单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-09-07	PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527507 PMID:40901026	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎的共享枢纽基因PI3及其免疫细胞招募机制	首次发现PI3作为连接两种疾病的枢纽基因，并揭示其通过CCL/CXCL趋化因子招募免疫细胞的共同机制	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证	探究特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共同发病机制和分子连接	GSE121212和GSE75214基因表达数据集中的患者样本	生物信息学	特应性皮炎和溃疡性结肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, PPI网络分析	三种机器学习算法	基因表达数据	来自两个GEO数据集的多例患者样本
1022	2025-09-07	Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357 PMID:40901472	研究论文	本研究通过多组学分析揭示肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展	首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴调控中性粒细胞陷阱形成的新机制，并构建了基于6个基因的预后预测模型	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	探究肿瘤相关中性粒细胞在前列腺癌进展中的作用机制并开发预后预测模型	前列腺癌患者临床样本和数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、LASSO回归、机器学习分析、去卷积算法、器官样模型	预后预测模型	临床数据、基因组数据、单细胞测序数据	前列腺癌患者回顾性临床数据
1023	2025-09-07	Elevated THOC5 expression in liver cancer and its implications for tumor progression and therapeutic response 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1596120 PMID:40901498	研究论文	本研究探讨THOC5基因在多种癌症中的表达及其对肝细胞癌（LIHC）预后和治疗的影响	首次全面分析THOC5在多种癌症中的表达模式，并揭示其通过激活EGFR、缺氧和MAPK等信号通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要进一步体内实验验证	评估THOC5作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	肝细胞癌（LIHC）及其他多种癌症类型	癌症生物学	肝癌	单细胞RNA测序、RNA-seq、免疫组化、蛋白质组学分析、伤口愈合实验、Transwell迁移实验	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞实验数据	公共数据集中的多种癌症样本及LIHC细胞系
1024	2025-09-07	Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0330780 PMID:40901835	研究论文	通过生物信息学分析和深度学习技术识别心力衰竭的关键生物标志物并开发诊断模型	结合WGCNA、机器学习、PPI分析和单细胞RNA测序鉴定出四个关键基因(ITIH5, ISLR, ASPN, FNDC1)，并首次使用CNN构建心力衰竭诊断模型	基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	发现心力衰竭的生物标志物和潜在治疗靶点，并开发诊断模型	心力衰竭相关基因表达数据和患者样本	生物信息学	心血管疾病	RNA测序，单细胞RNA测序，分子对接	CNN	基因表达数据	来自GEO数据库的公共数据集
1025	2025-09-07	Multi-Omics Integration with Machine Learning and Molecular Docking Reveals Crosstalk Mechanisms and Drug Candidates in Metastatic Melanoma and Vitiligo 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S533281 PMID:40904412	研究论文	本研究通过多组学整合与机器学习方法，揭示转移性黑色素瘤与白癜风之间的交叉对话机制并筛选候选药物	首次系统阐明转移性黑色素瘤与白癜风的遗传交叉对话机制，并基于机器学习构建预后模型及通过分子对接筛选靶向治疗化合物	基于公开数据库的回顾性分析，需进一步实验验证	阐明两种疾病间的分子机制并开发个性化治疗策略	转移性黑色素瘤与白癜风患者基因数据	生物信息学	黑色素瘤与白癜风	多组学整合、差异表达分析、WGCNA、scRNA-seq、分子对接	机器学习预后模型	基因组数据与单细胞数据	基于GEO和TCGA公开数据库的多个独立队列
1026	2025-09-07	Exploring immunological alterations of B cells in peripheral immunity via single-cell RNA sequencing: insights into primary membranous nephropathy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1622395 PMID:40904455	研究论文	通过单细胞RNA测序探索原发性膜性肾病中B细胞的免疫学改变及其在疾病机制中的作用	首次在PMN患者中应用单细胞RNA测序揭示B细胞亚群（特别是浆细胞亚群0和B10调节性B细胞）的异质性、功能多样性及其与单核细胞的相互作用	样本量较小（6例患者和3例健康对照），需更大规模研究验证	探究原发性膜性肾病中B细胞的免疫病理机制	原发性膜性肾病（PMN）患者和健康对照的外周血单个核细胞	免疫学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6例PMN患者和3例健康对照的外周血单个核细胞样本
1027	2025-09-07	From trash to treasure: tumor draining lymph nodes as a multi-omics goldmine in cancer therapy 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1636942 PMID:40904508	综述	探讨肿瘤引流淋巴结在癌症治疗中的双重角色及多组学研究价值	提出'淋巴结多模态保护研究(LNMPR)'概念，整合空间转录组学等新技术解析淋巴结免疫动态	NA	系统梳理TDLN生物学认知演变并探索其临床治疗优化策略	肿瘤引流淋巴结(TDLNs)	肿瘤免疫学	癌症	空间转录组学, 单细胞分析, 成像技术	NA	多组学数据	NA
1028	2025-09-07	SPINK1 facilitates tumor progression via the EGFR/JAK/STAT3 axis in oral squamous cell carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585277 PMID:40904507	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了SPINK1在口腔鳞状细胞癌中通过EGFR/JAK/STAT3轴促进肿瘤进展的分子机制	首次发现SPINK1通过EGFR/JAK/STAT3信号轴驱动口腔鳞癌进展，并揭示其在肿瘤发生和免疫调节中的双重作用	NA	阐明SPINK1在口腔鳞状细胞癌中的功能作用和分子机制	口腔鳞状细胞癌组织和细胞系	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、免疫印迹、功能获得/缺失实验	NA	转录组数据、实验数据	GEO数据库转录组数据集和实验验证样本
1029	2025-09-07	An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760 PMID:40861433	研究论文	介绍一种名为nimble的补充性RNA-seq分析工具，专注于提升免疫相关基因数据的捕获和分析能力	开发了可定制化基因空间和评分标准的伪比对工具，能够恢复标准分析中遗漏的等位基因特异性调控和复杂多基因家族数据	NA	改善单细胞RNA-seq分析中对免疫相关基因（如MHC和KIR）的检测准确性和完整性	免疫基因家族（主要组织相容性复合体和杀伤细胞免疫球蛋白样受体）及组织驻留记忆T细胞	生物信息学	传染病（结核分枝杆菌感染）	RNA-seq（包括bulk和单细胞），伪比对技术	NA	基因表达数据	NA
1030	2025-09-07	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库的大小	首次通过无偏倚高通量单细胞测序揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系，并发现IL1B通过NF-κB通路具有天然潜伏逆转活性	样本量相对有限（初始队列14人，验证队列38人），且主要聚焦急性感染期开始ART治疗的人群	研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART治疗期间HIV-1病毒库的大小	HIV-1感染个体（急性感染期开始ART治疗且病毒抑制有效但总HIV-1 DNA量不同的参与者）	生物信息学	艾滋病	scRNA-seq, IPDA	NA	单细胞RNA测序数据	初始队列14人，验证队列38人
1031	2025-09-07	Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature 2024 Nov-Dec, Ophthalmology science IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.xops.2024.100539 PMID:39220810	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示增殖性糖尿病视网膜病变患者玻璃体中T细胞的炎症特征	首次对疾病状态下人类玻璃体进行单细胞转录组表征，发现PDR玻璃体主要由T细胞组成且中性粒细胞基本缺失	样本量较小（5名患者6只眼睛），属于病例系列研究	识别PDR中可靶向的细胞类型及信号通路，探索玻璃体液活检的可行性	增殖性糖尿病视网膜病变患者的玻璃体和外周血细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序），Chromium 10x平台	NA	单细胞转录组数据	5名成年患者（6只眼睛）的玻璃体细胞和外周血单核细胞
1032	2025-09-07	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出一种名为MultiSC的深度学习流程，用于整合和分析多组学单细胞数据	开发了新型多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型，有效整合三种组学数据类型并预测转录因子调控的靶基因	NA	解决多组学单细胞数据整合分析工具缺乏的问题，提供全面的细胞活动和基因调控网络分析	单细胞多组学数据（基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达）	机器学习	NA	NEAT-seq多组学测序技术	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	多组学数据（基因表达、染色质可及性、蛋白表达）	NA
1033	2025-09-07	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本研究通过活体双光子成像和单细胞转录组学揭示了脉络丛在神经炎症中与免疫细胞协同作用的机制	首次发现脉络丛上皮细胞短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化，同时揭示了巨噬细胞从脑脊液向脉络丛反向招募的新现象	研究基于小鼠LPS诱导的脑膜炎模型，可能无法完全反映人类神经炎症疾病的复杂性	阐明脉络丛在脑炎症调控中的分子机制和细胞动态过程	小鼠脉络丛、中性粒细胞、单核细胞和巨噬细胞	神经免疫学	神经炎症性疾病	纵向双光子成像、单细胞转录组学、脑室内LPS注射	NA	影像数据、转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
1034	2025-09-07	HA-1-targeted T-cell receptor T-cell therapy for recurrent leukemia after hematopoietic stem cell transplantation 2024-09-05, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024105 PMID:38683966	研究论文	本研究评估了靶向HA-1的T细胞受体T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的可行性和安全性	首次使用基因工程改造的HA-1特异性TCR-T细胞治疗移植后复发白血病，并展示了临床应用的可行性	研究样本量较小（9例患者），且非设计用于评估疗效的随机对照试验	评估HA-1靶向TCR-T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的安全性和可行性	造血干细胞移植后出现疾病复发的白血病和髓系肿瘤患者	细胞免疫治疗	白血病	T细胞受体基因工程、单细胞RNA测序	NA	临床数据、基因表达数据	9例造血干细胞移植受者
1035	2025-09-07	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	评估新一代BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的疗效及免疫生物标志物变化	首次在随机对照试验中验证zanubrutinib对COVID-19患者炎症信号的抑制作用，同时保留病毒血清学反应	多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗可能影响结果，临床恢复指标未显示显著改善	评估BTK抑制剂zanubrutinib治疗SARS-CoV-2感染相关呼吸窘迫的疗效和免疫调节作用	COVID-19住院患者（分为非机械通气组和机械通气≤24小时组）	临床医学	COVID-19	随机对照试验、单细胞转录组分析、血清学检测	NA	临床数据、血清学数据、转录组数据	队列1: 63例患者（zanubrutinib组30例，安慰剂组33例）；队列2: 4例患者
1036	2025-09-06	Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2026-Apr-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子E2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用机制	重点探讨了Nrf2与NF-κB在细胞器交互作用中的潜在串扰及其对中风病理生理学的影响，并结合单细胞测序等新技术展望个体化治疗	NA	阐明Nrf2和NF-κB在中风氧化应激、炎症和神经保护中的分子机制	中风相关的转录因子信号通路及细胞器功能	病理生物学	脑血管疾病	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
1037	2025-09-06	SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 2025-Oct, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149 PMID:40769233	综述	本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用机制和临床证据	系统整合了SGLT2抑制剂在糖尿病和非糖尿病背景下通过多途径（氧化应激、线粒体功能等）抗纤维化的新机制证据	主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点，且缺乏人体组织学验证	探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂在不同心血管疾病状态中的作用	心脏纤维化病理机制及SGLT2抑制剂的干预效果	心血管医学	心血管疾病	心脏磁共振评估、血清胶原生物标志物检测、人工智能驱动的纤维化量化	NA	临床数据、实验模型数据、影像数据	NA（综述文章未涉及具体样本量）
1038	2025-09-06	Antioxidant functionalized double-net/TA dynamic hydrogel promotes cartilage regeneration through stabilization of chondrocyte phenotype 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102203 PMID:40893359	研究论文	本研究开发了一种抗氧化功能化双网络/TA动态水凝胶，通过稳定软骨细胞表型促进软骨再生	首次发现软骨细胞在扩增过程中代谢模式从糖酵解向氧化磷酸化转变，并设计了一种新型抗氧化DN-TA水凝胶系统通过调节代谢稳定软骨细胞表型	研究主要在裸鼠皮下植入模型中进行，尚未在更复杂的关节环境中验证	探究软骨细胞扩增过程中的代谢重编程机制，并通过代谢调控优化软骨组织工程策略	软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞RNA测序，转录组分析	NA	基因表达数据	P3代软骨细胞在裸鼠皮下植入8/12周
1039	2025-09-06	RNA-seq dataset of the estrogen-dependent regulation of the transcriptome in mouse mammary gland organoids 2025-Oct, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111984 PMID:40896136	研究论文	本研究通过RNA测序分析雌激素处理的小鼠乳腺类器官转录组，揭示雌激素信号通路对乳腺上皮基因的调控作用	首次利用乳腺类器官模型结合bulk mRNA-seq技术系统研究雌激素依赖性转录组调控，为单细胞水平研究提供基础数据	仅使用bulk RNA-seq技术，未能解析细胞异质性；研究局限于小鼠模型，需进一步验证人体相关性	探究雌激素信号通路对乳腺上皮细胞转录组的特异性调控机制	小鼠乳腺上皮类器官	转录组学	乳腺癌	RNA-seq, next-generation sequencing	DESeq2	RNA测序数据	雌激素处理的成熟小鼠乳腺类器官（11天处理周期）
1040	2025-09-06	Combined endurance and resistance exercise training alters the spatial transcriptome of skeletal muscle in young adults 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113301 PMID:40894879	研究论文	本研究通过空间转录组学技术结合免疫荧光和计算方法，解析了联合耐力与抗阻运动训练对人类骨骼肌肌纤维和单核细胞群体的分子适应机制	首次采用空间转录组学技术揭示运动诱导的肌纤维类型特异性基因表达变化，并结合单细胞RNAseq数据发现间质细胞群体与血管生成相关的运动诱导转变	研究样本仅限于年轻成年人，未涵盖其他年龄组或特殊人群	全面分析联合耐力与抗阻运动训练引起的骨骼肌分子变化	人类骨骼肌组织中的肌纤维和单核细胞群体	空间转录组学	NA	空间转录组学、免疫荧光、单细胞RNAseq	计算方法（未指定具体模型）	空间转录组数据、单细胞RNAseq数据、图像数据	年轻成年人骨骼肌样本（具体数量未明确说明）