单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10221	2024-08-08	A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors 2020-09-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108175 PMID:32946807	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法，分析了28种SARS-CoV-2及相关冠状病毒受体和因子（SCARFs）在健康人体组织中的表达，以预测冠状病毒的趋向性	首次全面分析了SCARFs在多种健康人体组织中的表达，并预测了非经典的病毒感染路径和特定性别易感性	NA	预测人类冠状病毒的趋向性及其在人体组织中的表达模式	SARS-CoV-2及相关冠状病毒的受体和因子（SCARFs）	数字病理学	冠状病毒病	单细胞转录组学	NA	RNA表达数据	多种健康人体组织
10222	2024-08-08	Single-cell analysis of RORα tracer mouse lung reveals ILC progenitors and effector ILC2 subsets 2020-03-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20182293 PMID:31816636	研究论文	本研究通过生成RORα谱系示踪小鼠并进行单细胞RNA测序、流式细胞术和功能分析，揭示了肺部ILC2的发育路径	发现了不同于传统IL-18Rα-ST2+ ILC2s的IL-18Rα+ST2-群体，并识别出新生儿肺部中的三种ILC群体	NA	阐明肺部ILC2的发育路径	肺部ILC2及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年和新生儿小鼠肺部样本
10223	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals that an imbalance in monocyte subsets rather than changes in gene expression patterns is a feature of postmenopausal osteoporosis 2024-Aug-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae065 PMID:38652170	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了绝经后骨质疏松症患者骨髓单核细胞的基因表达模式和亚群比例变化	首次揭示了绝经后骨质疏松症中单核细胞亚群比例失衡而非基因表达模式变化是其特征	研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以增强结论的普遍性	探究绝经后骨质疏松症中单核细胞重编程的机制	绝经后骨质疏松症患者的骨髓单核细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6名参与者（3名正常骨密度和3名绝经后骨质疏松症患者）
10224	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50613-5 PMID:39095341	研究论文	本文评估了十种单细胞RNA测序（scRNA-seq）批次校正技术在图像细胞分析中的表现	提出了一个新的基准框架和评估指标，用于未来批次校正方法的评估	NA	解决不同实验室和设备间图像细胞分析数据集成和解释的批次效应问题	十种scRNA-seq批次校正技术在Cell Painting数据集上的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	NA	图像	数十亿个细胞，数千种扰动
10225	2024-08-07	Unveiling novel double-negative prostate cancer subtypes through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Aug-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00667-x PMID:39095562	研究论文	本研究通过整合多个来源的单细胞RNA测序数据，建立了人类和小鼠的前列腺单细胞图谱，并识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型	首次通过单细胞RNA测序技术识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型，并开发了一个用于可视化基因表达的网络应用	NA	揭示前列腺癌中未被识别的亚型，为临床诊断和治疗提供新策略	前列腺癌的亚型及其分子特征	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公开可用的队列和本研究团队生成的数据
10226	2024-08-07	The cell fates of intermediate cell population in prostate development 2024-Aug, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2024.100182 PMID:39100536	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析新生泌尿生殖窦组织，揭示了前列腺中间细胞在前列腺发育中的身份、命运和功能	发现了前列腺中间细胞在前列腺发育中从表达神经内分泌标记物的中间细胞向神经内分泌细胞的转变，并展示了这些细胞具有显著的干细胞能力	NA	探究前列腺中间细胞在前列腺发育中的身份、命运和功能	前列腺中间细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	新生泌尿生殖窦组织
10227	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05872-w PMID:39080559	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析流程，包括特征选择和基于残差的方差稳定归一化方法	提出了一种新的特征选择方法和基于残差的方差稳定归一化方法，该方法在归一化前进行特征选择，并使用稳定基因来减少系统偏差	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程，提高下游聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的单细胞RNA测序数据集
10228	2024-08-07	Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury 2024-Jul-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037 PMID:39104165	研究论文	本研究通过机器学习方法分析了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞和治疗靶点	首次通过随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法识别了脊髓损伤后铁死亡的关键基因Atf3和Piezo1，并验证了潜在药物治疗的有效性	NA	揭示铁死亡在脊髓损伤治疗中的重要作用，并识别关键细胞类型和基因	脊髓损伤后的铁死亡过程及其治疗靶点	机器学习	脊髓损伤	RNA测序	随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法	RNA测序数据	使用GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集
10229	2024-08-07	Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction 2024-07-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67537-1 PMID:39068182	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能	揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性	NA	深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度	阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析	卷积神经网络	基因表达数据	NA
10230	2024-08-07	Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data 2024-07-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68054-x PMID:39048596	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层	首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力	NA	开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择	胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	测序技术	随机森林算法，多元Cox算法	转录组数据，单细胞数据	训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列
10231	2024-08-07	Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma 2024-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65090-5 PMID:39043683	研究论文	本研究旨在探讨内质网应激（ERS）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预测价值及其与肿瘤微环境（TME）的相关性	本研究开发了一个由三个基因（ATF6, TRIB3, UBXN6）组成的ERS相关签名，具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值	NA	研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的内质网应激（ERS）相关基因及其与肿瘤微环境的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	mRNA, 单细胞RNA测序数据	基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析
10232	2024-08-07	Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer 2024-Jul-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05472-5 PMID:39033271	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2（TNFR2）在三阴性乳腺癌（TNBC）化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。	首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证。	揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。	三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本
10233	2024-08-07	A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178602 PMID:39087473	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-Seq）分析了炎症性神经病变小鼠模型的外周神经，识别出表达IL-21的克隆扩增和多功能的CD4+ T细胞，这些细胞由两个转录上不同的扩增细胞群组成，表达与T滤泡辅助细胞（Tfh）和T外周辅助细胞（Tph）相关的基因。	首次揭示了IL-21表达的CD4+ T细胞在炎症性神经病变中的克隆扩增和多功能特性，并提出了IL-21信号传导、Tfh/Tph分化和CXCR6介导的细胞定位作为潜在的治疗靶点。	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	探讨炎症性神经病变中CD4+ T细胞的关键特性和潜在治疗靶点。	炎症性神经病变小鼠模型的外周神经中的CD4+ T细胞。	NA	炎症性神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），单细胞T细胞受体测序（scTCR-Seq）	NA	单细胞RNA，单细胞T细胞受体	炎症性神经病变小鼠模型的外周神经样本
10234	2024-08-07	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	本文通过病例对照研究，分析了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	首次通过遗传和转录组学研究，揭示了结肠憩室病的发病机制，并发现了与该疾病相关的关键基因	研究样本仅限于404名患者，可能影响结果的普遍性	旨在识别结肠憩室病的遗传和细胞决定因素，并探讨其与其他胃肠疾病的关系	结肠憩室病患者和非患者的结肠组织	数字病理学	结肠憩室病	DNA和RNA测序	NA	基因表达数据	404名患者（172名患有结肠憩室病，232名未患）
10235	2024-08-07	Targeting MMP9 in CTNNB1 mutant hepatocellular carcinoma restores CD8+ T cell-mediated antitumour immunity and improves anti-PD-1 efficacy 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331342 PMID:38123979	研究论文	本文研究了CTNNB1功能获得性突变（CTNNB1 GOF）在肝细胞癌（HCC）中导致的免疫逃逸机制，并提出了一种新的治疗策略以增强HCC中抗PD-1疗法的疗效	发现MMP9在CTNNB1 GOF HCC中的显著上调，并通过抑制CD8+ T细胞的浸润和细胞毒性，驱动抑制性肿瘤免疫微环境（TIME）和抗PD-1抵抗	NA	探究CTNNB1 GOF HCC介导的免疫逃逸机制，并提出新的治疗策略以增强抗PD-1疗法的疗效	CTNNB1 GOF HCC中的免疫逃逸机制及MMP9的作用	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA序列、蛋白质	使用了体外共培养系统、小鼠皮下或原位模型、条件性基因敲除小鼠的自发肿瘤模型
10236	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530891 PMID:38328133	研究论文	本文提出了一种改进的单细胞RNA测序数据分析流程，包括先进行特征选择再进行基于残差的归一化方法	提出了一种新的基于残差的归一化方法和先特征选择后归一化的流程，显著改善了下游聚类分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的计数数据集
10237	2024-08-07	Preprocessing of Single Cell RNA Sequencing Data Using Correlated Clustering and Projection 2024-04-08, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.3c00674 PMID:37402705	研究论文	本文介绍了一种名为Correlated Clustering and Projection (CCP)的新型数据域降维方法，用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的预处理	首次提出CCP方法，将每个相似基因簇投影到一个超基因中，该超基因定义为所有细胞中成对非线性基因-基因相关性的累积。此外，引入了Residue-Similarity指数(RSI)作为新的聚类和分类度量，以及R-S图作为新的可视化工具	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析，特别是解决数据稀疏性和大量基因带来的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	14个基准数据集
10238	2024-08-07	Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss 2024-04-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577 PMID:37968095	研究论文	本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布	首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者	研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性	探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布	慢性HBV感染患者的肝脏组织	数字病理学	肝炎	空间转录组学	NA	转录组数据	18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点
10239	2024-08-07	General Capillary Endothelial Cells Undergo Reprogramming into Arterial Endothelial Cells in Pulmonary Hypertension through HIF-2α/Notch4 Pathway 2024-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.13.580227 PMID:38464011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学分析、RNASCOPE和免疫染色分析，揭示了肺动脉高压（PAH）中肺毛细血管内皮细胞（ECs）向动脉内皮细胞的转变过程，并确定了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序和遗传操作证明了肺毛细血管内皮细胞在肺动脉高压发展过程中向动脉内皮细胞的转变，并揭示了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的关键作用	NA	探究肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞向动脉内皮细胞转变的机制	肺动脉高压患者的肺毛细血管内皮细胞和动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序，空间转录组学分析，RNASCOPE，免疫染色	NA	RNA序列	人类PAH患者和肺动脉高压（PH）小鼠的样本
10240	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.15.558001 PMID:37745478	研究论文	本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果	提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法	仅限于使用Cell Painting数据集进行评估	解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题	七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	混合模型	图像	使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting