单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 10401 - 10420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10401 | 2025-10-07 |
The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans
2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019
PMID:40080696
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术发现COVID-19疫苗加强接种后PD-1高表达的经典T滤泡辅助细胞亚群与抗体滴度相关 | 首次鉴定出PD-1高表达cTfh细胞亚群在COVID-19疫苗免疫应答中的作用，并开发了病毒诱导T细胞受体识别算法 | 研究样本量有限，未明确PD-1高表达cTfh细胞的具体调控机制 | 探究COVID-19疫苗加强接种后CD4+T细胞特别是Tfh细胞的免疫应答特征 | 人类疫苗接种后的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序，流式细胞术 | 轨迹分析 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10402 | 2025-10-07 |
A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers
2025-Mar-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03885-24
PMID:39882906
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在单细胞水平上揭示了人类皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，在单细胞水平上解析人类皮肤对细菌感染的免疫反应，并确定了差异表达转录本的细胞来源 | 样本量较小（5名志愿者），且仅研究了形成脓疱的感染者 | 研究人类皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的细胞免疫反应 | 人类志愿者皮肤感染模型中的免疫和基质细胞 | 单细胞生物学 | 细菌感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 批量RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 5名志愿者的配对脓疱和模拟感染伤口活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10403 | 2025-10-07 |
PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer
2025-Mar-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02031-2
PMID:40067513
|
研究论文 | 基于多机器学习方法构建宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并鉴定PLOD3作为新型致癌基因 | 首次将多机器学习算法与代谢相关基因结合构建宫颈癌预后模型，并发现PLOD3作为新型致癌基因 | 模型验证主要依赖公共数据库数据，需要进一步临床验证 | 提高宫颈癌预后预测准确性和开发治疗策略 | 宫颈癌患者和细胞 | 机器学习 | 宫颈癌 | 基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析、功能实验 | 监督主成分分析、随机生存森林 | 基因组数据、转录组数据、空间数据 | 基于多个数据库的样本，识别112个关键代谢基因和337个WGCNA基因 | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 10404 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity
2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01177-x
PMID:40069855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了六氟环氧丙烷二聚体酸(GenX)对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及细胞动态变化 | 首次系统揭示了GenX暴露导致的睾丸细胞动态变化和转录组改变，包括精原干细胞平衡失调和体细胞-生殖细胞相互作用的紊乱 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证 | 探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其潜在的细胞和分子调控机制 | 正常发育的小鼠睾丸组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GenX暴露的小鼠睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10405 | 2025-10-07 |
PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data
2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125
PMID:39957720
|
研究论文 | 提出一种精确平衡的单细胞RNA测序数据插补方法PbImpute，通过多阶段处理实现技术性丢失零与生物零的精确区分和平衡插补 | 独特地将零膨胀负二项分布建模与静态和动态修复机制相结合，在过度插补和不足插补之间实现最佳平衡 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中零计数（dropout zeros）对下游分析的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项分布模型, 图嵌入神经网络 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集（包括PBMC数据） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10406 | 2025-10-07 |
Single-cell copy number calling and event history reconstruction
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072
PMID:39946094
|
研究论文 | 开发了用于单细胞浅层全基因组DNA测序数据的拷贝数变异分析统计模型和算法 | 提出SCICoNE模型，通过重建肿瘤拷贝数事件历史来推断单个细胞的拷贝数谱 | 仅在两例乳腺癌样本上验证了实用性，需要更多临床样本验证 | 解决浅层全基因组DNA测序数据中拷贝数变异识别的统计和计算挑战 | 肿瘤单细胞拷贝数变异 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞浅层全基因组DNA测序 | 统计模型，MCMC算法 | DNA测序数据 | 两例乳腺癌样本 | NA | 单细胞全基因组DNA测序 | NA | NA |
| 10407 | 2025-10-07 |
AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087
PMID:39985444
|
研究论文 | 开发了一个用于模拟单细胞和空间RNA-Seq Nanopore长读长数据的仿真工作流程 | 首个能够有效模拟单细胞RNA测序长读长数据集独特复杂性的先进仿真工具 | NA | 为单细胞长读长研究的异构体检测方法评估和优化提供仿真工具 | 人类外周血单个核细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | NA | RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Nanopore | 长读长测序技术 |
| 10408 | 2025-10-07 |
COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083
PMID:39992219
|
研究论文 | 提出了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建空间信息 | 采用对比学习框架学习空间转录组和单细胞RNA测序数据之间的映射关系，能够精确识别细胞-斑点关系并恢复缺失基因的空间结构 | NA | 开发一种能够从单细胞RNA测序数据中重建空间信息的新方法 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 10409 | 2025-10-07 |
Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness
2025-Feb, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e9
PMID:40078782
|
研究论文 | 本研究揭示线粒体调节因子CRIF1通过维持代谢适应性在肺泡巨噬细胞发育和稳态中的关键作用 | 首次发现CRIF1作为特异性调节肺泡巨噬细胞代谢适应性的关键因子，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子 | 研究主要关注CRIF1在肺泡巨噬细胞中的作用，对其他组织驻留巨噬细胞的影响尚未深入探讨 | 探究CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢调节和稳态维持中的具体作用机制 | 肺泡巨噬细胞和小鼠模型 | 细胞生物学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 基因敲除模型 | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10410 | 2025-10-07 |
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer
2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示人类前列腺癌的临床相关分子亚型 | 首次整合单细胞和批量转录组数据构建前列腺癌分子分类系统，揭示抗雄激素治疗诱导的谱系可塑性 | 样本量相对有限（10个原发PCa组织+11个公共数据集样本） | 建立前列腺癌分子分类系统以促进精准肿瘤学 | 人类前列腺癌组织（包括原发PCa和CRPC肿瘤） | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组分析 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 10个未治疗原发PCa组织 + 3个正常前列腺组织 + 2个未治疗原发PCa组织 + 6个CRPC肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10411 | 2025-10-07 |
Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model
2024-Dec, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00562-5
PMID:39567770
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析Loeys-Dietz综合征小鼠模型中血管平滑肌细胞的异质性，揭示GATA4表达如何增加主动脉根部对扩张的敏感性 | 首次发现表达GATA4的血管平滑肌细胞亚群在主动脉根部固有存在，并证明其具有低分化和促炎特征，且GATA4缺失可减轻主动脉根部扩张 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自现有单细胞RNA测序数据集验证 | 探究Loeys-Dietz综合征中主动脉根部特别易发生动脉瘤的分子机制 | Tgfbr1 LDS小鼠模型的主动脉血管平滑肌细胞 | 单细胞转录组学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据 | LDS小鼠模型主动脉组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10412 | 2025-10-07 |
Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110353
PMID:39055935
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究寨卡病毒在埃及伊蚊中肠细胞中的分布和感染机制 | 首次在单细胞水平揭示寨卡病毒主要感染特定肠上皮细胞和肠内分泌细胞亚群，并发现载脂蛋白III在病毒感染中的关键作用 | 研究仅聚焦于中肠组织，未涉及其他可能受感染的蚊虫组织器官 | 阐明寨卡病毒在蚊媒中肠的细胞特异性感染机制 | 埃及伊蚊中肠细胞 | 单细胞生物学 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 寨卡病毒感染后的12个中肠细胞簇 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10413 | 2025-10-07 |
nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265
PMID:39058741
|
研究论文 | 开发了一个名为nf-core/airrflow的适应性免疫受体库分析工作流程，用于处理AIRR-seq数据 | 整合了Immcantation框架，提供端到端的批量和单细胞AIRR-seq数据处理，解决了现有工具在并行化、可扩展性和高性能计算适应性方面的限制 | NA | 开发一个高效、可扩展的适应性免疫受体库测序数据分析工作流程 | B细胞和T细胞受体序列 | 生物信息学 | 传染病(COVID-19) | AIRR-seq(适应性免疫受体库测序) | NA | 测序数据 | 196个样本(97名COVID-19感染者和99名健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10414 | 2025-10-07 |
Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells
2024-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46540-0
PMID:38565563
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析dupilumab相关头颈部皮炎，揭示其独特的22型免疫特征 | 首次发现dupilumab治疗伴随T细胞寡克隆扩增驱动的22型免疫反应过度激活 | 样本量有限，机制研究仍需进一步验证 | 探究dupilumab相关头颈部皮炎的发生机制 | dupilumab相关头颈部皮炎患者皮肤活检组织 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自DAHND、未治疗AD和健康对照的皮肤穿刺活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10415 | 2025-10-07 |
Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384
PMID:38827745
|
研究论文 | 本研究揭示TLR9信号通过抑制CD55lo成纤维网状细胞的免疫功能调控细菌性腹膜炎的免疫反应 | 首次发现CD55lo和CD55hi两种FRC亚群，并证明TLR9特异性抑制CD55lo亚群的免疫功能 | 未阐明TLR9信号通路在CD55lo FRC中的具体分子机制 | 探究TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在细菌性腹膜炎中的免疫功能 | 小鼠和人类脂肪组织来源的成纤维网状细胞 | 免疫学 | 细菌性腹膜炎 | 单细胞RNA测序，过继转移实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10416 | 2025-10-07 |
Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571954
PMID:38168317
|
研究论文 | 本研究通过图像空间转录组学分析肺纤维化远端肺重塑的分子生态失调 | 首次使用亚细胞分辨率图像空间转录组学技术，结合机器学习和轨迹分析方法，系统揭示了肺纤维化进展过程中从肺泡上皮失调到巨噬细胞极化的分子变化序列 | 样本量相对有限（19个肺组织），且主要关注肺纤维化，对其他慢性肺疾病的适用性有待验证 | 解析肺纤维化远端肺重塑的空间分子机制 | 人类肺组织中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 图像空间转录组学 | 机器学习, 轨迹分析 | 空间转录组数据, 图像数据 | 19个独特肺组织的超过100万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率图像空间转录组学 |
| 10417 | 2025-10-07 |
Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management
2025-Jun, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2025.102800
PMID:39999656
|
综述 | 本文综述了瘢痕疙瘩的发病机制、治疗策略及新型治疗方法 | 讨论了单细胞RNA测序等新技术在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并详细分析了纳米治疗等新型治疗方法的优势 | 瘢痕疙瘩治疗后易复发，治疗过程复杂，需要长期随访 | 探讨瘢痕疙瘩的发病机制和治疗管理策略 | 瘢痕疙瘩的病理过程和治疗方法 | 皮肤病学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序,转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10418 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis
2025-May, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511
PMID:40070366
|
研究论文 | 通过整合多组学方法研究伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤的特征 | 首次使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别，并通过单细胞转录组学发现与转移相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群 | 样本量相对有限（142例），仅使用石蜡包埋组织样本 | 阐明伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤的发病机制和免疫微环境特征 | 神经母细胞瘤患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学, 病理图像分析 | Swin-Transformer | 图像, 单细胞转录组数据 | 142例石蜡包埋苏木精-伊红染色肿瘤切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10419 | 2025-10-07 |
Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth
2025-Mar-13, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280
PMID:40079140
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析新生小鼠主动脉瓣细胞异质性 | 发现了一个仅存在于出生后第1天的新型瓣膜内皮细胞亚群和三个先前未被认识的瓣膜间质细胞亚群 | 仅针对出生后第1天的小鼠主动脉瓣进行研究，未涵盖其他发育阶段 | 探索心脏瓣膜结构功能关系的建立机制，特别是在出生后成熟阶段 | 小鼠主动脉瓣结构 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 出生后第1天小鼠主动脉瓣样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10420 | 2025-10-07 |
Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer
2025-Mar-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007
PMID:39919737
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，揭示了不同化疗药物与PD-L1阻断剂联合治疗三阴性乳腺癌的细胞机制差异 | 发现纳布紫杉醇与紫杉醇在联合PD-L1阻断时对T细胞和髓系细胞的不同调控作用，并首次揭示肥大细胞在协调抗肿瘤免疫反应中的关键作用 | 机制研究仍需进一步验证，临床样本量有限 | 探究三阴性乳腺癌中化疗与免疫检查点阻断联合治疗的细胞机制 | 三阴性乳腺癌患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表和新产生的三阴性乳腺癌患者scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |