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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10281 | 2025-10-07 | NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma 
          2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202410918
          PMID:39889249
         | 研究论文 | 本研究开发了NGR修饰的CAF来源外泌体靶向肿瘤血管系统,通过诱导铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药 | 首次利用NGR修饰的CAF来源外泌体递送circ_0004872编码小肽,通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药 | NA | 克服骨肉瘤化疗耐药性 | 骨肉瘤细胞 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞转录组分析,高通量测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10282 | 2025-10-07 | Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway 
          2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202412124
          PMID:39899693
         | 研究论文 | 本研究揭示Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路影响心肌细胞增殖和心脏再生能力 | 首次发现Foxp1在损伤后心脏再生中的关键作用,并阐明其通过Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路调控心肌细胞代谢转换的新机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化价值仍需进一步验证 | 探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用机制 | 心肌细胞和心脏组织 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析、基因功能获得和缺失实验、腺相关病毒转染 | NA | 基因表达数据、细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10283 | 2025-10-07 | Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 
          2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202413702
          PMID:39921294
         | 研究论文 | 开发一种整合纵向MRI空间生境放射组学、转录组学和单细胞RNA测序的多模态模型,用于预测乳腺癌新辅助治疗后的病理完全缓解 | 首次将纵向MRI空间生境放射组学与转录组学、单细胞RNA测序相结合,能够捕捉新辅助治疗期间肿瘤异质性的动态变化 | 模型需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证以确认其普适性 | 预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解 | 乳腺癌患者 | 医学影像分析 | 乳腺癌 | 磁共振成像, 放射组学, 转录组学, 单细胞RNA测序 | 多模态模型 | 医学影像, 基因表达数据 | 2279名患者来自12个中心 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10284 | 2025-10-07 | Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 
          2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
          
         
          DOI:10.1007/s00262-024-03883-3
          PMID:39998563
         | 研究论文 | 本研究通过综合分析二硫化物死亡相关基因构建胃癌预后模型并验证其临床意义 | 首次基于二硫化物死亡相关基因建立胃癌预后特征模型,并通过单细胞测序和体外实验验证APC11基因的功能 | 研究样本量有限,需要更大规模临床队列验证模型的普适性 | 探索二硫化物死亡在胃癌发生发展中的作用并建立预后预测模型 | 胃癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序, siRNA, qRT-PCR, Western blot, CCK-8, Transwell实验 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10285 | 2025-10-07 | Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 
          2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
          
         
          DOI:10.1007/s00262-025-03968-7
          PMID:39998673
         | 研究论文 | 本研究通过空间转录组学等技术识别了弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有预后意义的LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞亚型 | 首次在DLBCL中发现LYZ+成纤维细胞与FN1+巨噬细胞的空间共定位及其预后价值 | 样本量相对有限(空间转录组学仅11例),需要在更大队列中验证 | 探索DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后意义 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者和非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学, bulk转录组学, 免疫组织化学, 多重免疫荧光, 自身抗体检测 | 单变量Cox回归, 随机森林分析 | 空间转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床数据 | 空间转录组学11例, bulk转录组学2499例, IHC 37例, mIF 56例, 血浆样本240例 | NA | 空间转录组学, bulk RNA-seq, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 | NA | NA | 
| 10286 | 2025-10-07 | CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 
          2025-Feb-24, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.183327
          PMID:39989461
         | 研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键作用及其与先天免疫细胞的相互作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示开颅手术感染中CD4+ T细胞的转录异质性及其与单核/巨噬细胞的广泛相互作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的免疫功能和作用机制 | 小鼠模型和人类开颅手术感染样本 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 细胞过继转移, 抗体中和实验 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10287 | 2025-10-07 | Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation 
          2025-Feb-13, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.185834
          PMID:39946196
         | 研究论文 | 本研究探讨衰老对机械通气期间肺细胞反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示衰老小鼠在机械通气下肺泡巨噬细胞炎症反应减弱和内皮细胞细胞连接形成改变的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未考虑性别差异;体外实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 探究衰老如何影响机械通气过程中的肺细胞反应和损伤易感性 | 年轻和老年雄性小鼠的肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,体外功能分析 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | 年轻和老年雄性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10288 | 2025-10-07 | Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome 
          2025-Feb-13, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.177545
          PMID:39946195
         | 研究论文 | 本研究通过EZH2抑制剂GSK503干预林奇综合征小鼠模型和结肠类器官,探索表观遗传调控在结直肠癌免疫预防中的作用机制 | 首次揭示EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强免疫反应,为林奇综合征携带者提供癌症预防新策略 | 研究基于小鼠模型和类器官,临床转化效果需进一步验证 | 开发针对林奇综合征的免疫干预策略以预防结直肠癌发生 | 林奇综合征小鼠模型和体外培养的结肠类器官 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, ChIP测序, 表观遗传分析 | 动物模型, 类器官模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA | 
| 10289 | 2025-10-07 | Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 
          2025-Feb-12, Cell genomics
          
          IF:11.1Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766
          PMID:39914388
         | 研究论文 | 开发了一种名为CLEANSER的混合模型,用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 | 利用CRISPR混合实验表征环境gRNA,开发了包含gRNA和细胞特异性归一化参数的混合模型 | NA | 提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配准确性 | 单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序CRISPR筛选 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10290 | 2025-10-07 | Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation 
          2025-Feb-10, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.165837
          PMID:39927460
         | 研究论文 | 本研究揭示了脂肪酸氧化代谢通路在调控肺祖细胞修复和肺纤维化发展中的关键作用 | 首次发现脂肪酸氧化基因在IPF肺脏肺泡上皮细胞中表达显著降低,并证明CPT1a缺失导致肺祖细胞获得异常中间状态 | 研究主要基于小鼠模型,在人类疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 探究代谢通路在肺泡再生和肺纤维化发展中的作用机制 | 肺祖细胞、肺泡上皮细胞、小鼠模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、组织染色、基因抑制、药物抑制 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | IPF患者肺组织、基因工程小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10291 | 2025-10-07 | Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics 
          2025-Feb-04, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.187899
          PMID:39903528
         | 研究论文 | 本研究通过3D球体模型和空间转录组学探索淋巴管平滑肌瘤病中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的机制 | 首次结合空间转录组学和3D共培养球体模型揭示LAM发病机制中PDGFR/FGFR信号通路的关键作用,并发现索拉非尼比雷帕霉素更有效抑制细胞侵袭 | 研究主要基于体外模型,需要进一步体内验证;样本量有限 | 探索淋巴管平滑肌瘤病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病患者肺组织、原代LAM成纤维细胞、淋巴管内皮细胞和TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤细胞 | 空间转录组学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 空间转录组学, 激酶阵列, 3D球体共培养 | 3D球体模型 | 基因表达数据, 细胞侵袭数据 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 10292 | 2025-10-07 | RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas 
          2025-01-05, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-024-84719-z
          PMID:39757245
         | 研究论文 | 本研究探讨RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次系统揭示RBM47在胶质瘤免疫调节中的关键作用,并证实其在CD163+巨噬细胞中的富集特征 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 阐明RBM47在胶质瘤免疫景观塑造和肿瘤免疫应答中的功能 | 胶质瘤患者和正常组织样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 基因表达分析、免疫组织化学、免疫荧光、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、多组学数据 | TCGA训练组和CGGA验证组患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 
| 10293 | 2025-10-07 | Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214
          PMID:40151618
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析猪空肠组织,揭示不同驯化阶段猪品种间免疫细胞分化的特异性差异 | 首次构建猪空肠单细胞图谱,开发免疫细胞评估系统,发现驯化相关的品种特异性基因表达模式 | 样本数量有限,仅包含三个代表性猪品种 | 探究猪驯化过程中肠道免疫功能的进化变化 | 野猪、金华猪(中国地方品种)和杜洛克猪(集约化品种)的空肠组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),标记基因分析,细胞通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 26,246个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10294 | 2025-10-07 | Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 
          2025, International journal of genomics
          
          IF:2.6Q2
          
         
          DOI:10.1155/ijog/6915258
          PMID:40151638
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索骨肉瘤中的PANoptosis景观并构建预后模型 | 首次在骨肉瘤中系统研究PANoptosis(包含焦亡、凋亡和坏死性凋亡的细胞死亡机制)景观,并采用101种机器学习算法构建预后模型 | 需要在临床环境中进一步验证模型的实用性 | 探索骨肉瘤中PANoptosis的作用机制并开发预后预测模型 | 骨肉瘤患者样本 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | CoxBoost, 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 来自GEO数据库(GSE162454)和TARGET数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA | 
| 10295 | 2025-10-07 | Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 
          2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2023.11.11.566161
          PMID:38014345
         | 研究论文 | 开发了scShift深度学习框架,用于消除单细胞RNA测序数据中的批次效应并识别真实生物差异 | 通过扩展深度可识别模型实现了零样本表征能力,能够外推至未见过的生物状态如COVID-19后纤维化 | 需要大规模单细胞图谱数据进行训练,存在数据多样性过渡阈值 | 解决单细胞RNA测序数据分析中跨数据集批次效应的挑战 | 单细胞RNA测序数据,特别是肺纤维化状态 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 深度变分推断框架 | 单细胞RNA测序数据 | 超过200个训练模型,基于大规模单细胞图谱汇编 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10296 | 2025-10-07 | STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 
          2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbae685
          PMID:39764614
         | 研究论文 | 开发了一种名为STMGraph的空间上下文感知双视图动态深度学习框架,用于空间转录组数据分析 | 提出双重掩码机制与动态图注意力模型相结合的方法,通过建立双解码视图共享特征,并利用自监督从两个不同视角更新图连接关系 | NA | 提高空间转录组数据分析的准确性和鲁棒性,实现微环境异质性检测、空间域聚类和批次效应校正 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 动态图注意力模型(DGAT), 深度学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 10297 | 2025-10-07 | Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 
          2024-Sep, eNeuro
          
          IF:2.7Q3
          
         
          DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024
          PMID:39260891
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术全面分析小鼠和人类视网膜神经元中钙结合蛋白亚家族的表达谱 | 首次在单细胞分辨率下系统比较小鼠和人类视网膜神经元中CaBP1-5的表达模式,发现双极细胞共表达多种CaBP而非单一蛋白 | 研究主要基于转录组数据,蛋白质水平验证不足;功能机制研究有待深入 | 阐明CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜神经元中的表达模式和潜在功能 | 小鼠和人类视网膜神经元(包括无长突细胞、神经节细胞、水平细胞和双极细胞) | 单细胞转录组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,单细胞逆转录聚合酶链反应 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类视网膜神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10298 | 2025-10-07 | iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 
          2024-06-06, Genome biology
          
          IF:10.1Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13059-024-03289-5
          PMID:38844966
         | 研究论文 | 开发了一种整合组织图像和分子谱的多阶段统计方法iIMPACT,用于空间转录组学数据分析 | 首次将AI重建的组织图像与基因表达空间背景相结合定义空间区域,克服了现有方法仅依赖分子信息的局限 | NA | 提高空间转录组学数据聚类分析的准确性和可解释性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | 多阶段统计方法 | 组织图像、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 10299 | 2025-10-07 | Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice 
          2024-03-28, Blood
          
          IF:21.0Q1
          
         
          DOI:10.1182/blood.2023021583
          PMID:38142410
         | 研究论文 | 本研究揭示了肝巨噬细胞通过清除ADAMTS13切割的VWF在镰状细胞贫血中的保护作用机制 | 首次发现Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群以去唾液酸化依赖方式清除VWF,并证明巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应至关重要 | 研究仅在镰状细胞贫血小鼠模型中进行,尚未在人类患者中验证 | 阐明肝巨噬细胞在镰状细胞贫血病理机制中的作用及ADAMTS13的保护机制 | 镰状细胞贫血小鼠模型及其肝巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 | 镰状细胞贫血小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA | 
| 10300 | 2025-10-07 | An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 
          2022-04-19, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.152011
          PMID:35439171
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现雌激素敏感成纤维细胞群驱动腹股沟疝小鼠模型中腹部肌肉纤维化 | 鉴定出两个潜在新型疝相关成纤维细胞群,其中Esr1hi成纤维细胞作为表达ECM修饰酶Mmp3hi细胞群的前体细胞 | 研究基于转基因小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探究雌激素驱动肌肉纤维化的细胞基础 | 人芳香酶基因转基因雄性小鼠(Aromhum)和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织 | 单细胞生物学 | 腹股沟疝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因和野生型小鼠的下腹部肌肉组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |