单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-07-18	Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01093-1 PMID:34782740	research paper	该研究开发了一种名为CELLO-seq的新方法，用于在单细胞水平上测量转座子元件（TEs）的位点特异性表达	结合长读长单细胞RNA测序与计算分析，解决了年轻TEs因高度重复性难以定位的问题	模拟显示，小鼠中极少数非常年轻的元件仍无法高置信度地映射回参考基因组	研究转座子元件在单细胞中的位点特异性表达及其调控机制	小鼠二细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞	基因组学	NA	CELLO-seq（单细胞长读长RNA测序）	NA	RNA-seq数据	小鼠二细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞
1022	2025-07-17	CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976 PMID:40466617	研究论文	本文探讨了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白（OPN）在快速肺纤维化（RPF）中的作用	揭示了CD163+巨噬细胞通过OPN分泌促进RPF的新机制，并提出了CD163+巨噬细胞-OPN轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于COVID-19相关的RPF患者和小鼠模型，结果在其他类型的RPF中是否适用尚需验证	阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化中的促纤维化作用及其机制	COVID-19相关的RPF患者和小鼠模型	病理学	肺纤维化	scRNA-seq, snRNA-seq	小鼠模型	RNA测序数据	COVID-19相关RPF患者和小鼠模型
1023	2025-07-17	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本文研究了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗方法	首次揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的机制，并验证了衰老清除药物（D + Q）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索细胞衰老在ONFH中的作用及衰老清除药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）小鼠模型和骨髓源性巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠疾病模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确说明样本数量，但涉及ONFH患者数据和小鼠模型
1024	2025-07-17	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017 PMID:40494203	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序技术，探索了NOTCH和自噬在特发性肺纤维化(IPF)中的异质性和潜在相关性	首次在单细胞水平揭示了NOTCH和自噬活性在IPF不同细胞类型中的异质性和相关性，并鉴定出共同调控这两个通路的关键基因	研究主要基于转录组数据，虽然进行了蛋白质水平验证，但功能实验仍需进一步深入	探索NOTCH和自噬通路在IPF发病机制中的相互作用	特发性肺纤维化(IPF)患者样本	机器学习	肺纤维化	scRNA-seq, BulkRNA-seq, Western blotting	XGBoost, Boruta, random forest, LASSO, GBM, SVM-RFE	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1025	2025-07-17	High ELK3 expression is associated with the wild type IDH1 in glioma and enhances infiltration of M2 macrophages 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115064 PMID:40513332	研究论文	本研究探讨了ELK3在胶质瘤预后中的作用及其与IDH1状态和肿瘤免疫浸润的关系	首次将ELK3与IDH1野生型胶质瘤及M2巨噬细胞浸润联系起来，并开发了一个预后列线图	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证ELK3的具体作用机制	探究ELK3在胶质瘤预后中的作用及其与IDH1和免疫浸润的关系	胶质瘤患者样本和公共数据库数据	肿瘤生物学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化(IHC)、RT-qPCR、Western blotting	Cox比例风险回归模型、预后列线图	基因表达数据、临床数据	TCGA队列数据及验证队列
1026	2025-07-17	ISLR knockdown enhances radiotherapy-induced anti-tumor immunity by disrupting the Treg-mregDC-lymphoid niche in triple-negative breast cancer 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114988 PMID:40517736	研究论文	本研究探讨了放疗如何通过调节ISLR表达影响三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	揭示了ISLR通过调节MIF/CD74信号通路在免疫逃逸中的关键作用，并证明靶向ISLR可增强放疗和免疫治疗的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索ISLR在调节三阴性乳腺癌免疫微环境中的作用及其治疗潜力	三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231)和小鼠移植瘤模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、细胞功能实验数据	体外细胞实验和体内小鼠模型(具体数量未明确说明)
1027	2025-07-17	Macrophages Atp6v0d2 regulates XBP1-mediated cholesterol metabolism to suppress metabolic dysfunction-associated steatohepatitis progression 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115088 PMID:40526981	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞特异性基因Atp6v0d2通过调控XBP1介导的胆固醇代谢在抑制代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展中的关键作用	首次发现Atp6v0d2通过XBP1调控内质网应激影响巨噬细胞表型转换和胆固醇外流，并阐明了其通过Trem2+巨噬细胞清除凋亡肝细胞的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究	阐明Atp6v0d2在MASH发病机制中的功能意义并探索其作为治疗靶点的潜力	髓系来源巨噬细胞（MDMs）和MASH肝脏组织	肝脏病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型	Atp6v0d2基因敲除小鼠模型（Atp6v0d2Δmye, Atp6v0d2-/-）	基因表达数据、病理学数据	两种饮食诱导肥胖（DIO）雄性小鼠模型（GAN和CDAHFD）
1028	2025-07-17	Pediatric AML prognostication with an m6A-focused LASSO model 2025-Aug, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10815589251334964 PMID:40183482	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病(pAML)中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个LASSO风险回归模型来评估AML不同亚组的预后	发现了pAML中m6A相关基因的独特表达模式，并首次将LASSO风险回归模型应用于AML预后评估	研究基于公开数据库的测序数据，缺乏独立验证队列	探索m6A相关基因在儿童急性髓系白血病预后评估中的作用	儿童急性髓系白血病(pAML)患者	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的pAML病例数据
1029	2025-07-17	Integrative Proteomics and Genomics Identify Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Vitiligo via Mendelian Randomization 2025-Aug, Dermatology and therapy IF:3.5Q1 DOI:10.1007/s13555-025-01448-5 PMID:40536728	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学方法，结合孟德尔随机化分析，识别白癜风的新型生物标志物和治疗靶点	首次采用蛋白质组范围的孟德尔随机化(MR)结合转录组测序分析，鉴定与白癜风风险相关的候选蛋白质标记物和治疗靶点	样本主要来自欧洲人群(EBI数据库和UK Biobank)，可能限制结果在其他人群中的普适性	识别白癜风的生物标志物和潜在治疗靶点	白癜风患者(病例组)和健康对照人群	生物信息学	白癜风	孟德尔随机化(MR)、RNA-seq、单细胞RNA-seq、生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	EBI数据库:60例白癜风患者和402,672例对照; UK Biobank:95例白癜风患者和337,064例对照
1030	2025-07-17	Foxn3 is required to suppress aberrant ciliogenesis in nonphotoreceptor retinal neurons 2025-Jul-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500871122 PMID:40663603	研究论文	本研究探讨了转录因子Foxn3在视网膜非感光神经元中抑制异常纤毛生成的作用	揭示了Foxn3作为关键转录抑制因子，通过直接结合并抑制纤毛基因及其转录激活因子的启动子，维持视网膜神经元纤毛结构的正确性	未明确Foxn3在人类视网膜疾病中的具体作用机制	探究Foxn3在视网膜神经元纤毛结构分化中的调控机制	视网膜非感光神经元（如双极细胞和无长突细胞）	分子生物学	视网膜疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、染色质分析、转录检测	Foxn3条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	Foxn3条件性敲除小鼠
1031	2025-07-17	Rewriting the dendritic cell code in cancer-from subset identity to immunotherapeutic design 2025-Jul-16, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70108 PMID:40667699	综述	本文综述了树突状细胞（DCs）在抗肿瘤免疫中的核心作用，探讨了不同DC亚群的发育路径和功能特性，以及肿瘤微环境（TME）如何动态重编程这些细胞	整合了空间转录组学和单细胞研究的最新发现，揭示了关键的DC-T细胞生态位，并评估了当前和新兴的治疗策略	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	探讨树突状细胞在肿瘤免疫中的作用及其治疗潜力	树突状细胞亚群（如cDC1、cDC2、pDCs、DC3s、tDCs、moDCs和RORγt抗原呈递细胞）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤免疫学	癌症	空间转录组学、单细胞研究	NA	NA	NA
1032	2025-07-17	Leptin Aggravates Thoracic Aortic Dissection Through Impairment of Energy Metabolism in Nrip2+ Smooth Muscle Cells 2025-Jul-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502027 PMID:40667784	研究论文	研究探讨了肥胖激素瘦素在胸主动脉夹层（TAD）中的作用及其通过影响血管平滑肌细胞（VSMCs）能量代谢加剧疾病的机制	发现了一种新型平滑肌细胞簇Nrip2，并揭示了其在抑制瘦素诱导的表型转换和增强线粒体能量代谢中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究瘦素如何通过影响血管平滑肌细胞的能量代谢加剧胸主动脉夹层的发病机制	瘦素、血管平滑肌细胞（VSMCs）、Nrip2平滑肌细胞簇	心血管疾病	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	瘦素敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
1033	2025-07-17	Chemotaxis overrides the killing response in alloreactive CTLs, providing vascular immune privilege during cellular rejection 2025-Jul-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI155191 PMID:40435228	研究论文	本文探讨了同种异体反应性细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在细胞排斥过程中通过趋化作用避免对移植血管内皮细胞的杀伤，从而维持血管免疫特权的机制	挑战了传统的细胞内在免疫特权观点，提出了一种细胞外在机制，即趋化作用在T细胞介导的排斥反应中保护移植血管	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，可能不适用于所有类型的移植或病理条件	揭示移植血管在T细胞介导的排斥反应中免受攻击的机制	移植内皮细胞（ECs）和细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）	免疫学	移植排斥	转录组学分析、内皮-间质转化评估、共培养实验、活体显微镜检查、单细胞RNA-Seq	NA	转录组数据、显微镜图像、单细胞RNA-Seq数据	小鼠肾移植模型和人类肾移植样本
1034	2025-07-17	The acute myeloid leukemia microenvironment impairs neutrophil maturation and function through NFκB signaling 2025-Jul-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024028199 PMID:40663784	研究论文	本研究探讨急性髓系白血病（AML）微环境如何通过NFκB信号通路损害中性粒细胞的成熟和功能	揭示了AML微环境通过NFκB信号通路导致中性粒细胞功能受损和免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类AML患者的验证数据有限	探究AML对健康造血系统特别是中性粒细胞功能的影响	AML微环境中的中性粒细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞转录组学、细胞因子筛选、染色质重塑分析	AML小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	小鼠模型和AML患者样本（具体数量未明确说明）
1035	2025-07-17	Endocrine Resistance Score Based on Three Key Genes Predicts Prognosis and Reveals Potential Therapeutic Targets for ER+HER2- Breast Cancer 2025-Jul-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70100 PMID:40664624	研究论文	本研究通过构建内分泌抗性细胞系和转录组分析，鉴定了三个关键基因CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1，并开发了内分泌抗性评分（ERS）来预测ER+HER2-乳腺癌患者的预后	首次发现CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1三个基因与内分泌抗性相关，并构建了ERS评分系统，为ER+HER2-乳腺癌提供了新的预后指标和治疗靶点	研究主要基于细胞系和小样本组织，尚未进行大规模临床验证	探索ER+HER2-乳腺癌内分泌抗性的分子机制并寻找预后标志物和治疗靶点	ER+HER2-乳腺癌细胞系和患者组织样本	肿瘤学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、Cox回归分析	nomogram模型	RNA-seq数据	内分泌抗性细胞系和患者组织样本（具体数量未明确说明）
1036	2025-07-17	Mapping trait-associated cells with spatial transcriptomics 2025-Jul-15, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00877-4 PMID:40664743	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1037	2025-07-17	Human myelocyte and metamyelocyte-stage neutrophils suppress tumor immunity and promote cancer progression 2025-Jul-15, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-025-01145-0 PMID:40664963	research paper	该研究揭示了人类髓细胞和晚幼粒细胞阶段中性粒细胞在肿瘤免疫微环境中的免疫抑制和促癌作用	首次将人类和小鼠中性粒细胞按发育阶段分为三类，并发现MC & MM阶段中性粒细胞在骨髓中占主导且具有强免疫抑制和促癌特性	研究主要基于NCG-Gfi1 HIS小鼠模型，人类患者样本验证仍需进一步研究	探索肿瘤浸润中性粒细胞(TINs)的异质性及其在癌症进展中的作用	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序分析	NCG-Gfi1 HIS小鼠模型	基因表达数据	17种癌症类型的患者样本
1038	2025-07-17	Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients 2025-Jul-15, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07549-y PMID:40665054	研究论文	通过单细胞免疫组学技术揭示强直性脊柱炎(AS)患者发病及不同结局的免疫学特征	首次利用单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析，系统解析AS动态免疫应答特征，发现B细胞克隆扩增与AS病变的驱动关联及缓解期V(D)J使用多样性降低的临床指导价值	研究样本仅涉及外周血单个核细胞(PBMCs)，未评估组织局部免疫微环境；不同临床阶段样本量未明确说明	阐明强直性脊柱炎发生发展过程中的关键免疫学特征	健康供体与不同病程阶段AS患者的PBMCs	免疫组学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCR/BCR分析	NA	单细胞转录组数据、免疫受体序列数据	健康供体与不同病程AS患者(具体数量未说明)
1039	2025-07-17	scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation 2025-Jul-15, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01220-1 PMID:40665101	研究论文	本文提供了一个全面的指南，用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT进行细胞类型分类	利用基于transformer的架构，scGPT提供了一种灵活、可扩展的解决方案，用于高精度细胞类型注释，特别是在处理大规模数据集和罕见细胞群时	需要中级的生物信息学知识，且对Python和Linux的基本了解是必要的	提高单细胞研究中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的视网膜细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transformer-based (scGPT)	单细胞RNA测序数据	自定义视网膜数据集
1040	2025-07-17	Light-Regulated Reprogramming in Moss: SHMT1 Mediates Blue Light Enhancement of Cell Regeneration 2025-Jul-15, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.70044 PMID:40665554	研究论文	本研究揭示了蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程的分子机制	首次发现蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程	研究仅在小立碗藓中进行，未在其他植物中验证	探究光条件与细胞重编程之间的分子关系	小立碗藓原生质体	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据	不同光照条件下培养24小时的原生质体样本