单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 10221 - 10240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10221 | 2024-08-13 |
GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles
2021-07-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24489-8
PMID:34234139
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GapClust的轻量级算法，用于从超大规模的单细胞RNA测序数据集中检测稀有细胞类型 | GapClust算法在速度和内存效率上达到了最先进的水平，并且在多样本实验数据集上展示了优于其他近期方法的性能 | NA | 开发一种高效的算法来识别超大规模单细胞RNA测序数据集中的稀有细胞类型 | 稀有细胞类型 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达谱 | 包括肠和68k PBMC数据集 |
| 10222 | 2024-08-13 |
Compensatory hepatic adaptation accompanies permanent absence of intrahepatic biliary network due to YAP1 loss in liver progenitors
2021-07-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109310
PMID:34233187
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研究论文 | 研究探讨了Yes相关蛋白1（YAP1）在肝脏发育中的作用及其对肝细胞适应性的影响 | 首次揭示了YAP1在肝脏发育中的关键作用，并展示了肝细胞在没有胆管网络情况下的深刻适应能力 | NA | 探究YAP1在肝脏发育中的作用及肝细胞的适应性 | YAP1在肝脏发育中的作用及肝细胞的适应性 | NA | NA | 单细胞RNA测序分析 | NA | RNA序列 | NA |
| 10223 | 2024-08-13 |
[Progress in Single-cell RNA Sequencing of Lung Adenocarcinoma]
2021-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在肺腺癌研究中的应用和进展 | 单细胞测序作为一种新型测序方法，能够在单细胞水平上对细胞群体进行特定分析，揭示每种细胞类型的独特变化，并提供对异质性基质细胞和癌细胞的准确评估 | 尽管单细胞测序技术有诸多优势，但其在临床应用中仍面临技术挑战和数据解读的复杂性 | 深入理解肺腺癌的发病机制、肿瘤微环境的异质性及药物耐药形成的机制，以发现新的治疗靶点 | 肺腺癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 10224 | 2024-08-13 |
Therapeutic Targeting of Transcription Factors to Control the Cytokine Release Syndrome in COVID-19
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.673485
PMID:34163359
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研究论文 | 本文系统探索了COVID-19中细胞因子释放综合征（CRS）相关的炎症细胞因子的转录调控因子，以识别可用于治疗靶点的转录因子（TFs）及其已批准的药物 | 本文通过整合TF-细胞因子基因相互作用资源与单细胞RNA-seq表达数据，发现了与COVID-19患者中上调的16种细胞因子相关的95个TFs，并识别出19个可作为FDA批准药物靶点的TFs | 需要进一步研究这些候选药物的重新定位，以确定治疗COVID-19患者CRS的有效疗法 | 探索COVID-19中CRS的治疗方法 | COVID-19患者的细胞因子释放综合征 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA | 来自COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液细胞 |
| 10225 | 2024-08-13 |
A community-based transcriptomics classification and nomenclature of neocortical cell types
2020-12, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0685-8
PMID:32839617
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组学的哺乳动物新皮层细胞类型的分类和命名法，旨在通过社区合作和数据聚合模型来统一和标准化细胞类型的分类。 | 首次提出基于单细胞转录组学的高通量测量方法，并建议采用基于转录组的分类法和标准化命名法，以及社区合作的数据聚合模型。 | NA | 为了理解皮层电路的功能，需要对细胞多样性进行分类和命名，以实现对细胞类型的统一和标准化。 | 哺乳动物新皮层的细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 10226 | 2024-08-12 |
Tumor-associated macrophage clusters linked to immunotherapy in a pan-cancer census
2024-Aug-09, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00660-4
PMID:39117688
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研究论文 | 本研究通过跨九种癌症类型的单细胞RNA测序分析，识别了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的不同组成模式，并探讨了TAMs在塑造肿瘤微环境（TME）和影响免疫治疗中的作用。 | 首次进行了跨多种癌症类型的TAMs单细胞RNA测序分析，并开发了机器学习模型来预测免疫检查点阻断反应。 | NA | 研究TAMs在不同癌症类型中的普遍特征及其与肿瘤微环境的相互作用。 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肿瘤微环境（TME）中的功能。 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA序列数据 | 九种癌症类型的样本 |
| 10227 | 2024-08-12 |
Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF
2024-Aug-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl5473
PMID:39121212
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术分析了特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织，识别了与疾病相关的三种独特微环境。 | 本文首次将空间转录组学与单细胞RNA测序数据结合，提供了细胞组织背景和基因表达定位，填补了以往研究中缺乏的空间信息。 | NA | 旨在通过空间转录组学技术深入理解IPF的病理微环境，并识别潜在的药物靶点和开发相关的体外模型。 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | IPF患者和对照组患者的肺组织样本 |
| 10228 | 2024-08-12 |
3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network
2024-Aug-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4893
PMID:39121214
|
研究论文 | 本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了基因组范围内转录爆发的调控机制，并发现Mediator复合体亚单位26（MED26）、MYC、cohesin和Bromodomain-containing蛋白4（BRD4）在调控转录爆发中的不同作用。 | 本文首次揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在调控转录爆发中的具体作用，并阐明了染色质三维结构在基因调控网络中的重要性。 | 本文主要依赖数学建模和单细胞RNA测序数据进行分析，可能存在实验验证不足的问题。 | 研究基因组范围内转录爆发的调控机制及其在单细胞基因调控网络中的作用。 | 研究对象包括Mediator复合体亚单位26（MED26）、MYC、cohesin和Bromodomain-containing蛋白4（BRD4）等分子机制。 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学建模 | RNA测序数据 | 多个条件下的单细胞RNA测序数据 |
| 10229 | 2024-08-12 |
The life-saving benefit of dexamethasone in severe COVID-19 is linked to a reversal of monocyte dysregulation
2024-Aug-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.06.014
PMID:38964327
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research paper | 本文研究了地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制，发现其通过逆转单核细胞的转录特征来改善生存率 | 首次揭示了地塞米松通过逆转严重COVID-19患者的单核细胞失调来提高生存率的分子机制 | 尽管地塞米松治疗及时，但仍有部分患者病情恶化或死亡 | 探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制及其对单核细胞的影响 | 严重COVID-19患者的单核细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 两组独立队列的致命结果患者 |
| 10230 | 2024-08-12 |
Occlusion enhanced pan-cancer classification via deep learning
2024-Aug-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05870-y
PMID:39118043
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为GENESO的新框架，通过结合遮挡方法和深度学习进行泛癌分类和标记基因发现 | 提出了一种新的标记基因发现方法Symmetrical Occlusion (SO)，能够模拟基因的“功能获得”和“功能丧失”，并使用较少的关键基因训练出性能更高的LSTM模型 | NA | 开发一种新的深度学习框架，用于泛癌分类和标记基因发现 | RNA-Seq数据中的泛癌样本及其标记基因 | 机器学习 | NA | RNA-Seq | LSTM | RNA表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 10231 | 2024-08-12 |
Single-cell genomic profiling to study regeneration
2024-Aug, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2024.102231
PMID:39053027
|
综述 | 本文综述了近年来利用高通量单细胞转录组学和其他单细胞分析技术在不同动物模型中研究再生机制的最新进展 | 探讨了不同动物和细胞类型在再生能力上的差异，并总结了关键概念 | NA | 理解再生过程中的细胞和分子机制 | 不同动物模型中的再生能力 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多种动物模型 |
| 10232 | 2024-08-12 |
Single-cell landscape reveals the immune heterogeneity of bone marrow involvement in peripheral T-cell lymphoma
2024-Aug, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16227
PMID:38845192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫异质性 | 首次揭示了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓微环境的单细胞景观 | NA | 探讨外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫景观及其与预后的关联 | 外周T细胞淋巴瘤患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11份新鲜骨髓样本 |
| 10233 | 2024-08-12 |
A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae392
PMID:39120646
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研究论文 | 本研究构建了一个实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集，并系统评估了18种细胞注释方法 | 首次使用实验标记的免疫细胞亚型数据集来评估细胞注释方法，揭示了无监督聚类方法的不足，并为监督方法提供了新的数据集支持 | 无监督聚类方法无法完全拟合实际的细胞类型分布 | 评估和比较不同细胞注释方法在单细胞数据分析中的效果 | 免疫细胞亚型单细胞数据集和18种细胞注释方法 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | SVM, scBERT, scDeepSort, Seurat | 单细胞数据 | 同一批次实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集 |
| 10234 | 2024-08-12 |
Integrating single-cell RNA-seq to identify fibroblast-based molecular subtypes for predicting prognosis and therapeutic response in bladder cancer
2024-Jul-18, Aging
DOI:10.18632/aging.206021
PMID:39033778
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，通过识别纤维母细胞标记基因，为膀胱癌患者建立了基于分子亚型的预后和治疗反应预测模型 | 首次基于纤维母细胞标记基因建立了一个新的预后和免疫治疗反应预测模型 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别膀胱癌的分子亚型，以预测患者的预后和治疗反应 | 膀胱癌患者的纤维母细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | UMAP | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 10235 | 2024-08-12 |
Commensal bacteria promote type I interferon signaling to maintain immune tolerance in mice
2024-Jan-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230063
PMID:38085267
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研究论文 | 本文揭示了共生细菌Bacteroides fragilis通过经典的抗病毒途径调节肠道树突细胞和调节T细胞反应，从而促进肠道免疫耐受 | 首次阐明共生细菌通过I型干扰素信号途径支持肠道免疫耐受的机制 | NA | 探究共生细菌如何通过I型干扰素信号途径维持肠道免疫耐受 | 共生细菌Bacteroides fragilis、肠道树突细胞和调节T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 肠道调节T细胞 |
| 10236 | 2024-08-12 |
Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad
2023-Nov-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad096
PMID:37561446
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研究论文 | 本文利用转基因报告基因和单细胞测序分析技术，研究了斑马鱼幼体性腺中不同关键细胞类型的到达情况，揭示了性腺发育过程中的细胞复杂交互作用。 | 首次详细描述了斑马鱼性腺发育过程中血管和淋巴管的并发发展，以及卵巢中pdgfrb+周细胞在血管生成中的作用，并发现了卵巢周细胞特有的基因表达特征。 | NA | 旨在深入理解斑马鱼性腺早期双潜能发育过程中的基本步骤和细胞交互作用。 | 斑马鱼性腺发育过程中的血管内皮细胞、周细胞和巨噬细胞的到达及其在性腺生长和分化中的作用。 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 215个特异表达基因 |
| 10237 | 2024-08-12 |
Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies
2023-Sep, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg1812
PMID:37656789
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研究论文 | 本报告展示了一种新型先天免疫细胞类别，称为“可变免疫受体表达髓系细胞”（VIREMs），通过单细胞转录组学和全基因组表观遗传学分析，证实VIREMs是与淋巴细胞无关的髓系细胞，并展示了B-VIREMs细胞能够表达单克隆抗体基因，这是B淋巴细胞的独特功能。 | 首次发现并描述了B-VIREMs细胞，这些细胞能够在不依赖调理作用的情况下，通过表达特定抗体来识别抗原，从而进行细胞碎片的吞噬。 | NA | 探索和验证新型先天免疫细胞VIREMs的特性和功能，特别是在组织维护中的作用。 | 研究对象包括VIREMs细胞及其在免疫系统中的作用，特别是B-VIREMs细胞的单克隆抗体表达和功能。 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学，全基因组表观遗传学分析，活细胞成像 | NA | 细胞表面标志物，基因表达数据 | 健康个体的血液样本 |
| 10238 | 2024-08-12 |
MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac430
PMID:36208175
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研究论文 | 本文提出了一种名为MuSiC2的迭代估计程序，用于在多临床条件下对bulk RNA-seq数据进行细胞类型反卷积分析 | MuSiC2是MuSiC的扩展，能够在单细胞参考与bulk样本临床条件不同时，提高细胞类型比例估计的准确性 | 现有的细胞类型反卷积方法通常需要与bulk RNA-seq数据临床条件相匹配的单细胞RNA-seq数据作为参考，这在疾病样本中获取较为困难 | 旨在解决在不同临床条件下，使用单细胞RNA-seq参考数据进行bulk RNA-seq数据反卷积时可能导致的细胞类型比例估计偏差问题 | 研究对象包括来自人类胰腺胰岛和视网膜的两个bulk RNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | MuSiC2 | RNA-seq数据 | 涉及两个bulk RNA-seq数据集，一个来自人类胰腺胰岛，另一个来自人类视网膜 |
| 10239 | 2024-08-12 |
A survey of the mouse hindbrain in the fed and fasted states using single-nucleus RNA sequencing
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101240
PMID:33962048
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综述 | 本研究利用单核RNA测序技术，详细调查了在进食和禁食状态下小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）的细胞 | 首次在延髓水平上进行深入的单细胞转录组学研究，揭示了关键抗肥胖药物受体表达细胞的转录组特征 | NA | 旨在详细描述AP和NTS细胞中关键抗肥胖药物受体的单细胞水平特征 | 小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）细胞 | 数字病理学 | 肥胖症 | 单核RNA测序 | NA | 转录组 | 16,034个细胞，其中8,910个是神经元，7,124个是非神经元细胞 |
| 10240 | 2024-08-12 |
Boosting scRNA-seq data clustering by cluster-aware feature weighting
2021-Jun-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04033-7
PMID:34078287
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研究论文 | 本文提出了一种名为CaFew的新方法，通过集群感知特征加权来选择基因，以提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类的性能 | CaFew方法通过优化聚类目标函数，获得特征权重矩阵，用于特征选择，从而提高聚类效果 | NA | 提高scRNA-seq数据聚类的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 8个真实scRNA-seq数据集 |