单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10401	2024-08-05	The prognostic marker KRT81 is involved in suppressing CD8 + T cells and predicts immunotherapy response for triple-negative breast cancer 2024-Dec-31, Cancer biology & therapy IF:4.4Q2 DOI:10.1080/15384047.2024.2355705 PMID:38778753	研究论文	本研究探讨了角蛋白81（KRT81）在三阴性乳腺癌中的预后标志作用及其对免疫治疗反应的预测。	KRT81被发现是三阴性乳腺癌的独立预测因子，并与免疫微环境相关，表明其在个性化治疗中的重要性。	目前研究主要集中在KRT81的表达相关性，尚未充分探讨其他潜在的影响因素。	研究KRT81在三阴性乳腺癌中的作用及其作为免疫治疗预后标志的潜力。	三阴性乳腺癌及其相关的免疫细胞浸润情况。	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种三阴性及非三阴性乳腺癌样本的差异表达分析
10402	2024-08-05	scGAAC: A graph attention autoencoder for clustering single-cell RNA-sequencing data 2024-Sep, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.06.010 PMID:38950719	研究论文	提出了一种基于图注意力自编码器的聚类方法scGAAC，以处理单细胞RNA测序数据	引入了一种新的聚类方法，通过图注意力自编码器利用细胞间的结构信息，发现潜在关系	尽管scGAAC有效，但可能仍然受到数据噪声和高维度的影响	研究并改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA-seq	图注意力自编码器	基因表达数据	四个真实的单细胞RNA测序数据集
10403	2024-08-05	A novel mechanism of ferroptosis inhibition-enhanced atherosclerotic plaque stability: YAP1 suppresses vascular smooth muscle cell ferroptosis through GLS1 2024-Aug-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401251R PMID:39091212	研究论文	本研究揭示了通过YAP1抑制血管平滑肌细胞的铁死亡以增强动脉粥样硬化斑块的稳定性的新机制	本研究首次阐明了YAP1/GLS1轴在动脉粥样硬化斑块稳定性中的关键作用	本研究的局限性在于主要基于动物模型，尚需进一步在人类中验证	研究铁死亡在动脉粥样硬化斑块稳定性中的作用及其机制	动脉粥样硬化斑块中的血管平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	NA	在Apoe小鼠模型中进行了实验
10404	2024-08-04	Evolving concepts in meningioma management in the era of genomics 2024-Aug-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35279 PMID:38753473	综述	本文探讨了基因组时代脑膜瘤管理的新概念	通过分子分析方法，识别具有不良预后的脑膜瘤患者	研究主要为综述性，缺乏原始数据支持	帮助读者理解脑膜瘤的分子特征，以制定管理和监测策略	相关的脑膜瘤患者及其分子特征	数字病理	NA	分子测序、DNA甲基化、蛋白质组学、单细胞测序	NA	NA	NA
10405	2024-08-04	Integrated multi-omics profiling landscape of organising pneumonia 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1782 PMID:39083563	研究论文	本研究探讨了脂质代谢重编程在组织性肺炎中的作用，重点关注炎症和纤维化	揭示了组织性肺炎与脂质代谢重编程之间的显著关联，并首次确定了CD36在这一过程中的重要角色	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的病理机制	研究脂质代谢重编程在组织性肺炎中的病理生理意义	组织性肺炎小鼠模型及其巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、Visium CytAssist空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和质谱	NA	组织样本	组织性肺炎小鼠模型的组织样本
10406	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals CD8+ T cell structure and developmental trajectories in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-Aug, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.008 PMID:38936318	研究论文	这篇文章研究了在特发性肺纤维化中CD8+ T细胞的结构和发育轨迹	使用单细胞转录组技术揭示了特发性肺纤维化患者中CD8+ T细胞的代谢特征和相关信号通路	样本量较小，仅包含5名IPF患者和3名无纤维化肺的受试者	探讨不同免疫细胞亚群在特发性肺纤维化发病机制中的作用	特发性肺纤维化患者中的CD8+ T细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8个样本（5名IPF患者和3名无纤维化肺的受试者）
10407	2024-08-05	Endothelial cell diversity: the many facets of the crystal 2024-Aug, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.16660 PMID:36266750	研究论文	内皮细胞的分子异质性在不同器官和病理条件下受到关注	文章探讨了内皮细胞在各种器官和相同血管中的独特分子特征和机制	并未详细说明研究的具体限制	揭示内皮细胞的多样性及其在生理和病理状态下的作用	内皮细胞及其在不同器官和病理条件下的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	NA	NA
10408	2024-08-04	Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality 2024-Jul-31, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad5936 PMID:38885679	研究论文	研究了大脑电极植入后的外来物反应及其与记录质量的关系	采用空间转录组学的方法识别电极植入引发的基因表达变化，并将其与传统的神经胶质反应和电生理记录质量进行比较	研究主要集中在大鼠的运动皮层，结果可能无法直接推广到其他脑区或物种	探讨电极植入对脑组织的影响，并寻找与记录信号质量相关的生物标志物	使用功能性微电极阵列的慢性植入大鼠	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	在电极周围的300μm范围内对不同时间点的脑组织进行分析，共涉及553个显著不同表达的基因
10409	2024-08-05	Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis 2024-Jul-31, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00347-0 PMID:39080781	研究论文	本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点	确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎	确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点	以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用	数字病理学	自身免疫性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本
10410	2024-08-04	Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50608-2 PMID:39080277	研究论文	本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐	BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐	NA	研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐	人类和小鼠的大脑区域	计算机视觉	NA	自监督学习	异构图神经网络	空间转录组学数据	NA
10411	2024-08-05	Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells 2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01763-y PMID:39080628	研究论文	本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征	首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性	研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征	旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态	研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10412	2024-08-04	Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics 2024-Jul-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50737-8 PMID:39080318	研究论文	这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展	本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集	研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制	旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持	研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
10413	2024-08-04	Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae369 PMID:39082647	研究论文	本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络	STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法	NA	研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用	单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络	数字病理学	阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤	RNA-seq，ATAC-seq	混合二聚簇，次模优化	文本	涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集
10414	2024-08-05	Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment 2024-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67547-z PMID:39014082	研究论文	本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型，用于预测预后和治疗	提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型，并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型	研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略	主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	预后模型	基因组数据	NA
10415	2024-08-04	Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66484-1 PMID:38977800	研究论文	本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响	首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性	依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究	明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据	数字病理学	胶质瘤	Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验	正交胶质瘤异种移植模型	生物信息学数据，临床样本	使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估
10416	2024-08-04	Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb 2024-Jul-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01950-w PMID:38978014	研究论文	本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯	MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白	研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况	本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具	本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray	NA	数据集	收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用
10417	2024-08-04	Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma 2024-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0042 PMID:38486508	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。	研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式，发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。	结果需进一步验证，特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。	探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物，以提高早期检测能力。	肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。	数字病理学	肝癌	全转录组测序（WTS）和靶向蛋白组学分析	NA	基因表达数据	来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证
10418	2024-08-04	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究识别了与食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法相关的生物标志物	发现HLA-A+三级淋巴结构及其主要细胞成分与食管鳞状细胞癌的免疫疗法反应呈正相关	该研究样本量相对较小，仅涵盖60名食管鳞状细胞癌患者	识别食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法的生物标志物并探讨其临床相关性	对42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织进行基因表达及肿瘤微环境的评估	数字病理学	食管癌	NanoString GeoMx数字空间分析、单细胞RNA测序和多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织样本	42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织和60名食管鳞状细胞癌患者
10419	2024-08-05	Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177 PMID:38924839	研究论文	本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型，以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。	提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型（EDRGS），能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型，并预测不同肿瘤的治疗反应。	本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同，可能影响结果的推广性。	旨在识别肿瘤亚型分类的特征，从而实现精准的临床治疗。	研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。	数字病理学	食管癌	多组学数据分析	机器学习模型	多组学数据	310个食管鳞状细胞癌样本，60个单细胞RNA序列样本，其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本
10420	2024-08-04	Pharmacological Improvement of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Function Rescues Airway Epithelial Homeostasis and Host Defense in Children with Cystic Fibrosis 2024-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202310-1836OC PMID:38259174	研究论文	该研究探讨了药理改善囊性纤维化转膜导管调节因子（CFTR）功能对儿童囊性纤维化患者上呼吸道上皮稳态和宿主防御的影响	首次在单细胞水平上揭示了ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮和免疫细胞转录组的影响	仅在小样本的儿童群体中进行观察，结果可能无法推广到更广泛的人群	研究ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮细胞和免疫细胞的机制	儿童囊性纤维化患者的鼻拭子样本	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13名囊性纤维化儿童和12名健康儿童