单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-07-20	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	research paper	研究机械张力如何通过细胞培养基底刚度影响衰老细胞标志物和分泌表型	揭示了机械力如何塑造细胞衰老及其分泌表型，特别是在高刚度条件下	研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内复杂环境	探索物理刺激对细胞衰老和SASP的影响	人原代肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	人原代肺成纤维细胞在不同刚度基底上的培养
1022	2025-07-20	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	research paper	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重标记方法，以提高稀有细胞群体的表征效率	开发了一种使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重标记的scRNA-seq流程，能够解析样本来源并与表型数据结合	方法主要应用于小鼠视网膜神经节细胞，尚未在其他细胞类型或物种中验证	解决稀有细胞群体在单细胞RNA测序中的表征挑战	小鼠视网膜神经节细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, 样本多重标记技术	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个视网膜样本
1023	2025-07-20	Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae645 PMID:39460943	research paper	介绍了一个名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网络应用，用于展示可折叠的层次结构	提出了一个能够同时展示细胞状态和基因表达的交互式层次图，克服了t-SNE和UMAP需要分开展示的局限性	未提及具体的技术限制或性能瓶颈	开发一个直观的数据可视化工具，用于展示层次树结构	单细胞转录组学数据	数据可视化	NA	JavaScript框架	NA	基因表达数据	NA
1024	2025-07-20	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，研究Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）的组织特异性反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体（TCR）测序技术，全面解析SJS/TEN患者的免疫病理机制	样本量较小（15名患者），且为罕见疾病，可能限制结果的普遍性	揭示SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并识别潜在的治疗靶点	15名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	单细胞测序	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞多组学数据	15名患者的109,888个细胞
1025	2025-07-20	Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia 2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200 PMID:39099209	research paper	该研究探讨了CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变（PanIN）中的免疫预防作用	首次证明CD73抑制剂AB-680可增强免疫监视，减少PanIN进展，并改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成	研究仅在KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中进行，尚未在人体试验验证	探索CD73抑制作为胰腺导管腺癌（PDAC）免疫预防新策略的潜力	KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中的胰腺上皮内瘤变（PanIN）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	KrasG12D; PdxCre1（KC）基因工程小鼠模型	基因表达数据	KC小鼠模型（具体数量未明确说明）
1026	2025-07-20	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类队列数据仍需进一步验证	评估MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列	单细胞转录组学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	NA
1027	2025-07-20	Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients 2024-Sep-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02126-4 PMID:39350165	研究论文	本文通过整合分析乳腺癌样本的转录组数据，揭示了LGALS2在三级淋巴结构（TLSs）相关树突状细胞激活中的关键作用及其免疫治疗潜力	首次发现LGALS2作为TLSs中的关键标志物，并揭示了其在乳腺癌免疫微环境中的复杂作用及其与患者生存期的关联	研究主要基于计算分析和实验验证，但未涉及LGALS2在临床治疗中的实际应用效果	探索LGALS2在乳腺癌免疫微环境中的作用及其免疫治疗潜力	乳腺癌患者样本	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、体内验证分析	机器学习（ML）	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	超过6000个乳腺癌样本
1028	2025-07-20	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	本研究探讨了氯菊酯暴露如何通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，从而在模拟海湾战争疾病的小鼠模型中诱导抑郁样行为	首次揭示了氯菊酯暴露可通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，并与心理压力协同作用导致抑郁样行为	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类中进一步验证	评估氯菊酯暴露是否会导致神经炎症应激反应并引发与海湾战争疾病相关的精神症状	海湾战争疾病小鼠模型	神经科学	海湾战争疾病	单细胞RNA测序分析	DREADD受体技术	基因表达数据	21,566个来自小鼠海马区的单细胞核
1029	2025-07-20	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新型统计指标，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler这一新型统计指标，帮助研究人员决定是否需要数据整合以及选择合适的整合方法	未明确提及具体局限性	解决多个单细胞RNA测序数据集整合中的挑战，提高分析稳健性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1030	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1031	2025-07-20	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了一种鸡特有的肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并阐明了鸡肺中单向气流的形成机制	研究仅聚焦于鸡肺发育，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
1032	2025-07-20	Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism 2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13080978 PMID:39199224	研究论文	本研究探讨了重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响	首次研究了特定重金属局部高浓度对鞘脂代谢稳态的影响，并利用体外模型和三维离体人体组织模型进行了分析	研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内情况	探究重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响	鞘脂代谢和氧化应激	生物医学	哮喘	空间转录组学、实时定量PCR	体外模型系统、三维离体人体组织模型	分子生物学数据	未明确说明具体样本数量
1033	2025-07-20	Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175047 PMID:38954467	研究论文	探讨血栓反应蛋白-1（THBS1）在肥胖引起的膈肌纤维脂肪化基质扩张和收缩功能障碍中的作用	首次揭示THBS1通过促进纤维脂肪化祖细胞（FAPs）增殖，驱动膈肌基质重塑和收缩功能障碍	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	阐明肥胖相关膈肌功能障碍的病理机制	野生型和Thbs1敲除小鼠的膈肌组织	病理生理学	肥胖相关呼吸功能障碍	批量转录组学和单细胞转录组学	Thbs1敲除小鼠模型	基因表达数据	野生型和Thbs1敲除小鼠的膈肌组织样本
1034	2025-07-20	Rod-shaped microglia interact with neuronal dendrites to regulate cortical excitability in TDP-43 related neurodegeneration 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.30.601396 PMID:39005475	研究论文	本研究探讨了在小鼠TDP-43神经退行性变模型中，杆状小胶质细胞如何通过与神经元树突的相互作用调节皮质兴奋性	首次发现并描述了一种独特的杆状小胶质细胞亚群，该亚群通过调节神经元活动来减轻皮质过度兴奋	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究TDP-43相关神经退行性变中皮质过度兴奋的调节机制	TDP-43神经退行性变小鼠模型(rNLS8)中的小胶质细胞和神经元	神经科学	神经退行性疾病	多通道探针记录、纵向钙成像、空间和单细胞RNA测序	TDP-43神经退行性变小鼠模型(rNLS8)	电生理记录数据、成像数据、RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
1035	2025-07-20	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	research paper	提出了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	MaxFuse通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，利用每种模态中的所有信息，在特征弱关联的情况下实现高质量整合	未提及具体局限性	开发一种能够在特征弱关联情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	单细胞测序数据和空间测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间测序	MaxFuse	蛋白质组数据、转录组数据、表观基因组数据	未提及具体样本数量
1036	2025-07-20	Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision 2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009063 PMID:38901879	review	本文总结了癌症免疫疗法在过去10-15年的发展，并提出了未来十年的战略愿景	提出了七个高优先级领域和三个关键指导原则，以促进癌症免疫疗法的未来发展	未提及具体实验数据或样本量，更多是基于专家共识的战略性讨论	识别癌症免疫疗法领域的当前机遇和挑战，优先考虑具有最高临床潜力的领域	癌症免疫疗法的科学和临床进展	癌症免疫疗法	癌症	单细胞测序和空间转录组学	NA	NA	NA
1037	2025-07-20	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	通过批量及空间RNA测序技术，研究糖尿病周围神经病变（DPN）患者胫神经和腓肠神经的分子特征	首次在人类感觉轴突中发现了mRNA的显著定位，揭示了感觉轴突mRNA运输在周围神经退行性变中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢，可能限制了结果的普遍性	深入理解糖尿病周围神经病变的分子机制	糖尿病周围神经病变患者的胫神经和腓肠神经	分子生物学	糖尿病周围神经病变	批量RNA测序, 空间转录组学分析	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本
1038	2025-07-20	Single-cell multi-ome and immune profiles of the Inspiration4 crew reveal conserved, cell-type, and sex-specific responses to spaceflight 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49211-2 PMID:38862516	研究论文	通过单细胞多组学和免疫分析，研究Inspiration4宇航员在太空飞行中的免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了太空飞行对免疫系统的具体影响，并确认了这种影响在不同数据集中的一致性	样本量较小，仅针对Inspiration4任务的四名宇航员进行研究	表征太空飞行对宇航员免疫系统的影响	SpaceX Inspiration4任务的宇航员	生物医学	NA	单细胞多组学分析、细胞游离RNA测序、生化分析、血液学分析	NA	单细胞多组学数据、cfRNA数据、生化数据、血液学数据	4名宇航员（Inspiration4任务机组人员）
1039	2025-07-20	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了人类胰腺胰岛中性别差异对β细胞功能及2型糖尿病发病机制的影响	揭示了性别差异在胰岛细胞基因表达和染色质可及性中的独特模式，特别是在X连锁KDM6A和Y连锁KDM5D染色质重塑因子上的差异，以及在2型糖尿病中性别对常染色体基因表达的显著影响	研究主要基于体外培养的胰岛细胞，可能无法完全反映体内环境下的性别差异	探究性别差异在胰岛调控和功能中的作用，以理解β细胞衰竭在糖尿病中的性别特异性异质性	人类胰腺胰岛细胞	生物医学	2型糖尿病	scRNA-seq, snATAC-seq, 动态激素分泌分析, 生物能量学分析	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 激素分泌数据	52名捐赠者（包括37名来自HPAP数据集）的胰岛样本
1040	2025-07-20	IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids 2024-06-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000454 PMID:38829197	研究论文	本研究通过患者来源的胆管细胞类器官（ECO）研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎（PSC）中的作用	首次直接评估了PSC胆管细胞对IL-17A刺激的反应，并发现了PSC ECO与非PSC ECO在IL-17刺激下的不同反应	未发现调控IL-17通路的候选罕见变异	探究IL-17信号在PSC发病机制中的作用	原发性硬化性胆管炎（PSC）患者的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析、基因组测序	NA	RNA测序数据、分泌组数据、基因组数据	PSC患者和非PSC患者的胆管细胞类器官