单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 10481 - 10500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10481 | 2024-08-05 |
Exploratory analysis of transposable elements expression in the C. elegans early embryo
2019-Nov-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3088-7
PMID:31757208
|
研究论文 | 本研究分析了转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达情况 | 开发了一种生物信息学管道，能够特异性量化转座元件的表达，并探讨其与发育基因的相关性 | 未提及具体的实验验证数据 | 探讨转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达及其可能的功能 | 秀丽隐杆线虫早期胚胎中不同细胞类型的转座元件表达 | 数字病理学 | NA | sc-RNAseq | NA | RNA-seq数据 | 利用公共数据集，涉及多种细胞类型 |
| 10482 | 2024-08-05 |
Single cell transcriptome atlas of the Drosophila larval brain
2019-11-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.50354
PMID:31746739
|
研究论文 | 本文介绍了果蝇幼虫大脑的单细胞转录组图谱 | 文章创新性在于建立了单细胞转录组图谱，并揭示了不同细胞类型对饥饿状态下的转录响应差异 | 研究仅限于果蝇幼虫的第一龄期大脑，可能不适用于其他发育阶段或物种 | 探索大脑细胞的多样性及其在饥饿情况下的转录变化 | 果蝇幼虫大脑的细胞类型和转录组 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 10483 | 2024-08-05 |
Systematic comparative analysis of single-nucleotide variant detection methods from single-cell RNA sequencing data
2019-11-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1863-4
PMID:31744515
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研究论文 | 本研究对七种单核苷酸变异(SNV)检测工具的性能进行了系统比较 | 本研究首次为scRNA-seq数据评估了不同SNV检测工具的性能 | 在低读深度和特定基因组环境下，灵敏度显著降低 | 评估单细胞RNA测序中SNV检测工具的性能 | 七种SNV检测工具，包括SAMtools、GATK管道等 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 模拟数据和scRNA-seq数据 | 涉及七种工具的比较 |
| 10484 | 2024-08-05 |
Subsets of mononuclear phagocytes are enriched in the inflamed colons of patients with IBD
2019-11-12, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-019-0322-z
PMID:31718550
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研究论文 | 本文分析了炎症性肠病（IBD）患者结肠组织中单核巨噬细胞亚群的富集情况 | 首次聚焦于炎症性肠病患者结肠中单核巨噬细胞的富集特征及其与疾病严重程度的相关性 | 未深入探讨这些免疫细胞与其他细胞在肠道微环境中的相互作用 | 研究单核巨噬细胞在IBD中的作用及其在结肠炎症中的富集情况 | IBD患者的结肠活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 来自不同肠道位置和疾病严重程度的多种样本 |
| 10485 | 2024-08-05 |
Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps
2019-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006555
PMID:31682608
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研究论文 | 本文介绍了一种利用自组织映射（SOM）将scATAC-seq区域与scRNA-seq基因连接的新方法。 | 提出了一种新的方法克服了现有分析方法在处理高噪声和稀疏数据集时的挑战，并能够生成草图式的调节网络。 | 该方法可能仍依赖于特定的时间序列分析和细胞类型的多样性。 | 研究的目的是开发一种新的分析方法，以整合不同单细胞测定的数据。 | 研究对象为小鼠前B细胞分化过程中的基因表达和染色质数据。 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq 和 scRNA-seq | 自组织映射（SOM） | 基因组数据 | NA |
| 10486 | 2024-08-05 |
LAmbDA: label ambiguous domain adaptation dataset integration reduces batch effects and improves subtype detection
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz295
PMID:31038689
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研究论文 | 本文开发了一种独立于物种和数据集的迁移学习框架LAmbDA，旨在减少批次效应并改善细胞亚型检测 | LAmbDA框架能够在多个数据集和物种之间进行模型训练，解决了标记模糊的问题并提高了细胞亚型识别的准确性 | 研究主要集中在模拟数据和特定组织（如胰腺和大脑）上，可能在其他实际后台数据中的表现尚不明确 | 研究旨在开发一种新的方法，减少数据集间的系统偏差，并提高细胞亚型的分类精度 | 研究对象为不同物种和组织的单细胞RNA测序数据集中的细胞亚型 | 生物计算 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 前馈神经网络（Feedforward Neural Network） | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集1: n/a; 模拟数据集2: n/a; 胰腺数据集: n/a; 大脑数据集: n/a |
| 10487 | 2024-08-05 |
Heterogeneity and plasticity in healthy and atherosclerotic vasculature explored by single-cell sequencing
2019-Oct-01, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvz185
PMID:31350876
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综述 | 文章探讨了通过单细胞测序研究健康和动脉粥样硬化血管中的异质性和可塑性。 | 提出了异质性和可塑性的定义，并通过单细胞测序探讨了血管中的新知识。 | 当前单细胞测序研究在重复次数、细胞数量和空间信息的丧失方面存在一些局限性。 | 研究单细胞测序在揭示血管异质性中的应用及其局限性。 | 研究了健康和动脉粥样硬化血管中的细胞异质性和可塑性。 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞测序（SCS） | NA | RNA序列数据 | 使用了不同数量的细胞，具体数量不详 |
| 10488 | 2024-08-05 |
Decoding human fetal liver haematopoiesis
2019-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1652-y
PMID:31597962
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research paper | 本文研究了人类胎儿肝脏中的确定性造血过程 | 通过单细胞转录组分析，揭示了人类发育过程中血液和免疫细胞的谱系 | 在对人类的理解方面仍然有限，特别是在特定的微环境影响下 | 探讨胎儿肝脏中的造血干细胞和多能前体的自我更新及分化机制 | 大约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞 |
| 10489 | 2024-08-05 |
Embracing Systems Toxicology at Single-Cell Resolution
2019-Aug, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2019.04.003
PMID:31768481
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研究论文 | 本文探讨了单细胞分辨率下的系统毒理学。 | 介绍了单细胞RNA测序如何改变系统毒理学研究，能够敏感地检测细胞变化并精确识别受毒物影响的细胞 | NA | 研究系统毒理学在单细胞解析中的应用 | 主要集中在通过单细胞技术研究细胞特定的变化和响应轨迹 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10490 | 2024-08-05 |
Deciphering the impact of aging on splenic endothelial cell heterogeneity and immunosenescence through single-cell RNA sequencing analysis
2024-Jul-18, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00452-1
PMID:39026350
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研究论文 | 本研究构建了年轻和老年小鼠脾脏内皮细胞转录组的单细胞RNA图谱 | 揭示了年龄相关的分子变化及内皮细胞与免疫细胞之间的潜在相互作用 | 本研究没有涉及人类脾脏内皮细胞的相关研究 | 探讨衰老对脾脏内皮细胞异质性和免疫衰老的影响 | 年轻和老年小鼠的脾脏内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 总共识别了十个内皮细胞簇 |
| 10491 | 2024-08-04 |
Cell type mapping of inflammatory muscle diseases highlights selective myofiber vulnerability in inclusion body myositis
2024-Jul, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00645-9
PMID:38834884
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研究论文 | 本研究揭示了与IBM相关的特定肌纤维脆弱性和细胞类型特异性驱动因素 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学的结合，识别了IBM与其他肌病的不同病理特征和细胞反应 | 对IBM病理进展的因果因素和分子驱动因素仍然了解不足 | 研究IBM的细胞类型特异性驱动因素及其与其他肌病的比较 | 聚焦于IBM患者肌肉活检样本中的细胞类型和基因表达特征 | 数字病理学 | 老年性肌肉疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 生物样本数据 | 来自IBM患者的肌肉活检样本 |
| 10492 | 2024-08-05 |
Exercise rejuvenates microglia and reverses T cell accumulation in the aged female mouse brain
2024-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14172
PMID:38747044
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研究论文 | 本研究探讨了运动对衰老女性小鼠大脑微胶质细胞的年轻化及T细胞积累的影响 | 展示了运动对老年微胶质细胞的选择性影响，并重新转变其基因表达特征 | 目前对运动如何具体影响认知的机制仍不明确 | 研究运动如何影响小鼠的脑龄化及相关细胞类型 | 18个月大的女性小鼠 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 18个月大的女性小鼠 |
| 10493 | 2024-08-05 |
[Advancements in Single-cell RNA Sequencing Technology
in the Study of the Tumor Microenvironment in Lung Cancer]
2024-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
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综述 | 本综述讨论了单细胞RNA测序技术在研究肺癌肿瘤微环境异质性中的最新进展 | 提出了单细胞RNA测序技术可用于揭示肿瘤微环境中免疫细胞的异质性和新生细胞亚群体 | 传统的批量测序技术无法有效解决单细胞水平的异质性问题 | 探讨如何通过单细胞RNA测序技术深入理解肺癌肿瘤微环境的复杂性 | 研究肿瘤微环境中免疫细胞的组成和功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10494 | 2024-08-05 |
A guide to single-cell RNA sequencing analysis using web-based tools for non-bioinformatician
2024-Jun, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17036
PMID:38148322
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研究论文 | 本研究介绍了针对非生物信息学家的单细胞RNA测序分析的网络工具 | 提供了用户友好的网络工具和详细的初学者分析流程 | 需要更多文献来帮助克服使用障碍 | 旨在使研究人员能够进行单细胞RNA测序分析 | 非生物信息学家 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10495 | 2024-08-04 |
TFvelo: gene regulation inspired RNA velocity estimation
2024-Feb-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45661-w
PMID:38360714
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研究论文 | TFvelo 是一种扩展 RNA 速度概念的模型，通过引入基因调控信息来提高模型的准确性 | 提出了一种不依赖剪接信息的 RNA 速度估计方法，结合了基因调控信息 | 可能在某些数据集上表现不佳，具体限制未在文中详细说明 | 提高 RNA 速度估计的准确性，拓宽其在单细胞数据上的应用 | 基因动态和细胞伪时间的推断 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 合成数据和多组单细胞 RNA-seq 数据集 | 具体样本数量未在文中说明 |
| 10496 | 2024-08-04 |
Microbial consortium assembly and functional analysis via isotope labelling and single-cell manipulation of polycyclic aromatic hydrocarbon degraders
2024-Jan-08, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wrae115
PMID:38913500
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研究论文 | 文章提出了一种构建功能性微生物 consortium 的创新方法 | 通过使用单细胞识别和分选技术，首次在原位构建了基于基因组指导的功能性微生物 consortium | 研究中可能未涵盖所有类型的污染物降解微生物 | 探索构建原位功能性微生物 consortium 的方法以提高多环芳香烃的生物降解能力 | 聚焦于降解 phenanthrene 的细菌，如 Achromobacter sp. 和 Pseudomonas sp. | 数字病理学 | NA | 拉曼激活细胞分选-稳定同位素探测 | NA | 基因组数据和细胞功能数据 | 涉及 phenanthrene 降解细菌的单细胞 |
| 10497 | 2024-08-05 |
Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq
2019-11-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz716
PMID:31428792
|
研究论文 | 本文展示了如何使用RNA-seq全球预测染色质可及性并推断调控元件活性 | 本文提出了一种基于RNA-seq的预测方法，能在样本细胞数量有限的情况下提供比ATAC-seq更高的准确性 | 虽然RNA-seq在小细胞数量样本中表现良好，但信号的精确性和噪声问题依然存在 | 研究如何使用RNA-seq实现染色质可及性的预测 | 涉及30个细胞的样本以及与ATAC-seq和scATAC-seq的比较 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因组数据 | 30个细胞 |
| 10498 | 2024-08-05 |
IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus
2019-11-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190993
PMID:31434685
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研究论文 | 本研究探讨了自反应CD4胸腺细胞产生的IL-2如何调节胸腺中调节性T细胞的生成 | 提出了IL-2作为关键环境因子，由自反应CD4SP胸腺细胞产生，从而调控胸腺中Treg细胞的生成规模 | 未提供对不同类型自反应CD4SP胸腺细胞的全面分析 | 研究IL-2在胸腺中调节性T细胞生成中的作用 | 主要研究成熟的CD4单阳性胸腺细胞及其产生的IL-2 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 10499 | 2024-08-05 |
Cell-type-specific analysis of alternative polyadenylation using single-cell transcriptomics data
2019-11-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz781
PMID:31501864
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研究论文 | 该文章探讨了使用单细胞转录组数据分析细胞特异性的替代多聚腺苷酸化 | 提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析APA调控模式的方法 | 对APA的理解仍然处于初步阶段 | 研究替代多聚腺苷酸化在不同细胞类型中的调控 | 不同组织的多组数据及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 多个不同组织的数据集 |
| 10500 | 2024-08-05 |
Applications of single cell RNA sequencing to research of stem cells
2019-Oct-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v11.i10.722
PMID:31692946
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综述 | 该文章探讨了单细胞RNA测序技术在干细胞研究中的应用 | 强调了单细胞RNA测序在揭示干细胞异质性及其子群体方面的重要性 | 未提及具体的实验数据或研究局限性 | 旨在深入理解干细胞的异质性及其潜在的治疗应用 | 主要研究干细胞的不同亚群体及其基因表达特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |