单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10221	2024-08-05	Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139 PMID:38652658	研究论文	本文探讨了胶质母细胞瘤中对KIF11抑制剂的抵抗机制	首次将谱系追踪条形码和单细胞RNA测序结合用于分析患者来源的胶质母细胞瘤中的药物抵抗	主要集中在药物对细胞的影响，缺乏对更大临床样本的验证	研究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的抵抗机制	患者来源的胶质母细胞瘤神经球及其对ispinesib的反应	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	涉及多个患者来源的胶质母细胞瘤样本
10222	2024-08-05	The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147 PMID:38662541	research paper	本研究探讨了Bicyclus anynana蝴蝶蛹前翅中鳞片细胞的多样性及其分子基础	通过单细胞RNA测序技术识别了不同类型的鳞片细胞，并揭示了关键基因在细胞分化中的作用	研究主要集中在单一物种的细胞类型，可能无法全面代表其他节肢动物的情况	探索蝴蝶翅膀鳞片细胞的多样性及其转录组学基础	Bicyclus anynana蝴蝶的雄性蛹前翅中的大约5200个鳞片细胞	机遇	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	约5200个大细胞
10223	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of neutrophils in non-small cell lung cancer 2024-May, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3690 PMID:38735760	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	识别了四种主要类型的肿瘤相关中性粒细胞，并分析了其动态特征及转录因子调控	未提及具体的样本数量和来源的多样性	研究非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	肿瘤相关的中性粒细胞和人源多形核中性粒细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自基因表达综合数据库的样本
10224	2024-08-04	Inferring Tree-Shaped Single-Cell Trajectories with Totem 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_9 PMID:39068362	研究论文	本文介绍了通过Totem推断树状单细胞轨迹和伪时间的方法	提出了两种用户友好的协议，可以灵活地推断树状单细胞轨迹，解决复杂拓扑结构预测的挑战	主要集中在单细胞转录组数据的应用，未涉及其他类型的数据	研究单细胞转录组数据中细胞发育过程的轨迹推断	人类骨髓CD34+细胞，研究三条谱系的分支：红系、淋巴系和单核系	数字病理学	NA	转录组学	NA	单细胞数据	NA
10225	2024-08-04	Unsupervised Single-Cell Clustering with Asymmetric Within-Sample Transformation and Per-Cluster Supervised Features Selection 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_8 PMID:39068361	研究论文	本文展示了如何将不对称样本内变换应用于单细胞RNA测序数据，与之前的缺失值插补相匹配	提出了一种不对称变换的方法以处理低表达强度，同时保留高表达基因水平，并结合每个基因的熵估计进行非信息基因的去除	样本量和不同基因类型的影响可能未在研究中充分探索	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和基因特征选择	研究对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	GLM	文本	NA
10226	2024-08-04	RNA-Seq Analysis of Mammalian Prion Disease 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_20 PMID:39068373	研究论文	本文介绍了利用单细胞RNA测序数据分析哺乳动物朊病毒病的RNA测序方法	提出了一种可重复使用的RNA测序分析协议，以揭示朊病毒病中的转录变化	NA	揭示哺乳动物朊病毒病的转录特征	哺乳动物朊病毒病的单细胞RNA测序数据	数字病理	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	使用自NCBI GEO数据库获得的单细胞数据集
10227	2024-08-05	Inferring Novel Cells in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_7 PMID:39068360	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中推断新细胞类型的方法	提出了三类推断新细胞的方法，包括未监督和异常检测的方法、监督和半监督的方法、以及基于拷贝数变异的方法	推断新细胞在常规单细胞RNA测序分析中仍然具有挑战性	研究单细胞RNA测序技术中识别和表征新细胞类型	利用单细胞RNA测序技术分析细胞类型及其亚群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
10228	2024-08-05	Zebrafish Thrombocyte Transcriptome Analysis and Functional Genomics 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_10 PMID:39068363	研究论文	本文探讨了斑马鱼血小板的成熟过程与功能基因组学	采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析年轻和成熟血小板的转录组，以识别特定基因并揭示其在成熟过程中的角色	在血液循环中成熟的具体机制尚不明确	理解斑马鱼血小板成熟的机制	年轻和成熟的斑马鱼血小板	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多个斑马鱼血小板样本，包括年轻和成熟类型
10229	2024-08-05	Comprehensive integrated single-cell RNA sequencing analysis of brain metastasis and glioma microenvironment: Contrasting heterogeneity landscapes 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306220 PMID:39058687	研究论文	该文章综合分析了脑转移和胶质瘤微环境中的异质性特征	本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同来源的脑转移在微环境中的异质性差异	本研究的数据来自于公开数据库，可能存在数据偏倚	探究不同来源的脑肿瘤微环境中的异质性，以指导治疗决策	本研究对象为17名患者的脑转移和胶质瘤样本	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA序列数据	90,168个细胞样本来自17名患者
10230	2024-08-05	A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad272 PMID:37507115	研究论文	本文全面评估了单细胞RNA测序分析中的障碍和零膨胀模型	提出了一个基于TensorFlow的Python包TensorZINB，解决了零膨胀负二项式模型的数值稳定性问题，并结合了混合模型来提高性能	未提及特定的局限性	提高单细胞RNA测序数据分析中的统计模型的准确性和计算速度	障碍和零膨胀模型的性能评估及其对单细胞RNA测序数据的应用	数字病理	NA	RNA-seq	零膨胀负二项式（ZINB）模型	文本	使用真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
10231	2024-08-05	A wound-induced differentiation trajectory for neurons 2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.10.540286 PMID:37214981	研究论文	本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹	揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用	尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制	研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响	聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化	数字病理学	NA	染色质可及性数据分析	NA	单细胞转录组数据	涉及了多个不同神经亚型的干细胞
10232	2024-08-05	Novel insights into breast cancer copy number genetic heterogeneity revealed by single-cell genome sequencing 2020-05-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.51480 PMID:32401198	研究论文	本文使用单细胞基因组测序全面映射了乳腺癌肿瘤中拷贝数改变异质性的各个方面	提供了乳腺癌肿瘤内非肿瘤细胞的遗传异质性及其对肿瘤基因组的影响的新见解	对拷贝数改变异质性的了解仍然有限	探讨乳腺癌中拷贝数改变的遗传异质性及其临床意义	一组乳腺癌肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	一组乳腺癌肿瘤样本
10233	2024-08-05	Transcriptome Dynamics of Hematopoietic Stem Cell Formation Revealed Using a Combinatorial Runx1 and Ly6a Reporter System 2020-05-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2020.03.020 PMID:32302558	研究论文	该文章研究了造血干细胞(HSC)形成的转录组动态，利用组合的Runx1和Ly6a报告系统进行可视化	通过生成Tg(Runx1-mKO2; Ly6a-GFP)双重报告小鼠，首次识别并追踪造血干细胞的发育过程	由于造血干细胞及其前体细胞的稀缺性，可能导致研究样本的局限性	揭示前造血干细胞的出现和成熟过程	研究对象包括前造血干细胞及其相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了双重报告小鼠的细胞样本
10234	2024-08-05	A single-cell survey of Drosophila blood 2020-05-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.54818 PMID:32396065	研究论文	该论文利用单细胞RNA测序对果蝇血细胞进行了调查	发现了在不同炎症条件下果蝇血细胞的多样性，并首次揭示了FGF信号在血细胞之间的相互作用中的新角色	目前只集中于果蝇的血细胞种类，结果是否适用于其他物种尚未确定	旨在通过单细胞RNA测序深入理解果蝇血细胞的功能	果蝇幼虫中的血细胞（称为hemocytes）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
10235	2024-08-05	Pooled Knockin Targeting for Genome Engineering of Cellular Immunotherapies 2020-Apr-30, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.03.039 PMID:32302591	研究论文	本研究开发了一种技术用于对人类T细胞进行高通量的基因敲入筛选	提出了一种新颖的合并基因组工程技术，可以对大规模非病毒DNA模板进行条形码标记和追踪	未提及具体的样本量和方法的局限性	研究目的在于提高基因改造免疫细胞在癌症免疫治疗中的效果	主要研究对象为经过基因敲入的初级人类T细胞	数字病理学	癌症免疫治疗	CRISPR	NA	细胞转录组数据	数十个独特的条形码模板
10236	2024-08-05	Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential 2020-04-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9041045 PMID:32331484	研究论文	本研究探讨了特定猪模型中肌肉发育潜力决定机制	首次揭示了Ca2+信号在骨骼肌发育潜力中的重要作用	只使用了特定的猪模型，可能限制了结果的普遍性	探索肌肉生成与脂肪生成之间的稳态机制	瘦型猪和肥胖型猪的肌肉衍生Myo-谱系细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质数据	瘦型猪与肥胖型猪的肌肉衍生细胞
10237	2024-08-05	Single-cell transcriptome analyses reveal novel targets modulating cardiac neovascularization by resident endothelial cells following myocardial infarction 2019-08-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz305 PMID:31162546	研究论文	该文章探讨了心肌梗死后，成体小鼠心脏中内皮细胞在新血管生成中的起源和克隆动态	首次提供了心脏特异性内皮细胞的单细胞基因表达图谱，揭示了内源性血管修复的转录层级	主要基于鼠模型，可能在转化到人类的生物学和临床应用上存在局限性	旨在更好地理解冠状血管再生的调控通路，以支持心脏疾病的治疗策略	成体小鼠心脏中的内皮细胞及其在心肌梗死后的新血管生成	数字病理学	心脏疾病	单细胞转录组分析	多谱系谱系追踪小鼠模型	基因表达数据	包括小鼠和人类心脏样本
10238	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals gene expression dynamics of human fetal kidney development 2019-02, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000152 PMID:30789893	研究论文	本研究使用单细胞转录组技术研究人类胎儿肾脏的基因表达动态	首次详细描述了人类胎儿肾脏的22种细胞类型及标记基因，并揭示了肾小管细胞在不同发育阶段的基因表达变化	目前研究尚缺乏对人类肾脏发育的完整理解，可能存在数据不足的情况	阐明人类肾脏发育过程中的基因表达变化	人类胎儿肾脏的单细胞转录组数据	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	近18000个来自五个不同发育阶段的肾细胞
10239	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals distinct metabolic "microniches" and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm 2024-Jul-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 PMID:39047091	研究论文	该研究揭示了深海化学合成管虫中独特的代谢“微环境”及其与内共生体的密切相互作用	首次揭示管虫在共生器官中维持两种不同代谢微环境的机制	研究未详细探讨管虫及内共生体之间的其他可能的分子相互作用	研究深海管虫与其内共生体之间的分子相互作用	深海化学合成生态系统中的管虫及其内共生的硫氧化细菌	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子特征数据	冷渗漏管虫的单细胞样本分析
10240	2024-08-05	The vast majority of somatic mutations in plants are layer-specific 2024-Jul-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03337-0 PMID:39049052	研究论文	本文分析了植物中体细胞突变的频率和分布，特别是在不同的分生组织层中	研究发现大多数体细胞突变特定于个别层，并揭示了不同层之间的变异动态	对突变特征的了解仍然有限，特别是在变异与表型变化的关系方面	研究植物分生组织中体细胞突变的特征与分布	在一个杏树的不同部位分析体细胞突变	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	多个水果样本来自整个树木