单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-05-25	Dissecting key contributions of Th2 and Th17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	探讨Th2和Th17细胞因子在特应性皮炎(AD)病理生理学中的关键作用	揭示了IL-22在Th2驱动的急性AD病理生理中的重要作用，并强调了联合药物治疗在AD靶向治疗中的潜力	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂情况	阐明AD相关细胞因子如何驱动特定的表皮疾病特征	原代和永生化角质形成细胞来源的人类表皮等效物	皮肤病学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学	体外细胞模型	转录组数据	NA
1022	2025-05-25	Human Airway Epithelial BAFF is Reduced in Early Life but Virally-induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	research paper	研究人类气道B细胞群的发展动态以及病毒性呼吸道感染如何影响气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞存活和成熟因子	首次发现BAFF/BAFF受体轴在早期生命阶段对B细胞成熟和存活的关键作用，以及病毒刺激通过JAK/STAT信号通路诱导婴儿AECs产生BAFF的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	探究人类气道B细胞群的发展动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs）	免疫学	呼吸道感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	婴儿（<12个月）和较大儿童的气道样本
1023	2025-05-25	A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data 2025-May-21, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464 PMID:40409400	综述	本文综述了使用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程	揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战，并提出了更稳健的方法学建议	缺乏真实网络的了解和评估指标的非标准化，导致算法性能比较困难	探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学问题和性能评估	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
1024	2025-05-25	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-May-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	research paper	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于高效嵌入T细胞受体（TCR）序列，以辅助适应性免疫研究	开发了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列与常见序列相似性进行数字化，为比较分析和抗原特异性预测提供参考	未提及具体局限性	改进TCR测序数据的处理，以追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	未提及具体样本量
1025	2025-05-25	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文介绍了一种名为gsMap的方法，该方法通过整合空间转录组学数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行映射	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状进行映射，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组学数据集，可能无法完全代表成年人的情况	开发一种方法，用于空间解析映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状相关的细胞，特别是与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	NA	空间转录组学数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组学数据集
1026	2025-05-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	research paper	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次结合单细胞和空间转录组学，构建了水稻叶片的全面图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	研究仅针对水稻叶片细胞，未涉及其他组织或植物种类	探究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236,708个单细胞转录组
1027	2025-05-25	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	研究论文	研究哈洛芬酮通过mTOR-eIF2α-ATF4轴破坏胶原沉积，增强卵巢癌化疗敏感性的机制	发现22基因基质组特征可预测卵巢癌化疗反应和生存率，并鉴定出哈洛芬酮作为靶向COL1A1的天然化合物	研究未涉及哈洛芬酮在人体内的长期安全性和有效性	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和细胞外基质(ECM)	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
1028	2025-05-25	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了蛋白质精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在内皮细胞（ECs）中的作用，特别是在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的影响	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞（ECs）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1029	2025-05-25	Targeting KIT With Antibody-Drug Conjugates in Chromophobe Renal Cell Carcinoma 2025-Apr-15, Clinical genitourinary cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.clgc.2025.102359 PMID:40408838	research paper	该研究探讨了在嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）中靶向KIT的抗体-药物偶联物（ADC）的治疗潜力	首次在ChRCC中测试了靶向KIT的ADC，并证实其有效性	研究未涉及临床患者试验，仅限于体外和数据库分析	探索KIT作为ChRCC治疗靶点的可行性	嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）及其细胞系	肿瘤学	肾细胞癌	抗体-药物偶联物（ADC）、单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	15例转移性ChRCC标本、5个ChRCC细胞系
1030	2025-05-25	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	该研究构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类，基于单细胞RNA测序数据	通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了首个全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性及其在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	数据库的覆盖范围可能受限于现有的单细胞RNA测序数据，且技术限制可能影响EV分析的准确性	构建一个全面的数据库以探索TcEV的表达和聚类，促进基于EV的诊断和治疗研究	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	包含277,265个EV液滴，来自51种T细胞类型，覆盖221个样本和21个项目，涉及9种组织来源和23种疾病状态
1031	2025-05-25	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-02-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	research paper	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用，并探索了针对这些细胞的新型治疗策略	研究主要基于动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	研究心脏纤维化的发病机制并探索新的治疗靶点	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	动物模型（具体数量未提及）
1032	2025-05-25	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中的抑制性神经元转录组图谱，揭示了多样化的扩展和收缩模式	开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源	稀有抑制性神经元类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能影响发育轨迹的深入理解	探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制	小鼠和人类胎儿皮层中的SST+抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	超过51,000个小鼠SST+神经元
1033	2025-05-25	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中发现两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并阐明其空间分布特征及与肿瘤干细胞的互作网络	样本量相对有限（33例胶质瘤），且仅关注了IDH野生型与突变型之间的差异	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
1034	2025-05-25	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎视网膜细胞（具体数量未提及）
1035	2025-05-25	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	NA	探索早期痤疮的发病机制和潜在治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
1036	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
1037	2025-05-24	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后12小时的异质性，并鉴定了9个潜在的治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点，未涉及其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠星形胶质细胞
1038	2025-05-24	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用及其治疗潜力	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化到人类MS研究中存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性、依赖于区域微环境和疾病阶段的反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其作为治疗靶点的潜力	多发性硬化症（MS）中的星形胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
1039	2025-05-24	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Jun, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	通过单细胞分析揭示韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞异质性和肌成纤维细胞转化	识别了成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程，以及新的信号通路如GAS和GRN在黄韧带肥大中的作用	样本量较小，仅来自3名患者	研究黄韧带肥大中的细胞比例和信号通路	黄韧带组织	单细胞分析	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名患者的黄韧带组织
1040	2025-05-24	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性	首次发现ROMK蛋白在厚升支细胞中的分布与分子不同的细胞类型一致，揭示了ROMK的功能异质性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支细胞	肾脏生理学	NA	单细胞RNA测序、RNAscope原位杂交、迭代间接免疫荧光成像(4i多重成像)、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	NA