单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10241	2024-08-05	Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis 2024-Jul-18, Biology DOI:10.3390/biology13070540 PMID:39056733	研究论文	这项研究通过单细胞转录组分析整合了现有的外源物体反应数据，识别了特定的基因特征	通过整合多个研究的数据，本研究识别了与外源物体反应相关的共同细胞特异性基因特征，提供了潜在的治疗靶点	个别研究的发现的普遍性可能有限	旨在通过元分析探索外源物体反应中的基因特征及细胞相互作用	FBR小鼠模型中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自多个FBR小鼠研究的整合数据集
10242	2024-08-05	Whole-genome sequences reveal zygotic composition in chimeric twins 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100301 PMID:38773773	研究论文	该研究使用全基因组测序揭示了嵌合双胞胎的合子组成	本研究首次精确理解双胞胎的合子组成，并展示了在血液组织中细胞交换的历史	研究仅限于一种特定的双胞胎和三胞胎家庭，样本量较小	探讨人类发育过程中双胞胎的细胞历史	研究了一个三胞胎家庭和一个双胞胎家庭的合子组成	数字病理学	NA	全基因组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，血液组织样本	一组三胞胎和一对双胞胎
10243	2024-08-05	Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells 2024-Jul-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202740 PMID:38884383	研究论文	该文章探讨了mRNA不稳定性如何增强小鼠生精细胞启动减数分裂的能力	本文首次揭示了MEIOC在减数分裂启动前促进生精细胞转录组变化的机制	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全推广至其他物种	研究MEIOC如何在生精细胞中分子层面上支持减数分裂的早期阶段	小鼠生精细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq和bulk RNA-seq	NA	转录组数据	开发同步的小鼠生精细胞样本
10244	2024-08-04	Diffusion on PCA-UMAP Manifold: The Impact of Data Structure Preservation to Denoise High-Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Jul-09, Biology DOI:10.3390/biology13070512 PMID:39056705	研究论文	该文章提出了一种基于PCA-UMAP扩散的方法来去噪高维单细胞RNA测序数据	通过使用PCA-UMAP扩散方法，增强了数据结构的保持，优化了PCA维度和扩散参数的使用	未明确提及	解决单细胞转录组学中数据噪声和低效转录捕获的问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	高维单细胞数据	经过多种scRNA-seq数据集验证
10245	2024-08-05	Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18564 PMID:39046884	研究论文	本文构建了一个基于人工智能的干性相关基因特征，解读肺腺癌预后和免疫治疗反应	该研究首次建立了干性相关基因特征，并分解了肺腺癌的预后和免疫治疗反应	研究中对干性基因特征与免疫环境的关联探索可能受到样本量和数据类型的限制	提升肺腺癌的预后准确性，以优化个性化免疫治疗策略	研究对象为肺腺癌（LUAD）细胞和相关基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	AI网络（传统回归、机器学习、深度学习）	基因组数据	使用LUAD细胞系进行的实验验证
10246	2024-08-05	Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis 2024-Jun-22, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics12070449 PMID:39058101	研究论文	这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来	研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响	具体对照组和长时间观察的数据可能不足	本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制	研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR)	NA	基因表达数据	培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs)
10247	2024-08-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用	识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献	缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析	研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据
10248	2024-08-05	Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00098.2023 PMID:37955336	研究论文	该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化	本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用	本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况	阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征	乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
10249	2024-08-04	Spatial transcriptomic profiling of isolated microregions in tissue sections utilizing laser-induced forward transfer 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0305977 PMID:39052564	研究论文	本研究提出了一种基于激光诱导前转移的新的空间转录组学分析方法。	创新点在于结合了激光诱导前转移和全长mRNA测序协议，实现了特定区域组织的基因表达分析。	暂未提及该方法的实际应用限制，可能需要进一步研究以确认其适用性。	研究旨在开发一种新方法，以便在组织切片中进行空间转录组学分析。	研究对象为小鼠大脑皮层和海马中的特定微区域。	数字病理学	NA	mRNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠大脑的多个切片
10250	2024-08-05	Autophagy Contributes to Homeostasis in Esophageal Epithelium Where High Autophagic Vesicle Level Marks Basal Cells With Limited Proliferation and Enhanced Self-Renewal Potential 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.018 PMID:38452871	研究论文	该研究定义了自噬在食管上皮内稳态中的角色	研究揭示了自噬与食管基底细胞增殖和自我更新能力之间的关系	本研究的局限性在于未考虑自噬在其他类型细胞中的作用	探讨自噬在食管上皮稳态中的作用	生成了特定于鳞状上皮的Atg7条件性基因敲除小鼠来评估其对食管稳态的影响	数字病理学	食管病理	RNA测序，免疫染色	NA	细胞，组织	使用了敲除小鼠以及分选的食管基底细胞
10251	2024-08-05	Stationary-to-migratory transition in glioblastoma stem-like cells driven by a fatty acid-binding protein 7-RXRα neurogenic pathway 2023-12-08, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad134 PMID:37499046	研究论文	本研究揭示了脂肪酸结合蛋白7（FABP7）驱动的胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞的迁移机制	首次将FABP7的作用与胶质母细胞瘤干样细胞的迁移联系起来，阐明了PUFA-FABP7-RXRα神经基因途径的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能在人类GBM中存在不同的表现	本研究旨在深入了解胶质母细胞瘤干样细胞的迁移机制及其在肿瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞以及相应的小鼠模型	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、基因报告酶实验	NA	细胞系、患者衍生的样本	使用了多个GBM细胞系和来源于患者的胶质母细胞瘤干样细胞
10252	2024-08-05	Characterizing pancreatic β-cell heterogeneity in the streptozotocin model by single-cell transcriptomic analysis 2020-07, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2020.100982 PMID:32247924	研究论文	本研究探索了在链脲佐菌素（STZ）模型下胰岛细胞的分子特征	识别了β细胞在生理和病理条件下的异质性，并未观察到Glut2low向Glut2high的转化	未能发现STZ模型中非β内分泌细胞的转录组变化或α细胞谱系向β细胞谱系的直接转分化途径	重新评估链脲佐菌素（STZ）模型中β细胞的功能和再生	链脲佐菌素处理的小鼠胰腺内分泌细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2999个细胞
10253	2024-08-05	Chloride channels regulate differentiation and barrier functions of the mammalian airway 2020-04-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.53085 PMID:32286221	研究论文	本文系统地表征了小鼠气道的发育景观，并确定了在人类胎儿发育过程中操作的高度保守的细胞程序	揭示氯离子通道在哺乳动物气道形成与功能中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异	探讨气道粘膜屏障的形成和功能的分子事件	小鼠气道的发育和修复机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
10254	2024-08-05	Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response 2020-04, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1008408 PMID:32251450	研究论文	该文章探讨了LY86在抗念珠菌宿主反应中的作用	首次揭示LY86与念珠菌易感性之间的潜在新联系	没有明确提到样本量的细节和数据的长期影响	更好地理解抗念珠菌宿主反应	与念珠菌刺激的免疫细胞进行的转录组分析	数字病理学	念珠菌感染	RNA-seq	NA	转录组数据	NA
10255	2024-08-05	Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz877 PMID:31764967	研究论文	介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具	Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动	仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围	旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台	生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了来自公共可用数据集的三个示例
10256	2024-08-05	MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative LowRank Representation with Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering 2024-Jul-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740 PMID:39046863	研究论文	本文提出了一种新的单细胞聚类方法MLRR-ATV，用于分析scRNA-seq数据	引入了自适应全变分正则化来降低噪声的影响，同时保留数据中的线性和非线性流形结构	模型为非凸，优化过程可能会受到局部最优解的影响	研究单细胞RNA测序数据的聚类方法	聚类分析的对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	低秩表示模型	数据集	八个真实的scRNA-seq数据集
10257	2024-08-04	A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade 2024-Jul-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50478-8 PMID:39034339	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性	通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化	在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限	研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用	192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	肿瘤样本	192个肿瘤样本
10258	2024-08-04	Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering 2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae451 PMID:39012523	研究论文	本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域	本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留	NA	研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布	从不同平台获取的各种空间转录组数据集	数字病理学	NA	对比学习	图神经网络	基因表达数据	各种空间转录组数据集，空间分辨率各异
10259	2024-08-04	Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis 2024-Jul-03, Aging DOI:10.18632/aging.205982 PMID:38968594	研究论文	本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型	创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型	本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题	研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力	研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析
10260	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA