本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10421 | 2025-10-07 |
Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation
2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics
IF:3.0Q2
DOI:10.4062/biomolther.2025.004
PMID:39973472
|
研究论文 | 本研究探讨了经IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞通过增强归巢效应和免疫调节改善急性呼吸窘迫综合征的治疗效果 | 首次发现IFN-γ和IL-1β联合预处理的MSCs能显著增强对T细胞活性的抑制,同时调节巨噬细胞因子表达,并通过空间转录组学阐明其治疗机制 | 研究仅限于LPS诱导的小鼠ARDS模型,未涉及其他病因导致的ARDS | 评估预处理MSCs对ARDS的治疗效果及其作用机制 | 间充质干细胞、T细胞、巨噬细胞、LPS诱导的ARDS小鼠模型 | 细胞治疗 | 急性呼吸窘迫综合征 | 混合淋巴细胞反应、共培养实验、RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | LPS诱导的ARDS小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10422 | 2025-10-07 |
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.637920
PMID:40060545
|
研究论文 | 通过整合遗传条形码和单细胞转录组学技术,揭示食管癌前病变中前体细胞的动态变化和谱系轨迹 | 开发了整合遗传条形码与单细胞RNA测序的谱系追踪工具,并创建了eXamined Ridge (XR)评分系统来准确识别高可塑性细胞 | NA | 研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹 | 食管癌前病变细胞 | 单细胞组学 | 食管癌 | 遗传条形码,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10423 | 2025-10-07 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
|
研究论文 | 研究发现FKH-7/FOXP转录因子在化学感应神经元中调控发育决策过程 | 首次揭示FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能,建立了连接两个进化保守自闭症相关基因的新框架 | 研究在特定发育决策范式背景下进行,结果可能不适用于其他神经发育环境 | 探究FOXP1转录因子在神经发育中的具体分子机制 | 化学感应神经元、幼虫发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10424 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice
2025-Feb, Microbes and infection
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424
PMID:39306236
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析伯氏疏螺旋体感染小鼠淋巴结早期免疫反应的特征 | 首次在单细胞水平揭示伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结的免疫景观,发现滤泡外免疫反应的关键特征 | 仅关注早期感染阶段(感染后四天),未研究长期感染动态 | 阐明伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结免疫反应的细胞和分子机制 | 伯氏疏螺旋体感染小鼠模型的淋巴结淋巴细胞 | 单细胞组学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10425 | 2025-10-07 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research
2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01558-6
PMID:40070535
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用价值、整合方法及其发展前景 | 系统总结了多源单细胞转录组数据与单细胞多模态数据的整合方法及其在构建综合细胞图谱中的创新应用 | 单细胞RNA测序无法全面捕获所有细胞和基因,单模态数据难以完全解释细胞状态和系统变化 | 探讨单细胞转录组学在植物组织研究中的机遇与挑战 | 植物组织单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据,多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
10426 | 2025-10-07 |
Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.151
PMID:40070474
|
研究论文 | 开发了便携式CELLxGENE软件,通过图形界面简化单细胞转录组数据分析工具的安装和使用 | 创建了独立的CELLxGENE可执行版本,无需命令行操作即可安装和运行 | 主要针对简单分析任务,可能不适合复杂分析需求 | 为非生物信息学背景的研究人员提供易用的单细胞转录组数据分析工具 | 单细胞转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | CELLxGENE | Portable-CELLxGENE standalone executable with CELLxGENE-Gateway Python package extension |
10427 | 2025-10-07 |
Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair
2024-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00555-4
PMID:39455836
|
研究论文 | 本研究揭示了骨髓巨噬细胞来源的GPNMB蛋白通过结合孤儿受体GPR39在心肌梗死后心脏修复中的关键作用 | 首次发现GPNMB通过GPR39受体介导心脏修复作用,并阐明其通过增强心肌细胞收缩和抑制成纤维细胞活化的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究GPNMB在心脏损伤修复中的功能和机制 | 心肌梗死小鼠模型和人类心力衰竭样本 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、谱系追踪、骨髓移植、基因功能缺失模型 | 基因敲除模型 | 基因表达数据、功能实验数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10428 | 2025-10-07 |
Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.17.599411
PMID:38948715
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析,揭示了特发性肺纤维化中上皮细胞脱落与细胞连接成分丢失及基底膜基质失调的关联机制 | 首次在IPF中发现上皮细胞脱落现象,并通过空间多组学技术揭示了细胞连接成分下调与基质失调导致上皮脱落的分子机制 | 研究样本量有限,主要关注远端细支气管,未全面评估其他肺区域的变化 | 探究特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱落的分子机制 | 特发性肺纤维化患者和无肺病史患者的远端细支气管上皮细胞及基底膜 | 空间生物学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 功能实验 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据 | IPF患者和无肺病史患者(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
10429 | 2025-10-07 |
Osteosarcoma tumors maintain intra-tumoral transcriptional heterogeneity during bone and lung colonization
2023-04-27, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01593-3
PMID:37106386
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析骨肉瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制 | 首次结合谱系追踪和单细胞转录组学揭示肺转移过程中具有不同转录谱的多个克隆被富集并在细胞世代间保持稳定 | 研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植模型,可能不能完全反映人类体内真实情况 | 研究肿瘤细胞异质性在适应不同微环境中的作用机制 | 骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 47,977个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10430 | 2025-10-07 |
Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection
2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100029
PMID:34965963
|
研究论文 | 本研究揭示了环二核苷酸佐剂通过黏膜疫苗接种诱导T细胞归巢和IL-17依赖性保护机制抵抗结核分枝杆菌感染 | 首次阐明CDN佐剂疫苗通过诱导Th17细胞代谢状态改变和CD153表达实现保护作用的机制,并证明单纯诱导Th17细胞不足以提供保护 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证 | 探究环二核苷酸佐剂疫苗对抗结核感染的免疫保护机制 | 小鼠模型中的免疫细胞反应和结核分枝杆菌感染 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10431 | 2025-10-07 |
Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma
2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdac149
PMID:36249290
|
研究论文 | 本研究探讨了胶质母细胞瘤中TREM1阳性髓系微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现TREM1阳性髓系微环境促进胶质母细胞瘤异质性,并证明HuR二聚化抑制剂SRI42127可有效抑制该微环境 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 研究胶质母细胞瘤中髓系微环境的作用机制并探索其治疗靶向策略 | 胶质母细胞瘤患者样本、PDX细胞系、小鼠胶质母细胞瘤模型 | 肿瘤微环境研究 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、体外细胞融合实验、细胞迁移实验 | 小鼠胶质母细胞瘤模型 | 转录组数据、单细胞数据、体内外实验数据 | 5个PDX细胞系、2个小鼠胶质母细胞瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq、RNA-seq | NA | NA |
10432 | 2025-10-07 |
Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507
PMID:39978279
|
研究论文 | 本研究探讨对香豆酸通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯缓解肾纤维化的治疗潜力 | 首次系统揭示对香豆酸通过特异性靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞相互作用来缓解肾纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化潜力仍需进一步验证 | 评估对香豆酸对肾纤维化的治疗作用并阐明其分子机制 | 单侧输尿管梗阻诱导的肾纤维化模型 | 病理学研究 | 肾脏疾病 | LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, qRT-PCR, 免疫组化, 免疫荧光 | NA | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
10433 | 2025-10-07 |
Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522
PMID:39986231
|
研究论文 | 本研究探讨二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制 | 首次揭示DMY通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老,促进肝脏再生 | NA | 探索DMY在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制 | 酒精性肝病小鼠模型、临床ALD样本、体外细胞实验 | 分子生物学 | 酒精性肝病 | 血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光 | NA | 代谢组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | NA | NA | 单细胞测序, 代谢组学, 转录组学 | NA | NA |
10434 | 2025-10-07 |
Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis
2025-Mar-11, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003398
PMID:40066778
|
研究论文 | 通过斑马鱼模型和多组学分析研究CELF2基因功能缺失与癫痫的关联机制 | 首次建立CELF2基因敲除/敲低的斑马鱼癫痫模型,并结合单细胞测序、蛋白质组学和代谢组学多维度解析致病机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类临床样本数量有限 | 探究CELF2基因突变在癫痫发病中的致病机制 | 斑马鱼模型和一名婴儿癫痫痉挛综合征患者 | 多组学分析 | 癫痫 | 全外显子组测序, CRISPR/Cas9, 单细胞测序, 蛋白质组学, 代谢组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因组数据, 行为数据, 电生理数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | 1名患者+斑马鱼模型群体 | NA | 单细胞测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
10435 | 2025-10-07 |
Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies
2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00622-x
PMID:40057816
|
综述 | 全面总结乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略 | 首次系统阐述组蛋白乳酸化这一新型翻译后修饰在癌症中的作用机制 | 乳酸化修饰机制研究仍存在诸多障碍和挑战 | 探索乳酸化修饰在癌症中的分子机制及治疗潜力 | 癌症细胞及肿瘤微环境 | 分子生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
10436 | 2025-10-07 |
Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes
2025-Mar-07, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00833-9
PMID:40055530
|
研究论文 | 本研究揭示了循环肿瘤细胞外泌体激活GPX3+星形胶质细胞驱动乳腺癌脑转移的新机制 | 首次发现CTC外泌体通过激活GPX3+星形胶质细胞促进IL-1β产生和Th17细胞分化,从而形成转移前微环境 | 使用小鼠模型,需要进一步验证人类临床样本中的相关性 | 探究乳腺癌脑转移的分子机制,特别是GPX3+星形胶质细胞在转移过程中的作用 | 乳腺癌脑转移小鼠模型中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10437 | 2025-10-07 |
Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090
PMID:39999031
|
研究论文 | 开发了首个用于全面评估免疫细胞极化的计算方法Scupa | 首个利用单细胞基础模型进行免疫细胞极化评估的计算方法,整合了免疫字典数据和通用细胞嵌入 | NA | 开发系统性评估细胞因子驱动极化的计算方法 | 免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基础模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10438 | 2025-10-07 |
Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate
2025-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70129
PMID:40066224
|
研究论文 | 本研究探讨热休克蛋白HSPA1A通过ERK/JNK信号通路抑制细胞凋亡和氧化应激在前列腺增生中的作用机制 | 首次揭示HSPA1A在良性前列腺增生中的表达上调及其通过ERK/JNK通路调控细胞凋亡和氧化应激的新机制 | 研究样本量有限,临床相关性分析仅基于单中心数据 | 探究HSPA1A在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 前列腺增生组织样本、BPH-1和WPMY-1细胞系、睾酮诱导的大鼠BPH模型 | 分子病理学 | 前列腺增生 | RNA测序, 单细胞测序, 组织芯片分析 | NA | 基因表达数据, 组织切片, 细胞实验数据 | 139例BPH组织标本 | NA | 单细胞RNA测序, 组织芯片 | NA | NA |
10439 | 2025-10-07 |
A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791
PMID:40066030
|
研究论文 | 基于肿瘤膜相关基因构建胰腺癌预后预测模型MaGPS | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据,识别肿瘤上皮细胞特异性膜相关基因构建预后模型 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发胰腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学, LASSO回归, Cox回归 | 预后风险预测模型 | 基因表达数据, 生存数据, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多个患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
10440 | 2025-10-07 |
The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.14.638328
PMID:40027631
|
研究论文 | 提出树标记多面体框架,为系统发育树祖先状态重建问题提供统一的多项式时间算法 | 引入树标记多面体几何方法,能够处理传统动态规划算法无法解决的全局约束问题 | 未明确说明计算复杂度随树规模增长的具体限制 | 解决系统发育分析中受全局约束的祖先状态重建问题 | 系统发育树和网络中的祖先标记问题 | 计算生物学 | 肺癌 | 线性规划,混合整数规划 | 树标记多面体模型 | 系统发育树数据 | 数千个叶节点的大规模树 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |