单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-07-16	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	通过单细胞空间转录组学技术，研究免疫治疗对急性髓系白血病（AML）患者骨髓微环境的重塑作用	结合单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学数据，利用深度学习图像分析技术，精确量化细胞间距离，揭示免疫治疗后白血病细胞与免疫细胞间的相互作用	样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab和decitabine）进行研究	探索免疫治疗对AML患者骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学	深度学习	图像, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
1002	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍，从而抑制多种RNA病毒的复制	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证了其作为抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在临床环境中验证	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2及其他RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据、转录组数据	NA
1003	2025-07-16	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）敲除如何改变海马CA2区神经元，使其类似于CA1区神经元	揭示了MR在控制CA2神经元分子表型中的关键作用，以及MR敲除导致CA2神经元向CA1样表型转变的现象	研究主要关注发育过程中的变化，未探讨成年期MR敲除的影响	理解MR敲除对海马CA2区神经元命运或状态的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性敲除小鼠模型	分子表型数据	未明确说明
1004	2025-07-16	Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2025-Jul-09, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf367 PMID:40628395	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现病毒反弹前CD16++单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达上调的独特转录特征	研究样本可能仅限于特定人群或条件，未提及样本多样性或长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	HIV-1感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，涉及治疗停止前后的PBMCs和血浆样本
1005	2025-07-16	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和施万细胞（SCs）发育中的不同作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和SCs发育中的不同作用，以及这些变化对嗅觉上皮发育的间接影响，同时发现GnRH-1神经元迁移不受影响	研究仅在小鼠胚胎鼻组织中进行，未涉及人类或其他模型，且对OECs发育的分子机制理解仍不完全	探讨Yap和Taz在OECs和SCs发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、SCs、GnRH-1神经元	developmental biology	NA	单细胞RNA测序、条件性基因敲除	Sox10-Cre小鼠	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
1006	2025-07-16	Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells 2025-Jul-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61316-w PMID:40634286	research paper	该研究通过人类神经干细胞探索皮质障碍的早期发育起源	揭示了皮质和神经精神障碍相关基因在人类神经干细胞中的表达动态，以及风险基因在脑组织者和皮质生成过程中的作用	研究主要基于体外和体内模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探索人类大脑早期发育阶段与皮质障碍的关联	人类神经干细胞（NSCs）	神经科学	皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
1007	2025-07-16	An amphiregulin reporter mouse enables transcriptional and clonal expansion analysis of reparative lung Tregs 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187245 PMID:40626358	研究论文	本文介绍了一种新型报告小鼠模型AregThy1.1，用于研究修复性肺Treg细胞的转录和克隆扩增	开发了首个能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠模型，并揭示了Treg细胞在组织修复中的功能分化和克隆扩增偏好	研究主要基于小鼠模型，人类Treg细胞可能存在差异	探究调节性T细胞(Tregs)在组织修复中的作用机制	产生双调蛋白(Areg)的Treg细胞亚群	免疫学	肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，单细胞TCR测序	AregThy1.1报告小鼠模型	单细胞转录组数据	使用流感A和博来霉素诱导的肺损伤小鼠模型
1008	2025-07-16	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	研究发现Ptbp1在视网膜发育中并非必需，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅聚焦于视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜前体细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	胚胎期E16和成熟期视网膜样本
1009	2025-07-16	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	该研究探讨了I型腺苷受体（ADORA1）过表达在子宫肌瘤生长中的作用	首次发现ADORA1在子宫肌瘤中的过表达及其通过调节AKT1介导的信号通路促进肿瘤生长的机制	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床验证	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单细胞转录组学、siRNA干扰	NA	组织样本数据、单细胞转录组数据	未明确说明数量的匹配子宫肌瘤和肌层组织标本
1010	2025-07-16	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其通过TGF-β/SMAD3信号通路调控EMT和干性的机制	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而驱动膀胱癌EMT和干性的新机制	TCF7在膀胱癌中的具体转录调控机制仍需进一步研究	探究TCF7在膀胱癌进展中的生物学功能及转录调控机制	膀胱癌	肿瘤学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
1011	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究机械负荷对胫骨软骨细胞的影响，并构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的细胞图谱	首次使用单细胞RNA测序技术深入探究机械负荷对软骨细胞的影响，并识别出关键基因和细胞类型	样本量较小，仅涉及6名捐赠者的组织样本	探究机械负荷对软骨细胞的生物学影响	胫骨软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	11个软骨组织样本（来自6名捐赠者），共分析132,685个细胞
1012	2025-07-16	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Jul, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异，揭示了母乳喂养下调外周免疫细胞细胞因子转录特征的机制	样本量较小（HMF n=6，FF n=3），且为非随机临床试验	表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异	3-3.5个月大的健康婴儿（母乳喂养6名，配方奶喂养3名）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名婴儿（6名母乳喂养，3名配方奶喂养）的外周血单个核细胞
1013	2025-07-16	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文研究了腱鞘上皮细胞在肌腱损伤后对纤维化和再生过程的贡献	首次确定了腱鞘上皮细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的重要细胞来源，并验证了其转录特征与人类瘢痕组织的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究肌腱损伤后纤维化和再生的细胞机制	小鼠和人类肌腱组织	组织再生医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织图像	NA
1014	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jun-24, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	通过结肠的组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，深入研究了J型储袋失败的分子机制	研究为回顾性病例对照设计，可能存在选择偏倚	探究导致J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制	接受IPAA手术的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学、免疫组化	NA	组织样本、基因表达数据	417例患者（其中部分进行单细胞空间转录组分析）
1015	2025-07-16	Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution 2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01716-z PMID:40551145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胆管癌（CCA）的分子异质性，特别是肝内胆管癌（iCCA）和肝外胆管癌（eCCA）亚型之间的差异	首次在单细胞分辨率下解析了iCCA和eCCA的肿瘤生态系统差异，并鉴定出eCCA特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其与ISG15富集的微环境的关系	样本量相对有限（28个样本），且需要进一步的功能验证	阐明胆管癌亚型间的分子异质性并寻找潜在治疗靶点	胆管癌患者样本（包括慢性胆道炎症和不同解剖部位的CCA）	单细胞转录组学	胆管癌	scRNA-seq, 空间RNA原位测序, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据	28个样本（7例慢性胆道炎症，21例CCA），共109,071个单细胞
1016	2025-07-16	[Biological characteristics of liver zonation and its role in disease and aging] 2025-Jun-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology DOI:10.3760/cma.j.cn501113-20241010-00532 PMID:40660991	综述	本文总结了肝脏分区在维持肝功能中的重要作用及其与疾病和衰老的关系	利用单细胞基因组学和空间转录组学技术深入理解肝脏分区的生物学特性	NA	探讨肝脏分区在维持肝功能及其与疾病和衰老的关系	肝脏及其分区细胞	生物医学	肝脏疾病	单细胞基因组学, 空间转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
1017	2025-06-20	Spatial Transcriptomics of Hirschsprung Disease Resection Margins Marks Differential Gene Expression in Myenteric Plexus 2025-Jun-16, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1018	2025-07-16	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659774 PMID:40661400	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像方法，能够在保持细胞组织空间分辨率的同时，联合分析细胞状态和谱系	NA	研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病中的应用	细胞状态和谱系动态	生物技术	肿瘤转移	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	单细胞测序数据, 多模态成像数据	同基因小鼠肿瘤转移模型
1019	2025-07-16	Two Specialized Intrinsic Cardiac Neuron Types Safeguard Heart Homeostasis and Stress Resilience 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659555 PMID:40661461	research paper	该研究通过单细胞转录组学、高分辨率成像和小鼠细胞特异性遗传工具，鉴定了两种分子上不同的内在心脏神经元亚型，揭示了它们在心脏稳态和应激反应中的独特作用	首次在分子水平上鉴定了两种功能特异的内在心脏神经元亚型，并阐明了它们在维持冠状动脉灌注和心脏电稳定性中的不同作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏组织中验证	揭示内在心脏神经系统的分子和功能组织，为开发针对心脏自主神经功能障碍的靶向治疗提供基础	小鼠内在心脏神经元	神经科学	心血管疾病	单细胞转录组学、高分辨率成像、细胞特异性遗传工具	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	NA
1020	2025-07-16	Spatial Proofreading Amplification of in situ Transcript and Protein Signals 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659176 PMID:40661487	研究论文	介绍了一种基于动力学校对原理的无酶信号放大方法，用于增强空间转录组学实验中的信号亮度	提出了一种新型的无酶信号放大方法，利用短寡核苷酸探针在目标位点迭代沉积并通过光交联形成高度稳定的DNA组装体，实现超过500倍的信号放大	NA	提高空间转录组学实验中的信号检测效率和缩短成像时间	空间转录组学实验中的转录和蛋白质信号	空间转录组学	NA	无酶信号放大方法	NA	转录和蛋白质信号数据	NA