单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10341	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing of OSCC primary tumors and lymph nodes reveals distinct origin and phenotype of fibroblasts 2024-Aug-20, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217180 PMID:39154702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了口腔鳞状细胞癌（OSCC）原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	首次系统地研究了OSCC中淋巴结转移灶内成纤维细胞的表型和功能异质性，并揭示了两种不同亚型的癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）的起源	研究样本仅限于三名OSCC患者，可能影响结果的普遍性	探究OSCC中原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的成纤维细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	44,052个成纤维细胞
10342	2024-08-23	Targeting treatment resistance: unveiling the potential of RNA methylation regulators and TG-101,209 in pan-cancer neoadjuvant therapy 2024-Aug-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03111-x PMID:39160604	研究论文	本研究探讨了RNA甲基化调控因子（RMRs）和TG-101,209在泛癌新辅助治疗中的潜在作用	揭示了RMRs在泛癌新辅助治疗中的预测作用，并验证了JAK抑制剂TG-101,209对高RMR表达肿瘤的免疫微环境的影响	需要进一步的验证研究以全面理解RNA甲基化调控因子在临床应用中的效用及其对患者预后的影响	研究RMRs在泛癌新辅助治疗中的作用，并探索TG-101,209作为辅助治疗策略的效果	泛癌患者的新辅助化疗和免疫治疗效果	数字病理学	NA	单细胞转录组学、全基因组测序、RNA测序、蛋白质组学、机器学习	机器学习算法	单细胞测序数据、多组学数据	泛癌队列
10343	2024-08-23	Deciphering cell-cell communication at single-cell resolution for spatial transcriptomics with subgraph-based graph attention network 2024-Aug-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51329-2 PMID:39155292	研究论文	本文介绍了一种名为DeepTalk的方法，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据，利用基于子图的图注意力网络（GAT）来推断空间细胞间通信（CCC）	DeepTalk通过基于子图的GAT在多个层次上捕捉细胞间的连接，实现了在单细胞分辨率下的空间CCC推断	NA	开发一种方法以准确推断生物系统中复杂细胞动态和调控机制的空间细胞间通信	空间细胞间通信的推断	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	图注意力网络（GAT）	RNA测序数据	多个跨平台数据集
10344	2024-08-23	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了IDH分类的胶质瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与肿瘤的独特相互作用	首次全面比较了IDH定义的胶质瘤类别中肿瘤与TAMs的相互作用，并提出了SLAMF9受体作为潜在的治疗靶点	研究主要集中在IDH-WT的胶质母细胞瘤（GBM），其他类型的胶质瘤可能需要进一步研究	探讨IDH分类的胶质瘤微环境中TAMs的表型异质性及其与肿瘤的相互作用	IDH分类的胶质瘤及其微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确
10345	2024-08-23	Reorganization of H3K9me heterochromatin leads to neuronal impairment via the cascading destruction of the KDM3B-centered epigenomic network 2024-Aug-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110380 PMID:39165843	研究论文	研究探讨了年龄依赖的转录组分析在终末分化的小鼠视网膜中识别异染色质重组相关的表观遗传调控因子	揭示了KDM3B中心表观遗传网络在调节老化过程中锥体感光细胞稳态的重要性	NA	研究组织特异性基因如何在分化细胞中逃脱异染色质的影响	小鼠视网膜中的锥体感光细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个月大的小鼠视网膜样本
10346	2024-08-23	SARS-CoV2 infection in whole lung primarily targets macrophages that display subset-specific responses 2024-Aug-15, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05322-z PMID:39147987	研究论文	本研究开发了一种创新的体外人肺感染SARS-CoV-2模型，通过单细胞RNA测序揭示了肺泡和单核细胞来源的巨噬细胞是病毒的初始目标	首次使用体外人肺感染模型研究SARS-CoV-2的初始感染步骤，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了不同巨噬细胞亚群的反应	研究主要集中在体外模型，可能与人体内的实际情况存在差异	解析SARS-CoV-2感染的初始步骤及其对COVID-19结果的影响	SARS-CoV-2病毒在人肺中的初始感染目标及其对不同巨噬细胞亚群的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺泡巨噬细胞、单核细胞来源的巨噬细胞、经典单核细胞和非经典单核细胞等多种细胞亚群
10347	2024-08-23	Comprehensive pan-cancer analysis of ACSS3 as a biomarker for prognosis and immunotherapy response 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35231 PMID:39165934	研究论文	本文通过综合泛癌分析，探讨了ACSS3作为预后和免疫治疗反应生物标志物的潜力	ACSS3被发现是一个新的生物标志物，能够预测不同人类癌症的预后，并通过调节免疫微环境影响生物学过程	NA	研究ACSS3在多种肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	ACSS3在不同肿瘤类型中的表达及其与临床特征、预后和免疫微环境的关系	数字病理学	泛癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及TCGA数据库中的26种癌症类型
10348	2024-08-23	Comprehensive analysis of shared risk genes and immunity-metabolisms between non-alcoholic fatty liver disease and atherosclerosis via bulk and single-cell transcriptome analyses 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35453 PMID:39165965	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）之间的病理关系，并利用批量和单细胞转录组分析揭示了两者共享的风险基因及免疫代谢机制	本研究首次综合分析了NAFLD与AS之间的共享风险基因，并通过单细胞转录组分析揭示了不同免疫细胞中这些基因的异常表达模式	研究主要基于生物信息学分析，未来需要更多的实验验证	探讨NAFLD与AS之间的病理关系，并寻找可能的干预策略	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）	生物信息学	非酒精性脂肪肝病，动脉粥样硬化	WGCNA分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	4851名参与者
10349	2024-08-23	Heterogeneity effects of bisphenol A and its substitute, fluorene-9-bisphenol, on intestinal homeostasis 2024-Aug-13, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108948 PMID:39167857	研究论文	本研究结合肠道类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道细胞组成、分化和功能的影响	首次详细研究了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的细胞类型特异性影响，并通过构建小鼠模型进一步验证了其对肠道形态的影响	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，对人类的具体影响还需进一步研究	探讨双酚A及其替代品氟硼酸对肠道稳态的影响	双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
10350	2024-08-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals a decrease in the frequency of macrophage-RGS1high subsets in patients with osteoarticular tuberculosis 2024-Aug-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00886-9 PMID:39123125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨关节结核患者中免疫细胞亚群的表型和功能	首次揭示了骨关节结核患者中巨噬细胞-RGS1高表达亚群频率的降低，并探讨了其在结核感染中的作用	研究仅限于病理组织和健康邻近组织的单细胞RNA测序分析，未涉及更广泛的样本类型	探究骨关节结核患者中免疫细胞亚群的表型和功能	骨关节结核患者的病理组织和健康邻近组织	数字病理学	骨关节疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	骨关节结核患者和健康对照组的组织样本
10351	2024-08-23	The influence of CLEC5A on early macrophage-mediated inflammation in COPD progression 2024-Aug-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05375-0 PMID:39097839	研究论文	本研究分析了早期慢性阻塞性肺病（COPD）患者的肺组织测序数据和烟雾暴露小鼠模型，通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和机器学习识别潜在致病基因，并使用单细胞测序和细胞间通讯分析来验证CLEC5A在早期COPD中的作用。	本研究首次将CLEC5A确定为早期COPD的关键基因，并通过体外实验验证了其在促进炎症反应中的作用。	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验来全面验证CLEC5A在COPD中的作用。	阐明影响早期COPD进展的遗传因素，特别是与气道炎症和重塑相关的基因。	早期COPD患者的肺组织和烟雾暴露小鼠。	数字病理学	慢性阻塞性肺病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、机器学习	NA	基因表达数据	包括早期COPD患者的肺组织和烟雾暴露小鼠的样本。
10352	2024-08-23	Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09918-8 PMID:38700584	研究论文	本文开发了一种新的脑动静脉畸形（BAVM）小鼠模型，该模型与人类临床表现一致	成功诱导了与人类病变相似的BAVM小鼠模型，并进行了单细胞测序以揭示差异表达基因	Dabrafenib在治疗已建立的BAVM病变中的疗效尚不确定	开发一种临床一致的BAVM动物模型，以研究其生物学机制并开发创新治疗策略	脑动静脉畸形（BAVM）及其治疗策略	NA	脑血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	不同年龄组和脑区域的小鼠
10353	2024-08-23	Bariatric surgery induces pancreatic cell transdifferentiation as indicated by single-cell transcriptomics in Zucker diabetic rats 2024-Aug, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.13521 PMID:38149757	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了减肥手术如何影响Zucker糖尿病肥胖大鼠胰腺细胞亚群的分化和转变	首次通过单细胞转录组图谱，全面描述了减肥手术后胰腺内分泌细胞的异质性和分化情况	需要进一步研究以阐明这些结果	旨在阐明减肥手术如何修改胰腺细胞亚群的分化和转变	8周龄的Zucker糖尿病肥胖大鼠	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	25只大鼠（袖状胃切除术9只，Roux-en-Y胃旁路手术9只，假手术7只）
10354	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing technology in human spermatogenesis: Progresses and perspectives 2024-Aug, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-023-04840-x PMID:37659974	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在人类精子发生中的应用及其进展和展望	介绍了单细胞RNA测序技术在男性生殖领域的独特洞察力和深度挖掘分析能力	讨论了该技术在男性生殖应用中的挑战	总结单细胞RNA测序技术在不同发育阶段和病理状态下精子发生中的研究成果和应用方向	研究对象包括原始生殖细胞、精原干细胞、Sertoli细胞等关键细胞以及不同类型的男性不育疾病	NA	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涵盖新生儿、青春期前、青春期和成年阶段的不同时期数据
10355	2024-08-23	Human post-implantation blastocyst-like characteristics of Muse cells isolated from human umbilical cord 2024-Jul-11, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05339-4 PMID:38992309	研究论文	本文研究了从人脐带中分离出的Muse细胞，这些细胞表现出类似人类植入后囊胚的特征	首次发现人脐带中的SSEA-3阳性细胞具有类似植入后囊胚的特性，并且表达与成人组织Muse细胞不同的基因和DNA甲基化模式	NA	探讨人脐带中Muse细胞的特性及其在人类早期发育和生殖医学中的潜在应用	人脐带中的SSEA-3阳性Muse细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约20%的人脐带SSEA-3阳性细胞
10356	2024-08-23	Differential expression and prognostic value of TLR4 in kidney renal clear cell carcinoma 2024-Jun, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2024.101959 PMID:38579915	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据结合体外研究，评估了TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其预后价值	首次详细探讨了TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并发现TLR4在女性患者中具有保护作用	研究仅在特定细胞系和性别中进行了分析，可能需要更多的样本和性别来验证结果	评估TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其预后价值	TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肾癌	RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
10357	2024-08-23	Bone marrow CD8+ Trm cells induced by IL-15 and CD16+ monocytes contribute to HSPC destruction in human severe aplastic anemia 2024-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110223 PMID:38636890	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了严重再生障碍性贫血（SAA）患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMCs）和骨髓单个核细胞（BMMCs），发现骨髓中的CD8 Trm细胞通过高表达IFN-γ和FasL，增强了对造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的诱导凋亡能力。	首次揭示了IL-15诱导的CD8 Trm细胞在SAA患者中作为病理性细胞，介导HSPC破坏的机制。	NA	探究严重再生障碍性贫血（SAA）中T细胞诱导的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）破坏的机制。	严重再生障碍性贫血（SAA）患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMCs）和骨髓单个核细胞（BMMCs）。	NA	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序	NA	RNA	严重再生障碍性贫血（SAA）患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMCs）和骨髓单个核细胞（BMMCs）
10358	2024-08-07	A New Immunological Index for the Elderly: High Proportion of Multiple TCR T Cells Based on scRNA-Seq 2024-May-07, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2023.0509-1 PMID:38722790	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10359	2024-08-23	Mechanosensitive protein polycystin-1 promotes periosteal stem/progenitor cells osteochondral differentiation in fracture healing 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93269 PMID:38646641	研究论文	本研究使用多种小鼠模型和单细胞RNA测序技术，分析了机械敏感蛋白polycystin-1在骨折愈合中促进骨膜干细胞/祖细胞骨软骨分化的关键作用	首次揭示了polycystin-1通过PC1-TAZ轴感知机械力，促进骨折愈合的新机制	NA	探究机械力在骨折愈合中的调控机制	机械敏感蛋白polycystin-1及其在骨折愈合中的作用	NA	骨折	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用多种小鼠模型进行研究
10360	2024-08-23	Targeting the Cascade Amplification of Macrophage Colony-stimulating Factor to Alleviate the Immunosuppressive Effects Following Radiotherapy 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0450 PMID:39165639	研究论文	本文研究了放射治疗（RT）后免疫抑制效应的缓解方法，通过靶向巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）的级联放大作用来增强RT的免疫激活效应。	本文首次发现并验证了放射治疗后肿瘤细胞来源的MCSF上调，并通过抑制MCSF来增强RT的免疫激活效应。	NA	研究如何通过调节放射治疗后的免疫抑制环境来增强其治疗效果。	放射治疗后的免疫抑制效应及巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）的作用机制。	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA