单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10421	2024-08-05	[Advancements in Single-cell RNA Sequencing Technology in the Study of the Tumor Microenvironment in Lung Cancer] 2024-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2024.101.15 PMID:39026495	综述	本综述讨论了单细胞RNA测序技术在研究肺癌肿瘤微环境异质性中的最新进展	提出了单细胞RNA测序技术可用于揭示肿瘤微环境中免疫细胞的异质性和新生细胞亚群体	传统的批量测序技术无法有效解决单细胞水平的异质性问题	探讨如何通过单细胞RNA测序技术深入理解肺癌肿瘤微环境的复杂性	研究肿瘤微环境中免疫细胞的组成和功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10422	2024-08-05	A guide to single-cell RNA sequencing analysis using web-based tools for non-bioinformatician 2024-Jun, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17036 PMID:38148322	研究论文	本研究介绍了针对非生物信息学家的单细胞RNA测序分析的网络工具	提供了用户友好的网络工具和详细的初学者分析流程	需要更多文献来帮助克服使用障碍	旨在使研究人员能够进行单细胞RNA测序分析	非生物信息学家	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10423	2024-08-04	TFvelo: gene regulation inspired RNA velocity estimation 2024-Feb-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45661-w PMID:38360714	研究论文	TFvelo 是一种扩展 RNA 速度概念的模型，通过引入基因调控信息来提高模型的准确性	提出了一种不依赖剪接信息的 RNA 速度估计方法，结合了基因调控信息	可能在某些数据集上表现不佳，具体限制未在文中详细说明	提高 RNA 速度估计的准确性，拓宽其在单细胞数据上的应用	基因动态和细胞伪时间的推断	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	合成数据和多组单细胞 RNA-seq 数据集	具体样本数量未在文中说明
10424	2024-08-04	Microbial consortium assembly and functional analysis via isotope labelling and single-cell manipulation of polycyclic aromatic hydrocarbon degraders 2024-Jan-08, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wrae115 PMID:38913500	研究论文	文章提出了一种构建功能性微生物 consortium 的创新方法	通过使用单细胞识别和分选技术，首次在原位构建了基于基因组指导的功能性微生物 consortium	研究中可能未涵盖所有类型的污染物降解微生物	探索构建原位功能性微生物 consortium 的方法以提高多环芳香烃的生物降解能力	聚焦于降解 phenanthrene 的细菌，如 Achromobacter sp. 和 Pseudomonas sp.	数字病理学	NA	拉曼激活细胞分选-稳定同位素探测	NA	基因组数据和细胞功能数据	涉及 phenanthrene 降解细菌的单细胞
10425	2024-08-05	Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz716 PMID:31428792	研究论文	本文展示了如何使用RNA-seq全球预测染色质可及性并推断调控元件活性	本文提出了一种基于RNA-seq的预测方法，能在样本细胞数量有限的情况下提供比ATAC-seq更高的准确性	虽然RNA-seq在小细胞数量样本中表现良好，但信号的精确性和噪声问题依然存在	研究如何使用RNA-seq实现染色质可及性的预测	涉及30个细胞的样本以及与ATAC-seq和scATAC-seq的比较	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因组数据	30个细胞
10426	2024-08-05	IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus 2019-11-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20190993 PMID:31434685	研究论文	本研究探讨了自反应CD4胸腺细胞产生的IL-2如何调节胸腺中调节性T细胞的生成	提出了IL-2作为关键环境因子，由自反应CD4SP胸腺细胞产生，从而调控胸腺中Treg细胞的生成规模	未提供对不同类型自反应CD4SP胸腺细胞的全面分析	研究IL-2在胸腺中调节性T细胞生成中的作用	主要研究成熟的CD4单阳性胸腺细胞及其产生的IL-2	免疫学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
10427	2024-08-05	Cell-type-specific analysis of alternative polyadenylation using single-cell transcriptomics data 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz781 PMID:31501864	研究论文	该文章探讨了使用单细胞转录组数据分析细胞特异性的替代多聚腺苷酸化	提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析APA调控模式的方法	对APA的理解仍然处于初步阶段	研究替代多聚腺苷酸化在不同细胞类型中的调控	不同组织的多组数据及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个不同组织的数据集
10428	2024-08-05	Applications of single cell RNA sequencing to research of stem cells 2019-Oct-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v11.i10.722 PMID:31692946	综述	该文章探讨了单细胞RNA测序技术在干细胞研究中的应用	强调了单细胞RNA测序在揭示干细胞异质性及其子群体方面的重要性	未提及具体的实验数据或研究局限性	旨在深入理解干细胞的异质性及其潜在的治疗应用	主要研究干细胞的不同亚群体及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10429	2024-08-05	Lgr5 and Col22a1 Mark Progenitor Cells in the Lineage toward Juvenile Articular Chondrocytes 2019-10-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.006 PMID:31522976	研究论文	本文通过谱系追踪研究识别了Lgr5标记的细胞群体在关节组织形成中的贡献	揭示了Lgr5细胞在关节前体的谱系分化及其向关节软骨细胞的进展中的重要性	对谱系标记的细胞在整个关节组织形成过程中的具体作用尚不完全了解	探索关节形成过程中前体细胞的谱系规格化	Lgr5和Col22a1标记的前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	NA
10430	2024-08-05	MULTI-seq: sample multiplexing for single-cell RNA sequencing using lipid-tagged indices 2019-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0433-8 PMID:31209384	研究论文	本研究开发了MULTI-seq，一种使用脂质标记指标的单细胞RNA测序多重化方法	MULTI-seq提供了一种通用和可扩展的样本条形码策略，能够对任何细胞类型或细胞核进行标记	目前未提及任何具体的局限性	研究的目的是提高单细胞RNA测序的成本效益和数据质量	研究对象包括主要的人类乳腺上皮细胞和来自患者衍生异种移植小鼠模型的多发性肿瘤及转移部位的细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	96个样本及其他来自肿瘤和转移部位的细胞
10431	2024-08-05	A Single-Cell Approach to the Elusive Latent Human Cytomegalovirus Transcriptome 2018-06-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.01001-18 PMID:29895640	研究论文	本研究探讨了人类巨型细胞病毒潜伏转录组的单细胞RNA测序特点	通过单细胞RNA测序定义了人类巨型细胞病毒潜伏期的转录组特征	在潜伏期的定义和单细胞RNA测序分析中存在众多挑战	探讨人类巨型细胞病毒的潜伏转录组特征	关注于宿主内不同的细胞亚群体及其潜伏感染	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
10432	2024-08-05	A general pHLA-CD80 scaffold fusion protein to promote efficient antigen-specific T cell-based immunotherapy 2024-Sep-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200827 PMID:39027379	研究论文	本文介绍了一种通用的pHLA-CD80融合蛋白，以促进有效的抗原特异性T细胞免疫治疗	文中提出的APC-mimic融合蛋白有效模仿了抗原呈递细胞的自然抗原呈递模式，能够直接扩展T细胞	研究中未提及特定抗原呈递细胞的需求，可能在应用中存在局限	研究旨在提高抗原特异性T细胞的激活和扩展	研究对象为抗原特异性T细胞及其在小鼠模型中的应用	NA	肿瘤	单细胞TCR测序（scTCR-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	OT-1小鼠模型
10433	2024-08-04	Abnormal metabolism in melanocytes participates in the activation of dendritic cell in halo nevus 2024-Aug, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110300 PMID:38950722	研究论文	本研究分析了光晕痣中黑色素细胞的异常代谢及其对树突状细胞激活的影响	首次揭示了光晕痣中黑色素细胞衍生的UDP-G在树突状细胞激活中的重要作用	实验中的样本量和具体机制尚需进一步研究	深入了解光晕痣的进展及其免疫反应的机制	聚焦于光晕痣中黑色素细胞、树突状细胞和相关代谢产物	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	NA	NA
10434	2024-08-04	Tissue gene expression profiles and communication networks inform candidate blood biomarker identification in psoriasis and atopic dermatitis 2024-Aug, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110283 PMID:38880200	研究论文	本研究通过空间转录组学识别了银屑病和特应性皮炎患者的转录特征。	本研究首次通过空间转录组学结合体外预测探索了潜在的血液生物标志物，为其他炎症性疾病的研究提供了新方法。	研究可能存在样本规模限制，且对某些转录本的验证仅限于外周血T细胞。	本研究旨在识别银屑病和特应性皮炎的潜在生物标志物。	研究对象为银屑病和特应性皮炎患者的角质形成细胞和特定CD4/CD8 T淋巴细胞。	数字病理学	银屑病, 特应性皮炎	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
10435	2024-08-05	Integrated multi-omics analysis and machine learning developed diagnostic markers and prognostic model based on Efferocytosis-associated signatures for septic cardiomyopathy 2024-Aug, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110301 PMID:38944364	研究论文	这篇文章通过整合多组学分析，揭示了与凋亡细胞吞噬相关的关键基因及其在脓毒症心肌病中的作用	识别了一个新的与凋亡细胞吞噬相关的脓毒症心肌病亚型及诊断生物标志物	NA	探讨凋亡细胞吞噬在脓毒症心肌病中的临床和遗传作用	脓毒症患者的外周血单核细胞及其相关基因	数字病理学	脓毒症心肌病	scRNA-seq	NA	基因数据	感染脓毒症患者的外周血单核细胞
10436	2024-08-04	Single-cell sequencing of facial adipose tissue unveils FKBP5 as a therapeutic target for facial infiltrating lipomatosis 2024-Jul-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03835-9 PMID:39020442	研究论文	本研究揭示了FKBP5作为面部浸润性脂肪瘤的治疗靶点。	首次通过单细胞转录组测序确定了FKBP5在面部浸润性脂肪瘤中的显著过表达。	尚未完全理解PIK3CA变异的具体机制。	探讨面部浸润性脂肪瘤的发病机制及其潜在治疗靶点。	面部浸润性脂肪瘤患者和非患者的面部脂肪组织。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	组织样本	面部脂肪组织样本来源于FIL患者和非FIL个体
10437	2024-08-05	Perimenopausal and Menopausal Mammary Glands In A 4-Vinylcyclohexene Diepoxide Mouse Model 2024-Jul-17, Journal of mammary gland biology and neoplasia IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10911-024-09569-x PMID:39017946	研究论文	该论文描述了一种新的小鼠模型，能够表征围绝经期和绝经期乳腺腺体。	创新点在于开发了4-乙烯基环己烯二醇小鼠模型，该模型能够精准模拟女性的围绝经期和绝经期状态。	该研究未明确提及对模型的其他潜在限制。	研究围绝经期和绝经期对乳腺癌的影响。	对4-乙烯基环己烯二醇处理的小鼠乳腺进行表征与分析。	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序	VCD小鼠模型	生物样本	实验中使用了处理的小鼠，但具体样本数量未提及
10438	2024-08-05	The thalamic reticular nucleus orchestrates social memory 2024-Jul-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.04.013 PMID:38701789	研究论文	本文研究了感觉丘脑网状核中介导社会记忆的parvalbumin阳性神经元	揭示了sTRN神经元通过调节新的皮层-丘脑回路协调社会记忆的机制	研究中可能未涵盖所有影响社会记忆的神经元类型或回路	探讨sTRN神经元在社会记忆中的作用	老鼠的parvalbumin阳性神经元及其在社会记忆中的功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物化学数据	NA
10439	2024-08-04	Integrative multi-omics analysis reveals cellular and molecular insights into primary Sjögren's syndrome 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33433 PMID:39027515	研究论文	本研究综合分析了基因组、转录组、蛋白质组和单细胞测序数据，以揭示原发性舍格伦综合征的分子基础	通过整合多组学数据，发现CTSS和GSTO1是潜在的生物标志物和治疗靶点	需要进一步研究以阐明潜在机制并开发针对这种复杂自身免疫疾病的靶向疗法	研究原发性舍格伦综合征的分子基础及探索潜在的治疗靶点	研究原发性舍格伦综合征患者的不同血细胞类型的差异表达基因	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组、转录组和蛋白质组数据	NA
10440	2024-08-04	NDC80/HEC1 promotes macrophage polarization and predicts glioma prognosis via single-cell RNA-seq and in vitro experiment 2024-Jul, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14850 PMID:39021287	研究论文	该研究探讨了HEC1在胶质瘤中的功能及其对预后的影响	首次揭示了HEC1的过表达与胶质瘤预后不良和肿瘤微环境中的免疫抑制相关	研究主要集中在细胞实验和RNA-seq分析，临床应用尚需进一步验证	探讨HEC1在胶质瘤中的作用及其作为预后标志物的潜力	胶质瘤及其细胞系	数字病理学	胶质瘤	RNA-seq	NA	RNA序列数据	人类胶质瘤组织和细胞系