单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28027 篇文献，本页显示第 10261 - 10280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10261 | 2024-08-23 |
Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila
2023-Oct-09, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256475
PMID:37603128
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNAi筛选和生物信息学分析，鉴定了影响果蝇卵巢生殖干细胞（GSCs）发育的基因，特别是名为eggplant（eggpl）的基因 | 首次鉴定并命名了eggplant基因，并揭示了其在调节生殖细胞增殖和分化中的作用 | NA | 探索调节果蝇早期生殖细胞发育的信号网络 | 果蝇卵巢生殖干细胞（GSCs）及其发育过程中的基因调控 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括34个在早期生殖细胞发育中表达上调的基因和19个可能调节生殖细胞分化的基因 |
| 10262 | 2024-08-23 |
Tertiary lymphoid structures correlate with enhancement of antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma
2023-10, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02396-7
PMID:37604932
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研究论文 | 本文研究了三级淋巴结构（TLSs）与食管鳞状细胞癌（ESCC）预后及肿瘤免疫微环境（TIME）的关系 | 首次探讨了TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究样本量有限，且仅限于ESCC组织 | 探讨TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 180例ESCC组织样本及14例ESCC组织的单细胞RNA测序 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 180例ESCC组织样本及14例ESCC组织 |
| 10263 | 2024-08-23 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.17.553733
PMID:37645822
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研究论文 | 研究探讨了肥胖状态下膈肌功能障碍与血栓调节蛋白-1（THBS1）的关系 | 首次揭示THBS1在肥胖诱导的膈肌纤维脂肪性基质扩张和收缩功能障碍中的作用 | 研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体研究验证 | 探究肥胖状态下膈肌功能障碍的病理生理机制 | 肥胖小鼠的膈肌功能 | NA | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 野生型和敲除小鼠的膈肌样本 |
| 10264 | 2024-08-23 |
Toward modeling metabolic state from single-cell transcriptomics
2022-03, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101396
PMID:34785394
|
研究论文 | 本文总结了单细胞代谢测量和建模方法的当前状态，并探讨了计算技术在预测单细胞代谢中的应用 | 提出利用先验代谢网络知识结合可测量组学层数据进行代谢状态预测，并探讨了潜在的模型扩展和计算方法 | 单细胞水平的代谢测量存在可扩展性和敏感性不足的问题，且目前无法与测量转录状态同时进行 | 探索单细胞代谢建模的新方法，以更好地理解细胞功能 | 单细胞代谢状态的测量和建模 | 生物信息学 | NA | 计算建模 | 路径级分析、基于约束的建模和动力学建模 | 转录组数据 | NA |
| 10265 | 2024-08-23 |
Multiomic characterization of pancreatic cancer-associated macrophage polarization reveals deregulated metabolic programs driven by the GM-CSF-PI3K pathway
2022-02-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73796
PMID:35156921
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研究论文 | 本文通过体外培养肿瘤教育巨噬细胞（TEMs）并进行多组学分析，揭示了胰腺癌相关巨噬细胞极化的独特遗传和代谢特征 | 本文首次揭示了胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）的独特遗传和代谢特征，并确定了新的代谢标记物，如ARG1、ACLY和TXNIP | 本文主要依赖于体外模型系统，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于体内环境 | 研究胰腺癌相关巨噬细胞的极化特征及其在疾病进展中的作用 | 胰腺癌相关巨噬细胞（TAMs）及其极化特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 10266 | 2024-08-23 |
Benchmarking clustering algorithms on estimating the number of cell types from single-cell RNA-sequencing data
2022-02-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02622-0
PMID:35135612
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研究论文 | 本文系统地评估了多种流行的聚类算法在估计单细胞RNA测序数据中细胞类型数量的性能 | 首次系统地比较了多种聚类算法在不同设置下单细胞RNA测序数据中细胞类型数量估计的性能 | 研究主要基于Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，可能需要进一步验证在其他数据集上的适用性 | 评估和比较不同聚类算法在单细胞RNA测序数据中估计细胞类型数量的性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型数量估计 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 基因表达数据 | 使用Tabula Muris和Tabula Sapiens数据集，包含不同数量和比例的细胞类型 |
| 10267 | 2024-08-23 |
Abnormal respiratory progenitors in fibrotic lung injury
2022-02-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-022-02737-y
PMID:35130980
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和上皮细胞系标记技术在识别纤维化肺损伤后肺泡再生过程中异常上皮祖细胞群体方面的最新进展 | 识别了多种在肺泡II型细胞向I型细胞分化过程中出现的异常上皮祖细胞群体，包括基底样细胞、II型细胞过渡细胞和持续性上皮祖细胞 | NA | 深入理解这些新发现的、由损伤诱导的异常行为上皮祖细胞的特征和功能，以及调控其表型的信号通路，以期为纤维化肺疾病提供独特的治疗靶点 | 异常上皮祖细胞及其在肺泡再生中的作用 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 10268 | 2024-08-23 |
SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids
2022-02-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.12.010
PMID:35032430
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研究论文 | 本文报道了SARS-CoV-2直接感染人类肾脏细胞，并在患者尸检样本中观察到与肾小管间质纤维化增加相关。通过感染人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官，研究了病毒对肾脏的直接影响，发现感染细胞出现损伤和去分化，激活了促纤维化信号通路，并增加了胶原蛋白1的表达。 | 首次揭示了SARS-CoV-2直接感染肾脏细胞并诱导细胞损伤和纤维化的机制，并发现SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂能减轻肾脏细胞的感染。 | 研究主要集中在体外肾脏类器官模型，尚未在临床试验中验证这些发现。 | 探究SARS-CoV-2对人类肾脏的直接影响及其与肾脏纤维化的关系。 | 人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官和患者尸检样本。 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 10269 | 2024-08-23 |
Single-cell transcriptomics identifies Gadd45b as a regulator of herpesvirus-reactivating neurons
2022-02-03, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202153543
PMID:34842321
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH）技术，探讨了人类神经亲和性病毒——单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化 | 首次识别出应激传感器Gadd45b作为调节HSV-1再激活事件的关键抗病毒宿主因子，并揭示了Gadd45b在亚群潜伏感染初级神经元中的独特亚细胞定位特征 | NA | 探究宿主细胞与潜伏感染细胞中病毒病原体之间的相互作用 | 单纯疱疹病毒1型（HSV-1）再激活时宿主单细胞转录组的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子灵敏度荧光原位杂交（smFISH） | NA | 转录组 | 潜伏感染的初级神经元亚群 |
| 10270 | 2024-08-23 |
New horizons in the stormy sea of multimodal single-cell data integration
2022-01-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2021.12.012
PMID:35063095
|
综述 | 本文综述了多模态单细胞数据整合的生物信息学挑战和实验设计挑战 | 探讨了整合多模态单细胞数据以识别高度特异的细胞亚群和推断因果生物机制的新方法 | NA | 设计、执行和分析多模态单细胞实验，以学习新的因果和机制生物学 | 多模态单细胞数据整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 多模态数据 | NA |
| 10271 | 2024-08-23 |
Single-cell sequencing reveals lineage-specific dynamic genetic regulation of gene expression during human cardiomyocyte differentiation
2022-01, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009666
PMID:35061661
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从诱导多能干细胞到心肌细胞分化过程中基因表达的动态遗传调控 | 本研究采用灵活的方法来映射动态eQTL，这些eQTL的效果在分叉分化轨迹的过程中显著变化，并且特定于某一谱系 | NA | 揭示人类心肌细胞分化过程中基因表达的谱系特异性动态遗传调控 | 从诱导多能干细胞到心肌细胞的分化过程中的基因调控变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 19个人类细胞系，在7个独特的时间点采样 |
| 10272 | 2024-08-23 |
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Acute Myocardial Infarction
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.908815
PMID:35844519
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性心肌梗死患者外周血单个核细胞的转录组特征 | 首次揭示了在斑块破裂和非破裂情况下，不同免疫细胞亚群在急性心肌梗死中的具体作用 | 样本量较小，仅包括10名患者 | 探讨急性心肌梗死患者中斑块破裂与非破裂情况下循环免疫细胞的差异 | 急性心肌梗死患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10名急性心肌梗死患者 |
| 10273 | 2024-08-23 |
RNA-Seq of Single Fish Cells - Seeking Out the Leukocytes Mediating Immunity in Teleost Fishes
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.798712
PMID:35140719
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在硬骨鱼类免疫系统研究中的应用，特别是揭示白细胞亚群及其相互作用对整体免疫反应的贡献 | 单细胞RNA测序技术揭示了白细胞群体的意外可塑性和异质性，改变了免疫学的几个长期范式 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在硬骨鱼类免疫系统中的应用，揭示白细胞亚群的个体贡献及其相互作用 | 硬骨鱼类的白细胞及其在免疫反应中的作用 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个鱼细胞 |
| 10274 | 2024-08-23 |
Joint Clustering of Single-Cell Sequencing and Fluorescence In Situ Hybridization Data for Reconstructing Clonal Heterogeneity in Cancers
2021-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0255
PMID:34612714
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研究论文 | 本文开发了一种联合聚类方法，结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，以更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 提出了一种概率框架，通过马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归优化，以最大化给定预聚类数据集的潜在变量的概率 | 现有的方法在通过倍性变化解析肿瘤进化方面能力有限 | 旨在通过结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞DNA测序（scSeq）和多重间期荧光原位杂交（miFISH） | 马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 使用模拟数据和一个胶质母细胞瘤（GBM）病例进行验证，并在两个GBM病例中应用该方法 |
| 10275 | 2024-08-23 |
Scaling up reproducible research for single-cell transcriptomics using MetaNeighbor
2021-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00575-5
PMID:34234317
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研究论文 | 本文介绍了使用MetaNeighbor方法进行单细胞转录组数据的可重复性研究 | 提出了一种高效且稳健的细胞类型可重复性量化方法MetaNeighbor，该方法保持数据集独立性并具有高度可扩展性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的可重复性和通用性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百万个细胞 |
| 10276 | 2024-08-23 |
Opposing immune and genetic mechanisms shape oncogenic programs in synovial sarcoma
2021-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-01212-6
PMID:33495604
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研究论文 | 本研究通过综合运用单细胞RNA测序、空间分析以及遗传和药理学扰动，探讨了滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用 | 揭示了滑膜肉瘤中由SS18-SSX融合驱动的恶性细胞状态，并发现这种状态可被HDAC和CDK4/CDK6抑制剂联合治疗增强其免疫原性 | NA | 研究滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用及其治疗策略 | 滑膜肉瘤中的恶性细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 滑膜肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16,872个细胞来自12个人类滑膜肉瘤肿瘤 |
| 10277 | 2024-08-23 |
Long-Term Storage Does Not Affect the Expression Profiles of mRNA and Long Non-Coding RNA in Vitrified-Warmed Human Embryos
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751467
PMID:35178066
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研究论文 | 本研究探讨了长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的影响 | 首次揭示了长期存储后的人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的稳定性 | 研究样本量较小，且仅限于特定年龄段的女性 | 探究长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达的影响 | 人类胚胎中的mRNA和长非编码RNA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名女性，包括3个新鲜八细胞胚胎和8个存活下来的冷冻解冻八细胞胚胎 |
| 10278 | 2024-08-23 |
Building vs. Rebuilding Epidermis: Comparison Embryonic Development and Adult Wound Repair
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.796080
PMID:35145968
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综述 | 本文比较了胚胎发育与成人伤口修复过程中表皮重建的相似性与差异性 | 利用单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像技术揭示了以往无法检测到的亚群、长期细胞命运和动态细胞行为 | NA | 探讨成人伤口修复与胚胎组织发育在表皮方面的异同 | 表皮组织 | NA | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA |
| 10279 | 2024-08-23 |
Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomic Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.785290
PMID:35154244
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综述 | 本文综述了空间转录组技术的核心概念及其分析和可视化方法 | 空间转录组技术能够在保留空间信息的同时测量转录组信息，扩展了分析和可视化的可能性 | NA | 总结空间基因组技术的核心概念并全面回顾当前的空间转录组分析和可视化方法 | 人类和动物组织的异质细胞类型及其空间结构 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 10280 | 2024-08-22 |
Blood Lipoproteins Shape the Phenotype and Lipid Content of Early Atherosclerotic Lesion Macrophages: A Dual-Structured Mathematical Model
2024-Aug-02, Bulletin of mathematical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s11538-024-01342-9
PMID:39093509
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研究论文 | 本文开发了一种双结构数学模型，用于研究早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型和脂质含量 | 提出了一个数学模型，通过分析低密度脂蛋白（LDL）和高密度脂蛋白（HDL）的血液密度，来理解巨噬细胞表型和脂质含量的关系 | 需要通过单细胞RNA测序数据来验证模型 | 探讨早期动脉粥样硬化病变中巨噬细胞的表型分布及其与脂质含量的关系 | 早期动脉粥样硬化病变中的巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | NA | 数学模型 | NA | NA |