单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 10461 - 10480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10461 | 2025-10-07 |
AcImpute: a constraint-enhancing smooth-based approach for imputing single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae711
PMID:40037523
|
研究论文 | 提出一种基于约束增强平滑的单细胞RNA测序数据插补方法AcImpute | 通过约束不同表达水平基因在细胞间的平滑权重，有效防止过平滑现象 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中dropout事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督学习方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10462 | 2025-10-07 |
Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes
2025-Mar-03, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00848-2
PMID:40032924
|
研究论文 | 本研究探讨新辅助治疗对胰腺癌肿瘤微环境中补体激活的影响及其与患者预后的关系 | 首次揭示新辅助治疗通过上调肿瘤微环境中补体基因表达改善胰腺癌患者预后的新机制 | 样本量有限（36例患者），需要更大规模研究验证 | 研究新辅助治疗对胰腺癌肿瘤微环境的影响及其临床意义 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36例PDAC患者（23例接受新辅助治疗，13例未接受） | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 10463 | 2025-10-07 |
Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia
2025-Mar, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00025
PMID:40060945
|
研究论文 | 本研究探讨了Hippo信号通路在缺氧条件下调控大鼠毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的作用 | 首次在缺氧环境下研究Hippo通路对毛囊神经嵴干细胞的调控作用，并利用verteporfin抑制该通路 | 研究仅使用大鼠细胞模型，缺乏人体细胞验证 | 探究Hippo信号通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞功能的调控机制 | 大鼠毛囊神经嵴干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，实时定量PCR，免疫荧光，Western blotting，CCK8检测 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据，细胞图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10464 | 2025-10-07 |
High expression of stearoyl-coenzyme A desaturase in colorectal cancer oncogenic functions and its potential as a therapeutic target
2025-Feb-27, World journal of gastrointestinal surgery
IF:1.8Q2
DOI:10.4240/wjgs.v17.i2.100237
PMID:40061980
|
研究论文 | 本研究探讨硬脂酰辅酶A去饱和酶在结直肠癌中的致癌功能及其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过多中心高通量数据整合分析SCD在结直肠癌中的表达意义，并验证氯化两面针碱与SCD的靶向亲和性 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索SCD在结直肠癌中的临床病理学意义及其作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色、CRISPR基因敲除筛选、单细胞测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据 | 2482例结直肠癌样本和1334例非癌结直肠组织对照 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 10465 | 2025-10-07 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2025-Feb-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03493-x
PMID:40012008
|
研究论文 | 开发了跨物种单细胞转录组数据插补与比较的神经网络框架Icebear | 首次实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示哺乳动物X染色体上调的进化适应机制 | 未明确说明模型验证的具体样本规模和应用场景限制 | 解决跨物种单细胞转录组比较的挑战，促进从模式生物到人类的知识迁移 | 真兽类哺乳动物和鸡的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10466 | 2025-10-07 |
A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639556
PMID:40060457
|
研究论文 | 开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染并揭示神经干细胞过早分化的机制 | 建立了首个能够模拟人类产前寨卡病毒感染表型谱的人源化免疫健全小鼠模型系统 | 小鼠模型与人类生理存在差异，需要进一步验证临床转化价值 | 建立可靠的产前寨卡病毒感染实验模型并研究其致病机制 | 人源化小鼠模型和寨卡病毒感染后的脑组织 | 传染病模型 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 人源化小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10467 | 2025-10-07 |
MIG-21 is a novel regulator of Wnt and Netrin signaling in gonad migration identified from published scRNA-seq data and functionally validated in C. elegans
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639896
PMID:40060509
|
研究论文 | 本研究通过分析已发表的秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序数据，发现了一个新的生殖系干细胞生态位调节因子MIG-21，并验证其在引导远端尖端细胞迁移中的功能 | 首次发现MIG-21基因整合Wnt和Netrin信号通路信息来指导细胞迁移，揭示了传统筛选方法因基因冗余而被掩盖的遗传网络 | 研究仅在线虫模型中进行验证，未在其他生物体系中确认该机制的普适性 | 探索生殖系干细胞生态位调节的新机制 | 秀丽隐杆线虫的远端尖端细胞(DTC) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 经典遗传学技术, RNAi敲低, 活细胞成像 | NA | 单细胞RNA测序数据, 成像数据 | 成年雌雄同体线虫的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10468 | 2025-10-07 |
PLXNB1 and other signaling drives a pathologic astrocyte state contributing to cognitive decline in Alzheimer's Disease
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639868
PMID:40060644
|
研究论文 | 本研究通过单核转录组数据分析发现PLXNB1等信号驱动病理性星形胶质细胞状态Ast10，该状态与阿尔茨海默病认知衰退相关 | 首次通过大规模单核转录组数据meta分析鉴定出关键的病理性星形胶质细胞亚群Ast10，并验证其在认知衰退中的独立作用 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步功能实验验证具体分子机制 | 探究阿尔茨海默病中病理性星形胶质细胞状态的驱动机制及其在认知衰退中的作用 | 人脑组织样本、小鼠模型、人iPSC来源的星形胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因敲除 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 869个大脑样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10469 | 2025-10-07 |
Molecular differences between young and mature stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111832
PMID:40028281
|
研究论文 | 本研究通过建立幼年和成熟小鼠耳蜗血管纹组织外植体模型并进行单细胞RNA测序，揭示了血管纹发育和维持的关键分子差异 | 开发了首个幼年和成熟小鼠耳蜗血管纹全组织外植体模型，并结合单细胞RNA测序技术系统分析发育过程中的分子变化 | 研究仅使用小鼠模型，结果向人类转化的有效性需要进一步验证 | 研究耳蜗血管纹在发育过程中的分子差异，为治疗血管纹退化相关听力损失提供新见解 | 新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹组织 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序, 组织外植体培养 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10470 | 2025-10-07 |
A Nerve-Fibroblast Axis in Mammalian Lung Fibrosis
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611003
PMID:39314391
|
研究论文 | 本研究揭示了哺乳动物肺纤维化中交感神经与表达α1-肾上腺素能受体的肌成纤维细胞之间形成的新型促纤维化轴 | 首次发现并表征了跨物种保守的神经-成纤维细胞轴，揭示了神经对组织重塑的关键贡献 | 纤维化机制尚未完全阐明，需要进一步研究验证 | 探究肺纤维化中肌成纤维细胞积累的机制 | 小鼠和人类纤维化肺组织、肺成纤维细胞、支气管肺泡灌洗液 | 病理生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 光学透明化, 全肺成像, 基因删除, 共培养, 精准肺切片 | NA | 基因表达数据, 组织图像, 测序数据 | 多种肺纤维化患者的肺组织和成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10471 | 2025-10-07 |
Shiba: a versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf098
PMID:39997221
|
研究论文 | 开发了Shiba计算方法用于系统识别不同平台间的差异RNA剪接 | 能够捕获注释和未注释的剪接事件，解决连接读段不平衡问题，统计框架对样本量不敏感，并扩展了单细胞RNA-seq分析功能 | NA | 开发一个跨平台的差异RNA剪接分析方法 | RNA剪接事件 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 统计框架 | RNA测序数据 | n=1 RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10472 | 2025-10-07 |
Subepicardial adipose genes contribute to the deterioration of heart failure preserved ejection fraction
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1501397
PMID:40060963
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了心外膜下脂肪基因通过影响细胞衰老促进射血分数保留型心力衰竭发展的机制 | 首次系统筛选并验证了心外膜下脂肪组织中OGN、FOS和ALOX5等枢纽基因在HFpEF发病中的作用机制 | 研究样本量有限，机制研究主要基于体外实验，需要更多临床验证 | 探索内脏脂肪细胞基因在射血分数保留型心力衰竭发展中的作用机制 | 心力衰竭患者的心外膜下组织、血液样本、细胞系和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 生物信息学分析, 蛋白互作网络分析, 细胞实验 | PPI网络, ROC分析 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床样本数据 | GSE251971数据集、人类组织样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10473 | 2025-10-07 |
scLTNN: an innovative tool for automatically visualizing single-cell trajectories
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf033
PMID:40061870
|
研究论文 | 开发了一种名为scLTNN的创新工具，用于自动可视化单细胞轨迹 | 结合人工神经网络和分布模型，基于高变异基因的一致表达分布发现，创建了能够自动推断细胞起源和终末状态的新工具 | NA | 开发计算效率高的单细胞轨迹推断工具 | 人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系、斑马鱼胚胎轴中胚层谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10474 | 2025-10-07 |
Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0628
PMID:40062231
|
综述 | 探讨空间组学技术在心血管系统研究中的应用及其前景 | 系统整合多种空间组学技术（转录组、蛋白质组、代谢组、基因组、表观基因组）在心血管研究中的创新应用 | NA | 推动心血管疾病精准医疗、靶向治疗和个性化治疗的发展 | 心血管系统 | 空间组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 空间基因组学, 空间表观基因组学 | NA | 空间多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 空间基因组学, 空间表观基因组学 | NA | NA |
| 10475 | 2025-10-07 |
Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease
2024-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12519
PMID:39499013
|
研究论文 | 本研究探讨人诱导多能干细胞来源神经干细胞胞外囊泡对阿尔茨海默病模型小鼠神经炎症的调节作用 | 首次证明hiPSC-NSC-EVs通过调节小胶质细胞和星形胶质细胞的转录组变化来抑制AD神经炎症信号通路 | 研究仅使用5xFAD小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 开发阿尔茨海默病的疾病修饰疗法 | 3月龄5xFAD转基因小鼠和培养的人类小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，免疫染色 | 动物模型 | 基因表达数据，蛋白质数据，行为数据 | 5xFAD小鼠模型和人类小胶质细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10476 | 2025-10-07 |
CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01888-9
PMID:39164479
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析mRNA疫苗接种后人类血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的转录表型差异 | 首次使用深度学习反向表位定位方法Trex定义抗原特异性，并比较疫苗接种与自然感染后CD4 T细胞在淋巴器官和外周血中的表型差异 | 样本时间点仅限于接种后3个月和6个月，未涵盖更长期的免疫反应动态 | 解析mRNA疫苗接种后CD4 T细胞在淋巴组织与血液中的转录表型特征 | 接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体和SARS-CoV-2感染者的CD4 T细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞转录组测序，深度学习反向表位定位 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 分析1,277个刺突蛋白特异性CD4 T细胞（含238个通过Trex方法定义） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10477 | 2025-10-07 |
Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.15.608093
PMID:39229048
|
研究论文 | 开发了首个用于全面分析免疫细胞极化的计算方法Scupa | 首个利用单细胞基础模型系统评估免疫细胞极化的计算方法 | NA | 解决缺乏系统检测细胞因子效应和免疫细胞极化方法的问题 | 免疫细胞极化状态 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | Universal Cell Embeddings基础模型 | 单细胞转录组数据 | 基于免疫词典中14种免疫细胞类型的66种细胞因子驱动极化状态 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10478 | 2025-10-07 |
Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-May-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1
PMID:38798691
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响，发现补体基因表达上调与患者生存改善相关 | 首次揭示新辅助治疗通过上调肿瘤微环境中补体基因表达重塑免疫微环境，并发现补体表达水平与患者预后相关 | 样本量有限（36例患者），需要更大规模研究验证 | 探究新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的特异性影响 | 23例接受新辅助治疗和13例未接受新辅助治疗的胰腺导管腺癌患者 | 空间转录组学 | 胰腺导管腺癌 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36例胰腺导管腺癌患者（23例治疗组，13例对照组） | NA | 空间转录组学,snRNA-seq | NA | NA |
| 10479 | 2025-10-07 |
Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics
2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.24.590986
PMID:38712156
|
研究论文 | 本研究通过建立新生和成年小鼠血管纹器官型外植体模型并结合单细胞RNA测序，揭示了血管纹发育和维持的关键分子差异 | 首次建立了保留血-迷路屏障完整性的新生和成年血管纹器官型外植体模型，并结合单细胞RNA测序揭示了发育特异性基因表达谱 | 研究主要基于小鼠模型，人类血管纹可能存在物种特异性差异 | 研究血管纹在发育和成熟过程中的分子差异，为听力损失治疗提供新见解 | 新生和成年小鼠的血管纹组织 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序，器官型外植体培养，药理学干预 | 小鼠器官型外植体模型 | 单细胞转录组数据，组织学数据 | 新生和成年小鼠血管纹组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10480 | 2025-10-07 |
A single cell atlas of the mouse seminal vesicle
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588538
PMID:38645090
|
研究论文 | 本研究构建了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了该组织的细胞组成和功能特征 | 首次创建小鼠精囊的单细胞转录组图谱，系统定义了分泌细胞和免疫细胞群体 | NA | 研究精囊组织的细胞组成和功能，探索其在生殖过程中的作用 | 小鼠精囊组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 23只不同年龄和饮食条件的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |