单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 10501 - 10520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10501 | 2024-08-05 |
Exploring the Role of Neutrophil-Related Genes in Osteosarcoma via an Integrative Analysis of Single-Cell and Bulk Transcriptome
2024-Jul-08, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12071513
PMID:39062086
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研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞相关基因在骨肉瘤中的作用及其与预后和肿瘤微环境的关系 | 提出了一种新的NRG评分和NRG特征，能够评估骨肉瘤患者的预后 | 研究尚未深入探讨NRGs在不同骨肉瘤患者中的具体功能机制 | 研究中性粒细胞相关基因在骨肉瘤中的预后价值及其与肿瘤微环境的关联 | 骨肉瘤患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 包含来自TARGET-OS和GEO数据库的多个样本 |
| 10502 | 2024-08-05 |
Scanpro is a tool for robust proportion analysis of single-cell resolution data
2024-07-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-66381-7
PMID:38971877
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研究论文 | 本文介绍了Scanpro，一个用于单细胞分辨率数据的稳健比例分析工具 | 提出了一种新的工具Scanpro，用于在Python环境中进行单细胞数据的比例分析 | 当前缺乏对重复和不重复单细胞数据集进行稳健比例分析的生物信息学工具 | 研究高等生物体中个体细胞对信号的应答及其在不同生物条件下细胞类型比例的变化 | 主要研究单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据集中的细胞类型比例 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 10503 | 2024-08-04 |
CrossMP: Enabling Cross-Modality Translation between Single-Cell RNA-Seq and Single-Cell ATAC-Seq through Web-Based Portal
2024-Jul-05, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15070882
PMID:39062661
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研究论文 | 本研究提出了一个模型，以实现单细胞RNA测序和单细胞表观基因组的跨模态预测 | 提出了一个基于深度神经网络的模型，能够从源模态学习潜在表示并预测目标模态 | 生成多模态数据技术挑战大且成本高，导致单细胞共检测数据的可用性有限 | 探索如何在单细胞层面同时分析多种组学模态 | 单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | 深度神经网络 | 多模态数据 | 跨多个配对的人类scATAC-seq和scRNA-seq数据集 |
| 10504 | 2024-08-05 |
CD163+ Macrophages Induce Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atheroma
2024-Jul-05, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324082
PMID:38860377
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研究论文 | 本研究探讨了CD163+巨噬细胞在动脉粥样硬化中诱导内皮细胞向间充质细胞转变的作用 | 揭示CD163+巨噬细胞通过促凋亡内皮细胞向间充质细胞转变来促进动脉粥样硬化斑块进展 | 仅使用了小鼠模型和人类动脉样本，可能无法完全代表所有类型的动脉粥样硬化 | 阐明动脉粥样硬化中细胞表型转变的刺激因素和意义 | 人类冠状动脉组织切片及不同小鼠模型（如ApoE-/-和ApoE-/-/CD163-/-小鼠） | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、组织病理学分析、西方印迹 | 小鼠模型 | 组织切片、细胞培养 | 107个急性冠状动脉斑块破裂病变 |
| 10505 | 2024-08-05 |
Tumor suppressor FRMD3 controls mammary epithelial cell fate determination via notch signaling pathway
2024-Jul-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adk8958
PMID:38959315
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研究论文 | 该文章研究了肿瘤抑制因子FRMD3在乳腺上皮细胞命运决定中的作用 | 该研究揭示了FRMD3如何通过降解Disheveled-2来调节Notch信号通路，进而影响乳腺上皮细胞的命运转变 | 未提及该研究的局限性 | 探讨FRMD3在乳腺上皮细胞命运决定中的角色及其机制 | 乳腺上皮细胞(MECs)及其在乳腺癌中的病理转变 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | NA |
| 10506 | 2024-08-04 |
The impact of next-generation sequencing for diagnosis and disease understanding of myeloid malignancies
2024-Jul, Expert review of molecular diagnostics
IF:3.9Q1
DOI:10.1080/14737159.2024.2383445
PMID:39054632
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review | 本综述简要描述了应用于髓系肿瘤（MNs）临床诊断的技术及其相关挑战. | 介绍了当前尚为研究用途的长测序、全外显子组/全基因组测序和单细胞测序等新兴技术，将很快成为临床检测标准. | 讨论了在资源有限的环境中全面基因组测试的采用挑战，以及其纳入临床试验的限制. | 优化髓系肿瘤的临床护理，通过改善诊断、预后、治疗规划和患者监测. | 髓系肿瘤的分子评估与临床技术. | 数字病理学 | NA | 下一代测序（NGS） | NA | NA | NA |
| 10507 | 2024-08-05 |
Correction: Single-cell transcriptome profiling and the use of AID deficient mice reveal that B cell activation combined with antibody class switch recombination and somatic hypermutation do not benefit the control of experimental trypanosomosis
2024-Jul, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012417
PMID:39058654
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更正 | 该论文修正了关于单细胞转录组分析和AID缺乏小鼠的研究内容 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10508 | 2024-08-05 |
Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm
2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13070773
PMID:39061841
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研究论文 | 本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响 | 文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联 | 尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用 | 研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响 | 脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序 | 数字病理学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞数据 | 小鼠模型中未具体说明样本数量 |
| 10509 | 2024-08-04 |
A phosphate transporter in VIPergic neurons of the suprachiasmatic nucleus gates locomotor activity during the light/dark transition in mice
2024-May-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114220
PMID:38735047
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研究论文 | 这篇文章研究了磷酸盐转运蛋白PiT2在小鼠上丘脑SCN中对行为的影响 | 鉴定了PiT2作为调节小鼠活动的磷酸盐转运蛋白，揭示了其在昼夜转换中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种 | 探索上丘脑如何通过分子机制调节行为 | 小鼠SCN中的VipNms神经元 | 数字病理学 | NA | 斑点钳记录和单细胞测序 | NA | 生物电活动和基因表达数据 | 涉及的样本为小鼠SCN神经元群体 |
| 10510 | 2024-08-05 |
Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma
2024-May-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139
PMID:38652658
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研究论文 | 本文探讨了胶质母细胞瘤中对KIF11抑制剂的抵抗机制 | 首次将谱系追踪条形码和单细胞RNA测序结合用于分析患者来源的胶质母细胞瘤中的药物抵抗 | 主要集中在药物对细胞的影响，缺乏对更大临床样本的验证 | 研究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的抵抗机制 | 患者来源的胶质母细胞瘤神经球及其对ispinesib的反应 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | 患者来源的异种移植模型 | 基因表达数据 | 涉及多个患者来源的胶质母细胞瘤样本 |
| 10511 | 2024-08-05 |
The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings
2024-May-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147
PMID:38662541
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research paper | 本研究探讨了Bicyclus anynana蝴蝶蛹前翅中鳞片细胞的多样性及其分子基础 | 通过单细胞RNA测序技术识别了不同类型的鳞片细胞，并揭示了关键基因在细胞分化中的作用 | 研究主要集中在单一物种的细胞类型，可能无法全面代表其他节肢动物的情况 | 探索蝴蝶翅膀鳞片细胞的多样性及其转录组学基础 | Bicyclus anynana蝴蝶的雄性蛹前翅中的大约5200个鳞片细胞 | 机遇 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 约5200个大细胞 |
| 10512 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of neutrophils in non-small cell lung cancer
2024-May, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3690
PMID:38735760
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研究论文 | 本研究探讨了非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性 | 识别了四种主要类型的肿瘤相关中性粒细胞，并分析了其动态特征及转录因子调控 | 未提及具体的样本数量和来源的多样性 | 研究非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性 | 肿瘤相关的中性粒细胞和人源多形核中性粒细胞 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自基因表达综合数据库的样本 |
| 10513 | 2024-08-04 |
Inferring Tree-Shaped Single-Cell Trajectories with Totem
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_9
PMID:39068362
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研究论文 | 本文介绍了通过Totem推断树状单细胞轨迹和伪时间的方法 | 提出了两种用户友好的协议，可以灵活地推断树状单细胞轨迹，解决复杂拓扑结构预测的挑战 | 主要集中在单细胞转录组数据的应用，未涉及其他类型的数据 | 研究单细胞转录组数据中细胞发育过程的轨迹推断 | 人类骨髓CD34+细胞，研究三条谱系的分支：红系、淋巴系和单核系 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 10514 | 2024-08-04 |
Unsupervised Single-Cell Clustering with Asymmetric Within-Sample Transformation and Per-Cluster Supervised Features Selection
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_8
PMID:39068361
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研究论文 | 本文展示了如何将不对称样本内变换应用于单细胞RNA测序数据，与之前的缺失值插补相匹配 | 提出了一种不对称变换的方法以处理低表达强度，同时保留高表达基因水平，并结合每个基因的熵估计进行非信息基因的去除 | 样本量和不同基因类型的影响可能未在研究中充分探索 | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和基因特征选择 | 研究对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | GLM | 文本 | NA |
| 10515 | 2024-08-04 |
RNA-Seq Analysis of Mammalian Prion Disease
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_20
PMID:39068373
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研究论文 | 本文介绍了利用单细胞RNA测序数据分析哺乳动物朊病毒病的RNA测序方法 | 提出了一种可重复使用的RNA测序分析协议，以揭示朊病毒病中的转录变化 | NA | 揭示哺乳动物朊病毒病的转录特征 | 哺乳动物朊病毒病的单细胞RNA测序数据 | 数字病理 | NA | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 使用自NCBI GEO数据库获得的单细胞数据集 |
| 10516 | 2024-08-05 |
Inferring Novel Cells in Single-Cell RNA-Sequencing Data
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_7
PMID:39068360
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中推断新细胞类型的方法 | 提出了三类推断新细胞的方法，包括未监督和异常检测的方法、监督和半监督的方法、以及基于拷贝数变异的方法 | 推断新细胞在常规单细胞RNA测序分析中仍然具有挑战性 | 研究单细胞RNA测序技术中识别和表征新细胞类型 | 利用单细胞RNA测序技术分析细胞类型及其亚群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA |
| 10517 | 2024-08-05 |
Zebrafish Thrombocyte Transcriptome Analysis and Functional Genomics
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_10
PMID:39068363
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研究论文 | 本文探讨了斑马鱼血小板的成熟过程与功能基因组学 | 采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析年轻和成熟血小板的转录组，以识别特定基因并揭示其在成熟过程中的角色 | 在血液循环中成熟的具体机制尚不明确 | 理解斑马鱼血小板成熟的机制 | 年轻和成熟的斑马鱼血小板 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个斑马鱼血小板样本，包括年轻和成熟类型 |
| 10518 | 2024-08-05 |
Comprehensive integrated single-cell RNA sequencing analysis of brain metastasis and glioma microenvironment: Contrasting heterogeneity landscapes
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0306220
PMID:39058687
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研究论文 | 该文章综合分析了脑转移和胶质瘤微环境中的异质性特征 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同来源的脑转移在微环境中的异质性差异 | 本研究的数据来自于公开数据库，可能存在数据偏倚 | 探究不同来源的脑肿瘤微环境中的异质性，以指导治疗决策 | 本研究对象为17名患者的脑转移和胶质瘤样本 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA序列数据 | 90,168个细胞样本来自17名患者 |
| 10519 | 2024-08-05 |
A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad272
PMID:37507115
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研究论文 | 本文全面评估了单细胞RNA测序分析中的障碍和零膨胀模型 | 提出了一个基于TensorFlow的Python包TensorZINB，解决了零膨胀负二项式模型的数值稳定性问题，并结合了混合模型来提高性能 | 未提及特定的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据分析中的统计模型的准确性和计算速度 | 障碍和零膨胀模型的性能评估及其对单细胞RNA测序数据的应用 | 数字病理 | NA | RNA-seq | 零膨胀负二项式（ZINB）模型 | 文本 | 使用真实的单细胞RNA测序数据集进行评估 |
| 10520 | 2024-08-05 |
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.10.540286
PMID:37214981
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研究论文 | 本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹 | 揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用 | 尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制 | 研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响 | 聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化 | 数字病理学 | NA | 染色质可及性数据分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及了多个不同神经亚型的干细胞 |