单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 10261 - 10280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10261 | 2024-08-04 |
Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance
2024-06-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03304-9
PMID:38886757
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研究论文 | 本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能 | 提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性 | 未提及具体的局限性 | 研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道 | 288种scRNA-seq分析管道和86个数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督机器学习模型 | 单细胞RNA-seq数据 | 288个分析管道和86个数据集 |
| 10262 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction
2024-Jun-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88942
PMID:38856719
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研究论文 | 本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用 | 研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性 | 研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据 | 深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法 | 研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型 | 数字病理学 | 糖尿病勃起功能障碍 | 单细胞 RNA 测序 | NA | RNA数据 | 研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本 |
| 10263 | 2024-08-04 |
Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics
2024-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47152-4
PMID:38565531
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研究论文 | 该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。 | Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。 | 研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。 | 研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。 | 研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。 | 数字病理学 | NA | 贝叶斯框架 | NA | 空间转录组数据 | 多种空间转录组平台生成的数据 |
| 10264 | 2024-08-04 |
Understanding testicular single cell transcriptional atlas: from developmental complications to male infertility
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1394812
PMID:39055054
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综述 | 这篇文章讨论了睾丸单细胞转录组研究以及其与男性不育的关系 | 强调了单细胞RNA测序在测试材料基因表达中的优势和应用 | 关于睾丸转录组以及相关疾病的全面评论仍然有限 | 旨在深入理解睾丸的转录组特征与男性生育力之间的关系 | 主要关注睾丸内不同细胞类型的基因表达特征 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10265 | 2024-08-05 |
The Sex and Age-Associated Infiltration of B Cells May Result in the Dimorphic Behaviors Observed in Papillary Thyroid Carcinomas
2024, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S467704
PMID:39055976
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研究论文 | 这项研究探讨了性别和年龄在乳头状甲状腺癌中的差异性浸润机制 | 揭示了与性别和年龄有关的B细胞浸润如何影响甲状腺癌的生物表现 | 仅分析了2261名患者的临床病理特征，可能影响结果的普遍性 | 阐明性别和年龄对乳头状甲状腺癌发病机制的影响 | 针对2261名乳头状甲状腺癌患者进行综合分析 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多变量逻辑回归分析 | 基因表达数据 | 2261名患者和497个样本的基因表达信息 |
| 10266 | 2024-08-05 |
Cross-species single-cell landscapes identify the pathogenic gene characteristics of inherited retinal diseases
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1409016
PMID:39055259
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研究论文 | 该研究通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了与遗传性视网膜疾病（IRD）相关的致病基因特征。 | 研究建立了视网膜细胞的全景表达视图，并揭示了不同物种间的基因表达模式以及细胞特异性调控网络。 | 研究可能存在对细胞类型及其功能复杂性理解不足的局限性。 | 本研究旨在理解遗传性视网膜疾病的临床表现及其致病基础。 | 研究对象为来自三种物种（人类、小鼠和斑马鱼）的视网膜样本，涉及259,087个细胞。 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 35个视网膜样本，来自3种物种 |
| 10267 | 2024-08-05 |
Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis
2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004
PMID:32169803
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研究论文 | 本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段 | 提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法 | 需高实验成本和较长的实验周期 | 开发计算方法以识别发育标记的有效基因 | 人类植入前胚胎发育的关键基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量机(SVM) | 基因表达数据 | 1,881个基因 |
| 10268 | 2024-08-05 |
Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data
2020-03-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15295-9
PMID:32188848
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程 | Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法 | 对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性 | 研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程 | 通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别 | 数字病理学 | 肿瘤异质性 | RNA测序 | 自编码器 | transcriptomic 数据 | NA |
| 10269 | 2024-08-04 |
A global view of altered ligand-receptor interactions in bone marrow aging based on single-cell sequencing
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.020
PMID:39050783
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研究论文 | 基于单细胞转录组测序检测骨髓衰老的配体-受体相互作用 | 首次系统性探讨了衰老对骨髓配体-受体相互作用的影响 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 了解衰老对骨髓的细胞间通讯的影响 | 对年轻和老年小鼠的骨髓细胞进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 研究涉及384,124条相互作用和16种骨髓细胞类型 |
| 10270 | 2024-08-05 |
LiverSCA: A comprehensive and user-friendly cell atlas in human hepatocellular carcinoma
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.031
PMID:39050786
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研究论文 | 我们开发了一个名为LiverSCA的细胞图谱，旨在支持肝癌相关的研究 | 提供了一个用户友好的网络界面和全面的功能，使研究人员能够轻松访问肝癌肿瘤微环境的细胞和分子景观 | NA | 帮助研究人员在肝癌研究中快速而便捷地探索细胞和分子特征 | 人类肝细胞癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 10271 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of ferroptosis and stemness based on single-cell and bulk RNA-sequencing data provide insights into the prognosis and treatment of esophageal carcinoma
2024-Nov-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148701
PMID:38885819
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研究论文 | 本研究基于单细胞和大规模RNA测序数据，探讨了铁死亡与干性在食管癌预后和治疗中的作用 | 构建了一个新颖的与铁死亡相关的干性标记，并识别了两个在食管癌中的标记基因 | 缺乏对铁死亡相关基因与干性标志物在ESCA预后中的联合作用的深入研究 | 探讨铁死亡及干细胞特征对食管癌患者预后和治疗的影响 | 未治疗的食管癌样本中的干细胞与血流动力学相关基因 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 18个未治疗的食管癌样本 |
| 10272 | 2024-08-05 |
IL-17 signaling pathway: A potential therapeutic target for reducing skeletal muscle inflammation
2024-Sep, Cytokine
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cyto.2024.156691
PMID:38986253
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研究论文 | 该研究探讨了IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的作用及其治疗潜力 | 研究首次揭示IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的重要性，并探讨了抗IL-17抗体的治疗效果 | 尚未充分研究IL-17信号通路与其他炎症通路之间的相互作用 | 研究IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 使用小鼠模型研究IL-17信号通路与骨骼肌炎症的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），酶联免疫吸附实验（ELISA），免疫荧光，Western blot | NA | NA | 使用C57BL6/J小鼠模型进行实验 |
| 10273 | 2024-08-04 |
FASN-mediated fatty acid biosynthesis remodels immune environment in Clonorchis sinensis infection-related intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Aug, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.016
PMID:38508240
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研究论文 | 本文探讨了克隆氏姜蚴感染相关的肝内胆管癌(iCCA)的临床影响及其潜在分子特征。 | 提供了关于FASN介导的脂肪酸生物合成在克隆氏姜蚴感染相关iCCA中的作用的新见解，并展示了FASN抑制剂与免疫疗法联合使用的潜力。 | 当前研究的分子特征尚不够明确，可能需要进一步的验证和探索。 | 研究克隆氏姜蚴感染与肝内胆管癌之间的关系，以及对免疫微环境的影响。 | 251名来自三个医疗中心的肝内胆管癌患者。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序、RNA测序、代谢组学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因组数据和代谢组数据 | 251名肝内胆管癌患者 |
| 10274 | 2024-08-05 |
Astrocyte-specific activation of sigma-1 receptors in mPFC mediates the faster onset antidepressant effect by inhibiting NF-κB-induced neuroinflammation
2024-Aug, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.06.008
PMID:38852761
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研究论文 | 本研究探讨了σ-1受体的星形胶质细胞特异性激活如何通过抑制NF-κB引起的神经炎症，从而中介更快速的抗抑郁药效应 | 本研究首次揭示了YL-0919对抗抑郁效果的星形胶质细胞特异性机制，并强调了σ-1受体在快速抗抑郁中的关键作用 | 本研究专注于小鼠模型，可能限制了结果的广泛适用性 | 本研究旨在揭示YL-0919在抑郁样小鼠中通过星形胶质细胞激活σ-1受体的机制 | 本研究的研究对象为抑郁样小鼠及其星形胶质细胞 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个抑郁样小鼠样本 |
| 10275 | 2024-08-05 |
Characterize molecular signatures and establish a prognostic signature of gastric cancer by integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2024-Jul-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01168-w
PMID:39044041
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，特征化胃癌的分子特征并建立预后特征。 | 通过整合不同维度的数据，识别了226个候选标记基因，并开发了一个高预测准确度的预后模型。 | 疾病的异质性和分子交互的复杂性仍然是挑战。 | 研究胃癌的分子基础，开发个性化治疗策略的预后模型。 | 关注胃癌患者的分子特征和相关的临床参数。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和大规模RNA测序(bulk RNA-seq) | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 10276 | 2024-08-05 |
Characterization of cuproptosis signature in clear cell renal cell carcinoma by single cell and spatial transcriptome analysis
2024-Jul-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01162-2
PMID:39044005
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组分析对清细胞肾细胞癌中的铜死亡特征进行了表征 | 首次系统研究了铜死亡相关基因与清细胞肾细胞癌肿瘤微环境的关联 | 仅研究了清细胞肾细胞癌，未涉及其他类型肿瘤 | 探讨铜死亡在清细胞肾细胞癌中的作用及其与肿瘤微环境的关系 | 清细胞肾细胞癌的不同阶段的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组测序 | NA | RNA序列数据 | 多阶段清细胞肾细胞癌的样本集 |
| 10277 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis unveils immunosuppressive microenvironment in the occurrence and development of multiple pulmonary lung cancers
2024-Jul-23, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00651-5
PMID:39043808
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研究论文 | 本研究揭示了多发性肺癌中免疫抑制微环境的特征 | 研究首次全面调查了与不同影像学或病理特征相关的多发性肺癌的分子和免疫特征 | 未提供关于样本来源的详细信息及样本数量的具体分布 | 研究多发性肺癌的发生与发展与其免疫微环境之间的关系 | 收集了27个肺结节及相应的正常组织和血液样本进行分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 全外显子测序（WES）和全转录组测序 | NA | 组织样本，血液样本 | 27个肺结节及匹配的正常组织和血液样本 |
| 10278 | 2024-08-05 |
P53 Activation Promotes Maturational Characteristics of Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes in 3-Dimensional Suspension Culture Via FOXO-FOXM1 Regulation
2024-Jul-02, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.033155
PMID:38934864
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研究论文 | 本研究探讨了p53激活如何通过调节FOXO和FOXM1的平衡来促进人诱导多能干细胞衍生心肌细胞的成熟特性 | 首次揭示了p53激活在三维悬浮培养中促进hiPSC-CM成熟的机制 | 研究样本量较小，仅为每组3到6个样本，可能影响结果的普遍性 | 研究hiPSC-CM的成熟机制，以促进其临床转化 | 人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 每组3到6个hiPSC-CM样本 |
| 10279 | 2024-08-04 |
Leveraging single-cell sequencing analysis and bulk-RNA sequencing analysis to forecast necroptosis in cutaneous melanoma prognosis
2024-Jul, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15148
PMID:39051739
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序和普通RNA测序分析预测皮肤黑色素瘤中的坏死性凋亡 | 研究中提出了一种通过机器学习算法构建的与坏死性凋亡相关的标志（NRS），并验证了其在多组中的预后能力 | 研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在数据的代表性和准确性问题 | 探讨坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤预后中的作用 | 主要研究对象为皮肤黑色素瘤患者的细胞，包括不同类型的细胞团和相关基因表达模式 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞测序，普通RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 共分析了四个队列的黑色素瘤数据，包括一个TCGA和三个GEO队列 |
| 10280 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptome Landscape and Cell Fate Decoding in Human Brain Organoids after Transplantation
2024-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402287
PMID:38711218
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研究论文 | 本文探讨了人脑类器官移植后细胞命运的变化 | 研究揭示了移植后人脑类器官的细胞命运与宿主细胞接近的规律 | 未能详细探讨不同大脑区域对细胞命运的影响机制 | 探讨人脑类器官移植后细胞命运变化的机制 | 人类脑类器官及其移植后命运的细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 多个用于比较移植前后及不同大脑区域的样本 |