | 首次揭示ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞能量代谢并促进屏障修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 探究ADSCs治疗类风湿关节炎的分子机制及其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用 | 血清转移诱导的关节炎模型小鼠和CX3CR1+滑膜巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 线粒体移植 | NA | 基因表达数据 | 关节炎模型小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
10504 | 2025-10-07 |
GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074
PMID:39960893
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研究论文 | 提出一种基于图对比学习的链接预测框架GCLink,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 引入图对比学习策略聚合基因的特征和邻域信息,减少对样本量的依赖并提升预测潜在基因调控相互作用的能力 | 未明确说明模型在极稀疏数据场景下的性能表现 | 开发能够从单细胞RNA测序数据准确推断基因调控网络的计算方法 | 基因调控网络和基因间调控相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图对比学习链接预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10505 | 2025-10-07 |
Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf076
PMID:40037644
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研究论文 | 本研究对五种从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法进行了全面性能评估 | 首次对单细胞多组学数据集中的拷贝数变异推断工具进行独立综合基准测试 | 仅评估了五种计算方法,可能未涵盖所有可用工具 | 评估和比较从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算工具性能 | 五种最先进的拷贝数变异推断计算方法 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10506 | 2025-10-07 |
Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57361-0
PMID:40038288
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者滑膜液中免疫细胞的特征及其在TNF/JAK抑制剂治疗后的变化 | 首次在单细胞水平揭示滑膜液来源的致病细胞(SPP1巨噬细胞和CXCL13CD4 T细胞)在类风湿关节炎治疗中的功能作用及细胞间通讯机制 | 样本量有限,主要关注滑膜液细胞而未全面分析其他组织类型 | 研究类风湿关节炎患者滑膜液中致病细胞在TNF/JAK抑制剂治疗过程中的变化机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜液样本和胶原诱导关节炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 类风湿关节炎患者滑膜液样本(治疗前后对比) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10507 | 2025-10-07 |
E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57404-6
PMID:40038329
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研究论文 | 本研究揭示E3泛素连接酶RNF128通过促进SRB1的Lys63多聚泛素化加重动脉粥样硬化 | 首次发现RNF128在动脉粥样硬化巨噬细胞中的特异性表达及其通过调控SRB1循环的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究RNF128在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 巨噬细胞、泡沫细胞形成过程 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子机制研究 | NA | 基因表达数据、分子相互作用数据 | ApoE和LDLR缺陷的雄性和雌性小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10508 | 2025-10-07 |
Investigation of cell development and tissue structure network based on natural Language processing of scRNA-seq data
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06263-2
PMID:40038714
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研究论文 | 提出一种基于自然语言处理的单细胞RNA测序数据分析方法,通过将基因类比为单词构建嵌入表示 | 首次将自然语言处理中的word2vec技术应用于单细胞RNA测序数据分析,将基因序列视为单词进行嵌入表示 | 未提及具体的数据集验证和性能对比分析 | 开发计算高效的单细胞多组学数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因、细胞和组织 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | word2vec | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10509 | 2025-10-07 |
Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06318-4
PMID:40038725
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综述 | 本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液学领域的应用进展 | 重点介绍了整合条形码、CRISPR条形码和碱基编辑器等新兴单细胞谱系追踪技术的优势 | NA | 探索单细胞谱系追踪技术在血液系统研究中的应用价值 | 血液系统中的细胞谱系,包括造血干细胞和血液系统恶性肿瘤细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
10510 | 2025-10-07 |
Histidine metabolism drives liver cancer progression via immune microenvironment modulation through metabolic reprogramming
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06267-y
PMID:40038727
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研究论文 | 本研究揭示了组氨酸代谢通过代谢重编程调控免疫微环境促进肝癌进展的机制 | 首次在单细胞水平系统阐明组氨酸代谢通过BUD23基因调控肿瘤免疫微环境的机制 | 机制研究仍需进一步深入,临床转化价值需要更多验证 | 探究组氨酸代谢在肝癌进展中的作用机制 | 肝细胞癌样本、免疫细胞(巨噬细胞、T细胞) | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、体内外实验、TCGA数据分析 | 多变量Cox回归预后模型 | 单细胞RNA测序数据、临床数据 | 肝癌样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10511 | 2025-10-07 |
Benchmarking single-cell cross-omics imputation methods for surface protein expression
2025-Mar-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03514-9
PMID:40038818
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研究论文 | 对12种单细胞跨组学表面蛋白表达插补方法进行综合基准测试 | 首次对表面蛋白数据插补方法进行大规模综合基准测试,涵盖多种数据集和场景 | 仅评估了现有方法,未提出新的插补算法 | 评估单细胞RNA测序数据预测表面蛋白表达的插补方法性能 | 12种最先进的单细胞表面蛋白数据插补方法 | 单细胞组学 | NA | 单细胞多组学测序,CITE-seq,REAP-seq,scRNA-seq | 多种插补方法(包括Seurat v3/v4 PCA等) | 单细胞转录组和表面蛋白组数据 | 11个数据集 | NA | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
10512 | 2025-10-07 |
Cellular interactions within the immune microenvironment underpins resistance to cell cycle inhibition in breast cancers
2025-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56279-x
PMID:40032842
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了高风险ER+乳腺癌对CDK4/6抑制剂产生耐药性的免疫微环境机制 | 首次在纵向收集的乳腺癌样本中发现癌细胞通过上调细胞因子促进免疫抑制性髓系细胞分化,从而削弱CD8+T细胞功能的耐药机制 | 样本量相对有限,且主要针对高风险ER+乳腺癌患者 | 探究乳腺癌免疫微环境在CDK4/6抑制剂治疗耐药中的作用机制 | II期和III期高风险雌激素受体阳性乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 纵向收集的系列活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10513 | 2025-10-07 |
The Hydractinia cell atlas reveals cellular and molecular principles of cnidarian coloniality
2025-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57168-z
PMID:40032860
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研究论文 | 通过单细胞转录组学构建了Hydractinia细胞图谱,揭示了刺胞动物群体性的细胞和分子机制 | 发现了与生物矿化和几丁质合成相关的特异性匍匐茎细胞类型,以及介导自我/非我识别的新细胞类型 | 研究仅针对Hydractinia symbiolongicarpus物种,可能不适用于其他群体性生物 | 探究刺胞动物群体性结构的细胞和分子基础 | Hydractinia symbiolongicarpus的约200,000个细胞,包括匍匐茎和两种水螅体类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 约200,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10514 | 2025-10-07 |
Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes
2025-Mar, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70256
PMID:40038877
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研究论文 | 本研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的机制 | 首次探索TYK2抑制剂局部给药治疗银屑病的潜力,并揭示其通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未进行人体临床试验 | 研究局部应用TYK2抑制剂治疗银屑病的疗效及其作用机制 | 咪喹莫特诱导的银屑病样皮炎小鼠模型和人类角质形成细胞 | 分子生物学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序,双荧光素酶报告基因检测,ChIP-qPCR | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据 | 银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10515 | 2025-10-07 |
Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data
2025-Feb-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf138
PMID:40037709
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研究论文 | 开发了一种基于深度学习的框架scMultiomeGRN,用于从单细胞多组学数据推断细胞特异性基因调控网络 | 通过构建模态特异性邻居聚合器和跨模态注意力模块,独特整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据来学习转录因子的潜在表示 | 单细胞测序数据固有的高丢失率可能影响网络推断的准确性 | 从单细胞多组学数据推断细胞特异性基因调控网络 | 转录因子调控网络,特别是阿尔茨海默病相关的SPI1和RUNX1调控网络 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 深度学习框架 | 单细胞多组学数据 | 多个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
10516 | 2025-10-07 |
Pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for spermatogenesis and primordial germ cell development
2025-Feb-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57165-2
PMID:39988597
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研究论文 | 本研究揭示了多能性因子Tex10通过调控Wnt信号通路在精子发生和原始生殖细胞发育中的关键作用 | 首次发现Tex10通过结合H3K4me3标记的Psmd3和Psmd7基因启动子激活其表达,从而抑制Wnt信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的分子机制 | 小鼠睾丸组织、胚胎干细胞和原始生殖细胞 | 发育生物学 | 男性不育症 | 条件性基因敲除、dTAG-degron系统、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、染色质占据研究 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、染色质结合数据 | Tex10敲除小鼠和野生型对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
10517 | 2025-10-07 |
iDog: a multi-omics resource for canids study
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1031
PMID:39526388
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研究论文 | 介绍iDog 2.0——一个整合多组学数据的犬科动物研究公共资源平台 | 基因组样本量增加15倍,新增表观基因组模块、单细胞转录组数据和13种新分析工具 | NA | 为全球犬科动物研究社区提供数据服务和分析工具 | 家犬和野生犬科动物 | 生物信息学 | 犬类疾病 | 多组学分析,单细胞RNA-seq,DNA甲基化测序,染色质可及性分析 | NA | 基因组,转录组,表观基因组,表型数据 | 1929个现代样本,111个古代样本,105057个比格犬海马体细胞,547个DNA甲基化样本,87个染色质可及性样本 | NA | 单细胞RNA-seq,表观基因组学 | NA | NA |
10518 | 2025-10-07 |
The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1554312
PMID:40046232
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综述 | 本文综述了tenascin-C在肿瘤微环境中的多重作用及其作为治疗靶点的潜力 | 整合单细胞测序和空间组学技术,提出基于TNC的个性化癌症治疗创新策略 | NA | 探讨tenascin-C在肿瘤微环境中的作用机制及其治疗应用前景 | tenascin-C蛋白及其在不同肿瘤微环境中的功能 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
10519 | 2025-10-07 |
Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma
2025, Brain communications
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/braincomms/fcaf053
PMID:40046334
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研究论文 | 整合全基因组关联研究和转录组学分析,为脑膜瘤确定优先药物靶点 | 首次结合GWAS和转录组学数据,通过SMR、共定位分析和孟德尔随机化方法系统识别脑膜瘤治疗靶点 | NA | 阐明脑膜瘤的病理基础并发现新的药物靶点 | 脑膜瘤组织 | 生物信息学 | 脑膜瘤 | 全基因组关联研究(GWAS), 转录组分析, 单细胞RNA测序, 分子对接 | 基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR), 共定位分析, 孟德尔随机化 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10520 | 2025-10-07 |
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538498
PMID:37163077
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研究论文 | 开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统,结合CRISPRi筛选技术研究神经元-胶质细胞相互作用机制 | 首次将iAssembloids系统与大规模CRISPRi筛选相结合,在3D模型中发现了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的新机制,这在2D单一培养神经元筛选中未被发现 | 研究主要基于体外3D培养模型,可能需要进一步在体实验验证 | 阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制,特别是在神经元死亡和存活过程中的作用 | 神经元和胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi筛选, 单细胞转录组学, 免疫组织化学 | 3D共培养系统(iAssembloids) | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |