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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10401 | 2025-10-07 |
Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384
PMID:38827745
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研究论文 | 本研究揭示TLR9信号通过抑制CD55lo成纤维网状细胞的免疫功能调控细菌性腹膜炎的免疫反应 | 首次发现CD55lo和CD55hi两种FRC亚群,并证明TLR9特异性抑制CD55lo亚群的免疫功能 | 未阐明TLR9信号通路在CD55lo FRC中的具体分子机制 | 探究TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在细菌性腹膜炎中的免疫功能 | 小鼠和人类脂肪组织来源的成纤维网状细胞 | 免疫学 | 细菌性腹膜炎 | 单细胞RNA测序,过继转移实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10402 | 2025-10-07 |
Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571954
PMID:38168317
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研究论文 | 本研究通过图像空间转录组学分析肺纤维化远端肺重塑的分子生态失调 | 首次使用亚细胞分辨率图像空间转录组学技术,结合机器学习和轨迹分析方法,系统揭示了肺纤维化进展过程中从肺泡上皮失调到巨噬细胞极化的分子变化序列 | 样本量相对有限(19个肺组织),且主要关注肺纤维化,对其他慢性肺疾病的适用性有待验证 | 解析肺纤维化远端肺重塑的空间分子机制 | 人类肺组织中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 图像空间转录组学 | 机器学习, 轨迹分析 | 空间转录组数据, 图像数据 | 19个独特肺组织的超过100万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率图像空间转录组学 |
10403 | 2025-10-07 |
Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management
2025-Jun, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2025.102800
PMID:39999656
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综述 | 本文综述了瘢痕疙瘩的发病机制、治疗策略及新型治疗方法 | 讨论了单细胞RNA测序等新技术在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用,并详细分析了纳米治疗等新型治疗方法的优势 | 瘢痕疙瘩治疗后易复发,治疗过程复杂,需要长期随访 | 探讨瘢痕疙瘩的发病机制和治疗管理策略 | 瘢痕疙瘩的病理过程和治疗方法 | 皮肤病学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序,转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10404 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis
2025-May, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511
PMID:40070366
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研究论文 | 通过整合多组学方法研究伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤的特征 | 首次使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别,并通过单细胞转录组学发现与转移相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群 | 样本量相对有限(142例),仅使用石蜡包埋组织样本 | 阐明伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤的发病机制和免疫微环境特征 | 神经母细胞瘤患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学, 病理图像分析 | Swin-Transformer | 图像, 单细胞转录组数据 | 142例石蜡包埋苏木精-伊红染色肿瘤切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10405 | 2025-10-07 |
Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth
2025-Mar-13, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280
PMID:40079140
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析新生小鼠主动脉瓣细胞异质性 | 发现了一个仅存在于出生后第1天的新型瓣膜内皮细胞亚群和三个先前未被认识的瓣膜间质细胞亚群 | 仅针对出生后第1天的小鼠主动脉瓣进行研究,未涵盖其他发育阶段 | 探索心脏瓣膜结构功能关系的建立机制,特别是在出生后成熟阶段 | 小鼠主动脉瓣结构 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学,谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 出生后第1天小鼠主动脉瓣样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10406 | 2025-10-07 |
Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer
2025-Mar-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007
PMID:39919737
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了不同化疗药物与PD-L1阻断剂联合治疗三阴性乳腺癌的细胞机制差异 | 发现纳布紫杉醇与紫杉醇在联合PD-L1阻断时对T细胞和髓系细胞的不同调控作用,并首次揭示肥大细胞在协调抗肿瘤免疫反应中的关键作用 | 机制研究仍需进一步验证,临床样本量有限 | 探究三阴性乳腺癌中化疗与免疫检查点阻断联合治疗的细胞机制 | 三阴性乳腺癌患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表和新产生的三阴性乳腺癌患者scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10407 | 2025-10-07 |
Microglial reprogramming enhances antitumor immunity and immunotherapy response in melanoma brain metastases
2025-Mar-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.008
PMID:39919736
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研究论文 | 本研究通过激活小胶质细胞中的Rela/NF-κB通路促进黑色素瘤脑转移,并发现靶向该通路可增强抗肿瘤免疫和免疫检查点抑制剂疗效 | 首次揭示小胶质细胞中Rela/NF-κB通路在黑色素瘤脑转移中的作用机制,并提出通过小胶质细胞重编程增强抗肿瘤免疫的新策略 | 主要基于临床前模型研究,人体验证数据有限 | 探索黑色素瘤脑转移的生物学机制及脑免疫微环境在治疗反应中的作用 | 黑色素瘤脑转移模型和小胶质细胞 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10408 | 2025-10-07 |
ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response
2025-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02024-1
PMID:40064736
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研究论文 | 本研究通过分析氧化应激与炎症反应的相互作用及免疫特征,鉴定ZNF385A为结直肠癌相关新功能基因 | 首次发现ZNF385A作为结直肠癌新型致癌基因,并构建了包含7个特征的预后风险模型 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于SW620细胞系和异种移植模型 | 探索氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系,寻找新的预后标志物和治疗靶点 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,qPCR,免疫组化,EDU检测,集落形成实验,ROS检测,transwell实验,异种移植模型 | LASSO-Cox风险模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 结直肠癌单细胞RNA测序数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10409 | 2025-10-07 |
Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics
2025-Mar-10, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00270-9
PMID:40065214
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据构建了与单核细胞/巨噬细胞相关的肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建单基因UQCRH预后模型,并揭示其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系 | 样本量相对有限,仅使用10个HCC组织活检样本进行单细胞分析 | 探索肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱,构建预后模型并研究其与耐药性和免疫治疗反应的关系 | 肝细胞癌患者、HCC细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Western blot | 机器学习预后模型 | 基因表达数据,临床数据 | 10个HCC组织活检样本(24,597个细胞),TCGA数据集外部验证 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
10410 | 2025-10-07 |
FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors
2025-Mar-08, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914
PMID:40064252
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综述 | 总结FK506结合蛋白家族在多种肿瘤中的双重功能及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 首次系统阐述FKBP家族成员在不同肿瘤类型中促进或抑制肿瘤发生的双重功能 | 尚未结合单细胞测序技术解析FKBP亚型的空间分布,缺乏临床验证数据 | 探讨FKBP家族作为肿瘤治疗靶点和诊断标志物的潜力 | FK506结合蛋白家族及其在肿瘤信号通路调控中的作用 | 肿瘤生物学 | 多种肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10411 | 2025-10-07 |
Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells
2025-Mar, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152
PMID:39722371
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研究论文 | 本研究揭示核受体NR4A1通过促进脊髓胶质细胞铁死亡加剧CFA诱导的炎性疼痛的分子机制 | 首次发现NR4A1是三种脊髓胶质细胞共有的铁死亡相关基因,并阐明其通过转录激活MAPK3诱导脂质过氧化的新通路 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本验证 | 探究炎性疼痛发展过程中铁死亡发生的分子机制 | 大鼠脊髓星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 分子病理学 | 炎性疼痛 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 免疫染色, 蛋白质组学分析, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
10412 | 2025-10-07 |
Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation
2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics
IF:3.0Q2
DOI:10.4062/biomolther.2025.004
PMID:39973472
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研究论文 | 本研究探讨了经IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞通过增强归巢效应和免疫调节改善急性呼吸窘迫综合征的治疗效果 | 首次发现IFN-γ和IL-1β联合预处理的MSCs能显著增强对T细胞活性的抑制,同时调节巨噬细胞因子表达,并通过空间转录组学阐明其治疗机制 | 研究仅限于LPS诱导的小鼠ARDS模型,未涉及其他病因导致的ARDS | 评估预处理MSCs对ARDS的治疗效果及其作用机制 | 间充质干细胞、T细胞、巨噬细胞、LPS诱导的ARDS小鼠模型 | 细胞治疗 | 急性呼吸窘迫综合征 | 混合淋巴细胞反应、共培养实验、RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | LPS诱导的ARDS小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10413 | 2025-10-07 |
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.637920
PMID:40060545
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研究论文 | 通过整合遗传条形码和单细胞转录组学技术,揭示食管癌前病变中前体细胞的动态变化和谱系轨迹 | 开发了整合遗传条形码与单细胞RNA测序的谱系追踪工具,并创建了eXamined Ridge (XR)评分系统来准确识别高可塑性细胞 | NA | 研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹 | 食管癌前病变细胞 | 单细胞组学 | 食管癌 | 遗传条形码,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10414 | 2025-10-07 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 研究发现FKH-7/FOXP转录因子在化学感应神经元中调控发育决策过程 | 首次揭示FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能,建立了连接两个进化保守自闭症相关基因的新框架 | 研究在特定发育决策范式背景下进行,结果可能不适用于其他神经发育环境 | 探究FOXP1转录因子在神经发育中的具体分子机制 | 化学感应神经元、幼虫发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10415 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice
2025-Feb, Microbes and infection
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424
PMID:39306236
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析伯氏疏螺旋体感染小鼠淋巴结早期免疫反应的特征 | 首次在单细胞水平揭示伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结的免疫景观,发现滤泡外免疫反应的关键特征 | 仅关注早期感染阶段(感染后四天),未研究长期感染动态 | 阐明伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结免疫反应的细胞和分子机制 | 伯氏疏螺旋体感染小鼠模型的淋巴结淋巴细胞 | 单细胞组学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10416 | 2025-10-07 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research
2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01558-6
PMID:40070535
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用价值、整合方法及其发展前景 | 系统总结了多源单细胞转录组数据与单细胞多模态数据的整合方法及其在构建综合细胞图谱中的创新应用 | 单细胞RNA测序无法全面捕获所有细胞和基因,单模态数据难以完全解释细胞状态和系统变化 | 探讨单细胞转录组学在植物组织研究中的机遇与挑战 | 植物组织单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据,多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
10417 | 2025-10-07 |
Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.151
PMID:40070474
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研究论文 | 开发了便携式CELLxGENE软件,通过图形界面简化单细胞转录组数据分析工具的安装和使用 | 创建了独立的CELLxGENE可执行版本,无需命令行操作即可安装和运行 | 主要针对简单分析任务,可能不适合复杂分析需求 | 为非生物信息学背景的研究人员提供易用的单细胞转录组数据分析工具 | 单细胞转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | CELLxGENE | Portable-CELLxGENE standalone executable with CELLxGENE-Gateway Python package extension |
10418 | 2025-10-07 |
Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair
2024-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00555-4
PMID:39455836
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓巨噬细胞来源的GPNMB蛋白通过结合孤儿受体GPR39在心肌梗死后心脏修复中的关键作用 | 首次发现GPNMB通过GPR39受体介导心脏修复作用,并阐明其通过增强心肌细胞收缩和抑制成纤维细胞活化的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究GPNMB在心脏损伤修复中的功能和机制 | 心肌梗死小鼠模型和人类心力衰竭样本 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、谱系追踪、骨髓移植、基因功能缺失模型 | 基因敲除模型 | 基因表达数据、功能实验数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10419 | 2025-10-07 |
Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.17.599411
PMID:38948715
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析,揭示了特发性肺纤维化中上皮细胞脱落与细胞连接成分丢失及基底膜基质失调的关联机制 | 首次在IPF中发现上皮细胞脱落现象,并通过空间多组学技术揭示了细胞连接成分下调与基质失调导致上皮脱落的分子机制 | 研究样本量有限,主要关注远端细支气管,未全面评估其他肺区域的变化 | 探究特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱落的分子机制 | 特发性肺纤维化患者和无肺病史患者的远端细支气管上皮细胞及基底膜 | 空间生物学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 功能实验 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据 | IPF患者和无肺病史患者(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
10420 | 2025-10-07 |
Osteosarcoma tumors maintain intra-tumoral transcriptional heterogeneity during bone and lung colonization
2023-04-27, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01593-3
PMID:37106386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析骨肉瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制 | 首次结合谱系追踪和单细胞转录组学揭示肺转移过程中具有不同转录谱的多个克隆被富集并在细胞世代间保持稳定 | 研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植模型,可能不能完全反映人类体内真实情况 | 研究肿瘤细胞异质性在适应不同微环境中的作用机制 | 骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 47,977个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |