单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 10281 - 10300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10281 | 2024-08-04 |
Gene representation bias in spatial transcriptomics
2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720024500070
PMID:39036848
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研究论文 | 本研究探讨了在空间转录组学中，与大规模RNA-seq相比，哪些基因在Visium中常常被低检测到。 | 本研究揭示了在Visium中，特定基因由于聚合酶(T)结构的影响而被低检测的潜在机制。 | 该研究基于有限的人类和小鼠样本，可能未能涵盖所有组织来源的差异。 | 识别在Visium中相比大规模RNA-seq常常低检测的基因及其潜在机制。 | 研究对象包括28个人类样本和19个小鼠样本，涉及多种组织源。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因计数矩阵 | 28个人类样本和19个小鼠样本 |
| 10282 | 2024-08-04 |
NDMNN: A novel deep residual network based MNN method to remove batch effects from scRNA-seq data
2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S021972002450015X
PMID:39036845
|
研究论文 | 提出一种名为NDMNN的新颖方法来去除scRNA-seq数据中的批次效应 | NDMNN方法结合了密集深度残差网络模型和MNN方法，显著改善了批次效应的修正 | NA | 主要研究如何有效去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 深度残差网络 | 数据 | NA |
| 10283 | 2024-08-05 |
Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy
2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-024-00812-3
PMID:39050513
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研究论文 | 本文探讨了在单个NK细胞杀伤过程中转录程序的动态变化，并将形态与功能连接起来。 | 结合了单细胞RNA测序和活细胞成像的方法，以深入理解NK细胞的杀伤表型。 | 研究限于NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养，可能不完全反映真实生理状态。 | 目标是揭示NK细胞杀伤机制中的转录调控。 | 主要研究NK细胞与HeLa宫颈癌细胞的相互作用。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 使用NK-92细胞系和HeLa细胞进行共培养，样本量未具体说明 |
| 10284 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis of human tendon adhesion reveals that ACKR1-regulated macrophage migration is involved in regeneration
2024-May-07, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00324-w
PMID:38714649
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了ACKR1调控的巨噬细胞迁移参与人类肌腱粘连的再生过程 | 发现了一种新的抗纤维化巨噬细胞群体及其来源 | 研究中的抗纤维化机制仍需进一步验证和探讨 | 研究肌腱损伤后肌腱粘连的纤维化微环境 | 分析人类和小鼠的肌腱粘连组织样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白组学 | NA | 组织样本 | 超过74000个单细胞 |
| 10285 | 2024-08-05 |
scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development
2024-May-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016
PMID:38569548
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研究论文 | 本文利用高质量的单细胞RNA测序创建了幼虫腹神经索细胞类型的全面普查 | 揭示了腹神经索的神经谱系在幼虫阶段已经被定义但处于静息状态，为进一步研究提供了新资源 | 未提及具体的实验条件和样本采集的局限性 | 旨在研究和理解运动系统的发展和功能 | 研究幼虫腹神经索的细胞类型和相应的神经元集群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 细胞类型数据 | NA |
| 10286 | 2024-08-05 |
Marmosets contain multitudes
2024-Apr-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97866
PMID:38661001
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研究论文 | 单细胞RNA测序揭示了眉猴在其兄弟姐妹之间携带遗传上不同细胞的程度 | 首次通过单细胞RNA测序展示了眉猴的遗传多样性 | 未提及具体的实验范围或样本来源 | 探讨眉猴细胞的遗传多样性 | 眉猴的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10287 | 2024-08-04 |
STIGMA: Single-cell tissue-specific gene prioritization using machine learning
2024-02-01, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.011
PMID:38228144
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研究论文 | 本文介绍了一种使用单细胞RNA-seq数据的针对特定组织的基因优先排序方法STIGMA | STIGMA通过学习不同细胞类型在健康器官生成过程中的基因表达动态，弥补了现有方法未能捕捉细胞亚群体表达异质性的不足 | 未提及具体局限性 | 研究主要致力于利用单细胞转录组数据优先排序与罕见先天疾病相关的候选基因 | 研究对象包括小鼠肢体和人类胎心的单细胞RNA-seq数据集，以及特定先天性疾病患者的基因变异 | 机器学习 | 先天性疾病 | 单细胞RNA-seq（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及7,958个个体的研究，特定病例的样本数量未明确说明 |
| 10288 | 2024-08-04 |
Integrative Pan-Cancer Analysis Reveals the Oncogenic Role of MND1 and Validation of MND1's Role in Breast Cancer
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S458832
PMID:39051055
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研究论文 | 本研究全面分析了MND1在多种癌症中的表达和生物学功能 | 发现MND1在多种癌症中特别是乳腺癌中具有促进肿瘤进展的作用，并且能够作为生物标志物用于癌症预后和免疫治疗 | 本研究主要依赖于数据库分析，缺乏大规模临床样本的实验证据 | 探讨MND1在不同癌症中的角色及其与乳腺癌的关系 | MND1在不同类型癌症中的表达、预后意义及功能进行研究 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组化染色、CCK8、EdU、克隆形成和流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自不同癌症的多种样本及相关数据库 |
| 10289 | 2024-08-05 |
Developing an advanced diagnostic model for hepatocellular carcinoma through multi-omics integration leveraging diverse cell-death patterns
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1410603
PMID:39044829
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研究论文 | 本研究通过多组学整合构建了一种针对肝细胞癌的先进诊断模型 | 创新性地利用程序性细胞死亡相关基因构建了一个七基因的诊断模型，并揭示了其与免疫检查点抑制治疗的关联 | 样本量相对较小，仅使用了50个样本和104,288个单细胞，可能限制了模型的广泛适应性 | 明确程序性细胞死亡基因在肝细胞癌中的作用并构建诊断模型 | 肝细胞癌患者样本，包括血液来源的外泌体和肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序和RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 50个样本，104,288个单细胞 |
| 10290 | 2024-08-05 |
Hemicentin-1 is an essential extracellular matrix component during tooth root formation by promoting mesenchymal cells differentiation
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1435241
PMID:39050894
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研究论文 | 该文章探讨了Hemicentin-1在牙根形成中的作用，特别是在牙本质形成过程中的影响 | 识别并强调了Hemicentin-1作为牙根与牙冠之间牙本质形成差异的关键外部矩阵成分 | 未提供与人类牙髓细胞相关的体内实验数据 | 研究Hemicentin-1在牙根形成过程中的作用，特别是其在牙本质形成中的功能 | 使用小鼠的牙齿组织，特别是切牙和磨牙，作为研究对象 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，免疫组化染色，CCK8检测，BrdU检测，创伤愈合检测，ALP染色，茜素红染色 | NA | 组织样本 | 小鼠切牙和磨牙组织样本 |
| 10291 | 2024-08-05 |
Mapping Single-Cell Transcriptomes of Endometrium Reveals Potential Biomarkers in Endometrial Cancer
2024, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S470994
PMID:39050484
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，揭示了子宫内膜癌中的潜在生物标志物 | 首次综合分析了59,397个子宫内膜样本的单细胞转录组，识别出多种细胞亚型及其转录因子活性 | 未提及实验验证阶段的具体样本数据或者临床试验结果 | 研究子宫内膜的动态免疫微环境及其在子宫内膜癌中的作用 | 分析了十个子宫内膜样本中的59397个细胞的转录组 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 10个子宫内膜样本和535个子宫内膜癌样本 |
| 10292 | 2024-08-05 |
Characterization of the Prognosis and Tumor Microenvironment of Cellular Senescence-related Genes through scRNA-seq and Bulk RNA-seq Analysis in GC
2024, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
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研究论文 | 本研究探讨了细胞衰老相关基因在胃癌中的预后作用和分子亚型 | 该研究首次基于细胞衰老相关基因划分胃癌分子亚型并发展了相应的风险模型 | 研究可能缺乏外部验证，依赖于特定的数据库资源 | 研究细胞衰老相关基因在胃癌中的作用和影响 | 胃癌患者的细胞衰老相关基因及其临床信息 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq和Bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 利用了TCGA数据库中各类胃癌患者的临床和基因表达数据 |
| 10293 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Steroidogenesis and Spermatogenesis Impairment in the Testis of db/db Mice
2024, International journal of endocrinology
IF:2.3Q3
DOI:10.1155/2024/8797972
PMID:38817616
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研究论文 | 本研究探讨了db/db小鼠睾丸中类固醇生成和精子发生的障碍机制 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了db/db小鼠中睾丸的类固醇生成和精子发生缺陷 | 本研究仅限于db/db小鼠，可能不适用于其他类型的糖尿病模型 | 探究2型糖尿病对男性类固醇生成和精子发生的影响 | db/db小鼠及其对照C57BL/6J小鼠的睾丸 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | db/db小鼠和C57BL/6J小鼠 |
| 10294 | 2024-08-05 |
Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability
2023-Dec-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278144.123
PMID:37973195
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研究论文 | 本研究探讨了细胞年龄如何解释不同细胞之间与年龄相关的转录组变异性 | 提出了一种新颖的启发式模型，解释了细胞类型之间衰老速率差异的原因 | 仅基于小鼠的单细胞转录组数据，可能不适用于其他物种 | 研究细胞特定差异如何影响转录组的衰老表现 | 不同细胞类型在多种组织和年龄下的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | 启发式模型 | 转录组 | 小鼠的多样化组织和年龄的单细胞数据 |
| 10295 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq recognized the initiator of epithelial ovarian cancer recurrence
2022-Feb, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-021-02139-z
PMID:34992217
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别出上皮性卵巢癌复发的初始细胞 | 发现了CYR61“应激”亚群作为复发起始细胞，增进了对上皮性卵巢癌复发机制的理解 | 研究中样本可能存在的异质性未能完全消除 | 探究上皮性卵巢癌复发的起源及机制 | 来自原发、未治疗腹膜转移和复发肿瘤的13369个细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 13369个细胞 |
| 10296 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling and the use of AID deficient mice reveal that B cell activation combined with antibody class switch recombination and somatic hypermutation do not benefit the control of experimental trypanosomosis
2021-11, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1010026
PMID:34762705
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研究论文 | 本文研究了在AID缺失小鼠中B细胞活化与抗体类别转换和体细胞高突变对实验性锥虫病控制的影响 | 首次在锥虫感染小鼠的脾细胞上应用scRNA-seq分析，揭示了自然IgM在抗锥虫感染中的独特作用 | 研究主要集中在鼠模型中，可能无法完全反映人类感染的复杂性 | 探讨锥虫感染中B细胞的作用及其对宿主免疫反应的影响 | 锥虫感染的小鼠脾细胞及其B细胞反应 | 数字病理学 | 锥虫病 | scRNA-seq、流式细胞术、ELISA | NA | 细胞 | 锥虫感染的老鼠脾细胞 |
| 10297 | 2024-08-05 |
In silico analysis suggests disruption of interactions between HAMP from hepatocytes and SLC40A1 from macrophages in hepatocellular carcinoma
2021-May-17, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-021-00977-0
PMID:34001107
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研究论文 | 本研究通过分析HCC微环境中的细胞之间的相互作用，探讨肝癌的增殖机制 | 首次揭示了HAMP与SLC40A1之间的相互作用在肝细胞癌异常增殖中的重要性 | 尚需通过湿实验进行进一步验证 | 识别肝细胞癌及其旁癌组织中的增殖性肝细胞，并探讨其异常增殖的潜在作用 | 增殖性肝细胞及其在HCC和旁癌组织中的基因表达特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 使用了来自HCC及其旁癌组织的单细胞样本 |
| 10298 | 2024-08-05 |
Taming human brain organoids one cell at a time
2021-03, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2020.05.022
PMID:32718852
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review | 本综述总结了单细胞转录组技术在解析人脑类器官复杂性方面的最新方法、进展和挑战 | 文章创新在于整合了单细胞转录组学和新兴技术，以深入研究人脑发展和疾病特征 | 文章没有讨论具体的应用案例和局限性 | 研究人脑类器官的复杂性及其在发育过程中的基因调控 | 人脑类器官，特别是它们的细胞组成和发育起源 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10299 | 2024-08-05 |
Connect-seq to superimpose molecular on anatomical neural circuit maps
2020-02-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1912176117
PMID:32034095
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研究论文 | 本文描述了一种结合逆行病毒追踪和单细胞转录组学的方法，称为“Connect-seq”，用于揭示特定神经回路中上游神经元的分子身份及其信号分子 | Connect-seq方法的创新在于将分子图谱与神经解剖图谱叠加，实现对神经回路功能的分子和遗传学研究 | NA | 探究小鼠大脑神经回路内个体神经元的身份和功能 | 小鼠大脑中的下丘脑神经元，尤其是控制对恐惧和压力生理反应的神经元 | 数字病理 | NA | 逆行病毒追踪和单细胞转录组学 | NA | 分子图谱与神经解剖图谱 | NA |
| 10300 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of CD8 + T-cell memory inflation
2019, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.15115.1
PMID:31448339
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研究论文 | 本研究分析了持久病毒引起的CD8 T细胞记忆膨胀的转录组特征 | 定义了不同部位记忆膨胀的转录机制，并提供了T细胞记忆的转录图谱 | 未提及具体的局限性 | 探讨持久病毒和疫苗诱导的CD8 T细胞记忆膨胀的转录机制 | MCMV感染小鼠中的病毒特异性CD8 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自MCMV感染小鼠的特定T细胞群体 |