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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10341 | 2025-10-07 |
Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068
PMID:38993124
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研究论文 | 本研究探讨了脊髓损伤后经历坏死性凋亡的神经干细胞来源的外泌体在细胞通讯中的作用及其对受体细胞TSC2表达的影响 | 首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡来源的外泌体通过诱导TSC2上调参与脊髓损伤后细胞通讯的新机制 | 研究主要基于体外实验模型,体内验证仍需进一步深入 | 探究脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡来源的外泌体在细胞通讯中的功能 | 胚胎小鼠神经干细胞、外泌体、脊髓损伤模型 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | 16-17天胚胎小鼠神经干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10342 | 2025-10-07 |
Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694
PMID:39665821
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术重新定义少突胶质细胞谱系的五种细胞状态,并探讨其在健康和疾病状态下的功能意义 | 提出基于单细胞RNA测序发现的少突胶质细胞谱系新分类系统,将传统两种细胞类型扩展为五种连续细胞状态 | NA | 建立统一的少突胶质细胞术语体系以促进跨研究数据整合,深化对髓鞘病理机制的理解 | 少突胶质细胞谱系细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化症,阿尔茨海默病,肌萎缩侧索硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10343 | 2025-10-07 |
Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1
2025-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567
PMID:39978571
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌克隆演化,发现乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B乳酰化驱动衰老抵抗谱系 | 首次揭示乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B K58位点乳酰化表观遗传机制,连接代谢重编程与衰老逃逸 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌异质性机制和衰老抵抗的分子基础 | 肝细胞癌细胞谱系和克隆演化 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,加权基因共表达网络分析 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,公共HCC数据集 | 902个特征基因跨越7种细胞状态,14基因预后模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10344 | 2025-10-07 |
Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion
2025-Apr, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797
PMID:39993589
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研究论文 | 通过多组学网络整合与图扩散方法分析阿尔茨海默病基因的网络特征 | 挑战了AD基因主要是网络枢纽节点的传统观点,发现AD基因分布在不同的度中心性分位数中,且外围基因也发挥重要作用 | NA | 研究已知AD基因在网络中的特性 | 阿尔茨海默病相关基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 多组学网络整合, 图扩散, 网络分析 | 图扩散模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 基因本体数据 | NA | NA | 微阵列, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
10345 | 2024-08-07 |
Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis
2024-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/1673-5374.384067
PMID:37905887
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10346 | 2025-10-07 |
Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation
2024-Feb-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45489-4
PMID:38336745
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研究论文 | 研究揭示雄激素剥夺疗法通过异常HGF和Wnt信号激活诱导双阴性前列腺癌的机制 | 首次发现当前ADT通过异常HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号,并鉴定XPO1和核糖体蛋白在DNPC中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限临床样本,需要更大规模临床验证 | 探索雄激素剥夺疗法诱导双阴性前列腺癌的分子机制 | 前列腺癌细胞、小鼠前列腺组织、人类DNPC临床样本 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类临床DNPC标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10347 | 2025-10-07 |
Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis
2023-07-08, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-023-03181-x
PMID:37422651
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在分子机制 | 整合单细胞转录组和批量RNA测序数据,结合分子对接和动力学模拟筛选姜黄素治疗牙周炎的关键靶点 | 研究基于计算模拟,缺乏实验验证 | 探索姜黄素治疗牙周炎的分子作用机制 | 牙周炎相关基因和姜黄素分子 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | PPI网络分析, KEGG/GO富集分析 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE164241, GSE10334, GSE16134) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 使用Seurat和Limma软件包进行数据分析 |
10348 | 2025-10-07 |
Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations
2025-Apr-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-24-0216
PMID:39970536
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研究论文 | 本研究通过人类甲状腺类器官模型揭示了不同PTEN胚系突变在DNA损伤后与p53相互作用的差异机制 | 首次在人类甲状腺类器官模型中证明不同PTEN突变类型对DNA损伤反应的差异性影响,特别是PTEN-p53相互作用的变异 | 研究仅针对两种特定PTEN突变类型,样本数量有限,需要在更广泛的突变类型中验证 | 探究不同PTEN胚系突变在辐射诱导DNA损伤后如何影响肿瘤抑制网络 | 携带不同PTEN突变的人类诱导多能干细胞衍生的甲状腺类器官 | 癌症生物学 | 甲状腺癌 | CRISPR-Cas9基因编辑, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 转录组数据 | 三种基因型(野生型, PTEN WT/G132D, PTEN WT/M134R)的甲状腺类器官 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10349 | 2025-10-07 |
Mapping glioma progression: single-cell RNA sequencing illuminates cell-cell interactions and immune response variability
2025-Mar-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01903-x
PMID:40072722
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示胶质瘤微环境中细胞间相互作用和免疫反应异质性 | 识别了14种胶质瘤细胞亚群和4种巨噬细胞/单核细胞亚型,揭示了通过MIF和SPP1通路的关键配体-受体相互作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证细胞间相互作用的机制 | 探索胶质瘤恶性细胞与巨噬细胞/单核细胞的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响 | 胶质瘤组织和其中的细胞亚群 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,功能富集分析,发育轨迹分析,细胞通讯分析,基因调控网络分析 | 预后风险评分模型 | RNA测序数据 | 来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10350 | 2025-10-07 |
Transcription factor networks and novel immune biomarkers reveal key prognostic and therapeutic insights in ovarian cancer
2025-Mar-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01788-w
PMID:40074978
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研究论文 | 本研究基于肿瘤微环境中的转录因子调控网络,开发了一个9基因风险模型用于卵巢癌预后预测 | 首次在卵巢癌肿瘤微环境中识别出6个免疫恶性细胞亚群,并基于转录因子调控网络构建了9基因风险预后模型 | 研究样本量有限,需要更大规模的数据验证模型的普适性 | 探索卵巢癌肿瘤微环境中的转录因子调控网络,开发预后预测模型和识别新的免疫生物标志物 | 卵巢癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫组化, 细胞功能实验 | Lasso回归, ConsensusClusterPlus, SCENIC | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 临床数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10351 | 2025-10-07 |
Integrative whole slide image and spatial transcriptomics analysis with QuST and QuPath
2025-Mar-12, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00841-9
PMID:40075141
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研究论文 | 介绍QuST这一QuPath扩展工具,用于整合全切片图像和空间转录组学数据 | 开发了能够在单细胞水平上桥接全切片图像和空间转录组学分析的工具QuST | 面临训练模式准备和分辨率差异等挑战 | 通过整合数字病理学和空间转录组学技术来增强疾病理解 | 全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,全切片图像分析 | NA | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | QuPath, QuST | QuPath扩展工具QuST |
10352 | 2025-10-07 |
Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia
2025-Mar-12, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00753-7
PMID:40075418
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研究论文 | 本研究构建了基于脂肪酸代谢基因的慢性淋巴细胞白血病预后评分系统,并揭示了脂肪酸氧化在CLL免疫微环境中的调控作用 | 首次构建基于脂肪酸代谢基因的CLL预后评分系统,通过单细胞分析揭示关键FAM基因在免疫细胞亚群中的表达模式,发现脂肪酸氧化抑制可协同增强PI3K抑制剂疗效 | 研究基于RNA测序数据分析,需要进一步实验验证具体分子机制 | 阐明脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病中的特征及其在疾病发展中的调控作用 | 慢性淋巴细胞白血病患者和健康对照 | 生物信息学 | 慢性淋巴细胞白血病 | RNA测序,单细胞RNA测序,细胞活力检测,药物敏感性检测,氧消耗测定 | Cox-LASSO回归 | RNA测序数据 | CLL患者和健康对照的RNA测序数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
10353 | 2025-10-07 |
From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection
2025-Mar-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003
PMID:40057028
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层中作为关键免疫细胞驱动疾病发展 | 首次发现BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过'PIP2-SP1-ACTN1/VAV3'和'ITGB1-Rac1-GSN'信号通路促进血管炎症和重塑的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步开展 | 探究BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层发展中的作用及机制 | 人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞,BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告基因小鼠 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP-sequencing, 条件性基因敲除, siRNA干扰 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 分子相互作用数据 | 人类外周血和主动脉组织样本,报告基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10354 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI
2025-Mar-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04234-4
PMID:40038777
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析临床级脂肪来源再生细胞,发现供体间一致性不受性别和BMI影响 | 首次在临床级ADRCs中系统评估供体特征对细胞组成的影响,发现供体间异质性极小 | 仅基于两项细胞试验干预研究,样本量有限 | 评估供体特征(性别、BMI)对脂肪来源再生细胞组成和质量的影响 | 临床级脂肪来源再生细胞(ADRCs) | 单细胞组学 | 再生医学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两项细胞试验干预研究中的多个供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10355 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells
2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani15050752
PMID:40076035
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建梅花猪睾丸细胞图谱,揭示精子发生过程中的转录组特征 | 首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术构建睾丸细胞发育图谱,鉴定出生殖细胞和体细胞的标记基因 | 研究仅针对梅花猪特定发育阶段,样本来源和数量有限 | 表征猪精子发生的转录组景观并鉴定精原细胞的潜在标记基因 | 新生和性成熟六个月大梅花猪的睾丸细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13,839个梅花猪睾丸细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
10356 | 2025-10-07 |
MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408529
PMID:39716999
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子MLLT3通过调控HMGB1核转位和MAGEA1 m5C修饰来抑制黑色素瘤干细胞特性与进展的机制 | 首次发现MLLT3通过双重机制调控黑色素瘤干细胞特性:与HMGB1互作抑制其核转位,与YBX1互作抑制MAGEA1的m5C修饰读取 | 未明确MLLT3与miR-542-3p/miR-3922-3p相互作用的具体分子机制 | 探索MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和疾病进展中的调控作用 | 黑色素瘤干细胞和黑色素瘤细胞 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10357 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19
2025-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596
PMID:39933264
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研究论文 | 通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析,揭示COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点 | 首次在14种外周血免疫细胞中系统开展单细胞表达数量性状位点(sc-eQTL)的孟德尔随机化分析,发现58个先前未报道的COVID-19相关基因,并建立分级系统优先确定37个药物靶点 | 基于遗传数据的推断需要进一步实验验证,样本来源限于外周血免疫细胞 | 识别COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点 | 14种外周血免疫细胞中的16,597个基因 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化分析, 共定位分析, 深度学习模型 | 深度学习 | 单细胞基因表达数据, 遗传数据 | 26,597个单细胞表达数量性状位点(sc-eQTL) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10358 | 2025-10-07 |
Biases in machine-learning models of human single-cell data
2025-Mar, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01619-8
PMID:39972066
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综述 | 本文讨论机器学习在人类单细胞数据分析中存在的各种偏见问题 | 系统性地识别和分类单细胞数据分析全流程中出现的多种偏见类型 | 主要进行理论讨论,缺乏实证数据验证 | 分析机器学习模型在人类单细胞数据中存在的偏见问题 | 人类单细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 弱监督或无监督机器学习模型 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10359 | 2025-10-07 |
Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination
2025-Mar, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01617-w
PMID:39984655
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研究论文 | 本研究开发了T-AP1探针可视化肿瘤内氧化应激微环境,揭示了中性粒细胞建立的HO热点区域促进癌细胞播散的新机制 | 首次开发肿瘤靶向HO探针T-AP1,发现肿瘤内HO热点区域作为癌细胞播散的生态位,揭示p38-MYC轴介导的部分上皮间质转化机制 | 未明确NRF2高活化肿瘤中p38反应被抑制的具体分子机制,缺乏在体功能验证实验 | 探究肿瘤微环境中氧化应激异质性对癌细胞播散的影响 | 肿瘤细胞、中性粒细胞、正常上皮细胞 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 分子探针成像、单细胞分析 | NA | 分子成像数据、细胞表型数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
10360 | 2025-10-07 |
TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes
2025-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593
PMID:39946833
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现T1D早期阶段幼稚B细胞中TCL1A表达上调,并开发靶向Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物治疗T1D | 首次发现幼稚B细胞中TCL1A在T1D早期阶段的关键作用,并开发了靶向TCL1A的siRNA纳米药物新疗法 | 研究样本量未明确说明,临床转化潜力需进一步验证 | 探索T1D发病机制并开发新的治疗方法 | 新诊断T1D患者、对照人群和NOD小鼠模型 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 磷酸化蛋白微阵列, siRNA纳米技术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质磷酸化数据, 功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |