单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-09-05	Enhancer Reprogramming Reveals the Tumorigenic Role of PTPRZ1 in Lung Squamous Cell Carcinoma 2025-Sep-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509344 PMID:40899632	研究论文	通过多组学分析揭示肺鳞癌中增强子重编程驱动PTPRZ1致癌机制	首次整合单细胞表观基因组与空间转录组技术，发现PTPRZ1-MDK轴作为可靶向治疗通路	样本量有限（59对组织），未验证临床治疗可行性	识别肺鳞癌新型致癌驱动因子与表观遗传脆弱性	肺鳞癌肿瘤组织与癌旁正常组织	肿瘤基因组学	肺癌	ChIP-seq, bulk RNA-seq, single-cell ATAC/RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	59对匹配的肺鳞癌肿瘤与癌旁组织
1022	2025-09-05	Inhibiting SLC38A2 lowers blood pressure in rodent models of hypertension 2025-Sep-03, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt5947 PMID:40901922	研究论文	本研究揭示SLC38A2通过调节内皮一氧化氮信号通路调控血压，其抑制剂MeAIB在高血压模型中表现出降压效果	首次发现SLC38A2作为血压调控新靶点，并证实其抑制剂通过抑制谷氨酰胺摄取激活AKT-eNOS通路增强NO生成	研究主要基于啮齿类动物模型，人类数据仅来自遗传关联分析，缺乏直接临床干预证据	探索高血压治疗新靶点及机制	小鼠、大鼠模型及人类群体队列（中国队列和UK Biobank欧洲队列）	心血管疾病研究	心血管疾病	基因敲除、单细胞RNA测序、药理学抑制	NA	基因表达数据、血压测量数据、遗传变异数据	多种高血压啮齿类模型及两个人类群体队列（具体数量未明确说明）
1023	2025-09-05	ScisTree2 enables large-scale inference of cell lineage trees and genotype calling using efficient local search 2025-Sep-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280542.125 PMID:40903391	研究论文	介绍ScisTree2，一种基于高效局部搜索方法的大规模细胞谱系树推断和基因型调用工具	首个能够处理数万或更多细胞数据集的基于模型的细胞谱系树推断和基因型调用方法	NA	从大规模单细胞数据中准确推断细胞谱系树并进行基因型调用	细胞谱系树和单细胞基因型	生物信息学	NA	单细胞测序	无限位点模型	单细胞测序数据	数万或更多细胞的数据集
1024	2025-09-05	Accurately Predicting Cell Type Abundance from Spatial Histology Image Through HPCell 2025-Sep-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00757-9 PMID:40903657	研究论文	提出HPCell深度学习框架，直接从H&E染色组织学图像预测细胞类型丰度	首个直接从组织学图像估计细胞类型丰度的框架，结合病理基础模块、超图模块和Transformer模块	NA	开发低成本方法从组织学图像推断细胞类型空间分布	H&E染色全切片图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)，深度学习	Transformer，教师-学生框架	图像	多个空间转录组数据集
1025	2025-09-05	Applications of single-cell transcriptomics: updated insights in endometrial cancer 2025-Sep-03, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-025-04032-7 PMID:40903692	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在子宫内膜癌研究中的应用，重点关注肿瘤微环境的细胞异质性和免疫治疗响应机制	整合最新scRNA-seq研究成果，系统揭示子宫内膜癌微环境中不同细胞类型的转录异质性及其对肿瘤进化的驱动作用	NA	总结单细胞转录组学在子宫内膜癌研究中的最新应用进展	子宫内膜癌肿瘤微环境中的上皮细胞、基质细胞、内皮细胞和免疫细胞	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
1026	2025-09-05	GPC2-Targeted CAR T Cells Engineered with NFAT-Inducible Membrane-Tethered IL15/IL21 Exhibit Enhanced Activity against Neuroblastoma 2025-Sep-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0975 PMID:40569285	研究论文	本研究开发并评估了靶向GPC2的CAR-T细胞联合NFAT诱导型膜锚定IL15/IL21表达策略，在神经母细胞瘤高负荷模型中展示出增强的抗肿瘤活性和可耐受性	首次采用NFAT诱导型膜锚定IL15/IL21共表达系统增强CAR-T细胞功能，相比组成型表达策略显著降低系统毒性	研究目前仅在临床前小鼠模型中进行，需进一步研究验证	优化CAR-T细胞疗法以应对高肿瘤负荷的神经母细胞瘤治疗挑战	神经母细胞瘤细胞和小鼠移植瘤模型	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	CAR-T细胞工程、单细胞RNA测序、异种移植模型	NA	体外实验数据、体内实验数据、转录组数据	高神经母细胞瘤负荷异种移植小鼠模型
1027	2025-09-05	PIEZO1 Overexpression in Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Arteriovenous Malformations 2025-Sep-02, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.073630 PMID:40665909	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT2）的动静脉畸形中过度表达，并证实其抑制可减轻病变形成	首次揭示PIEZO1在HHT2动静脉畸形中的关键作用，并通过遗传和药理学方法证明其抑制可逆转ALK1缺失引起的病理信号通路	研究主要基于小鼠模型和有限的人类病变样本，临床转化需进一步验证	探究ALK1基因变异导致的信号通路改变，寻找抑制动静脉畸形形成的治疗靶点	ALK1基因敲除小鼠的视网膜内皮细胞及人类HHT2病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序，遗传学干预，药理学抑制	NA	基因表达数据	ALK1敲除小鼠和对照组的视网膜样本，以及人类HHT2病变组织
1028	2025-09-05	Early immune response to Coccidioides is characterized by robust neutrophil and fibrotic macrophage recruitment and differentiation 2025-Sep-02, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.00442-25 PMID:40704794	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠模型中早期对球孢子菌的免疫反应，揭示了中性粒细胞和巨噬细胞的关键作用	首次在高剂量减毒株感染模型中利用单细胞RNA测序技术，鉴定出炎症性PD-L1中性粒细胞和促纤维化Spp1巨噬细胞这两种特定免疫细胞亚群	使用高剂量减毒株可能无法完全模拟自然感染过程，且研究仅限于24小时内的早期反应	阐明球孢子菌病严重进展的免疫学机制，特别是早期宿主-病原体相互作用	小鼠感染模型中的肺组织免疫细胞	免疫学	球孢子菌病（山谷热）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠感染模型（具体数量未明确说明）
1029	2025-09-05	Tumor-Specific MHC-II Activates CD4+ and CD8+ T Cells in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma to Boost Immunotherapy Efficacy 2025-Sep-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4383 PMID:40540325	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，发现肿瘤特异性MHC-II（tsMHC-II）是头颈部鳞状细胞癌新辅助免疫治疗反应的优越预测标志物	首次揭示tsMHC-II通过招募T细胞和诱导CCL5等趋化因子，增强PD-1阻断疗效并激活CD4+和CD8+ T细胞扩增的新机制	研究基于II期临床试验前的活检样本，样本量和临床验证仍需进一步扩大	探索头颈部鳞状细胞癌免疫治疗反应的生物标志物及其作用机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	基因组测序数据	II期新辅助免疫治疗临床试验前的HNSCC活检样本
1030	2025-09-05	Characterizing Stroke Clots Using Single-Cell Sequencing 2025-Sep-02, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.125.041738 PMID:40878981	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析缺血性卒中血栓的免疫细胞组成和基因表达特征	首次在单细胞分辨率下对比房颤和颈动脉粥样硬化来源卒中血栓的转录组差异并鉴定疾病特异性生物标志物	样本量较小（10例血栓样本），需更大队列验证发现	揭示卒中血栓形成的分子机制并识别潜在病因生物标志物	大血管闭塞性卒中患者的血栓样本	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序, Multi-marker Analysis of Genomic Annotation, 全基因组关联分析	NA	基因表达数据	10例卒中患者血栓样本
1031	2025-09-05	Podocyte-Specific Deletion of STAT3 in KLF4-Related Experimental Podocytopathy 2025-Sep-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000841 PMID:40880189	研究论文	本研究通过构建小鼠模型探索足细胞特异性STAT3信号在KLF4缺失相关肾小球疾病中的作用	首次证明足细胞特异性STAT3抑制可逆转KLF4缺失导致的病理表型，并利用人类肾活检数据验证STAT3信号在肾小球疾病中的相关性	研究基于基因工程小鼠模型，人类疾病中的直接适用性仍需进一步验证	阐明STAT3信号在足细胞损伤机制中的特异性作用	基因修饰小鼠模型和人类肾活检样本	肾脏病理学	肾小球疾病	基因敲除、表达阵列分析、scRNA-seq、bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	基因工程小鼠模型及NEPTUNE研究网络的人类肾活检样本
1032	2025-09-05	Upregulation of EMP3 in acute myeloid leukemia: a study based on data mining, RT-qPCR and immunohistochemistry 2025-Sep-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03368-4 PMID:40890490	研究论文	本研究通过数据挖掘、RT-qPCR和免疫组化分析，揭示了EMP3在急性髓系白血病中的上调表达及其临床意义	首次系统评估EMP3在AML中的表达模式，并发现其与预后的显著关联，同时鉴定出BCL2A1和ITGAM作为核心共表达基因	研究主要基于公共数据集和回顾性分析，需要进一步实验验证EMP3的功能机制	探究EMP3在急性髓系白血病中的表达特征和临床预后价值	急性髓系白血病患者样本和健康供体对照	生物信息学	急性髓系白血病	数据挖掘、RT-qPCR、免疫组化、WGCNA、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、通路富集分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、临床数据	基于公共数据集的AML患者样本，具体数量未明确说明但包含RT-qPCR验证数据
1033	2025-09-05	Clustering Single-Cell RNA-Seq Data with Low-Rank Matrix Factorization and Local Graph Regularization 2025-Sep-02, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00762-y PMID:40897868	研究论文	提出一种结合低秩矩阵分解与局部图正则化的新型单细胞RNA测序数据聚类算法LRMGC	采用三分解策略和对齐核心矩阵，结合Schatten p-范数和局部流形正则化，提升噪声和异常值下的聚类鲁棒性	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	低秩矩阵分解，图正则化模型	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（具体数量未说明）
1034	2025-09-05	SemiLT: A Multianchor Transfer Learning Method for Cross-Modality Cell Label Annotation from scRNA-seq to scATAC-seq 2025-Sep-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507846 PMID:40898317	研究论文	提出一种名为SemiLT的多锚点迁移学习方法，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态细胞标签注释	首次考虑scRNA-seq和scATAC-seq之间的时序差异，通过多锚点迁移学习缓解模态间批次效应	NA	提高scATAC-seq数据的细胞类型注释准确性	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq, 迁移学习	多锚点迁移学习模型	单细胞测序数据	多个人类数据集（包括骨髓造血数据集和外周血单核细胞数据集）
1035	2025-09-05	Multi-level validation of high expression of PLAUR, FOSL2, and SLC11A1 in aortic dissection and their clinical implications 2025-Sep-02, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115428 PMID:40902395	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法鉴定主动脉夹层中巨噬细胞亚群及其关键基因PLAUR、FOSL2和SLC11A1的高表达	首次发现并命名AD相关巨噬细胞亚群(AD-mac)，整合多组学分析工具和机器学习算法揭示其特征基因	研究主要基于测序数据和动物模型，临床转化需要进一步验证	解析主动脉夹层发病机制并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	主动脉夹层患者组织样本和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化, 免疫荧光	LASSO, SVM-RFE, Random Forest, Boruta, Decision Tree	基因表达数据	人类AD患者主动脉组织和小鼠AD模型
1036	2025-09-05	Single-cell RNA sequencing uncovers cellular heterogeneity of granulosa cells and provides a signature for follicular development in chicken 2025-Sep, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105430 PMID:40516295	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示鸡颗粒细胞的异质性并构建卵泡发育的转录特征	首次在鸡中通过单细胞RNA测序鉴定出四种颗粒细胞亚型并构建其发育轨迹	研究仅针对鸡模型，哺乳动物或其他鸟类的适用性尚不明确	解析鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的异质性与分子调控机制	鸡卵巢颗粒细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	两个发育阶段（等级卵泡和前等级卵泡）的颗粒细胞样本
1037	2025-09-05	Comprehensive identification of crucial biomarkers and therapeutic targets in cholestasis via integrated single-cell RNA and transcriptome sequencing analysis 2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10146-8 PMID:40523982	研究论文	通过整合单细胞RNA和转录组测序分析，全面鉴定胆汁淤积的关键生物标志物和治疗靶点	首次结合单细胞测序和转录组数据揭示IL32、CRIP2、ANXA2和VWF作为胆汁淤积的关键基因，并发现其在肝窦内皮细胞中的特异性表达	样本量较小（13例患者和10例对照），需进一步扩大验证	探究胆汁淤积的细胞通讯网络和分子机制，识别生物标志物及治疗靶点	胆汁淤积性肝病（CLD）患者及对照组的肝组织	生物信息学	肝胆疾病	单细胞RNA测序、转录组测序、Lasso回归、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	13例CLD患者和10例对照的肝组织样本
1038	2025-09-05	Single-cell and bulk RNA sequencing reveals specific Trem2 positive B cell subtype niche after myocardial infarction in mice 2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10144-w PMID:40523981	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序技术识别小鼠心肌梗死后具有Breg特性的特定B细胞亚型B_Trem2及其潜在治疗靶点	首次发现并表征了心肌梗死后表达Trem2的B细胞亚型（B_Trem2），揭示其通过Apoe-Spp1轴促进心脏修复的新机制	仅比较梗死区域免疫细胞变化，未涉及其他心脏区域；研究局限于小鼠模型，需人类样本验证	鉴定心肌梗死后B细胞亚型特征并寻找治疗靶点以改善不良心脏重塑	心肌梗死模型小鼠的免疫细胞（特别是B细胞亚群）	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, Seurat, GSEA, SCENIC, Monocle 2, NichNet	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的两个数据集（GSE163129和GSE19322）的小鼠心肌梗死样本
1039	2025-09-05	Elucidation of novel diagnostic biomarkers and therapeutic targets in colorectal carcinoma: an integrative approach leveraging multi-omics, computational biology, and single-cell sequencing technologies 2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10141-z PMID:40560225	研究论文	本研究采用多组学整合方法揭示结直肠癌的新型诊断生物标志物和治疗靶点	首次整合GBD数据库、转录组学、蛋白质组学和单细胞测序技术，系统识别VEGFA、ICAM1等关键靶点并揭示微生物组-宿主互作机制	研究发现仍需进一步实验验证和临床转化研究	探究结直肠癌的发病机制、诊断方法和治疗靶点	结直肠癌患者的多组学数据	计算生物学	结直肠癌	多组学分析、单细胞测序、分子对接、动态模拟	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	基于GBD数据库的多组学数据（未明确具体样本数）
1040	2025-09-05	Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning 2025-Sep, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10145-9 PMID:40588645	研究论文	通过生物信息学和机器学习方法探索克罗恩病与缺血性卒中的共享诊断基因及机制	首次整合WGCNA、机器学习、单细胞测序和孟德尔随机化等多方法揭示TLR2/TLR8作为克罗恩病-缺血性卒中共病的核心诊断生物标志物	依赖公共数据库的回顾性数据，未进行实验验证	解析克罗恩病与缺血性卒中的共病机制并寻找诊断生物标志物	人类基因表达数据（来自GEO数据库）	生物信息学	炎症性肠病与脑血管疾病	RNA-seq, WGCNA, 机器学习, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, 孟德尔随机化, 分子对接	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用GEO公共数据集）