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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10361 | 2025-10-07 |
Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia
2025-Mar-12, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00753-7
PMID:40075418
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研究论文 | 本研究构建了基于脂肪酸代谢基因的慢性淋巴细胞白血病预后评分系统,并揭示了脂肪酸氧化在CLL免疫微环境中的调控作用 | 首次构建基于脂肪酸代谢基因的CLL预后评分系统,通过单细胞分析揭示关键FAM基因在免疫细胞亚群中的表达模式,发现脂肪酸氧化抑制可协同增强PI3K抑制剂疗效 | 研究基于RNA测序数据分析,需要进一步实验验证具体分子机制 | 阐明脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病中的特征及其在疾病发展中的调控作用 | 慢性淋巴细胞白血病患者和健康对照 | 生物信息学 | 慢性淋巴细胞白血病 | RNA测序,单细胞RNA测序,细胞活力检测,药物敏感性检测,氧消耗测定 | Cox-LASSO回归 | RNA测序数据 | CLL患者和健康对照的RNA测序数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
10362 | 2025-10-07 |
From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection
2025-Mar-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003
PMID:40057028
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层中作为关键免疫细胞驱动疾病发展 | 首次发现BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过'PIP2-SP1-ACTN1/VAV3'和'ITGB1-Rac1-GSN'信号通路促进血管炎症和重塑的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步开展 | 探究BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层发展中的作用及机制 | 人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞,BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告基因小鼠 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP-sequencing, 条件性基因敲除, siRNA干扰 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 分子相互作用数据 | 人类外周血和主动脉组织样本,报告基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10363 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI
2025-Mar-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04234-4
PMID:40038777
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析临床级脂肪来源再生细胞,发现供体间一致性不受性别和BMI影响 | 首次在临床级ADRCs中系统评估供体特征对细胞组成的影响,发现供体间异质性极小 | 仅基于两项细胞试验干预研究,样本量有限 | 评估供体特征(性别、BMI)对脂肪来源再生细胞组成和质量的影响 | 临床级脂肪来源再生细胞(ADRCs) | 单细胞组学 | 再生医学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两项细胞试验干预研究中的多个供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10364 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells
2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani15050752
PMID:40076035
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建梅花猪睾丸细胞图谱,揭示精子发生过程中的转录组特征 | 首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术构建睾丸细胞发育图谱,鉴定出生殖细胞和体细胞的标记基因 | 研究仅针对梅花猪特定发育阶段,样本来源和数量有限 | 表征猪精子发生的转录组景观并鉴定精原细胞的潜在标记基因 | 新生和性成熟六个月大梅花猪的睾丸细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13,839个梅花猪睾丸细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
10365 | 2025-10-07 |
MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408529
PMID:39716999
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子MLLT3通过调控HMGB1核转位和MAGEA1 m5C修饰来抑制黑色素瘤干细胞特性与进展的机制 | 首次发现MLLT3通过双重机制调控黑色素瘤干细胞特性:与HMGB1互作抑制其核转位,与YBX1互作抑制MAGEA1的m5C修饰读取 | 未明确MLLT3与miR-542-3p/miR-3922-3p相互作用的具体分子机制 | 探索MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和疾病进展中的调控作用 | 黑色素瘤干细胞和黑色素瘤细胞 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10366 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19
2025-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596
PMID:39933264
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研究论文 | 通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析,揭示COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点 | 首次在14种外周血免疫细胞中系统开展单细胞表达数量性状位点(sc-eQTL)的孟德尔随机化分析,发现58个先前未报道的COVID-19相关基因,并建立分级系统优先确定37个药物靶点 | 基于遗传数据的推断需要进一步实验验证,样本来源限于外周血免疫细胞 | 识别COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点 | 14种外周血免疫细胞中的16,597个基因 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化分析, 共定位分析, 深度学习模型 | 深度学习 | 单细胞基因表达数据, 遗传数据 | 26,597个单细胞表达数量性状位点(sc-eQTL) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10367 | 2025-10-07 |
Biases in machine-learning models of human single-cell data
2025-Mar, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01619-8
PMID:39972066
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综述 | 本文讨论机器学习在人类单细胞数据分析中存在的各种偏见问题 | 系统性地识别和分类单细胞数据分析全流程中出现的多种偏见类型 | 主要进行理论讨论,缺乏实证数据验证 | 分析机器学习模型在人类单细胞数据中存在的偏见问题 | 人类单细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 弱监督或无监督机器学习模型 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10368 | 2025-10-07 |
Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination
2025-Mar, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01617-w
PMID:39984655
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研究论文 | 本研究开发了T-AP1探针可视化肿瘤内氧化应激微环境,揭示了中性粒细胞建立的HO热点区域促进癌细胞播散的新机制 | 首次开发肿瘤靶向HO探针T-AP1,发现肿瘤内HO热点区域作为癌细胞播散的生态位,揭示p38-MYC轴介导的部分上皮间质转化机制 | 未明确NRF2高活化肿瘤中p38反应被抑制的具体分子机制,缺乏在体功能验证实验 | 探究肿瘤微环境中氧化应激异质性对癌细胞播散的影响 | 肿瘤细胞、中性粒细胞、正常上皮细胞 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 分子探针成像、单细胞分析 | NA | 分子成像数据、细胞表型数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
10369 | 2025-10-07 |
TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes
2025-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593
PMID:39946833
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现T1D早期阶段幼稚B细胞中TCL1A表达上调,并开发靶向Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物治疗T1D | 首次发现幼稚B细胞中TCL1A在T1D早期阶段的关键作用,并开发了靶向TCL1A的siRNA纳米药物新疗法 | 研究样本量未明确说明,临床转化潜力需进一步验证 | 探索T1D发病机制并开发新的治疗方法 | 新诊断T1D患者、对照人群和NOD小鼠模型 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 磷酸化蛋白微阵列, siRNA纳米技术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质磷酸化数据, 功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10370 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas
2025-Mar-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17050852
PMID:40075699
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研究论文 | 利用空间转录组学技术研究胰腺导管腺癌神经侵袭的新机制 | 首次使用空间转录组学揭示神经侵袭病灶对肿瘤微环境免疫景观的影响,并发现内源性大麻素和多胺代谢在神经侵袭中的作用 | 样本量较小(13例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探索胰腺导管腺癌中神经侵袭的分子机制 | 胰腺导管腺癌患者的神经侵袭和非神经侵袭病灶 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,全转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 13例PDAC患者 | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析系统 |
10371 | 2025-10-07 |
Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma
2025-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88423-4
PMID:40000680
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研究论文 | 通过单细胞转录组学识别与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+T细胞亚型 | 首次在儿童肥胖相关哮喘中鉴定出具有CDC42上调的特定CD4+T细胞亚群,并揭示其与糖皮质激素抵抗的关联机制 | 研究样本量有限,未涉及其他免疫细胞类型的分析 | 探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+T细胞亚型的特征及其在疾病发生中的作用 | 儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+T细胞 | 单细胞生物学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10372 | 2025-10-07 |
Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy
2025-Feb-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17050795
PMID:40075643
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综述 | 本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因及其与TGF-β通路的相互作用,为开发新治疗策略提供见解 | 整合单细胞RNA测序数据揭示CAFGs在广义CAFs(包括周细胞)中的表达模式,并系统评估其预后价值 | 与结直肠癌相比,胃癌中CAFGs功能机制研究不足,且缺乏足够的显微切割数据验证表达模式 | 总结CAFGs在胃癌中的分子特征、预后意义和功能机制,探索其治疗潜力 | 癌症相关成纤维细胞基因(CAFGs)和TGF-β信号通路 | 肿瘤微环境研究 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 临床病理学研究 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10373 | 2025-10-07 |
Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639091
PMID:40027780
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研究论文 | 通过空间转录组学和单核RNA测序技术构建人类背外侧前额叶皮层衰老和细胞衰老的转录组图谱 | 首次结合Visium空间转录组学和单核RNA测序技术,在非病理性人类脑组织中系统揭示细胞衰老的异质性特征 | 研究基于非病理性组织,样本数量未明确说明 | 探索人类背外侧前额叶皮层中细胞衰老的转录组特征 | 人类背外侧前额叶皮层组织 | 空间生物学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单核RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单核RNA测序 | 10x Visium,10x Chromium | Visium空间转录组技术,snRNA-seq单核RNA测序技术 |
10374 | 2025-10-07 |
Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis
2025-Feb-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06154-6
PMID:39905485
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移过程中异质性的产生机制 | 首次在单细胞水平整合scATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq/CUT&Tag、Hi-C和bulk测序数据,系统解析ESCC转移中的染色质可及性调控网络 | 样本量较小(仅4例患者),且患者病理分期不同可能影响结果一致性 | 探究染色质可及性在食管鳞状细胞癌转移和异质性形成中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者的癌组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | 多组学整合分析 | 单细胞测序数据、表观基因组数据、转录组数据 | 4例ESCC患者(T1a、T2b、T3b、T4a分期)的癌和癌旁组织 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
10375 | 2025-10-07 |
Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing
2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics
IF:3.2Q1
DOI:10.3345/cep.2024.01585
PMID:39810510
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据,研究胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响 | 首次利用公开scRNA-seq数据集系统分析胎次对人类母乳免疫细胞异质性的影响 | 使用公开数据集,样本量有限,需要进一步实验验证 | 阐明胎次对人类母乳免疫细胞异质性和基因表达的影响 | 人类母乳样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 公开数据集中的母乳样本(初产妇vs经产妇) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10376 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology
2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317
PMID:39559817
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研究论文 | 本文提供了使用GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤病空间转录组研究的实用指南 | 提供了制造商指南中未包含的RNA捕获优化方法和潜在问题解决方案 | 主要基于作者自身实验经验,缺乏大规模验证 | 探讨数字空间分析技术在皮肤病研究中的应用潜力 | 炎症性皮肤病包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析仪 |
10377 | 2024-12-15 |
Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain
2025-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01855-5
PMID:39672966
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10378 | 2025-10-07 |
Gpnmb and Spp1 mark a conserved macrophage injury response masking fibrosis-specific programming in the lung
2024-Dec-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182700
PMID:39509324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺损伤后巨噬细胞亚群,揭示了Gpnmb和Spp1标记的巨噬细胞是组织损伤的保守反应而非纤维化特异性程序 | 首次发现巨噬细胞亚群聚类主要由细胞起源和组织分区驱动而非损伤模型,并鉴定出Gpnmb表达巨噬细胞作为组织损伤的保守反应标志 | 研究仅基于小鼠模型和已有的人类数据集,需要进一步实验验证机制 | 探究肺损伤后不同巨噬细胞亚群在健康修复和纤维化修复中的不同作用机制 | 小鼠肺巨噬细胞和人类肺疾病数据集 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | LPS或博来霉素处理的小鼠肺巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10379 | 2025-10-07 |
Predicting lung aging using scRNA-Seq data
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632
PMID:39700255
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研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序数据的年龄预测回归模型PolyEN | 提出了PolyEN模型,能够学习基因表达随时间的连续表示,并整合基因信息进行年龄预测 | NA | 基于单细胞RNA测序数据预测肺衰老 | 肺上皮细胞和肺内皮细胞 | 机器学习 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10380 | 2025-10-07 |
Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties
2024-Nov-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97279
PMID:39535280
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研究论文 | 本研究揭示了Dickkopf-2(DKK2)通过调控HNF4A蛋白水平促进结肠癌转移过程中潘氏细胞特性癌细胞生成的新机制 | 首次发现DKK2在结肠癌转移中通过下调HNF4A蛋白水平诱导潘氏细胞特性癌细胞生成 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究结肠癌转移过程中潘氏细胞特性癌细胞生成的分子机制 | 结肠癌细胞、小鼠模型、患者转移样本 | 癌症生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 染色质可及性分析, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | C57BL/6小鼠模型和患者转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |