单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-06-05	Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade 2024-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53015-9 PMID:39397001	研究论文	研究探讨了非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断的协同作用	提出了一种结合低剂量放疗(LDRT)和高剂量放疗(HDRT)的部分肿瘤照射方法，与免疫调节剂联合使用可增强抗肿瘤反应	研究仅在免疫活性雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减少放疗毒性并提高放疗与免疫检查点组合治疗效果的策略	结直肠癌和乳腺癌模型中的免疫活性雌性小鼠	肿瘤免疫治疗	结直肠癌, 乳腺癌	流式细胞术, 细胞因子分析, 单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	生物分子数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及结直肠癌和乳腺癌模型的小鼠
1022	2025-06-05	Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head 2024-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52938-7 PMID:39402029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了脊椎动物头部起源的进化线索	首次在文昌鱼中鉴定出类似前脊索板、前迁移和迁移神经嵴样细胞群，并揭示了Nodal、Hedgehog和Wnt信号通路在这些细胞群发育中的保守作用	研究主要基于文昌鱼模型，可能无法完全代表所有脊椎动物的进化过程	阐明脊椎动物头部的进化起源	文昌鱼胚胎发育过程中的细胞类型	进化发育生物学	NA	单细胞转录组学、信号通路扰动分析、顺式调控分析、跨物种转基因实验	NA	单细胞转录组数据	文昌鱼胚胎发育过程中的细胞样本
1023	2025-06-05	Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics 2024-10-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53089-5 PMID:39394227	研究论文	本文对单细胞表观基因组数据中的差异可及性（DA）分析方法进行了系统评估，并提出了最佳实践指南	首次系统评估了用于识别单细胞ATAC-seq数据中DA区域的统计方法，并开发了实现这些最佳实践的R包	研究主要基于scATAC-seq数据，可能不适用于其他类型的单细胞表观基因组数据	评估单细胞表观基因组数据中差异可及性分析方法的性能并建立最佳实践	单细胞ATAC-seq数据中的差异可及性区域	表观基因组学	NA	scATAC-seq, bulk ATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞表观基因组数据	基于多个scATAC-seq实验的数据集
1024	2025-06-05	WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer 2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA IF:1.9Q2 DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129 PMID:38946034	研究论文	本研究通过WGCNA分析宫颈癌中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的基因，并构建了一个预测模型	首次利用WGCNA识别CAFs相关基因并构建宫颈癌预后预测模型，发现了COL4A1等关键基因标志物	研究主要基于TCGA和GEO数据库数据，需要更多独立队列验证	开发基于CAFs基因特征的宫颈癌预后预测模型	宫颈癌患者和CAFs相关基因	生物信息学	宫颈癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, 单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR, 免疫组化	LASSO Cox回归模型	转录组测序数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌患者数据
1025	2025-06-05	Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts 2024-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004895 PMID:38294835	评论	本文对心脏同种异体移植活检中使用分子诊断（MDX）区分损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应的局限性进行了批判性回顾	指出了分子诊断在心脏移植活检中的局限性，并提出了改进方法，如分析所有活检片段和整合空间转录组学	分子诊断与组织学诊断的一致性较低，且治疗方法与组织学之间的差异尚未探讨	评估分子诊断在心脏同种异体移植活检中的应用及其局限性	心脏同种异体移植活检样本	分子诊断	心血管疾病	分子诊断（MDX）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1026	2025-06-05	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在调节AIMs免疫代谢表型中的关键作用，并提出了其作为心脏移植治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	阐明心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（基于小鼠实验）
1027	2025-06-05	Sequencing of Physically Interacting Cells in Human Kidney Allograft Rejection to Infer Contact-dependent Immune Cell Transcription 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004762 PMID:37638864	research paper	该研究通过结合CD45阳性富集策略和基于测序的白细胞表面蛋白定量技术，分析了11例人类肾移植活检样本中的细胞间相互作用，并应用测序物理相互作用细胞计算方法解析了异型物理相互作用细胞的转录谱	开发了一种新的计算方法（sequencing physically interacting cells）来从单细胞RNA测序数据中推断物理相互作用细胞的转录程序，克服了空间信息丢失的挑战	样本量较小（仅11例活检样本），且仅针对肾移植排斥反应	研究人类肾移植排斥反应中免疫细胞间的接触依赖性转录调控	人类肾移植活检样本中的免疫细胞	生物信息学	肾移植排斥反应	scRNA-seq, Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing	sequencing physically interacting cells computational method	单细胞RNA测序数据	11例人类肾移植活检样本，生成31,203个高质量单细胞文库
1028	2024-08-07	Partners in Crime: Inferring Cell-to-cell Interactions in Kidney Allograft Rejection From Single-cell RNA Sequencing 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004763 PMID:37638872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1029	2025-06-05	Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004754 PMID:37677931	研究论文	本研究通过多组学数据揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导的排斥反应中的重要作用	首次将ANXA2R鉴定为与T细胞受体相关的新基因，并证实其在肾移植排斥反应中的关键作用	样本量相对较小（12个多组学数据集和23个病理切片）	阐明TCMR中的TCR库特征并鉴定新的潜在治疗靶点	肾移植患者的T细胞介导排斥反应	生物医学研究	肾脏疾病	多组学数据分析、TRUST4算法、免疫荧光染色、转录组分析	NA	多组学数据、转录组数据、单细胞转录组数据、免疫荧光图像	12个多组学数据集和23个病理切片
1030	2025-06-05	Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87201 PMID:38389849	研究论文	通过单细胞转录组学重新分析，揭示了巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用	发现了五种功能不同的平滑肌细胞亚型，并特别指出一种具有巨噬细胞样表型的亚型在斑块不稳定中的重要作用，同时揭示了IRF8通过激活NF-κB信号通路促进平滑肌细胞向巨噬细胞转分化的分子机制	研究主要基于人类颈动脉斑块样本，可能不适用于其他部位的动脉粥样硬化病变	探究晚期动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞表型的多样性及其分子机制	人类颈动脉斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、RNA-seq、谱系追踪技术	NA	转录组数据	人类颈动脉斑块样本
1031	2025-06-05	Mrc1+ macrophage-derived IGF1 mitigates crystal nephropathy by promoting renal tubule cell proliferation via the AKT/Rb signaling pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89174 PMID:38389846	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Mrc1+巨噬细胞来源的IGF1通过AKT/Rb信号通路促进肾小管细胞增殖，从而缓解晶体肾病的机制	首次构建了乙醛酸盐诱导晶体肾病的单细胞图谱，并发现Mrc1+巨噬细胞通过分泌IGF1促进肾小管修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探索晶体肾病中细胞特征和通讯机制，寻找潜在治疗靶点	乙醛酸盐诱导的小鼠晶体肾病模型	数字病理学	肾病	scRNA-seq, 10× Genomics, CellChat分析	NA	单细胞转录组数据	超过40000个单细胞，包含15种细胞群体
1032	2025-06-05	Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation 2023-12-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004587 PMID:36944604	review	本文探讨了高plex空间转录组技术在实体器官移植中的应用潜力	提出了将高plex空间转录组技术应用于移植科学的新视角，特别是在移植患者的疾病过程研究中	NA	探讨高plex空间转录组技术在移植科学中的应用，以促进治疗干预和生物标志物识别	移植患者的器官、临床过程、人口统计学特征和免疫抑制方案	digital pathology	geriatric disease	high-plex spatial transcriptomics, next-generation sequencing	NA	mRNA transcripts	NA
1033	2025-06-05	Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma 2022-Sep-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01110-1 PMID:36153593	研究论文	本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序等方法，深入分析了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）的肿瘤内异质性和T细胞耗竭现象	首次在PCNSL中揭示了恶性B细胞的转录和空间肿瘤内异质性，并发现T细胞耗竭与恶性细胞共定位的现象	研究样本量有限，且仅来自活检、血液和脑脊液	探究PCNSL的肿瘤内异质性和免疫微环境特征	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞和肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、B细胞受体测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	来自活检、血液和脑脊液的PCNSL细胞
1034	2025-06-04	Advances in CRISPR/Cas13a-based biosensors for non-coding RNA detection 2025-Nov-01, Talanta IF:5.6Q1 DOI:10.1016/j.talanta.2025.128223 PMID:40300474	综述	本文综述了基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在非编码RNA检测中的进展及其在临床诊断和个性化医疗中的应用	介绍了CRISPR/Cas13a生物传感器与多种信号转导系统（如荧光、电化学、比色法、表面增强拉曼光谱）的集成，以及在便携式检测设备中的进展	讨论了当前基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在临床诊断和个性化医疗中面临的挑战	探讨非编码RNA作为疾病早期诊断和治疗监测的生物标志物，以及开发快速、高通量的RNA分析方法	非编码RNA	生物传感器技术	NA	CRISPR/Cas13a, PCR, NGS, ELISA, smFISH, 纳米孔测序, scRNA-seq	NA	RNA	NA
1035	2025-06-04	Cell Fate Determination of the Potato Shoot Apex and Stolon Tips Revealed by Single-Cell Transcriptome Analysis 2025-Jul, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15459 PMID:40095217	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞命运决定机制	首次对马铃薯茎尖和匍匐茎尖进行单细胞RNA测序，揭示了23个不同的细胞簇及其转录差异，特别是激素相关基因的表达模式	NA	探究马铃薯茎尖和匍匐茎尖细胞在转录水平上的差异	马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
1036	2025-06-04	The integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the tumor microenvironment and spatial organization of testicular diffuse large B-cell lymphomas 2025-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101475 PMID:40453362	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境空间组织结构	首次揭示了睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤中耗竭CD8 T细胞和B细胞的空间分布特征，并发现抑制E2F和CREB可作为潜在治疗靶点	研究样本仅来自一名患者，可能限制结果的普遍适用性	解析睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境空间组织结构并探索潜在治疗靶点	睾丸弥漫性大B细胞淋巴瘤(PT-DLBCL)患者的肿瘤组织	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学, 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	来自1名PT-DLBCL患者的19,559个单细胞
1037	2025-06-04	Stem Cell Niche: iPSC-Based Assembloids for Modeling Human Hematopoiesis 2025-Jun-04, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_629 PMID:40459837	研究论文	介绍了一种生成患者特异性3D骨髓模拟组装体的协议，用于研究人类造血功能	利用iPSC生成3D骨髓模拟组装体，精确控制细胞组成和遗传背景，用于研究造血调控机制和骨髓微环境重塑	未提及具体样本量或实验重复次数	研究人类造血功能的调控机制和骨髓微环境重塑	诱导多能干细胞(iPSCs)、人类原代间充质基质细胞(MSCs)	干细胞研究	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	3D assembloids	基因表达数据	NA
1038	2025-06-04	Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone 2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf043 PMID:40143416	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了小鼠骨骼生长过程中表达Sox9的祖细胞在出生后仍能分化为多种骨骼细胞类型	首次证明出生后表达Sox9的祖细胞能够分化为大多数骨骼细胞系，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和CXCL12丰富的网状骨髓基质细胞	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探索骨骼生长过程中成骨细胞前体的来源和分化途径	小鼠骨骼中的多种细胞类型，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和骨髓基质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	未明确说明，但涉及小鼠骨骼中的多种细胞类型
1039	2025-06-04	Mechanotransduction Mediated by PDLIM5: The Critical Role of Serpin E2/Integrin β3-Cytoskeleton-Nucleoskeleton Axis in Mechanical Osteogenic Programming 2025-Jun-03, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70067 PMID:40457949	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白PDLIM5在周期性拉伸应力条件下对人脂肪干细胞(hASCs)成骨分化的作用及其机制	首次揭示了PDLIM5通过serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴调控机械性成骨编程的分子机制	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物实验验证	探究机械应力下干细胞成骨分化的分子机制	人脂肪干细胞(hASCs)	组织工程与再生医学	骨缺损	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、ALP染色、慢病毒转染、CCK-8检测、transwell迁移实验、伤口愈合实验、蛋白质相互作用分析、H&E染色、免疫组化	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、免疫染色图像	来自整合素β3敲除小鼠的原代脂肪干细胞和骨组织
1040	2025-06-04	Cryptorchidism: Novel genetic insights into CCDC149 mutations 2025-Jun-03, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70072 PMID:40459248	研究论文	本研究探讨了CCDC149基因突变在双侧隐睾症发展中的作用及其分子机制	首次揭示了CCDC149基因突变与隐睾症的关联，并通过CRISPR/Cas9技术和单细胞RNA测序分析了其功能影响	研究样本量较小，仅基于一名8岁男孩和基因敲除小鼠模型，人类样本的广泛性不足	研究CCDC149基因突变在隐睾症发生中的作用及其分子机制	8岁双侧隐睾症男孩和Ccdc149基因敲除小鼠	遗传学	隐睾症	全外显子测序、CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因序列数据、RNA表达数据	1名人类患者和一组基因敲除小鼠