单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-04-26	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本研究开发了一个名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，以促进药物再利用	提出了SuperFeat框架，能够训练机器学习模型并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，从而识别潜在药物靶点	NA	开发一个计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习特征，以促进药物再利用	单细胞RNA测序数据集，涵盖细胞特征发育过程中的特定细胞谱系	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
1022	2025-04-26	DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007 PMID:39215426	research paper	介绍了一个名为DVsc的开源框架，用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染	DVsc是首个针对scRNA-seq数据设计的计算框架，能够精确量化病毒感染，并支持多种单细胞测序平台	未提及具体的技术限制或样本多样性不足的问题	开发一个高效检测病毒感染的计算框架，以研究病毒感染对疾病的影响	临床样本中的单细胞转录组数据	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	约200个临床样本，感染了超过10种不同的病毒
1023	2025-04-26	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分辨率互作组学，揭示了牙周炎中与牙齿相关角质形成细胞的相互作用及其在炎症中的作用	首次整合了人类牙周组织的单细胞RNA测序图谱，并揭示了牙周炎中角质形成细胞的特定免疫相互作用和空间表型	需要进一步研究以支持在慢性炎症状态下的精准牙周干预	研究牙周炎中牙周生态位细胞类型与微生物的关系	人类牙周组织中的角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物的相互作用	单细胞组学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞宏基因组学、荧光原位杂交、高度多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、空间表型数据	34个样本，105,918个细胞
1024	2025-04-26	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测跨多个组学研究的多类表达模式一致的生物标志物，填补了现有方法仅适用于两分类场景的空白	未明确说明方法在样本量较小或数据质量较差时的表现	开发一种能够整合多个组学研究并检测多类生物标志物的统计方法	多类设计的组学数据（如不同疾病亚型、处理、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	互信息一致性分析（MICA）	转录组数据	小鼠代谢相关转录组研究的四种组织和雌激素处理表达谱的三个来源
1025	2025-04-26	The diversification of methods for studying cell-cell interactions and communication 2024-Jun, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00685-8 PMID:38238518	review	本文探讨了细胞间相互作用和通讯研究方法的最新进展	介绍了下一代计算工具的演化，这些工具能够处理细胞异质性、空间组织、多种配体类型和细胞内信号事件，并支持更大更复杂的数据集	未提及具体工具或方法的性能比较或验证结果	加速发现细胞在其群落中的作用	细胞间相互作用和通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1026	2025-04-26	Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics 2024-May-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1 PMID:38798675	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观	整合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发了一个多模态基础模型，探索人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系流形	NA	定量表征基因型与表型之间的复杂关系	人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	语言模型	转录组数据	NA
1027	2025-04-26	Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway 2024-03, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.2785 PMID:37728571	research paper	该研究探讨了Spinster homolog 2 (SPNS2)在胶质母细胞瘤(GBM)中的生物学功能和分子作用，发现SPNS2通过抑制PTEN/PI3K/AKT通路抑制GBM细胞的恶性进展、干细胞性和免疫浸润	首次揭示了SPNS2在GBM中的抑癌作用及其通过PTEN/PI3K/AKT通路的分子机制，并发现SPNS2与肿瘤免疫浸润的相关性	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	探究SPNS2在胶质母细胞瘤中的生物学功能和分子机制	胶质母细胞瘤细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞测序、生物信息学分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA和CGGA数据库中的胶质瘤样本
1028	2025-04-26	Programs, Origins, and Niches of Immunomodulatory Myeloid Cells in Gliomas 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.24.563466 PMID:37961527	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节程序及其驱动因素	发现了胶质瘤相关髓系细胞表达的四种免疫调节活性程序，并揭示了这些程序由微环境信号和治疗驱动，而非细胞类型、起源或突变状态	研究主要基于人类肿瘤样本，未涉及动物模型验证	理解胶质瘤中免疫调节性髓系细胞的特征及其对免疫治疗的影响	胶质瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, 线粒体DNA谱系追踪, 空间转录组学, 类器官外植系统	NA	单细胞RNA测序数据	85个人类肿瘤中的183,062个髓系细胞
1029	2025-04-26	High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq 2023-05-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38409-5 PMID:37173341	research paper	开发了一种基于液滴的单核RNA测序技术（snRandom-seq），用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织的全长度总RNA捕获	snRandom-seq技术具有较低的双重率（0.3%）、更高的RNA覆盖度，并能检测更多非编码RNA和新转录RNA，相比现有高通量scRNA-seq技术具有优势	未提及具体局限性	开发适用于FFPE组织的单核RNA测序技术，以促进生物医学研究	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	生物医学研究	肝癌	snRandom-seq	NA	RNA测序数据	临床FFPE人肝癌标本
1030	2025-04-26	Elite control of HIV is associated with distinct functional and transcriptional signatures in lymphoid tissue CD8+ T cells 2019-12-18, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aax4077 PMID:31852798	研究论文	该研究通过单细胞方法分析了HIV精英控制者淋巴组织中CD8+ T细胞的功能和转录特征	首次在淋巴组织中鉴定出与HIV精英控制相关的CD8+ T细胞非细胞溶解性抗病毒机制和独特转录特征	研究样本量有限，且仅针对淋巴组织中的特定细胞群体	阐明HIV精英控制者抑制病毒复制的免疫机制	HIV精英控制者和慢性进展者的淋巴组织CD8+ T细胞	免疫学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	HIV精英控制者与慢性进展者的淋巴组织样本
1031	2025-04-25	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	research paper	该研究揭示了人类脉络膜中免疫细胞的组成和空间分布，特别是两种具有不同FOLR2表达的巨噬细胞群在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的变化	首次发现并描述了FOLR2+巨噬细胞在脉络膜健康中的作用及其在AMD中的减少和功能失调	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探究脉络膜免疫细胞在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	人类脉络膜和小鼠模型	digital pathology	age-related macular degeneration	3D multiplex immunofluorescence, single-cell RNA sequencing, flow cytometry	NA	image, RNA-seq data	NA
1032	2025-04-25	Molecular mechanism of PANoptosis and programmed cell death in neurological diseases 2025-Jun-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106907 PMID:40204169	综述	本文系统解析了PANoptosis的分子机制及其在神经系统疾病中的作用，并提出了针对PANoptosis的治疗框架	揭示了PANoptosis作为一种新型的程序性细胞死亡方式，整合了焦亡、凋亡和坏死性凋亡的核心分子元件，并在神经炎症性疾病中发挥关键作用	目前关于PANoptosis在神经系统疾病中的具体分子机制仍需进一步研究	探讨PANoptosis的分子机制及其在神经系统疾病中的病理作用，并开发精准调节剂作为新一代治疗方法	PANoptosis及其在神经系统疾病中的作用	分子生物学	神经系统疾病	单细胞转录组学	NA	分子信号数据	NA
1033	2025-04-25	CD200-based cell sorting results in homogeneous transplantable striatal neuroblasts for human cell therapy for Huntington's disease 2025-Jun-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106905 PMID:40220917	research paper	该研究通过CD200标记筛选出均质的可移植纹状体神经母细胞，用于亨廷顿病的人类细胞治疗	利用单细胞RNA测序技术识别CD200作为人类纹状体神经母细胞的表面标记，并建立了基于CD200的免疫磁分选流程	研究仅在成年小鼠模型中进行了验证，尚未在人类临床试验中测试	开发一种减少异质性和批次差异的细胞选择策略，以改善神经退行性疾病的细胞治疗效果	人类纹状体神经母细胞和多能干细胞	细胞治疗	亨廷顿病	单细胞RNA测序，免疫磁分选	NA	RNA测序数据	NA
1034	2025-04-25	Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis 2025-May-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790 PMID:40233432	研究论文	本研究结合生物信息学和实验验证，探讨了生地黄治疗多发性硬化的机制及其生物活性成分	首次采用网络药理学和生物信息学方法，结合实验验证，全面解析了生地黄治疗多发性硬化的多成分-多靶点作用模式，并鉴定了其主要生物活性成分	研究主要基于体外实验和生物信息学预测，缺乏体内实验的进一步验证	探究生地黄治疗多发性硬化的机制及其生物活性成分	生地黄及其生物活性成分（如松果菊苷和毛蕊花糖苷）	生物信息学	多发性硬化	网络药理学、转录组学、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据	基于GSE数据集的转录组学和单细胞RNA测序数据
1035	2025-04-25	Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse 2025-May-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780 PMID:40233430	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了Galt基因编辑在小鼠中引起的肺损伤机制	首次使用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G > T突变小鼠模型，并结合单细胞RNA测序技术分析肺组织细胞群变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Galt c.847 + 1G > T突变对肺组织的影响机制	Galt基因编辑小鼠的肺组织	单细胞转录组学	半乳糖血症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、PCR、Western blotting	小鼠模型	单细胞转录组数据	Galt基因编辑小鼠的肺组织样本
1036	2025-04-25	Deciphering the Dysregulating IGF-1-SP1-CD248 Pathway in Fibroblast Functionality during Diabetic Wound Healing 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.07.035 PMID:39293711	研究论文	本研究揭示了IGF-1-SP1-CD248通路在糖尿病伤口愈合过程中对成纤维细胞功能的调控作用	首次发现IGF-1通过蛋白激酶B/mTOR信号通路和SP1转录因子调控CD248表达，并阐明TNFα在糖尿病环境中促进IGF-1抵抗的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限	探索糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	糖尿病伤口愈合过程中的成纤维细胞	分子生物学	糖尿病溃疡	单细胞转录组分析、免疫组化染色	NA	基因表达数据、组织样本	糖尿病患者和小鼠的皮肤伤口样本
1037	2025-04-25	Profiling Long Noncoding RNA in Psoriatic Skin Using Single-Cell RNA Sequencing 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.010 PMID:39342985	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对银屑病患者皮肤中的长链非编码RNA（lncRNA）进行表达谱分析	首次在单细胞水平上对银屑病皮肤中的lncRNA进行系统性的表达谱分析，并鉴定了细胞类型特异性的lncRNA	样本量较小（6名患者），且仅针对银屑病皮肤进行研究	探究lncRNA在银屑病皮肤中的表达模式及其与细胞增殖/表皮分化的关系	银屑病患者的皮损和未受累皮肤组织	基因组学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA测序数据	6名银屑病患者的配对皮损和未受累皮肤样本
1038	2025-04-25	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率，为皮肤复杂异质性研究提供了新视角	技术尚处于早期阶段，可能存在一些未解决的技术限制和应用挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用潜力	皮肤组织	分子病理学	皮肤病	空间多组学技术	NA	基因组、蛋白质组和表观基因组数据	NA
1039	2025-04-25	Human Enteric Glia Diversity in Health and Disease: New Avenues for the Treatment of Hirschsprung Disease 2025-May, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.12.011 PMID:39725172	研究论文	本研究探索了健康与疾病状态下人类肠道神经胶质细胞的多样性，并为赫希施普龙病的治疗提供了新途径	首次在儿科肠道中鉴定出两种主要的肠道神经胶质细胞类别，并揭示了它们在赫希施普龙病中的持续存在，为使用5-HT激动剂治疗提供了新靶点	研究主要基于儿科样本和斑马鱼模型，可能无法完全代表成人或其他物种的情况	探索健康与疾病状态下肠道神经胶质细胞的多样性及其在赫希施普龙病治疗中的潜在应用	儿科肠道样本和赫希施普龙病患者样本，以及野生型和ret突变斑马鱼	神经生物学	赫希施普龙病	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、免疫荧光、荧光原位杂交	NA	RNA测序数据、荧光图像	儿科对照和赫希施普龙病患者的全层肠切除材料，以及野生型和ret突变斑马鱼
1040	2025-04-25	Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth 2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280 PMID:40079140	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析了出生后第1天小鼠主动脉瓣结构的细胞异质性	发现了一个独特的出生后第1天瓣膜内皮细胞亚群和3个未被充分认识的瓣膜间质细胞亚群	研究仅关注出生后第1天的主动脉瓣细胞异质性，未涵盖其他发育阶段	探索主动脉瓣在出生后成熟过程中建立和维持结构与功能的细胞机制	小鼠主动脉瓣细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	出生后第1天小鼠主动脉瓣样本