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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1021 | 2025-10-05 |
Machine learning-based integration develops an immune-derived signature for diagnosing high-altitude pulmonary hypertension
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1603140
PMID:40963580
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一种基于免疫特征的诊断模型用于高原性肺动脉高压 | 首次采用单细胞RNA测序、批量RNA测序和蛋白质组学的多组学整合方法,结合机器学习算法筛选出六基因诊断特征 | 样本量相对有限,外部验证队列的AUC值(0.773)低于训练队列(0.995) | 开发高原性肺动脉高压的微创血液诊断方法 | 高原性肺动脉高压患者和对照组的血液样本 | 机器学习 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,蛋白质组学,定量PCR | 随机森林 | 基因表达数据,蛋白质数据 | 单细胞RNA测序10例,批量RNA测序126例,蛋白质组学42例,训练队列55例,验证队列71例 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
1022 | 2025-10-05 |
A machine learning-derived immune-related prognostic model identifies PLXNA3 as a functional risk gene in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1653794
PMID:40963600
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研究论文 | 本研究通过机器学习构建了结直肠癌免疫相关预后模型,并鉴定PLXNA3为关键风险基因 | 整合100多种机器学习算法构建预后模型,首次系统揭示PLXNA3在结直肠癌中的免疫相关功能 | NA | 开发结直肠癌预后生物标志物并探索其生物学功能 | 结直肠癌患者转录组和临床数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | 转录组测序, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 免疫组化 | LASSO, CoxBoost, StepCox | 转录组数据, 临床数据 | TCGA和GEO队列数据 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1023 | 2025-10-05 |
Decoding paraneoplastic neuromyelitis optica: a multi-omics investigation of tumor-driven T and B cell dynamics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1665688
PMID:40963604
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综述 | 本文探讨多组学技术如何革新肿瘤相关性视神经脊髓炎谱系疾病中T细胞和B细胞功能动态的研究 | 首次系统整合多组学技术(基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学)解析肿瘤驱动自身免疫反应的分子机制 | 将研究发现转化为临床应用仍面临重大挑战,需要开发可靠的分子特征来区分肿瘤性和特发性NMOSD | 阐明肿瘤如何通过分子模拟机制触发针对中枢神经系统的自身免疫反应 | 肿瘤相关性视神经脊髓炎谱系疾病患者的T细胞和B细胞 | 生物医学 | 视神经脊髓炎谱系疾病 | 单细胞RNA测序, TCR/BCR测序, 多组学分析 | AI, 机器学习 | 基因组, 表观基因组, 转录组, 蛋白质组, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1024 | 2025-10-05 |
Topological data analysis in single cell biology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615278
PMID:40963635
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综述 | 探讨拓扑数据分析在单细胞生物学中的应用及其数学框架 | 将拓扑数据分析这一数学框架引入单细胞生物学,能够捕捉传统方法难以发现的多尺度模式和复杂数据结构 | NA | 探索拓扑数据分析在单细胞生物学中的理论基础和应用前景 | 单细胞转录组学、蛋白质组学和空间生物学数据 | 生物信息学 | NA | 拓扑数据分析 | 持久同调、Mapper算法 | 单细胞多组学数据、空间生物学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
1025 | 2025-10-05 |
The prognostic model based on tumor-associated neutrophils contributes to the stromal landscape and influences metabolic reprogramming in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1587947
PMID:40963631
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研究论文 | 基于肿瘤相关中性粒细胞构建结直肠癌预后模型,并分析其对基质景观和代谢重编程的影响 | 首次基于单细胞RNA测序数据识别18个TAN相关基因构建结直肠癌预后模型,并系统分析其与基质浸润、代谢特征和治疗反应的关系 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发结直肠癌预后分层标志物并探索肿瘤微环境特征 | 结直肠癌患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序,LASSO回归 | 预后风险评分模型,列线图 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
1026 | 2025-10-05 |
Integrating scRNA-seq and GWAS data reveals potentially critical endothelial cells in large artery atherosclerotic stroke
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1646993
PMID:40963808
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研究论文 | 整合单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据,揭示大动脉粥样硬化性卒中中潜在的关键内皮细胞亚型 | 首次整合脑血管分区结构的单细胞RNA测序数据与多种卒中类型的GWAS数据,通过遗传力分区分析卒中风险SNP位点在各类细胞中的富集情况 | 研究中使用的细胞类型和GWAS数据集有限,需要进一步验证关键内皮细胞亚型的功能作用 | 探索卒中的分子机制并确定主要的致病细胞类型 | 脑血管细胞(包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和胶质细胞) | 生物信息学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 基因集富集分析, 伪时间轨迹建模, 转录调控网络分析 | CELLEX, Monocle2, SCENIC | 基因表达数据, 基因型数据 | 14个血管细胞簇,三个GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1027 | 2025-10-05 |
Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis reveals prognostic stemness genes in leiomyosarcoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1604413
PMID:40963856
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA-seq数据,识别子宫肉瘤中的预后干性基因 | 首次结合单细胞和批量RNA-seq数据系统分析子宫肉瘤干性特征与预后的关系 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 识别子宫肉瘤的可靠预后标志物和治疗靶点 | 子宫肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 子宫肉瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 机器学习, Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GEO和TCGA数据库的子宫肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
1028 | 2025-10-05 |
Case Report: A large granular cell tumor of the cervical esophagus with single cell RNA sequencing analysis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1580121
PMID:40963874
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病例报告 | 本研究报道一例大型宫颈食管颗粒细胞瘤病例,通过肌皮游离瓣修复术后缺损,并首次采用单细胞RNA测序分析肿瘤组织 | 首次对食管颗粒细胞瘤进行单细胞RNA测序分析,发现肿瘤中神经样细胞亚群富集及X染色体区域显著拷贝数变异增加 | 单一样本病例报告,结果需要更大样本量验证 | 研究食管颗粒细胞瘤的恶性潜能标志物以指导临床治疗选择 | 宫颈食管颗粒细胞瘤患者及其肿瘤组织 | 数字病理 | 食管肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者(肿瘤及癌旁组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1029 | 2025-10-05 |
Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Reveals a Pathological Niche Formed by FAP+ Fibroblasts, Immune, and Endothelial Cells in Psoriatic Lesions
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S541106
PMID:40963886
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组分析揭示银屑病病变中由FAP+成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞形成的病理生态位 | 发现银屑病病变皮肤特有的CD4+组织驻留记忆T细胞亚群和新型静脉内皮细胞亚群Venous endo2,并首次揭示这些细胞与FAP+成纤维细胞、T细胞和抗原呈递细胞在空间上的共定位形成病理生态位 | NA | 阐明银屑病病变中免疫微环境的细胞和分子相互作用机制 | 银屑病患者的病变皮肤组织 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
1030 | 2025-10-05 |
Nociceptive Neurons Promote Myeloid-Derived Suppressor Cell Mobilization to Alleviate Post-Stroke Neuroinflammation
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.119474
PMID:40963921
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研究论文 | 本研究揭示了伤害性神经元通过释放CGRP调控骨髓免疫反应缓解脑卒中后神经炎症的机制 | 首次发现伤害性神经元在脑梗死后通过CGRP信号促进髓系偏向造血和MDSC动员的神经免疫调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;靶向递送系统的长期安全性需进一步评估 | 探究伤害性神经元在脑卒中后免疫调控中的作用及治疗策略 | MCAO小鼠模型和卒中患者颅骨骨髓样本 | 神经免疫学 | 脑卒中 | 流式细胞术、免疫荧光、单细胞RNA测序、受体敲除、纳米颗粒递送 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像 | 小鼠模型和人类卒中患者骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1031 | 2025-10-05 |
Dimeric CCK2R radiotheranostic tracers synergize with mTOR inhibition for enhanced tumor therapy
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.117021
PMID:40963930
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研究论文 | 本研究开发了一种新型二聚体CCK2R靶向放射性示踪剂,并探索其与mTOR抑制剂联合使用的放射增敏治疗效果 | 首次开发二聚体CCK2R靶向放射性示踪剂,并发现其与mTOR抑制剂联合使用可通过抑制谷胱甘肽介导的解毒作用和增加氧化应激来增强治疗效果 | NA | 开发新型放射性诊疗剂并探索其与mTOR抑制剂联合治疗CCK2R阳性肿瘤的协同效应 | 神经内分泌肿瘤,特别是甲状腺髓样癌和小细胞肺癌 | 放射性诊疗 | 甲状腺髓样癌,小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 分子影像数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1032 | 2025-10-05 |
Bioinformatics Analysis and Experimental Validation of Lactylation Related Genes in Lung Adenocarcinoma
2025, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S533289
PMID:40964497
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证研究乳酸化修饰在肺腺癌中的作用 | 首次系统研究乳酸化修饰在肺腺癌中的表达水平及其预后价值,鉴定出5个乳酸化相关风险基因 | 样本量有限,需要更多临床样本验证,机制研究不够深入 | 探讨乳酸化修饰在肺腺癌中的表达特征及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 肺腺癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 免疫组织化学,免疫荧光,Western blot,单细胞RNA测序,多组学分析 | COX回归分析,差异表达分析 | 基因表达数据,蛋白质表达数据,单细胞测序数据 | TCGA数据库365例样本,组织芯片,H1299细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
1033 | 2025-10-05 |
Research Progress of Natural Killer Cells in Hashimoto's Thyroiditis
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S545646
PMID:40964505
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综述 | 本文综述了自然杀伤细胞在桥本甲状腺炎发病机制中的双重作用及最新研究进展 | 整合单细胞RNA测序技术揭示NK细胞功能异质性,阐明NK细胞通过不同机制在疾病不同阶段发挥促炎或调节作用 | NA | 探讨自然杀伤细胞在桥本甲状腺炎发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 桥本甲状腺炎患者及自然杀伤细胞 | 自然语言处理 | 桥本甲状腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1034 | 2025-10-05 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 提出一种名为RASP的计算高效空间转录组数据降维方法 | 开发了基于随机化两阶段PCA框架的空间感知降维方法,计算速度比现有方法快几个数量级 | NA | 开发高效的空间转录组数据降维方法 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 随机化主成分分析 | PCA | 空间基因表达数据 | 四个公开ST数据集(人类和小鼠组织) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium |
1035 | 2025-10-05 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.590643
PMID:38712198
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研究论文 | 通过整合单核和空间转录组学数据构建人类海马体分子图谱 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术揭示人类海马体细胞类型的分子特征和空间分布 | 研究样本仅来自10名神经典型成年捐赠者,样本量相对有限 | 解析人类海马体细胞类型的分子特征和空间组织 | 人类前海马体组织 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 非负矩阵分解(NMF) | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 10名成年神经典型捐赠者的相邻组织切片 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
1036 | 2025-10-05 |
Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621867
PMID:39574747
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研究论文 | 提出一种名为spoon的统计框架,用于解决空间转录组数据中的均值-方差关系偏差,从而更准确地识别空间可变基因 | 首次在空间转录组数据中证明均值-方差关系的存在,并提出使用经验贝叶斯技术消除这种技术偏差的新方法 | 方法性能仅在模拟和真实空间转录组数据中进行了验证,未在其他类型空间组学数据中测试 | 开发更准确识别空间可变基因的统计方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 经验贝叶斯模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1037 | 2025-10-05 |
Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques
2024-11, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本研究通过比较健康和动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应力的转录组反应,揭示了动脉粥样硬化斑块中生理剪切应力与保护性因子KLK10的解耦现象 | 首次发现动脉粥样硬化斑块中生理剪切应力与保护性因子KLK10的解耦机制,揭示了疾病状态下内皮细胞对机械力刺激反应能力的改变 | 研究主要基于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证;单细胞RNA测序样本量有限 | 探究动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切应力保护性反应的改变机制 | 小鼠主动脉内皮细胞,包括健康C57BL/6小鼠、轻度病变Apoe-/-正常饮食小鼠和重度病变Apoe-/-高脂饮食小鼠 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,3D光片成像,计算流体动力学 | NA | 单细胞转录组数据,成像数据 | 三组小鼠模型的内皮细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1038 | 2025-10-05 |
Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.28.569014
PMID:38168452
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研究论文 | 本研究揭示了谷胱甘肽通过加速细胞周期和细胞重编程在植物再生中的关键作用 | 首次发现损伤附近细胞通过缩短G1期显著提高分裂速率,并鉴定出G1期存在短暂的谷胱甘肽核内峰值 | 研究主要基于拟南芥根系,在其他植物系统中的普适性有待验证 | 探究细胞重编程过程中的细胞周期动态 | 拟南芥根系细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1039 | 2025-10-05 |
SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics
2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597765
PMID:38895212
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研究论文 | 开发了一种名为SpotSweeper的空间转录组学质量控制方法 | 首次提出考虑空间位置信息的质量控制方法,能够识别局部异常值和区域伪影 | 仅使用公开数据进行验证,缺乏更广泛的数据集验证 | 开发专门针对空间转录组数据的质量控制方法 | 空间转录组数据中的低质量点和组织伪影 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多尺度方法 | 空间转录组数据 | 公开数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium平台 |
1040 | 2025-10-05 |
Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis
2024-Apr, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42749
PMID:37997621
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研究论文 | 本研究探讨了表达程序性死亡配体1的巨噬细胞在关节炎中对关节的保护作用 | 首次揭示PD-L1+巨噬细胞具有胞葬作用和抗炎特性,在关节炎中发挥保护作用,并证实人类滑膜中同样存在此类保护性巨噬细胞 | 研究主要基于胶原诱导性关节炎小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 研究PD-L1在滑膜中的表达及其在关节炎中的保护机制 | 小鼠模型(CIA模型)和人类滑膜组织(健康个体和类风湿关节炎患者) | 免疫学 | 关节炎 | 流式细胞术, 连体共生实验, Cre-Lox基因敲除, 逆转录聚合酶链反应, 单细胞RNA测序 | 胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据, 组织病理数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |