单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-05-15	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	研究论文	本文描述了构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术生成基因组整合的工程DNA盒突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	NA	开发并验证高通量分子记录技术	分子记录谱系追踪系统的克隆和验证	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	NA
1022	2025-05-15	MS4A7 based metabolic gene signature as a prognostic predictor in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1591446 PMID:40356720	研究论文	本研究探讨了MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境动态中的作用，并开发了一个基于代谢基因的预后预测模型	首次将MS4A7基因与肺腺癌的预后和免疫微环境动态联系起来，并开发了一个高预测准确性的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的RNA-seq数据，可能无法完全代表所有肺腺癌患者的异质性	探索MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境中的作用	肺腺癌患者和MS4A7基因	数字病理	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归	RNA-seq数据	500名肺腺癌患者
1023	2025-05-15	Single-cell transcriptomics and functional validation revealed PLEKHA5-L as a promoter of growth and migration in brain metastatic melanoma cells 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1560954 PMID:40356756	研究论文	通过单细胞转录组学和功能验证揭示了PLEKHA5-L作为促进脑转移黑色素瘤细胞生长和迁移的分子	首次在单细胞水平上发现PLEKHA5在脑转移黑色素瘤中的表达增加，并验证了PLEKHA5-L通过上调HRAS、AKT3等癌基因促进黑色素瘤的迁移和增殖	样本量较小（7个黑色素瘤样本），且仅在动物模型中验证了PLEKHA5的表达	研究促进黑色素瘤脑转移的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	黑色素瘤细胞，特别是脑转移的黑色素瘤细胞	癌症研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序，RNA干扰，慢病毒载体过表达，CCK8测试，集落形成测试，transwell小室实验，RNA测序	NA	RNA测序数据	7个黑色素瘤样本（4个原发，3个脑转移）
1024	2025-05-15	An immune cell activation signature reflected hepatocellular carcinoma heterogeneity and predicted clinical outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534611 PMID:40356904	研究论文	本研究开发了一个六基因特征，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后，并探讨了候选基因RORC在HCC进展中的作用	开发了一个新的六基因特征，能够有效预测HCC患者的预后，并揭示了候选基因RORC在HCC进展中的调控机制及其与多药耐药性的关联	研究依赖于公共数据集进行验证，可能受到数据质量和样本量的限制	识别可靠的免疫激活相关预后标志物，以预测HCC患者的临床结果	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	基因表达分析、单细胞测序、免疫组化（IHC）	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组化数据	三个独立的GEO数据集中的样本
1025	2025-05-15	Identification of B cell antigens in solid cancer: initial insights and functional implications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571570 PMID:40356924	review	本文综述了B细胞在实体癌中的抗原识别及其功能意义	强调了B细胞抗原在癌症免疫反应中的重要性，并利用单细胞测序技术进行抗原特异性研究	NA	探索B细胞在癌症中的抗原识别及其功能	B细胞抗原	免疫学	实体癌	单细胞测序、重组单克隆抗体生产、癌症结合筛选	NA	NA	NA
1026	2025-05-15	Exploring WNT pathway dysregulation in serrated colorectal cancer for improved diagnostic and therapeutic strategies 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1586867 PMID:40357363	研究论文	本研究探讨了WNT通路在锯齿状结直肠癌(SCC)中的异常调控，旨在通过多组学数据开发一种WNT驱动的分型模型以识别SCC患者	整合了批量数据和单细胞数据到多组学框架中，开发了WNT驱动的分型模型，并探索了针对SCC的潜在药物靶点	研究中使用的样本量虽然较大，但SCC作为一种罕见亚型，样本代表性可能有限	探索WNT通路在结直肠癌中的改变，开发识别SCC患者的分型模型	1751例结直肠癌患者的多组学数据和33例正常及癌组织的单细胞转录组数据	数字病理学	结直肠癌	多组学分析，单细胞转录组测序	无监督聚类模型	基因组数据，转录组数据	1751例结直肠癌患者(来自TCGA和GEO数据库)，33例正常和癌组织(来自SMC研究队列)
1027	2025-05-15	Single-cell transcriptomic construction of fibroblast score for analysis of immune infiltration in primary and metastatic ovarian cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1549541 PMID:40357367	研究论文	通过单细胞转录组数据构建成纤维细胞评分，分析原发性和转移性卵巢癌中的免疫浸润	构建了一种新的成纤维细胞评分（Fib score），并发现TIMP3通过调控CXCL12/CXCR4信号轴影响卵巢癌的预后、免疫抑制和耐药性	研究仅基于单细胞转录组数据，未进行实验验证	探索原发性和转移性卵巢癌中的免疫浸润及成纤维细胞差异标志物在卵巢癌免疫调节中的作用	原发性和转移性卵巢癌的单细胞转录组数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	COX单因素分析	转录组数据	NA
1028	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.601561 PMID:39005414	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道的细胞组成，揭示了体腔上皮的多能性	首次应用scRNA-seq和HCR-FISH技术解析海参再生芽基的细胞群，发现四种新的前体细胞群	研究仅关注再生芽基的转录组特征，未涉及功能验证实验	探究海参肠道再生过程中芽基细胞的分子特征	海参再生肠道中的细胞群	单细胞组学	NA	scRNA-seq, HCR-FISH	NA	单细胞转录组数据	13个不同的细胞簇
1029	2025-05-15	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤(cHL)中PD-1阻断反应的免疫重编程机制	发现了循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群体在cHL患者中的存在，并揭示了其在PD-1阻断抵抗中的作用	研究样本可能有限，未明确提及样本量，且结果主要基于cHL患者，可能不适用于其他癌症类型	探究cHL患者对PD-1阻断反应的免疫机制	经典霍奇金淋巴瘤(cHL)患者和健康捐赠者的免疫细胞	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序, 空间分析	NA	RNA测序数据, 空间分析数据	NA
1030	2025-05-15	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的作用	发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中起关键作用，并通过TNF阻断剂治疗显著改善患者症状	样本量较小（25名患者），且研究结果需进一步验证	探究ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及潜在治疗方法	ICI诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者	免疫治疗	皮肤不良反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
1031	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌(PDAC)的分子靶点，并开发针对Claudin-4的肽类分子成像剂	首次结合空间转录组学和蛋白质组学数据筛选PDAC分子靶点，并开发出针对Claudin-4的高特异性分子成像剂	研究仅针对Claudin-4进行了验证，未评估其他潜在靶点的成像效果	开发胰腺导管腺癌的分子成像诊断方法	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和转移灶	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET图像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
1032	2025-05-15	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	research paper	研究探讨了单核细胞侵入视网膜如何限制Müller胶质细胞再生神经元的能力	揭示了外周免疫系统反应作为中枢神经系统再生障碍的新机制，并发现Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物模型	探索视网膜神经元再生的障碍因素及潜在治疗策略	Müller胶质细胞和单核细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明，但使用了两种性别的CCR2敲除小鼠
1033	2025-05-15	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-06-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	通过生物信息学分析，研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	首次研究了脂噬相关基因在COVID-19中的功能，并识别出7个可作为生物标志物和药物靶点的脂噬相关基因	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	COVID-19患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、GLM、XGBoost）	随机森林, SVM-RFE, GLM, XGBoost	RNA-seq数据	三个GEO数据集（GSE145926、GSE183533、GSE190496）
1034	2025-05-15	Identification of a myofibroblast differentiation program during neonatal lung development 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202659 PMID:38602479	research paper	该研究通过使用Fgf18CreER谱系追踪小鼠、细胞分选、单细胞RNA测序和原代细胞培养，识别了新生儿肺中多种间充质细胞亚型，包括一种未成熟的前体细胞，该细胞可产生成熟的肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）	研究发现了MyoFB的分化程序，这一程序与其他间充质细胞类型不同，并增加了新生儿肺中间充质细胞类型的已知种类	NA	研究新生儿肺发育过程中肌成纤维细胞的分化程序	新生儿肺中的间充质细胞，特别是肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）和脂质丰富的细胞	发育生物学	NA	Fgf18CreER lineage trace, cell sorting, single-cell RNA sequencing, primary cell culture	NA	RNA测序数据	NA
1035	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574209 PMID:38249519	研究论文	该研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术，筛选胰腺癌表面受体靶点用于分子影像学和治疗诊断	提出了一种基于数据驱动选择分子靶点的新方法，并发现紧密连接蛋白claudin-4作为治疗诊断靶点	研究仅针对胰腺癌，未验证在其他癌症类型中的适用性	开发胰腺癌分子影像学和治疗诊断的新方法	胰腺癌表面受体靶点	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量
1036	2025-05-15	A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544 PMID:37659083	研究论文	本文提出了一种分析来自结核分枝杆菌感染小鼠肺部的单细胞RNA测序数据的协议	提供了一套详细的步骤，用于下载处理后的scRNA-seq数据、整合不同条件下的样本、进行聚类分析，并识别淋巴样细胞亚型、差异分析和通路富集分析	NA	开发一种协议，用于深入评估健康和结核分枝杆菌感染小鼠肺部淋巴细胞群体	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞	生物信息学	结核病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部细胞
1037	2025-05-15	Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545 PMID:37690024	研究论文	本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞（mpSCs）的方案，用于其表征和应用	提出了一种使用环境致癌物2,3,7,8-四氯二苯并二噁英在皮肤角质形成细胞谱系中富集mpSCs，并通过单细胞转录组学和单细胞显微镜分析相关干细胞标记物表达来鉴定mpSCs的方法	NA	开发一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞的方案	人类皮肤干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析	NA	单细胞数据	NA
1038	2025-05-15	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人类胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的协议	开发了一种从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的协议	协议的具体执行细节需要参考Liu等人（2023）的完整说明	建立有效的免疫疗法以预防肿瘤转移	人类胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞
1039	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫基因表达调控的协议	采用单细胞RNA测序技术，克服了传统批量RNA测序无法区分疟原虫发育阶段特异性基因调控的局限性	仅针对啮齿动物疟原虫（Plasmodium chabaudi chabaudi AS）进行研究，未涉及人类疟原虫	开发一种能够表征疟疾血液阶段发育特异性基因表达调控的方法	感染疟原虫的红细胞（iRBCs）	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	NA	RNA测序数据	感染疟原虫的小鼠红细胞
1040	2025-05-15	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	提供了针对基质细胞分离优化的组织解离方案，适用于高通量单细胞分析技术	未提及该方法在临床应用中的具体效果或限制	研究胸腺基质细胞的分离方法以支持T细胞分化的研究	人类和小鼠的胸腺基质细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	未明确提及样本数量