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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10241 | 2025-10-07 |
Targeting HIF-2α in glioblastoma reshapes the immune infiltrate and enhances response to immune checkpoint blockade
2025-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05642-8
PMID:40095115
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研究论文 | 本研究探索靶向HIF-2α在胶质母细胞瘤中重塑免疫浸润并增强免疫检查点阻断疗效的作用机制 | 首次揭示HIF-2α在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用,并证明HIF-2α抑制剂PT2385与免疫检查点阻断疗法的协同效应 | 研究基于小鼠GL261胶质母细胞瘤模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究靶向HIF-2α对胶质母细胞瘤免疫微环境的调控作用及其与免疫治疗的协同机制 | GL261小鼠胶质母细胞瘤模型、肿瘤相关小胶质细胞/巨噬细胞、调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、体外细胞培养 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | GL261小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10242 | 2025-10-07 |
Transcriptional heterogeneity shapes stress-adaptive responses in yeast
2025-Mar-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57911-6
PMID:40097446
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索酵母在渗透胁迫适应过程中的转录异质性及其对细胞适应性决策的影响 | 首次系统性地揭示了酵母渗透胁迫响应程序的转录异质性模式,并建立了转录异质性与细胞适应性之间的直接联系 | 研究仅针对酵母模型,结果在其他生物系统中的普适性需要进一步验证 | 阐明转录异质性在酵母应激适应性响应中的分子机制和功能意义 | 酵母细胞及其300多个RNA条形码缺失突变体 | 单细胞生物学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 300多个RNA条形码缺失突变体 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10243 | 2025-10-07 |
Unraveling shared diagnostic genes and cellular microenvironmental changes in endometriosis and recurrent implantation failure through multi-omics analysis
2025-Mar-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93146-7
PMID:40097519
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研究论文 | 通过多组学分析揭示子宫内膜异位症和复发性种植失败的共享诊断基因及细胞微环境变化 | 首次整合转录组和单细胞测序数据系统分析EMs和RIF的共享分子机制,并利用机器学习筛选出PDIA4和PGBD5作为新型共享诊断生物标志物 | 研究结果仍需在更大规模队列中验证,治疗潜力有待进一步探索 | 探索子宫内膜异位症和复发性种植失败的共同病理机制和诊断标志物 | 子宫内膜异位症和复发性种植失败患者 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症,复发性种植失败 | 转录组测序,单细胞测序,机器学习,基因集富集分析,ceRNA网络分析 | 随机森林,XGBoost | 基因表达数据,单细胞数据 | GEO数据库中的转录组和单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
10244 | 2025-10-07 |
Exploring mitochondrial and ferroptotic mechanisms for systemic lupus erythematosus biomarker identification and therapy
2025-Mar-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93872-y
PMID:40097571
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析探索系统性红斑狼疮中线粒体和铁死亡相关机制,建立诊断预测模型并筛选潜在治疗药物 | 首次结合线粒体相关基因和铁死亡相关基因评分,通过单细胞多组学分析揭示SLE细胞异质性,并开发高精度诊断预测模型 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探索系统性红斑狼疮的分子机制并开发诊断生物标志物和治疗方法 | 系统性红斑狼疮患者基因表达数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 分子对接 | 机器学习算法, 高维加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
10245 | 2025-10-07 |
Neutrophil extracellular trap-derived double-stranded RNA aggravates PANoptosis in renal ischemia reperfusion injury
2025-Mar-17, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02145-8
PMID:40098148
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研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞胞外诱捕网来源的双链RNA通过TLR3信号通路加剧肾缺血再灌注损伤中近端肾小管上皮细胞的PANoptosis | 首次发现NETs来源的dsRNA通过TLR3信号通路促进肾IRI中的PANoptosis,并鉴定RIPK1-PANoptosomes在此过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究中性粒细胞胞外诱捕网在肾缺血再灌注损伤中促进PANoptosis的具体机制 | 小鼠肾缺血再灌注损伤模型中的近端肾小管上皮细胞 | 分子生物学 | 肾缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除,化学抑制剂 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10246 | 2025-10-07 |
Metabolic state uncovers prognosis insights of esophageal squamous cell carcinoma patients
2025-Mar-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06087-0
PMID:40098145
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研究论文 | 本研究通过整合代谢物-蛋白质相互作用网络和多尺度转录组学数据,首次全面绘制了食管鳞状细胞癌微环境的代谢图谱 | 首次在ESCC微环境中全面绘制代谢图谱,识别了16种代谢状态和4种预后亚型,揭示了细胞解毒过程失活与不良预后的关联 | 研究基于转录组数据推断代谢状态,需要实验验证代谢功能的实际变化 | 探索食管鳞状细胞癌微环境中代谢状态与预后的关系 | 食管鳞状细胞癌患者和肿瘤微环境中的细胞 | 生物信息学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据,批量样本转录组数据 | 64个ESCC样本中的208,659个细胞,两个独立队列(n=79和119) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10247 | 2025-10-07 |
Independent signaling pathways provide a fail-safe mechanism to prevent tumorigenesis
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.28.640798
PMID:40093137
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示EGFR-Ras和Hh信号通路在防止肿瘤发生中的独立作用机制 | 发现非相互作用的信号通路在转录水平上汇聚以防止恶性细胞行为的新机制 | 研究局限于果蝇滤泡细胞谱系,未在哺乳动物系统中验证 | 探究促增殖信号对上皮稳态的影响及其在肿瘤发生中的作用 | 果蝇滤泡细胞谱系 | 单细胞转录组学 | 肿瘤发生 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10248 | 2025-10-07 |
The trabecular and compact myocardium of adult vertebrate ventricles are transcriptionally similar despite morphological differences
2025-Mar, Annals of the New York Academy of Sciences
IF:4.1Q1
DOI:10.1111/nyas.15296
PMID:39934982
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研究论文 | 本研究通过转录组学分析揭示了成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌在转录水平上的相似性 | 首次系统比较了多种脊椎动物胚胎期和成年期心肌的转录组差异,挑战了传统认为致密心肌与小梁心肌存在本质功能差异的观点 | 研究主要基于转录组数据分析,缺乏功能验证实验;物种覆盖范围有限 | 探究脊椎动物心脏进化过程中致密心肌与小梁心肌的转录组差异及其发育动态 | 小鼠、人类、斑胸草雀、斑马鱼和金枪鱼的心肌组织 | 转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多种脊椎动物物种的心肌样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
10249 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia
2025-Mar, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70276
PMID:40097329
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析支气管肺发育不良患者外周血单个核细胞的免疫特征 | 首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体分析揭示BPD免疫机制,发现BTLA-TNFRSF14信号轴的关键作用 | 样本量有限,主要发现需在动物模型中验证 | 阐明支气管肺发育不良的免疫学机制 | 早产儿外周血单个核细胞及小鼠BPD模型 | 单细胞组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序,T/B细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 早产儿BPD患者和健康对照的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10250 | 2025-10-07 |
Intratumoral Heterogeneity and Immune Microenvironment in Hepatoblastoma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70482
PMID:40099956
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境特征 | 首次提供肝母细胞瘤的全面单细胞图谱,发现不同肿瘤区域具有不同的细胞组成和恶性程度,识别HMGB2作为潜在预后标志物 | 仅基于单个患者的样本,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索肝母细胞瘤的瘤内异质性和肿瘤免疫微环境特征 | 肝母细胞瘤患者三个肿瘤区域和邻近正常组织的细胞 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 43,592个细胞来自一个患者的三个肿瘤区域和邻近正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10251 | 2025-10-07 |
Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Feb-28, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1286
PMID:40104739
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌中癌症干细胞异质性及其对预后的影响 | 首次在单细胞水平系统揭示肝内胆管癌中不同癌症干细胞亚群的异质性特征及其与预后的关联 | 样本量有限,主要依赖公共数据库数据,需要更大规模临床验证 | 研究癌症干细胞异质性对肝内胆管癌预后的影响 | 肝内胆管癌患者样本和公共数据库中的单细胞RNA测序数据 | 单细胞组学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,生物信息学分析 | AUCell, CellChat, SCENIC, CIBERSORT | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,临床数据 | GSE142784数据集和TCGA数据库中的肝内胆管癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
10252 | 2025-10-07 |
Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr
2025-Feb-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1
PMID:40060050
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研究论文 | 开发了一种名为crumblr的可扩展统计方法,用于分析单细胞技术产生的细胞组成差异数据 | 采用精度加权线性混合模型处理计数比率数据,并能在细胞谱系层次结构的多个水平上进行统计检验,通过多元方法提高检测效力 | NA | 开发统计分析方法以识别细胞类型频率的变化 | 单细胞RNA测序数据集(涉及衰老、结核感染T细胞、前列腺癌骨转移和SARS-CoV-2感染) | 生物信息学 | 前列腺癌, 结核病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 线性混合模型 | 单细胞计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10253 | 2025-10-07 |
Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639959
PMID:40060489
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研究论文 | 评估小鼠大脑单细胞和单核RNA测序图谱中细胞簇的可重复性 | 使用全转录组邻域投票方法识别了2009对相互匹配的细胞簇对,并发现这些簇在多个物种数据集中具有一致的空间定位和协调的基因表达 | 下丘脑的高度异质性限制了细胞簇的可重复性,区分相近细胞簇比区分大多数其他簇更具挑战性 | 评估单细胞和单核RNA测序研究中细胞簇的生物学稳健性和可重复性 | 小鼠大脑细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 邻域投票算法 | 基因表达数据 | 超过400万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
10254 | 2025-10-07 |
Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639936
PMID:40060479
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研究论文 | 通过单细胞转录组元分析开发细胞类型无关的转录组特征,实现神经发育的跨数据集统一比较 | 开发了细胞类型无关的发育年龄预测模型,在人类和小鼠大脑中均表现出良好泛化能力 | NA | 建立统一的神经发育比较框架,预测细胞发育状态 | 人类和小鼠大脑发育细胞、人类神经类器官 | 生物信息学 | 神经发育疾病 | 单细胞转录组测序 | 正则化回归模型 | 单细胞转录组数据 | 超过280万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10255 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545
PMID:40103807
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习方法,构建了结直肠癌中信号素家族基因相关的预后评分系统 | 开发了包含10种机器学习算法及其101种组合的新型计算框架来构建SRS评分,并首次在结直肠癌中系统评估信号素家族基因的预后价值 | 研究样本量未明确说明,需要进一步验证SRS评分在独立队列中的临床应用价值 | 评估信号素家族基因在结直肠癌中的预后价值和免疫治疗意义 | 结直肠癌患者和癌细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞实验 | 10种机器学习算法组合 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10256 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of shoot apex reveals the mechanism of cyclin regulating cell division via auxin signaling pathway in Populus alba
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1555388
PMID:40104035
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研究论文 | 通过白杨茎尖单细胞RNA测序揭示了细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控细胞分裂的机制 | 首次在单细胞水平解析白杨茎尖发育过程中细胞周期蛋白和生长素信号通路的协同调控网络 | 研究仅基于两个生物学重复,样本量相对有限 | 探究细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控白杨叶片发育的分子机制 | 白杨(Populus alba)茎尖组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 扫描电子显微镜 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 29,011个细胞(来自两个生物学重复) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10257 | 2025-10-07 |
Multi-omics approach reveals the impact of prognosis model-related genes on the tumor microenvironment in medulloblastoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1477617
PMID:40104502
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研究论文 | 本研究通过多组学方法开发了髓母细胞瘤肿瘤微环境风险评分模型,用于预测患者预后并阐明生物学机制 | 首次构建了基于8个关键基因的TMErisk评分模型,并通过单细胞多组学和空间转录组学验证了模型基因在肿瘤微环境中的表达动态和空间分布 | 研究样本量有限,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 开发髓母细胞瘤肿瘤微环境相关风险评分模型并探索其生物学机制 | 髓母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组分析 | WGCNA,LASSO-COX,COX回归模型 | 基因表达数据,表观遗传数据,空间分布数据 | 322例天坛医院样本和763例GSE85217数据集样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
10258 | 2025-10-07 |
Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders
2024-Dec-02, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-04084-6
PMID:39623507
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综述 | 探讨造血干细胞异质性及年龄相关血小板分化偏倚对骨髓移植和血液疾病的影响 | 揭示血小板偏倚造血干细胞在衰老过程中的扩增现象及其跨物种进化保守性 | 当前研究方法存在局限性,需进一步优化技术手段 | 优化造血干细胞疗法并改善血液疾病临床结局 | 造血干细胞及其血小板分化偏倚现象 | 单细胞生物学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序,分子条形码 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10259 | 2025-10-07 |
Local Controlled Delivery of IL-4 Decreases Inflammatory Bone Loss in a Murine Model of Periodontal Disease
2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400332
PMID:39465979
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研究论文 | 本研究通过局部控制递送IL-4评估其在牙周病小鼠模型中减少炎症性骨丢失的效果 | 首次将IL-4封装于可生物降解聚合物载体中进行局部持续递送,并证明其能促进牙周组织修复和骨再生 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 评估靶向巨噬细胞的控释药物递送策略在慢性炎症治疗中的可行性 | 牙周病小鼠模型中的巨噬细胞和牙周组织 | 免疫治疗 | 牙周病 | 单细胞RNA测序,药物控释技术 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10260 | 2025-10-07 |
Endocytosis as a critical regulator of hematopoietic stem cell fate -implications for hematopoietic stem cell and gene therapy
2024-Sep-27, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03927-6
PMID:39334274
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评论 | 讨论MYCT1蛋白通过调控内吞作用和环境感知在造血干细胞维持中的新发现及其对造血干细胞和基因治疗的影响 | 揭示了MYCT1蛋白作为造血干细胞环境感知和干细胞特性维持的关键调控因子,这一机制先前未知 | 评论性文章,未进行原始实验研究,主要基于对已有研究的分析和讨论 | 探讨造血干细胞体外培养的瓶颈问题及新发现对细胞治疗和基因治疗的应用价值 | 造血干细胞,特别是脐带血造血干细胞 | 细胞生物学 | 血液系统疾病 | 基因敲降,过表达,单细胞RNA测序,移植实验 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |