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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10321 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals a conserved role for hypoxia-inducible factor signaling during human craniotomy infection
2024-Nov-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101790
PMID:39426374
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示人类开颅手术感染中缺氧诱导因子信号通路的保守作用 | 首次在人类开颅手术感染中鉴定出粒细胞样髓源性抑制细胞的主导作用及保守的缺氧诱导因子信号特征 | 回顾性研究设计,样本来源单一 | 探索开颅手术感染的细胞和分子特征 | 开颅手术感染患者组织样本和小鼠模型 | 单细胞组学 | 手术感染 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 超过2,500例开颅手术回顾性分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10322 | 2025-10-07 |
Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619905
PMID:39553982
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研究论文 | 通过单细胞蛋白质组学和转录组学技术表征耐药前列腺癌细胞的分子特征及其与形态变化的关联 | 开发了优化的高通量DIA方法实现单细胞水平蛋白质定量,并首次整合单细胞蛋白质组和转录组数据揭示耐药细胞的分子异质性 | 研究主要基于PC3细胞系,未在更多细胞系或临床样本中验证 | 揭示前列腺癌耐药细胞的蛋白质组学特征和分子机制 | 前列腺癌PC3细胞系及其衍生的耐药细胞 | 单细胞多组学 | 前列腺癌 | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 数据非依赖性采集 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 优化高通量DIA方法(通量60样本/天) |
10323 | 2025-10-07 |
The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo
2024-Oct, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06211-7
PMID:38958700
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研究论文 | 本研究探讨SWI/SNF染色质重塑复合物在小鼠胰腺内分泌细胞发育和分化中的调控作用 | 首次在体内模型中系统研究BRG1和BRM ATPase亚基对内分泌细胞发育的协同调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明SWI/SNF染色质重塑复合物在内分泌细胞发育中的分子机制 | 小鼠胰腺内分泌祖细胞和分化细胞 | 发育生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞分选, 定量PCR, 组织学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 代谢表型数据, 组织学图像 | 胚胎期15.5天和出生后不同发育阶段的小鼠组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10324 | 2025-10-07 |
Association between biological ageing and periodontitis: Evidence from a cross-sectional survey and multi-omics Mendelian randomization analysis
2024-10, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.14040
PMID:38956929
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研究论文 | 通过横断面调查和多组学孟德尔随机化分析探讨生物衰老与牙周炎之间的关联及潜在因果关系 | 首次结合横断面调查、孟德尔随机化分析和多组学整合方法系统研究生物衰老与牙周炎的因果关系及分子机制 | 基于观察性数据和遗传数据,无法完全排除残余混杂因素的影响 | 探究生物衰老与牙周炎之间的关系及潜在因果机制 | 3189名NHANES参与者和GWAS汇总统计数据 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞测序, GWAS, 孟德尔随机化分析, 多组学整合分析 | 多元回归分析, 两步MR中介分析 | 基因组数据, 调查数据, 单细胞测序数据 | 3189名NHANES参与者 | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | NA |
10325 | 2025-10-07 |
SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03263-1
PMID:38741183
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研究论文 | 开发了首个能够定量估计单细胞数据中每个细胞与表型关联的算法SCIPAC | 首个能够定量估计单细胞数据中细胞与表型关联的算法,并为每个关联提供p值 | 未在摘要中明确说明 | 确定单细胞RNA测序数据中细胞与表型(如癌症)之间的关联 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | SCIPAC算法 | 单细胞RNA测序数据 | 四个真实数据集(癌性和非癌性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10326 | 2025-10-07 |
IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics
2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.07.527394
PMID:38645082
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研究论文 | 本研究揭示了IQGAP2蛋白在调控血脑屏障免疫特权和免疫细胞进入中枢神经系统中的关键作用 | 首次发现IQGAP2作为支架蛋白在调控血脑屏障免疫动态中的核心功能,并证明其在阿尔茨海默病患者海马体中表达降低 | IQGAP2调控免疫细胞浸润的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究IQGAP2蛋白如何调控血脑屏障的免疫细胞浸润 | 小鼠、斑马鱼模型以及人类组织样本 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 小鼠和斑马鱼模型,人类阿尔茨海默病组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10327 | 2024-08-07 |
Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells
2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001
PMID:37454412
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10328 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Molecular Features of Heterogeneity in the Murine Retinal Pigment Epithelium
2022-Sep-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810419
PMID:36142331
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠视网膜色素上皮细胞的分子异质性特征 | 首次在小鼠视网膜色素上皮中识别出6个不同的细胞群体,包括含有1-2%细胞的干细胞/祖细胞群体,并构建了细胞分化伪时间轨迹 | 仅使用2只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠,样本量较小 | 研究视网膜色素上皮细胞的转录组异质性及其发育过程中的分子特征 | 小鼠视网膜色素上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | 主成分分析,UMAP,K-means聚类,伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 2只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠的5513个RPE细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10329 | 2025-10-07 |
Natural genetic variation determines microglia heterogeneity in wild-derived mouse models of Alzheimer's disease
2021-02-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108739
PMID:33567283
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究野生来源小鼠品系中小胶质细胞在阿尔茨海默病模型中的遗传变异影响 | 首次在野生来源小鼠品系中系统分析遗传多样性对小胶质细胞异质性和阿尔茨海默病反应的影响 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索遗传变异如何影响阿尔茨海默病中小胶质细胞的异质性和功能 | C57BL/6J和野生来源小鼠品系(WSB/EiJ、CAST/EiJ、PWK/PhJ)的小胶质细胞 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | APP/PS1小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 四个小鼠品系(包括APP/PS1转基因和对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10330 | 2025-10-07 |
Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach
2025-May, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412
PMID:39993547
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析,探索肠道微生物群、免疫细胞调控与骨质疏松症之间的因果关系 | 首次采用多组学方法系统揭示肠道微生物群通过免疫细胞介导影响骨质疏松的分子机制,并识别出关键基因USP6NL、SELENOT和TAF1A | 研究主要基于欧洲人群数据(UK Biobank和芬兰队列),结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 阐明肠道微生物群通过免疫调控影响骨质疏松的分子机制 | 骨质疏松症患者与对照样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 两样本孟德尔随机化 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | UK Biobank和芬兰队列数据,包含412种肠道微生物物种和731种免疫细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10331 | 2025-10-07 |
Identification of DIO2 as a Molecular Therapeutic Target for Depression in Chronic Rhinosinusitis: A Comprehensive Bioinformatics and Experimental Study
2025-Mar-16, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11085-4
PMID:40089956
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,鉴定DIO2作为慢性鼻窦炎合并抑郁症的分子治疗靶点 | 首次发现DIO2基因在慢性鼻窦炎和抑郁症共病中的关键作用,并通过单细胞RNA测序和动物实验验证其治疗潜力 | 研究主要基于公共数据库和动物模型,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别慢性鼻窦炎与抑郁症之间的分子联系和潜在治疗靶点 | 慢性鼻窦炎患者和抑郁症患者的基因表达数据,以及CRS小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎,抑郁症 | 单细胞RNA测序,差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析,机器学习算法 | 随机森林,LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10332 | 2025-10-07 |
Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies
2025-Mar-14, Oncology research and treatment
IF:2.0Q3
DOI:10.1159/000543806
PMID:40090318
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综述 | 探讨多靶向CAR-T细胞策略在克服淋巴和髓系恶性肿瘤免疫逃逸中的应用 | 提出逻辑门控CAR、适配器CAR等多靶向策略应对抗原逃逸问题 | NA | 改善CAR-T细胞疗法在血液恶性肿瘤中的治疗效果和持久性 | 淋巴和髓系恶性肿瘤患者 | NA | 淋巴瘤、多发性骨髓瘤 | 下一代测序(NGS)、直接随机光学重建显微镜(dSTORM)、多参数流式细胞术、CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10333 | 2025-10-07 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
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研究论文 | 提出一种名为Smoothie的方法,通过高斯平滑去噪空间转录组数据并构建全基因组共表达网络 | 结合隐式和显式并行化技术,能够处理超过1亿个空间分辨点的数据集,具有快速运行和低内存使用的优势 | NA | 从空间转录组数据中提取深度生物学见解 | 空间基因表达数据和共表达网络 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 超过1亿个空间分辨点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10334 | 2025-10-07 |
Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases
2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322558
PMID:40061311
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研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌脑转移中ERBB2基因的复发性改变及其临床意义 | 首次在食管腺癌脑转移中发现ERBB2基因的复发性扩增,并证明其与单克隆播散相关 | 样本量较小(10例),需要更大规模研究验证 | 探究食管腺癌脑转移的分子特征和临床治疗策略 | 食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤 | 数字病理学 | 食管癌 | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 10例食管腺癌脑转移患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
10335 | 2025-10-07 |
Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639127
PMID:40060416
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研究论文 | 系统研究训练数据组成对单细胞转录组深度学习模型性能的影响 | 首次系统探讨单细胞基础模型中训练数据组成对模型行为的影响,揭示了数据多样性对模型泛化能力的重要性 | 研究主要聚焦于人类造血系统,可能在其他生物系统或疾病类型中的普适性有待验证 | 探索训练数据组成如何影响单细胞转录组深度学习模型的性能和泛化能力 | 人类造血系统的单细胞转录组数据,包括成体和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10336 | 2025-10-07 |
MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.638723
PMID:40060426
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研究论文 | 开发了一种名为MolGene-E的深度生成框架,用于基于单细胞转录组数据设计新药物分子 | 首个能够利用单细胞组学数据设计新药物分子的机器学习方法,结合了跨模态数据协调和对比学习生成模型 | 单细胞组学数据存在噪声、异质性、稀缺性和高维度等挑战 | 开发能够调节单细胞转录组学的逆向分子设计方法 | 疾病细胞与健康细胞的转录组状态 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度生成框架,跨模态模型,对比学习生成模型 | 单细胞转录组数据,化学扰动的大量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10337 | 2025-10-07 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1
PMID:40034439
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研究论文 | 提出一种名为RASP的计算高效空间转录组数据降维方法 | 开发了随机化两阶段PCA框架,结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑,比现有方法快数个数量级 | NA | 开发计算高效的空间转录组数据降维方法 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium平台生成的空间转录组数据 |
10338 | 2025-10-07 |
EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636688
PMID:39975086
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研究论文 | 提出首个专门针对单细胞ATAC-seq数据的预训练基础模型EpiFoundation,通过峰到基因对齐解决数据稀疏性问题 | 创新性地采用跨模态预训练方法,专门处理非零峰集以提高信息密度,并利用基因表达信息监督预训练过程实现峰到基因对齐 | NA | 开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型,解决高维稀疏数据的学习问题 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | 基础模型 | 表观遗传数据, 基因表达数据 | 100,000+个单细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
10339 | 2025-10-07 |
Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764
PMID:38983858
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研究论文 | 本研究探讨组织驻留肺间质巨噬细胞发育轨迹改变对过敏性气道高反应性的影响 | 首次揭示LPS诱导肺损伤后巨噬细胞发育谱系改变可减轻过敏性气道反应,并通过单细胞测序鉴定出与过敏性疾病相关的间质巨噬细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 阐明环境暴露引起的巨噬细胞发育轨迹改变对过敏性气道反应的影响机制 | 组织驻留肺巨噬细胞和屋尘螨诱导的过敏性气道反应 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、胚胎谱系标记 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10340 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876
PMID:38934400
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性 | 首次在人类脊髓中系统绘制胶质细胞的转录组异质性图谱,并进行跨物种比较分析 | 样本数量有限,未涵盖所有可能的病理状态 | 探索人类脊髓胶质细胞的分子异质性及其在物种间的差异 | 人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |