单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10381	2024-08-07	Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury 2024-Jul-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037 PMID:39104165	研究论文	本研究通过机器学习方法分析了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞和治疗靶点	首次通过随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法识别了脊髓损伤后铁死亡的关键基因Atf3和Piezo1，并验证了潜在药物治疗的有效性	NA	揭示铁死亡在脊髓损伤治疗中的重要作用，并识别关键细胞类型和基因	脊髓损伤后的铁死亡过程及其治疗靶点	机器学习	脊髓损伤	RNA测序	随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法	RNA测序数据	使用GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集
10382	2024-08-07	Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction 2024-07-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67537-1 PMID:39068182	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能	揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性	NA	深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度	阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析	卷积神经网络	基因表达数据	NA
10383	2024-08-07	Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data 2024-07-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68054-x PMID:39048596	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层	首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力	NA	开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择	胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	测序技术	随机森林算法，多元Cox算法	转录组数据，单细胞数据	训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列
10384	2024-08-07	Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma 2024-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65090-5 PMID:39043683	研究论文	本研究旨在探讨内质网应激（ERS）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预测价值及其与肿瘤微环境（TME）的相关性	本研究开发了一个由三个基因（ATF6, TRIB3, UBXN6）组成的ERS相关签名，具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值	NA	研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的内质网应激（ERS）相关基因及其与肿瘤微环境的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	mRNA, 单细胞RNA测序数据	基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析
10385	2024-08-07	Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer 2024-Jul-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05472-5 PMID:39033271	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2（TNFR2）在三阴性乳腺癌（TNBC）化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。	首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证。	揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。	三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本
10386	2024-08-07	A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178602 PMID:39087473	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-Seq）分析了炎症性神经病变小鼠模型的外周神经，识别出表达IL-21的克隆扩增和多功能的CD4+ T细胞，这些细胞由两个转录上不同的扩增细胞群组成，表达与T滤泡辅助细胞（Tfh）和T外周辅助细胞（Tph）相关的基因。	首次揭示了IL-21表达的CD4+ T细胞在炎症性神经病变中的克隆扩增和多功能特性，并提出了IL-21信号传导、Tfh/Tph分化和CXCR6介导的细胞定位作为潜在的治疗靶点。	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	探讨炎症性神经病变中CD4+ T细胞的关键特性和潜在治疗靶点。	炎症性神经病变小鼠模型的外周神经中的CD4+ T细胞。	NA	炎症性神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），单细胞T细胞受体测序（scTCR-Seq）	NA	单细胞RNA，单细胞T细胞受体	炎症性神经病变小鼠模型的外周神经样本
10387	2024-08-07	Targeting MMP9 in CTNNB1 mutant hepatocellular carcinoma restores CD8+ T cell-mediated antitumour immunity and improves anti-PD-1 efficacy 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331342 PMID:38123979	研究论文	本文研究了CTNNB1功能获得性突变（CTNNB1 GOF）在肝细胞癌（HCC）中导致的免疫逃逸机制，并提出了一种新的治疗策略以增强HCC中抗PD-1疗法的疗效	发现MMP9在CTNNB1 GOF HCC中的显著上调，并通过抑制CD8+ T细胞的浸润和细胞毒性，驱动抑制性肿瘤免疫微环境（TIME）和抗PD-1抵抗	NA	探究CTNNB1 GOF HCC介导的免疫逃逸机制，并提出新的治疗策略以增强抗PD-1疗法的疗效	CTNNB1 GOF HCC中的免疫逃逸机制及MMP9的作用	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA序列、蛋白质	使用了体外共培养系统、小鼠皮下或原位模型、条件性基因敲除小鼠的自发肿瘤模型
10388	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530891 PMID:38328133	研究论文	本文提出了一种改进的单细胞RNA测序数据分析流程，包括先进行特征选择再进行基于残差的归一化方法	提出了一种新的基于残差的归一化方法和先特征选择后归一化的流程，显著改善了下游聚类分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的计数数据集
10389	2024-08-07	Preprocessing of Single Cell RNA Sequencing Data Using Correlated Clustering and Projection 2024-04-08, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.3c00674 PMID:37402705	研究论文	本文介绍了一种名为Correlated Clustering and Projection (CCP)的新型数据域降维方法，用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的预处理	首次提出CCP方法，将每个相似基因簇投影到一个超基因中，该超基因定义为所有细胞中成对非线性基因-基因相关性的累积。此外，引入了Residue-Similarity指数(RSI)作为新的聚类和分类度量，以及R-S图作为新的可视化工具	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析，特别是解决数据稀疏性和大量基因带来的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	14个基准数据集
10390	2024-08-07	Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss 2024-04-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577 PMID:37968095	研究论文	本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布	首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者	研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性	探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布	慢性HBV感染患者的肝脏组织	数字病理学	肝炎	空间转录组学	NA	转录组数据	18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点
10391	2024-08-07	General Capillary Endothelial Cells Undergo Reprogramming into Arterial Endothelial Cells in Pulmonary Hypertension through HIF-2α/Notch4 Pathway 2024-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.13.580227 PMID:38464011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学分析、RNASCOPE和免疫染色分析，揭示了肺动脉高压（PAH）中肺毛细血管内皮细胞（ECs）向动脉内皮细胞的转变过程，并确定了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序和遗传操作证明了肺毛细血管内皮细胞在肺动脉高压发展过程中向动脉内皮细胞的转变，并揭示了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的关键作用	NA	探究肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞向动脉内皮细胞转变的机制	肺动脉高压患者的肺毛细血管内皮细胞和动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序，空间转录组学分析，RNASCOPE，免疫染色	NA	RNA序列	人类PAH患者和肺动脉高压（PH）小鼠的样本
10392	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.15.558001 PMID:37745478	研究论文	本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果	提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法	仅限于使用Cell Painting数据集进行评估	解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题	七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	混合模型	图像	使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting
10393	2024-08-07	Exploring myometrial microenvironment changes at the single-cell level from nonpregnant to term pregnant states 2024-Jan-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00067.2023 PMID:37955337	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学（ST）技术，构建了非妊娠（NP）和足月妊娠（TP）状态下人类子宫肌层单个细胞的转录组图谱	首次在单细胞水平上探索了人类子宫肌层从非妊娠到足月妊娠状态的微环境变化	NA	研究妊娠期间子宫肌层微环境和细胞群的特定变化	人类子宫肌层在非妊娠和足月妊娠状态下的单细胞水平变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	12个人类子宫肌层组织中的87,845个高质量单个细胞
10394	2024-08-07	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	本文开发了一种针对胃癌的个性化干细胞相关特征，用于预测预后和免疫治疗反应，基于单细胞和批量组织转录组数据	提出了一种基于个体样本内基因相对表达顺序的个性化干细胞相关特征，能够更准确地分析每个患者的预后和免疫治疗反应	NA	开发一种适用于临床的个性化干细胞相关特征，以提高胃癌预后和免疫治疗反应预测的准确性	胃癌的恶性上皮细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了两个批量组织数据集作为训练数据，并在四个独立测试数据集中验证
10395	2024-08-07	Elucidating T cell dynamics and molecular mechanisms in syngeneic and allogeneic islet transplantation through single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1429205 PMID:39100662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了同种异体和异种胰岛移植中T细胞动态和分子机制	揭示了同种异体和异种胰岛移植中T细胞亚群的基因变异和分子差异，以及细胞间通信模式的复杂性	NA	阐明胰岛移植中T细胞动态和分子机制，以增强移植物接受度和更有效地管理糖尿病治疗	同种异体和异种胰岛移植中的T细胞亚群及其基因表达差异	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	t-SNE	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
10396	2024-08-07	Single-cell and Spatial Transcriptomics Clustering with an Optimized Adaptive K-Nearest Neighbor Graph 2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.13.562261 PMID:37905097	研究论文	本文开发了一种名为aKNNO的方法，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型	aKNNO方法能够在不牺牲丰富细胞类型聚类性能的情况下，准确发现已知和新的稀有细胞类型	NA	开发一种新的方法来同时识别单细胞和空间转录组学数据中的丰富和稀有细胞类型	单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型	单细胞测序	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	转录组数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集
10397	2024-08-07	A lipid-associated macrophage lineage rewires the spatial landscape of adipose tissue in early obesity 2023-10-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171701 PMID:37651193	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和成像技术，探讨了小鼠饮食诱导肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞（ATM）的动态变化及其与代谢疾病发展的关系	首次将单细胞RNA测序与空间转录组学结合，揭示了肥胖早期脂肪组织中脂质相关巨噬细胞（LAM）前体（pre-LAM）的空间分布及其与脂肪组织功能障碍标志物的共定位	研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类	深入理解肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞的多样性及其在代谢疾病发展中的作用	脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖过程中的动态变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据、图像数据	小鼠模型
10398	2024-08-07	Mild/asymptomatic COVID-19 in unvaccinated pregnant mothers impairs neonatal immune responses 2023-09-12, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172658 PMID:37698937	研究论文	研究分析了未接种疫苗的孕妇在孕期经历轻度或无症状COVID-19感染后，新生儿脐带血和绒毛膜绒毛的免疫细胞组成变化	首次详细探讨了轻度或无症状孕妇COVID-19感染对新生儿免疫反应的影响，包括免疫细胞的重编程和功能状态的改变	研究主要集中在脐带血和绒毛膜绒毛的免疫细胞分析，未涉及其他可能的影响因素	探讨孕妇轻度或无症状COVID-19感染对新生儿免疫系统的影响	未接种疫苗的孕妇及其新生儿	NA	COVID-19	流式细胞术，单细胞RNA测序，体外刺激试验	NA	细胞	多个新生儿的脐带血和绒毛膜绒毛样本
10399	2024-08-07	Targeting m6A reader YTHDF1 augments antitumour immunity and boosts anti-PD-1 efficacy in colorectal cancer 2023-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-328845 PMID:36717220	研究论文	本文研究了m6A阅读蛋白YTHDF1在结直肠癌免疫微环境中的作用及其机制	首次揭示了YTHDF1通过m6A-p65-CXCL1/CXCR2轴影响结直肠癌的免疫微环境，并增强抗PD-1疗法的效果	NA	阐明YTHDF1在结直肠癌免疫微环境中的功能和机制	YTHDF1在结直肠癌中的表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化RNA免疫沉淀测序（MeRIP-seq）、RNA测序（RNA-seq）和核糖体测序（Ribo-seq）	NA	组织微阵列、TCGA数据集	组织微阵列（N=408）、TCGA数据集（N=526）
10400	2024-08-07	Isoformic PD-1-mediated immunosuppression underlies resistance to PD-1 blockade in hepatocellular carcinoma patients 2023-Aug, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-327133 PMID:36450387	研究论文	本文探讨了程序性细胞死亡蛋白1（PD-1）的同种型Δ42PD-1在肝细胞癌（HCC）进展和对抗PD-1免疫检查点阻断（ICB）耐药性中的作用	发现了Δ42PD-1同种型在HCC患者中对抗PD-1 ICB耐药性的机制，并验证了针对Δ42PD-1的单克隆抗体在HCC免疫治疗中的效用	NA	阐明HCC患者对抗PD-1 ICB耐药性的机制，并探索新的免疫治疗策略	74名HCC患者，包括未治疗、接受nivolumab治疗和接受pembrolizumab治疗的患者	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	血液样本和肿瘤组织中的外周血单个核细胞及肿瘤浸润淋巴细胞	74名HCC患者