单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-04-16	Integrating Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data to Explore Sphingolipid Metabolism Molecular Signatures in Ovarian Cancer Prognosis: an Original Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107391 PMID:40225866	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用	开发了基于鞘脂相关基因的新型分子亚型，并构建了预测卵巢癌患者预后、免疫细胞浸润特征和化疗敏感性的特征模型	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用，并构建预后预测模型	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA，COX回归，LASSO回归	预后预测模型	RNA测序数据	主要来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌数据
1022	2025-04-16	Cell-type specific epigenetic and transcriptional mechanisms in substance use disorder 2025, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2025.1552032 PMID:40226298	综述	本文综述了物质使用障碍（SUD）中细胞类型特异的表观遗传和转录机制，强调了它们在神经可塑性及成瘾和复发维持中的关键作用	整合单细胞转录组学、表观遗传学和神经环路研究，揭示了SUD相关的分子和细胞改变，并展望了多组学技术在个性化治疗策略中的应用	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结和展望	探讨SUD的分子和细胞机制，以开发更有效的预防和治疗策略	神经元和非神经元细胞在SUD中的表观遗传和转录调控	神经科学	物质使用障碍	单细胞转录组学、表观遗传学、多组学技术	NA	转录组和表观遗传数据	NA
1023	2025-04-16	Construction and Validation of a T Cell Exhaustion-Related Prognostic Signature in Cholangiocarcinoma 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/8823837 PMID:40226355	研究论文	本研究构建并验证了一个与T细胞耗竭相关的胆管癌预后特征	首次构建了一个基于T细胞耗竭相关基因的四基因特征，用于预测胆管癌患者的预后	研究样本量有限，且仅基于一个数据集进行验证	研究T细胞耗竭相关基因在胆管癌中的作用，并构建预后预测模型	胆管癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胆管癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, ssGSEA, scRNA-seq, qRT-PCR, western blot	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	E-MTAB-6389数据集中的胆管癌样本
1024	2025-04-16	A novel tumor-associated macrophage risk signature predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/SQUF6988 PMID:40226479	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的10基因风险特征，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地鉴定了与LUAD预后相关的TAM亚群，并构建了一个具有强大预测能力的10基因风险特征	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	研究肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚群特征及其临床意义，并开发一个预后和免疫治疗反应的预测模型	肺腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic analysis	LASSO regression, nomogram	RNA sequencing data	多个独立队列（包括IMvigor210和GSE78220数据集）
1025	2025-04-16	Unveiling the power of Treg.Sig: a novel machine-learning derived signature for predicting ICI response in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508638 PMID:40226609	研究论文	该研究开发了一种基于机器学习的Treg.Sig特征，用于预测黑色素瘤对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应	首次提出了一种与Treg细胞相关的特征Treg.Sig，并证明其在预测ICI反应方面的优越性	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要进一步临床验证	开发预测黑色素瘤患者对免疫治疗反应的生物标志物	黑色素瘤患者和小鼠模型	机器学习	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk-seq	机器学习	转录组数据	未明确说明患者数量，包含小鼠模型数据
1026	2025-04-16	Identification of a novel prognostic marker ADGRG6 in pancreatic adenocarcinoma: multi-omics analysis and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530789 PMID:40226617	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，识别了ADGRG6作为胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点	首次将ADGRG6鉴定为胰腺腺癌的预后标志物，并揭示了其通过mutp53蛋白促进癌症进展的机制	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要更多独立队列验证ADGRG6的临床应用价值	寻找胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点	胰腺腺癌(PAAD)患者样本和细胞/动物模型	肿瘤基因组学	胰腺癌	多组学分析、单细胞测序、CIBERSORT、ssGSEA、xCell、TIP、集落形成实验、transwell实验、western blot、实时PCR、肿瘤异种移植实验	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	TCGA和GEO数据库中的多个PAAD队列样本
1027	2025-04-16	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机化两阶段PCA框架	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（人类和小鼠组织）
1028	2025-04-16	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.06.583775 PMID:38496441	research paper	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，利用高质量的长读单细胞RNA测序数据检测体细胞单核苷酸变异（SNVs）、线粒体变异（mtSNVs）、拷贝数变异（CNAs）和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	LongSom能够在不需要正常样本的情况下检测体细胞变异，并通过体细胞SNVs和融合发现具有不同治疗预测结果的亚克隆	未提及具体限制	研究癌症进化、克隆异质性和治疗抵抗	人类卵巢癌样本	digital pathology	ovarian cancer	long-read single-cell RNA sequencing (LR scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	未提及具体样本数量
1029	2025-04-16	ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596276 PMID:38853824	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病(AD)患者外周血中适应性免疫细胞组成与神经炎症的关系	发现CXCR3+CD127+Th1细胞在AD患者外周血中的丰度与神经丝轻链蛋白(NfL)呈负相关，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究AD患者外周适应性免疫系统与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)和脑脊液(CSF)	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	NA
1030	2025-04-16	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-07, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报告了一种通过配对单导RNA库靶向非编码调控元件（NCREs）两端的方法，用于在全基因组范围内研究NCREs的功能	开发了一种高通量筛选系统，利用Cas9介导的删除技术研究NCREs的功能，并发现了一些超保守元件具有沉默子活性	研究仅使用了K562、293T细胞系和人胚胎干细胞，可能不适用于其他细胞类型	系统研究非编码调控元件的功能及其在细胞生长和药物反应中的作用	非编码调控元件（NCREs）	基因组学	NA	Cas9介导的删除技术、单细胞测序	NA	基因组数据	K562和293T细胞系及人胚胎干细胞
1031	2025-04-16	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-May-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006 PMID:38754367	research paper	介绍了一个名为Polaris的分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据，结合深度学习模型和概率基因解码器来准确量化单细胞基因表达	提出了一个统一的、即插即用的解决方案，结合深度学习模型和概率基因解码器，用于分析来自MERFISH、seqFISH或ISS实验的空间转录组学数据	NA	开发一个自动化分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据	基于图像的空间转录组学数据	digital pathology	NA	MERFISH, seqFISH, ISS	deep-learning models	image	NA
1032	2025-04-16	Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality 2024-05-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05268-7 PMID:38734658	研究论文	通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用，构建了一个共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与癌症死亡率相关的基因特征	首次构建了一个跨癌种的共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与死亡率相关的基因特征，揭示了基质癌相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的调控作用	研究仅基于五种癌症类型的数据，可能无法完全代表所有癌症类型	识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系	乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌	肿瘤微环境	多种实体癌	单细胞RNA测序、NicheNet分析	共享多细胞肿瘤模型(shared-MCTM)	RNA测序数据、蛋白质组学数据	TCGA队列(9185个肿瘤样本和727个对照，22种癌症)和UK生物银行队列(10,384名癌症患者和5063名对照，17种癌症)
1033	2025-04-16	Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation 2024-05-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05242-3 PMID:38730286	研究论文	本研究探讨了胆碱代谢在非小细胞肺癌(NSCLC)免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	发现胆碱酯酶(ChE)作为NSCLC预后标志物，揭示了胆碱代谢相关基因特征与免疫抑制微环境的关联，并阐明了MTHFD1在巨噬细胞分化和内皮细胞增殖中的作用	研究样本量有限(277例)，且机制研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探究胆碱代谢在NSCLC免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响	277例接受一线免疫治疗的晚期NSCLC患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，Cox回归分析，Kaplan-Meier生存分析	预后模型(nomogram)，风险特征模型	临床数据，基因表达数据	277例晚期NSCLC患者
1034	2025-04-16	Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-05-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05238-z PMID:38702814	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组学数据，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的浸润和相互作用作为肝内胆管癌（ICC）预后和微环境重塑的新型预测因子	首次通过WGCNA和单细胞转录组学分析构建了CAFs浸润的生物标志物，并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞间的关键相互作用及其在免疫抑制微环境重塑中的作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量在某些队列中可能不足	探索肝内胆管癌微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和相互作用，及其对预后和微环境重塑的影响	肝内胆管癌（ICC）患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	WGCNA, 单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	TCGA-CHOL、GSE89748和107,943队列的样本
1035	2025-04-16	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	利用高通量原位测序技术BARseq研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征及其发育依赖关系	首次在全皮层范围应用BARseq技术，揭示了输入依赖性区域身份的形成机制	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	9个小鼠前脑半球中的10.3百万个细胞（含4,194,658个皮层神经元）
1036	2025-04-16	De novo antibody discovery in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotyped-resolved germline assemblies 2024-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.26.586834 PMID:38585716	研究论文	该研究通过结合基因组测序和单细胞转录组测序，探索了人类B细胞中抗体多样性的形成机制	首次将单细胞转录组测序与匹配的单倍型解析的种系组装相结合，用于新抗体的发现	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映所有免疫挑战下的抗体多样性	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	基因组学	麻疹	单细胞转录组测序, 基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	来自同一供体的B细胞
1037	2025-04-15	Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664 PMID:39961408	研究论文	本文研究了巨噬细胞极化介导的PKM2/mTORC1/YME1L信号通路在心肾综合征相关纤维化中的作用	首次揭示了HIF-1α诱导的M1巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L信号轴驱动肾纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证不足	探索心肾综合征中肾纤维化的分子机制	巨噬细胞极化过程及其下游信号通路	分子病理学	心肾综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR/Cas9基因编辑、慢病毒载体	CRS小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，使用CRS小鼠模型和体外共培养系统
1038	2025-04-15	Identification of potential biomarkers in cardiovascular calcification based on bioinformatics combined with single-cell RNA-seq and multiple machine learning analysis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111705 PMID:40024421	研究论文	本研究通过生物信息学结合单细胞RNA测序和多种机器学习分析，识别心血管钙化的潜在生物标志物	结合单细胞RNA测序和多种机器学习方法识别新的心血管钙化生物标志物，并探索其与免疫过程的关联	研究样本量有限，且主要依赖公共数据集，需进一步实验验证	探索血管钙化的分子和遗传机制，识别相关生物标志物	巨噬细胞中的钙化标志物相关基因	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 机器学习, ELISA, 免疫组化	多种机器学习方法	基因表达数据	公共数据集GSE104140和GSE235995，以及GSE159677单细胞RNA测序数据
1039	2025-04-15	Single-cell RNA sequencing reveals B cell dynamics and osteoclast activation in Talaromycosis-related bone destruction 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111708 PMID:40032159	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了马尔尼菲篮状菌病相关骨破坏中B细胞动态和破骨细胞活化的机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析马尔尼菲篮状菌感染后小鼠胫骨骨髓中B细胞组成的变化，并探讨了其与骨破坏的潜在关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索马尔尼菲篮状菌病引起的骨破坏及其潜在机制	马尔尼菲篮状菌感染的小鼠模型	单细胞测序	马尔尼菲篮状菌病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Micro CT、流式细胞术、qRT-PCR、Western blot	NA	单细胞RNA测序数据、影像数据、蛋白质数据	小鼠模型(具体数量未明确说明)
1040	2025-04-15	Therapeutic potential of Da Cheng Qi Decoction and its ingredients in regulating ferroptosis via the NOX2-GPX4 signaling pathway to alleviate and predict severe acute pancreatitis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111733 PMID:40081545	research paper	本研究探讨了大承气汤及其成分通过调节NOX2-GPX4信号通路中的铁死亡来缓解和预测重症急性胰腺炎的治疗潜力	首次揭示了大承气汤通过NOX2/GPX4通路抑制铁死亡的机制，并开发了基于机器学习的预测模型和列线图用于急性胰腺炎风险评估	样本量相对有限（32名健康对照和87名AP患者），且需要进一步临床验证	阐明大承气汤对重症急性胰腺炎的保护作用机制，并建立急性胰腺炎风险评估的预测模型	胰腺腺泡细胞和急性胰腺炎患者	生物医学研究	急性胰腺炎	微阵列分析、机器学习算法（LASSO回归）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、HPLC分析	预测性列线图模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	32名健康对照和87名AP患者